Structural characterization of the phosphotyrosine binding region of a high-affinity SH2 domain-phosphopeptide complex by molecular dynamics simulation and chemical shift calculations

Journal of the American Chemical Society

Volumn 118, Issue 45, 1996, Pages 11265-11277

  Feng, Ming Hsiang ^a,d   Philippopoulos, Marios ^a   MacKerell Jr , Alexander D ^b   Lim, Carmay ^c  

^a NATIONAL TSING HUA UNIVERSITY   (Taiwan)

^b INSTITUTE OF BIOMEDICAL SCIENCES   (Taiwan)

^c UNIVERSITY OF TORONTO   (Canada)

^d UNIVERSITY OF MARYLAND SCHOOL OF PHARMACY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; CALCULATION; COMPUTER SIMULATION; MOLECULAR DYNAMICS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PROTEIN DOMAIN; PROTEIN STRUCTURE; THEORY;

EID: 0029860548     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja961530r     Document Type: Article

References (50)

1. Ullrich, A.; Schlessinger, J. Cell 1990, 61, 203.
2. Cantley, L. C; Auger, K. R.; Carpenter, C.; Duckworth, B.; Graziani, A.; Kapeller, R.; Soltoff, S. Cell 1991, 64, 281-302.
3. Pawson, T.; Gish, G. Cell 1992, 71, 359-362.
4. Kazlauskas, A.; Ellis, C.; Pawson, T.; Cooper, J. A. Science 1990, 247, 1578.
5. Mayer, B. J.; Baltimore, D. Trends Cell Biol. 1993, 3, 8-13.
6. Anderson, D.; Koch, C. A.; Grey, L.; Ellis, C.; Moran, M. F.; Pawson, T. Science 1990, 250, 979-982.
7. Matsuda, M.; Mayer, B. J.; Fukui, Y.; Hanafusa, H. Science 1990, 248. 1537.
8. Kashishian, A.; Kazlauskas, A.; Cooper, J. A. EMBO J. 1992, 11, 1373-1382.
9. Fantl, W. J.; Escobedo, J. A.; Martin, G. A.; Turck, C. W.; Rosario, M.; Mccormick, F.; Williams, L. T. Cell 1992, 69, 413-423.
10. Rhee, S. G.; Suh, P. G.; Ryu, S. H.; Lee, S. Y. Science 1989, 244, 546-550.
11. Valius, M.; Bazenet, C.; Kazlauskas, A. Mol. Cell. Biol. 1993, 13, 133-143.
12. Valius, M.; Kazlauskas, A. Cell 1993, 73, 321-334.
13. Songyang, Z.; Shoelson, S. E.; Chauduri, M.; Gish, G.; Pawson, T.; Haser, W. G.; King. F.; Roberts, T.; Ratnofsky, S.; Lechleider, R. J.; Neel, B. G.; Birge, R. B.; Fajardo, J. E.; Chou, M. M.; Hanafusa, H.; Schaffliausen, B.; Camley, L. C. Cell 1993, 72, 767-778.
14. Pascal, S. M.; Singer, A. U.; Gish, G.; Yamazaki, T.; Shoelson, S. E.; Pawson, T.; Forman-Kay, J. D.; Kay, L. E. Cell 1994, 77, 461-472.
15. Waksman, G.; Kominos, D.; Robertson, S. C; Pant, N.; Baltimore, D.; Birge, R. B.; Cowburn, D.; Hanafusa, H.; Mayer, B. J.; Overduin, M.; Resh, M. D.; Rios, C. B.; Silverman, L.; Kuriyan. J. Nature 1992, 358, 646-653.
16. Eck, M. J.; Shoelson, S. E.; Harrison, S. C. Nature 1993, 362, 8791.
17. Waksman, G.; Shoelson, S. E.; Pant, N.; Cowburn, D.; Kuriyan, J. Cell 1993, 72, 779-790.
18. Lee, C.-H.; Kominos, D.; Jacques, S.; Margolis, B.; Schlessinger, J.; Shoelson, S. E.; Kuriyan, J. Structure 1994, 2, 423-438.
19. Pascal, S. M.; Singer, A. U.; Pawson, T.; Kay, L. E.; Forman-Kay, J. D. 1996, Manuscript in preparation.
20. Wolf, G.; Lynch, A.; Chaudhuri, M.; Gisli, G.; Pawson, T.; Shoelson, S. E. J. Biol. Chem. submitted.
21. Kay, L. E.; Muhandiram, D. R.; Farrow, N. A.; Aubin, Y.; ForrnanKay, J. D. Biochemistry 1996, 35, 361-368.
22. Yamazaki, T.; Pascal, S. M.; Singer, A. U.; Forman-Kay, J. D.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 3556-3554.
23. Pascal, S. M.; Yamazaki, T.; Sinaer, A. U.; Kay, L. E.; FormanKay, J. D. Biochemistry 1995, 34, 11353-11362.
24. Sineer, A. U.; Forman-Kay, J. Personal communication, 1995.
25. Haigh, C. W. and Mallion, R. B. Pros;. NMR Speclrosc. 1980, 13, 303-344.
26. Brooks, B. R.; Bniccoleri, R. D.; Olafson, B. O.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217.
27. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
28. Farrow, N. A.; Muhandiram, R.; Singer, A. U.; Pascal, S. M.; Kay, C. M.; Gish, G.; Shoelson, S. E.; Pawson, T.; Forman-Kay, J. D.; Kay, L. E. Biochemistry 1994, 33, 5984-6003.
29. Brooks, C. L., HI; Karplus, M. J. Chem. Phys. 1983, 79, 6312.
30. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellot, M.; Dunbrack, R. L.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, . J.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Karplus, M. FASEB J. 1992, 6, A143.
31. Berkowitz, M.; McCammon, J. A. Chem. Phys. Lett. 1982, 90, 215-217.
32. Beglov, D.; Roux, B. J. Chem. Phys. 1994, 700, 9050-9063.
33. Steinbach, P. J.; Brooks, B. R. J. Comput. Chem. 1994, 75, 667-683.
34. Shrake, A.; Rupley, J. A. J. Mol. Biol. 1973, 79, 351-371.
35. Chothia, C. J. Mol. Biol. 1976, 105, 1-14.
36. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Petersson, T. Keith G. A.; Montgomery, J. A.; Raghavachari, K.; Al-Laham, M. A.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Peng, C. Y.; Ayala, P. Y.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. P.; Head-Gordon, M.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Caussian 94; Gaussian Inc.: Pittsburgh, PA, 1995.
37. Ditchfield, R. J. Chem. Phys. 1972, 56, 5688-5691.
38. Wolinski, K.; Hinton, J. F.; Pulay, P. J. Ain. Chem. Soc. 1990, 112, 8251-8260.
39. Burley, S. K. and Petsko, G. A. Adv. Prot. Chem. 1988, 39, 125-189.
40. Russell, R. B.; Breed, J.; Barton, G. J. FEBS 1992, 304, 15-20.
41. Mayer, B. J.; Jackson, P. K.; Van Etten, R. A.; Baltimore, D. Mol. Cell. Biol. 1992, 12, 609-618.
42. Allen, F. H.; Bellard, S.; Brice, M. D.; Cartwright, B. A.; Doubleday, A.; Higgs, H.; Hummelink-Peters, T.; Hummelinkand B. G.; Kennard, O.; Mothervell, W. D. S.; Rodgers, J. R.; Watson, D. G. Ada Crystallogr. 1979, B35, 2331-2339.
43. Cook, R. L.; DeLucia, F. C; Helminger, P. J. Mol. Spectrosc. 1974, 53, 62-76.
44. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Head-Gordon, M.; Gill, P. M. W.; Wong, M. W.; Foresman, J. B.; Johnson, B. G.; Schlegel, H. B.; Robb, M.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Andres, J. L.; Raghavachari, K.; Binkley, J. S.; Gonzalez, C.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. J. P.; Pople, J. A. Gaussian 92, Revision A; Gaussian Inc.: Pittsburgh, PA, 1992.
45. MacKerell, A. D., Jr.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 11946-11975.
46. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 1657-1666.
47. Jorgensen, W. L. J.Phys. Chem. 1986, 90, 1276-1284.
48. Jorgensen, W. L.; Swenson, C. J. J. Am. Chem. Soc. 1985, 707, 569-578.
49. Almlof, J.; Fischer, T. H.; Gassman, P. G.; Ghosh, A.; Haser, M. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10964-10970.
50. Wishart, D. S.; Bigam, C. G.; Yao, J.; Abildsaard, F.; Dyson, H. J.; Oldfield, E.; Markley, J. L.; Sykes, B. D. J. Bioinolcc.NMR 1995, 6, 135-140.