Molecular dynamics simulations of substrate dephosphorylation by low molecular weight protein tyrosine phosphatase

ACS Symposium Series

Volumn 721, Issue , 1999, Pages 370-383

  Kolmodin, Karin ^a   Hansson, Tomas ^a   Danielsson, Jonas ^a   Å̀qvist, Johan ^a  

^a UPPSALA UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0041411363     PISSN: 00976156     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1021/bk-1999-0721.ch029     Document Type: Article

References (58)

1. Hunter, T. Cell, 1989, 58, 1013-1016.
2. Ramponi, G.; Manao, G.; Camici, G.; Cappugi, G.; Ruggiero, M.; Bottaro, D. P. FEBS letters, 1989, 250, 469-473.
3. Fischer, E. H.; Charbonneau, H.; Tonks, N. K. Science, 1991, 253, 401-406.
4. Ruggiero, M.; Pazzagli, C.; Rigacci, S.; Magnelli, L.; Raugei, G.; Berti, A.; Chiarugi, V. P.; Pierce, J. H.; Camici, G.; Ramponi, G. FEBS letters, 1993, 326, 294-298.
5. Mondesert, O.; Moreno, S.; Russel, P. J. Biol. Chem. 1994, 269, 27996-27999.
6. Barford, D.; Jia, Z.; Tonks, N. K. Nature Struct. Biol. 1995, 2, 1043-1053.
7. Stone, R. L; Dixon, J. E. J. Biol. Chem. 1994, 269, 31323-31326.
8. Stuckey, J. A.; Schubert, H.L.; Fauman, E. B.; Zhang, Z.-Y.; Dixon, J. E.; Saper, M. A. Nature, 1994, 370, 571-575.
9. Su, X.-D.; Taddei, N.; Stefani, M.; Ramponi, G.; Nordlund, P. Nature, 1994, 370, 575-578.
10. Logan, T. M.; Zhou, M. M.; Nettesheim, D. G.; Meadows, R. P.; Van Etten, R. L.; Fersik, S. W. Biochemistry, 1994, 33, 11087-11096.
11. Zhang, M.; Van Etten, R. L.; Stauffacher, C. V. Biochemistry, 1994, 33, 11097-11105.
12. Barford, D.; Flint, A. J.; Tonks, N. K. Science, 1994, 263, 1397-1404.
13. Jia, Z.; Barford, D.; Flint, A. J., Tonks, N. K. Science, 1995, 268, 1754-1758.
14. Yuvaniyama, J.; Denu, J. M.; Dixon, J. E.; Saper, M. A. Science, 1996, 272, 1328-1331.
15. Bilwes, A. M.; den Hertog, J; Hunter, T.; Noel, J. P. Nature, 1996, 382, 555-559.
16. Fauman, E. B.; Yuvaniyama, C.; Schubert, H. L.; Stuckey, J. A.; Saper, M. A. J. Biol. Chem. 1996, 271, 18780-18788.
17. Zhang, M.; Zhou, M.; Van Etten, R.L.; Stauffacher, C.V. Biochemistry, 1997, 36, 15-23.
18. Warshel, A. Computer Modeling of Chemical Reactions in Enzymes and Solutions; Wiley, New York, NY, 1991.
19. Warshel, A.; Sussman, F.; Hwang, J.-K. J. Mol. Biol. 1988, 201, 139.
20. Åqvist, J.; Warshel, A. Chem. Rev. 1993, 93, 2523-2544.
21. Zhang, Z.-Y.; Malachowski, W. P.; Van Etten, R. L.; Dixon, J. E. J. Biol. Chem. 1994, 269, 8140-8145.
22. Zhang, Z.-Y. J. Biol. Chem. 1995, 270, 11199-11204.
23. Denu, J. M.; Zhou, G.; Guo, Y.; Dixon, J. E. Biochemistry, 1995, 34, 3396-3403.
24. Evans, B.; Tishmack, P. A.; Pokalsky, C.; Zhang, M.; Van Etten, R. L. Biochemistry, 1996, 35, 13609-13617.
25. Rigacci, S.; Degl'Inocenti, D.; Bucciantini, M.; Cirri, P.; Berti, A.; Ramponi, G. J. Biol. Chem. 1996, 271, 1278-1281.
26. Tailor, P.; Gilman, J.; Williams, S.; Couture, C.; Mustelin, T. J. Biol. Chem. 1997, 272, 5371-5374.
27. Saini, M. S.; Buchwald, S. L.; Van Etten, R. L.; Knowles, J. R. J. Biol. Chem. 1981, 256, 10453-10455.
28. Chiarugi, P.; Marzocchini, R.; Raugei, G.; Pazzagli, C.; Berti, A.; Camici, G.; Manao, G.; Cappugi, G.; Ramponi, G. FEBS letters, 1992, 310, 9-12.
29. Cirri, P.; Chiarugi, P.; Camici, G.; Manao, G.; Raugei, G.; Cappugi, G.; Ramponi, G. Eur. J. Biochem. 1993, 214, 647-657.
30. Guan, K.-L.; Dixon, J. E. Proteins: Struct. Funct. Genet. 1991, 9, 99-107.
31. Zhang, Z.-Y.; Dixon, J. E. Advan. Enzymol. 1994, 68, 1-36.
32. Zhang, Z.-Y.; Wang, Y.; Dixon, J. E. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1994, 91, 1624-1627.
33. Davis, J. P.; Zhou, M.-M.; Van Etten, R. L. J. Biol. Chem. 1994, 269, 8734-8740.
34. Zhang, Z.; Harms, E.; Van Etten, R. L. J. Biol. Chem. 1994, 269, 25947-25950.
35. Taddei, N.; Chiarugi, P.; Cirri, P.; Fiaschi, T.; Stefani, M.; Camici, G.; Raugei, G.; Ramponi, G. FEBS letters, 1994, 350, 328-332.
36. Zhang, Z.-Y.; Davis, J. P.; Van Etten, R. L. Biochemistry, 1992, 31, 1701-1711.
37. Åqvist, J.; Fothergill, M. J. Biol. Chem. 1996, 277, 10010-10016.
38. Hansson, T.; Nordlund, P.; Åqvist, J. J. Mol. Biol. 1996, 265, 118-127.
39. Kirby, A. J.; Younas, M. J. Chem. Soc. 1970, 1165-1172.
40. Åkerfeldt, S. Acta Chem. Scand. 1963, 17, 319-328.
41. Bourne, N.; Williams, A. J. Org. Chem. 1984, 49, 1200-1204.
42. Guthrie, J. P. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 3991-4001.
43. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Science, 1992, 256, 213-217.
44. van Gunsteren, W. F.; Berendsen, H. J. C. Groningen Molecular Simulation (GROMOS) Library Manual, Biomos B. V., Nijenborgh 16, Groningen, The Netherlands, 1987.
45. Åqvist, J. Q, Version 2.1; Uppsala University, 1996.
46. King, G.; Warshel, A. J. Chem. Phys. 1989, 91,3647-3661.
47. Essex, J.W.; Jorgensen, W. L. J. Comput. Chem. 1995, 16, 951-972.
48. Lee, F. S.; Warshel, A. J. Chem. Phys. 1992, 97, 3100-3107.
49. Zhang, Z.-Y.; Van Etten, R. L. Biochemistry, 1991, 30, 8954-8959.
50. Zhang, Z.-Y.; Van Etten, R. L. J. Biol. Chem. 1991, 266, 1516-1525.
51. Åqvist, J.; Medina, C.; Samuelsson, J.-E. Protein Eng. 1994, 7, 385-391.
52. Marelius, J.; Graffner-Nordberg, M.; Hansson, T.; Hallberg, A.; Åqvist, J. J. Comput.-Aided Mol. Design, 1998, 12, 000-000.
53. Hengge, A. C.; Zhao, Y.; Wu, L.; Zhang, Z.-Y. Biochemistry, 1997, 36, 7928-7936.
54. Zhang, Z.-Y.; Van Etten, R. L. Arch. Biochem. Biophys. 1990, 282, 39-49.
55. Pope, M. T.; Dale, B. W. Q. Rev. Chem Soc. 1968, 22, 527-548.
56. Scheffzel, K.; Ahmadian, M. R.; Kabsch, W.; Weismüller, L.; Lautwein, A.; Schmitz, F.; Wittinghofer, A. Science, 1997, 277, 333-338.
57. Sondek, J.; Lambright, D. G.; Noel, J. P.; Hamm, H. E.; Sigler, P. B. Nature, 1994, 372, 276-279.
58. Langen, R.; Schweins, T.; Warshel, A. Biochemistry, 1992, 31, 8691-8696.