An integrative machine learning strategy for improved prediction of essential genes in Escherichia coli metabolism using flux-coupled features

Molecular BioSystems

Volumn 13, Issue 8, 2017, Pages 1584-1596

  Nandi, Sutanu ^a,b   Subramanian, Abhishek ^a,b   Sarkar, Ram Rup ^a,b  

^a NATIONAL CHEMICAL LABORATORY   (India)

^b ACADEMY OF SCIENTIFIC AND INNOVATIVE RESEARCH ACSIR   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 85026307146     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c7mb00234c     Document Type: Article

References (77)

1. T. Ding K. A. Case M. A. Omolo H. A. Reiland Z. P. Metz X. Diao D. J. Baumler PLoS One 2016 11 e0149423
2. M. Juhas L. Eberl G. M. Church Trends Biotechnol. 2012 30 601 607
3. O. Cohen M. Oberhardt K. Yizhak E. Ruppin PLoS One 2016 11 e0168444
4. M. Juhas L. Eberl J. I. Glass Trends Cell Biol. 2011 21 562 568
5. A. R. Joyce J. L. Reed A. White R. Edwards A. Osterman T. Baba H. Mori S. A. Lesely B. Ø. Palsson S. Agarwalla J. Bacteriol. 2006 188 8259 8271
6. T. Baba T. Ara M. Hasegawa Y. Takai Y. Okumura M. Baba K. A. Datsenko M. Tomita B. L. Wanner H. Mori Mol. Syst. Biol. 2006 2 2006.0008
7. A. Cruz C. M. Coburn S. M. Beverley Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1991 88 7170 7174
8. S. Gerdes M. D. Scholle J. W. Campbell G. Balázsi E. Ravasz M. D. Daugherty A. L. Somera N. C. Kyrpides I. Anderson M. S. Gelfand A. Bhattacharya V. Kapatral M. D'Souza M. V. Baev Y. Grechkin F. Mseeh M. Fonstein R. Overbeek A.-L. Barabási Z. N. Oltvai A. L. Osterman J. Bacteriol. 2003 185 5673 5684
9. W. S. Reznikoff and K. M. Winterberg, Microbial Gene Essentiality: Protocols and Bioinformatics, Springer, 2008, vol. 416, pp. 13-26
10. N. Agrawal P. V. N. Dasaradhi A. Mohmmed P. Malhotra R. K. Bhatnagar S. K. Mukherjee Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2003 67 657 685
11. A. M. Gustafson E. S. Snitkin S. C. J. Parker C. DeLisi S. Kasif BMC Genomics 2006 7 1
12. J. P. M. da Silva M. L. Acencio J. C. M. Mombach R. Vieira J. C. da Silva N. Lemke M. Sinigaglia Phys. A 2008 387 1049 1055
13. K. Plaimas J.-P. Mallm M. Oswald F. Svara V. Sourjik R. Eils R. König BMC Syst. Biol. 2008 2 67
14. Y.-C. Hwang C.-C. Lin J.-Y. Chang H. Mori H.-F. Juan H.-C. Huang Mol. Biosyst. 2009 5 1672 1678
15. K. Plaimas R. Eils R. König BMC Syst. Biol. 2010 4 1
16. J. Deng L. Deng S. Su M. Zhang X. Lin L. Wei A. A. Minai D. J. Hassett L. J. Lu Nucleic Acids Res. 2011 39 795 807
17. J. Cheng W. Wu Y. Zhang X. Li X. Jiang G. Wei S. Tao BMC Genomics 2013 14 910
18. L. K. Smith M. J. Gomez K. Y. Shatalin H. Lee A. A. Neyfakh Genome Biol. 2007 8 R87
19. S. Theodoridis, A. Pikrakis, K. Koutroumbas and D. Cavouras, Introduction to pattern recognition: a MATLAB approach, Academic Press, 2010
20. M. Maalouf T. B. Trafalis Comput. Stat. Data Anal. 2011 55 168 183
21. K. I. Sofeikov, I. Y. Tyukin, A. N. Gorban, E. M. Mirkes, D. V. Prokhorov and I. V. Romanenko, IJCNN, IEEE, 2014, ISBN: 978-1-4799-1484-5 3548-3555
22. P. N. Tan, M. Steinbach and V. Kumar, Classification: Alternative Techniques. Introduction to Data Mining, 2013
23. R. Akbani, S. Kwek and N. Japkowicz, European conference on machine learning, Springer, 2004, pp. 39-50
24. X. Zhang M. L. Acencio N. Lemke Front. Physiol. 2016 7 1 11
25. J. Wang W. Peng F.-X. Wu Proteomics: Clin. Appl. 2013 7 181 192
26. S. Mann Y. P. P. Chen Genomics 2010 95 7 15
27. X. Gong S. Fan A. Bilderbeck M. Li H. Pang S. Tao Mol. Genet. Genomics 2008 279 87 94
28. K. Raman N. Damaraju G. K. Joshi Syst. Biol. Synth. Biol. 2014 8 73 81
29. J. D. Orth I. Thiele B. Ø. Palsson Nat. Biotechnol. 2010 28 245 248
30. B. Papp R. A. Notebaart C. Pál Nat. Rev. Genet. 2011 12 591 602
31. A. P. Burgard E. V. Nikolaev C. H. Schilling C. D. Maranas Genome Res. 2004 14 301 312
32. A. Larhlimi L. David J. Selbig A. Bockmayr BMC Bioinf. 2012 13 57
33. K. Song T. Tong F. Wu Integr. Biol. 2014 6 460 469
34. J. D. Orth T. M. Conrad J. Na J. A. Lerman H. Nam A. M. Feist B. Ø. Palsson Mol. Syst. Biol. 2011 7 535
35. D. A. Benson M. Cavanaugh K. Clark I. Karsch-Mizrachi D. J. Lipman J. Ostell E. W. Sayers Nucleic Acids Res. 2013 41 D36 D42
36. M. Y. Galperin K. S. Makarova Y. I. Wolf E. V. Koonin Nucleic Acids Res. 2015 43 D1 D261 D269
37. I. Guyon A. Elisseeff J. Mach. Learn. Res. 2003 3 1157 1182
38. I. Guyon J. Weston S. Barnhill V. Vapnik Mach. Learn. 2002 46 389 422
39. Y. Yu L. Yang Z. Liu C. Zhu Mol. Biosyst. 2017 13 577 584
40. M. Hall E. Frank G. Holmes B. Pfahringer P. Reutemann I. H. Witten ACM SIGKDD Explor. Newsl. 2009 11 10 18
41. J. C. Platt Adv. Kernel Methods 1999 185 208
42. H. Luo Y. Lin F. Gao C.-T. Zhang R. Zhang Nucleic Acids Res. 2014 42 D574 D580
43. I. Thiele T. D. Vo N. D. Price B. Ø. Palsson J. Bacteriol. 2005 187 5818 5830
44. L. W. Ning H. Lin H. Ding J. Huang N. Rao F. B. Guo GMR, Genet. Mol. Res. 2014 13 4564 4572
45. A. L. Grazziotin N. M. Vidal T. M. Venancio FEBS J. 2015 282 3395 3411
46. M. S. Davis J. Solbiati J. E. Cronan J. Biol. Chem. 2000 275 28593 28598
47. N. Yamamoto K. Nakahigashi T. Nakamichi M. Yoshino Y. Takai Y. Touda A. Furubayashi S. Kinjyo H. Dose M. Hasegawa et al. Mol. Syst. Biol. 2009 5 335
48. P. T. Lee A. Y. Hsu H. T. Ha C. F. Clarke J. Bacteriol. 1997 179 1748 1754
49. M. C. Justino C. C. Almeida M. Teixeira L. M. Saraiva J. Biol. Chem. 2007 282 10352 10359
50. C. Y. Lai J. E. Cronan J. Biol. Chem. 2003 278 51494 51503
51. Y. Hase S. Yokoyama A. Muto H. Himeno RNA 2009 15 1766 1774
52. R. S. V. Selvamani M. Telaar K. Friehs E. Flaschel Microb. Cell Fact. 2014 13 58
53. S. Mann Y. P. P. Chen Genomics 2010 95 7 15
54. M. dos Reis L. Wernisch R. Savva Nucleic Acids Res. 2003 31 6976 6985
55. P. M. Sharp W. H. Li Nucleic Acids Res. 1987 15 1281 1295
56. A. Subramanian R. R. Sarkar Genomics 2015 106 232 241
57. F. Wright Gene 1990 87 23 29
58. P. M. Sharp E. Bailes R. J. Grocock J. F. Peden R. E. Sockett Nucleic Acids Res. 2005 33 1141 1153
59. P. Rice I. Longden A. Bleasby Trends Genet. 2000 16 276 277
60. O. Ish-Am D. M. Kristensen E. Ruppin PLoS One 2015 10 e0123785
61. I. K. Jordan I. B. Rogozin Y. I. Wolf E. V. Koonin Genome Res. 2002 12 962 968
62. E. coli Gene Expression Database (GenExpDB), https://genexpdb.ou.edu/
63. H. Yu P. M. Kim E. Sprecher V. Trifonov M. Gerstein PLoS Comput. Biol. 2007 3 e59
64. A. Subramanian and R. R. Sarkar, Proc. Int. Symp. Math. Comput. Biol. BIOMAT 2015, World Sci., 2015, ISBN: 978-981-3141-90-2, 1-20
65. G. del Rio D. Koschützki G. Coello BMC Syst. Biol. 2009 3 1
66. P. I. Wang E. M. Marcotte J. Proteomics 2010 73 2277 2289
67. S. Gerdes M. D. Scholle J. W. Campbell G. Balazsi E. Ravasz M. D. Daugherty A. L. Somera N. C. Kyrpides I. Anderson M. S. Gelfand et al. J. Bacteriol. 2003 185 5673 5684
68. E. Almaas J. Exp. Biol. 2007 210 1548 1558
69. A. N. Chang, Protein Networks and Pathway Analysis, Springer, 2009, vol. 563, pp. 141-156
70. M. Bastian S. Heymann M. Jacomy et al. Proc. Third Int. ICWSM Conf. 2009 8 361 362
71. K. S. Jeong J. Ahn A. B. Khodursky Genome Biol. 2004 5 1
72. P. Boccazzi A. Zanzotto N. Szita S. Bhattacharya K. F. Jensen A. J. Sinskey Appl. Microbiol. Biotechnol. 2005 68 518 532
73. J. A. Bernstein A. B. Khodursky P. H. Lin S. Lin-Chao S. N. Cohen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 9697 9702
74. D. P. Sangurdekar F. Srienc A. B. Khodursky Genome Biol. 2006 7 1
75. A. G. Franchini T. Egli Microbiology 2006 152 2111 2127
76. J. D. Partridge C. Scott Y. Tang R. K. Poole J. Green J. Biol. Chem. 2006 281 27806 27815
77. P. Baldi S. Brunak Y. Chauvin C. A. F. Andersen H. Nielsen Bioinformatics 2000 16 412 424