Visualization, Quantification, and Alignment of Spectral Drift in Population Scale Untargeted Metabolomics Data

Analytical Chemistry

Volumn 89, Issue 3, 2017, Pages 1399-1404

  Watrous, Jeramie D ^a   Henglin, Mir ^b   Claggett, Brian ^b   Lehmann, Kim A ^a   Larson, Martin G ^c,d   Cheng, Susan ^b,c   Jain, Mohit ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b HARVARD MEDICAL SCHOOL   (United States)

^c FRAMINGHAM HEART STUDY   (United States)

^d BOSTON UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALIGNMENT; DATA VISUALIZATION; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; PASSIVE FILTERS; VISUALIZATION;

HIER-ARCHICAL CLUSTERING; HUMAN PLASMA SAMPLES; LIQUID CHROMATOGRAPHY-MASS SPECTROMETRY; METABOLOMICS DATA; NONLINEAR SIGNALS; QUANTITATIVE ASSESSMENTS; RELIABILITY-BASED; STATISTICAL POWER;

POPULATION STATISTICS;

CLUSTER ANALYSIS; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; HUMAN; METABOLISM; METABOLOMICS; PLASMA; PROCEDURES; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; CLUSTER ANALYSIS; HUMANS; METABOLOMICS; PLASMA; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 85016462746     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.6b04337     Document Type: Article

References (37)

1. Johnson, C. H.; Ivanisevic, J.; Siuzdak, G. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2016, 17, 451-459 10.1038/nrm.2016.25
2. Nicholson, J. K.; Holmes, E.; Kinross, J. M.; Darzi, A. W.; Takats, Z.; Lindon, J. C. Nature 2012, 491, 384-392 10.1038/nature11708
3. Nagana Gowda, G. A.; Raftery, D. Curr. Metabolomics 2013, 1, 227-240 10.2174/2213235X113019990005
4. Cheng, S.; Larson, M. G.; McCabe, E. L.; Murabito, J. M.; Rhee, E. P.; Ho, J. E.; Jacques, P. F.; Ghorbani, A.; Magnusson, M.; Souza, A. L.; Deik, A. A.; Pierce, K. A.; Bullock, K.; O'Donnell, C. J.; Melander, O.; Clish, C. B.; Vasan, R. S.; Gerszten, R. E.; Wang, T. J. Nat. Commun. 2015, 6, 6791-6799 10.1038/ncomms7791
5. Wang, T. J.; Larson, M. G.; Vasan, R. S.; Cheng, S.; Rhee, E. P.; McCabe, E.; Lewis, G. D.; Fox, C. S.; Jacques, P. F.; Fernandez, C.; O'Donnell, C. J.; Carr, S. A.; Mootha, V. K.; Florez, J. C.; Souza, A.; Melander, O.; Clish, C. B.; Gerszten, R. E. Nat. Med. 2011, 17, 448-453 10.1038/nm.2307
6. Kaddurah-Daouk, R.; Kristal, B. S.; Weinshilboum, R. M. Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 2008, 48, 653-683 10.1146/annurev.pharmtox.48.113006.094715
7. Kaddurah-Daouk, R.; Weinshilboum, R. M. Clin. Pharmacol. Ther. 2014, 95, 154-167 10.1038/clpt.2013.217
8. Snowden, S.; Dahlen, S. E.; Wheelock, C. E. Bioanalysis 2012, 4, 2265-2290 10.4155/bio.12.218
9. Suhre, K.; Shin, S. Y.; Petersen, A. K.; Mohney, R. P.; Meredith, D.; Wagele, B.; Altmaier, E.; Deloukas, P.; Erdmann, J.; Grundberg, E.; Hammond, C. J.; de Angelis, M. H.; Kastenmuller, G.; Kottgen, A.; Kronenberg, F.; Mangino, M.; Meisinger, C.; Meitinger, T.; Mewes, H. W.; Milburn, M. V.; Prehn, C.; Raffler, J.; Ried, J. S.; Romisch-Margl, W.; Samani, N. J.; Small, K. S.; Wichmann, H. E.; Zhai, G.; Illig, T.; Spector, T. D.; Adamski, J.; Soranzo, N.; Gieger, C. Nature 2011, 477, 54-60 10.1038/nature10354
10. Shah, S. H.; Kraus, W. E.; Newgard, C. B. Circulation 2012, 126, 1110-1120 10.1161/CIRCULATIONAHA.111.060368
11. Beger, R. D.; Dunn, W.; Schmidt, M. A.; Gross, S. S.; Kirwan, J. A.; Cascante, M.; Brennan, L.; Wishart, D. S.; Oresic, M.; Hankemeier, T.; Broadhurst, D. I.; Lane, A. N.; Suhre, K.; Kastenmüller, G.; Sumner, S. J.; Thiele, I.; Fiehn, O.; Kaddurah-Daouk, R. Metabolomics 2016, 12, 149 10.1007/s11306-016-1094-6
12. Alonso, A.; Marsal, S.; Julià, A. Front. Bioeng. Biotechnol. 2015, 3, 23 10.3389/fbioe.2015.00023
13. Zamboni, N.; Saghatelian, A.; Patti, G. J. Mol. Cell 2015, 58, 699-706 10.1016/j.molcel.2015.04.021
14. Patti, G. J.; Yanes, O.; Siuzdak, G. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2012, 13, 263-269 10.1038/nrm3314
15. Johnson, C. H.; Ivanisevic, J.; Benton, H. P.; Siuzdak, G. Anal. Chem. 2015, 87, 147-156 10.1021/ac5040693
16. Fernandez-Albert, F.; Llorach, R.; Garcia-Aloy, M.; Ziyatdinov, A.; Andres-Lacueva, C.; Perera, A. Bioinformatics 2014, 30, 2899-2905 10.1093/bioinformatics/btu423
17. Wang, S. Y.; Kuo, C. H.; Tseng, Y. J. Anal. Chem. 2013, 85, 1037-1046 10.1021/ac302877x
18. Gika, H. G.; Theodoridis, G. A.; Wingate, J. E.; Wilson, I. D. J. Proteome Res. 2007, 6, 3291-3303 10.1021/pr070183p
19. Podwojski, K.; Fritsch, A.; Chamrad, D. C.; Paul, W.; Sitek, B.; Stuhler, K.; Mutzel, P.; Stephan, C.; Meyer, H. E.; Urfer, W.; Ickstadt, K.; Rahnenfuhrer, J. Bioinformatics 2009, 25, 758-764 10.1093/bioinformatics/btp052
20. Fang, M.; Ivanisevic, J.; Benton, H. P.; Johnson, C. H.; Patti, G. J.; Hoang, L. T.; Uritboonthai, W.; Kurczy, M. E.; Siuzdak, G. Anal. Chem. 2015, 87, 10935-10941 10.1021/acs.analchem.5b03003
21. Gika, H. G.; Theodoridis, G. A.; Earll, M.; Snyder, R. W.; Sumner, S. J.; Wilson, I. D. Anal. Chem. 2010, 82, 8226-8234 10.1021/ac1016612
22. Kirchner, M.; Saussen, B.; Steen, H.; Steen, J. A. J.; Hamprecht, F. A. J. Stat Soft 2007, 18, 1 10.18637/jss.v018.i04
23. Lange, E.; Tautenhahn, R.; Neumann, S.; Gröpl, C. BMC Bioinf. 2008, 9, 375 10.1186/1471-2105-9-375
24. Nordström, A.; O'Maille, G.; Qin, C.; Siuzdak, G. Anal. Chem. 2006, 78, 3289-3295 10.1021/ac060245f
25. Smith, C. A.; Want, E. J.; O'Maille, G.; Abagyan, R.; Siuzdak, G. Anal. Chem. 2006, 78, 779-787 10.1021/ac051437y
26. Ejigu, B. A.; Valkenborg, D.; Baggerman, G.; Vanaerschot, M.; Witters, E.; Dujardin, J.-C.; Burzykowski, T.; Berg, M. OMICS 2013, 17, 473-485 10.1089/omi.2013.0010
27. Karpievitch, Y. V.; Nikolic, S. B.; Wilson, R.; Sharman, J. E.; Edwards, L. M. PLoS One 2014, 9, e116221 10.1371/journal.pone.0116221
28. Veselkov, K. A.; Vingara, L. K.; Masson, P.; Robinette, S. L.; Want, E.; Li, J. V.; Barton, R. H.; Boursier-Neyret, C.; Walther, B.; Ebbels, T. M.; Pelczer, I. n.; Holmes, E.; Lindon, J. C.; Nicholson, J. K. Anal. Chem. 2011, 83, 5864-5872 10.1021/ac201065j
29. Sysi-Aho, M.; Katajamaa, M.; Yetukuri, L.; Orešič, M. BMC Bioinf. 2007, 8, 93 10.1186/1471-2105-8-93
30. Kuligowski, J.; Pérez-Guaita, D.; Lliso, I.; Escobar, J.; León, Z.; Gombau, L.; Solberg, R.; Saugstad, O. D.; Vento, M.; Quintás, G. Talanta 2014, 130, 442-448 10.1016/j.talanta.2014.07.031
31. Kuligowski, J.; Sánchez-Illana, á.; Sanjuán-Herráez, D.; Vento, M.; Quintás, G. Analyst 2015, 140, 7810-7817 10.1039/C5AN01638J
32. Wehrens, R.; Hageman, J. A.; van Eeuwijk, F.; Kooke, R.; Flood, P. J.; Wijnker, E.; Keurentjes, J. J. B.; Lommen, A.; van Eekelen, H. D. L. M.; Hall, R. D.; Mumm, R.; de Vos, R. C. H. Metabolomics 2016, 12, 88 10.1007/s11306-016-1015-8
33. Fang, Z.-Z.; Gonzalez, F. J. Arch. Toxicol. 2014, 88, 1491-1502 10.1007/s00204-014-1234-6
34. Pluskal, T.; Castillo, S.; Villar-Briones, A.; Oresic, M. BMC Bioinf. 2010, 11, 395 10.1186/1471-2105-11-395
35. Sturm, M.; Bertsch, A.; Gröpl, C.; Hildebrandt, A.; Hussong, R.; Lange, E.; Pfeifer, N.; Schulz-Trieglaff, O.; Zerck, A.; Reinert, K.; Kohlbacher, O. BMC Bioinf. 2008, 9, 163 10.1186/1471-2105-9-163
36. Liang, Y.-J.; Lin, Y.-T.; Chen, C.-W.; Lin, C.-W.; Chao, K.-M.; Pan, W.-H.; Yang, H.-C. Anal. Chem. 2016, 88, 6334-6341 10.1021/acs.analchem.6b00603
37. Zhou, B.; Xiao, J. F.; Tuli, L.; Ressom, H. W. Mol. BioSyst. 2012, 8, 470-481 10.1039/C1MB05350G