Identification of a lncRNA involved functional module for esophageal cancer subtypes

Molecular BioSystems

Volumn 12, Issue 11, 2016, Pages 3312-3323

  Li, Shang ^a   Xu, Yanjun ^a   Sun, Zeguo ^a   Feng, Li ^a   Shang, Desi ^a   Zhang, Chunlong ^a   Shi, Xinrui ^a   Han, Junwei ^a   Su, Fei ^a   Yang, Haixiu ^a   Zhao, Jianmei ^a   Song, Chao ^a   Zhang, Yunpeng ^a   Li, Chunquan ^a   Li, Xia ^a  

^a HARBIN MEDICAL UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

LONG UNTRANSLATED RNA; TRANSCRIPTOME; TUMOR MARKER;

ALGORITHM; BIOLOGY; DATA MINING; ESOPHAGUS TUMOR; GENE EXPRESSION PROFILING; GENE EXPRESSION REGULATION; GENE REGULATORY NETWORK; GENETIC ASSOCIATION STUDY; GENETICS; HUMAN; MOLECULAR GENETICS; OPEN READING FRAME; PATHOLOGY; PROCEDURES;

ALGORITHMS; BIOMARKERS, TUMOR; COMPUTATIONAL BIOLOGY; DATA MINING; ESOPHAGEAL NEOPLASMS; GENE EXPRESSION PROFILING; GENE EXPRESSION REGULATION, NEOPLASTIC; GENE REGULATORY NETWORKS; GENETIC ASSOCIATION STUDIES; HUMANS; MOLECULAR SEQUENCE ANNOTATION; OPEN READING FRAMES; RNA, LONG NONCODING; TRANSCRIPTOME;

EID: 84992144559     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c6mb00101g     Document Type: Article

References (63)

1. A. Jemal F. Bray M. M. Center J. Ferlay E. Ward D. Forman Ca-Cancer J. Clin. 2011 61 69 90
2. I. Ezkurdia D. Juan J. M. Rodriguez A. Frankish M. Diekhans J. Harrow J. Vazquez A. Valencia M. L. Tress Hum. Mol. Genet. 2014 23 5866 5878
3. T. Derrien R. Johnson G. Bussotti A. Tanzer S. Djebali H. Tilgner G. Guernec D. Martin A. Merkel D. G. Knowles J. Lagarde L. Veeravalli X. Ruan Y. Ruan T. Lassmann P. Carninci J. B. Brown L. Lipovich J. M. Gonzalez M. Thomas C. A. Davis R. Shiekhattar T. R. Gingeras T. J. Hubbard C. Notredame J. Harrow R. Guigo Genome Res. 2012 22 1775 1789
4. J. S. Mattick J. L. Rinn Nat. Struct. Mol. Biol. 2015 22 5 7
5. J. R. Prensner A. M. Chinnaiyan Cancer Discovery 2011 1 391 407
6. G. Y. Wang Y. Y. Zhu Y. Q. Zhang Bull. Cancer 2014 101 E27 E31
7. W. Zang T. Wang J. Huang M. Li Y. Wang Y. Du X. Chen G. Zhao Cancer Gene Ther. 2015 22 138 144
8. Y. Xu J. Wang M. Qiu L. Xu M. Li F. Jiang R. Yin L. Xu Tumour Biol. 2015 36 1643 1651
9. X. B. Lv G. Y. Lian H. R. Wang E. Song H. Yao M. H. Wang PLoS One 2013 8 e63516
10. Y. S. Tong X. W. Wang X. L. Zhou Z. H. Liu T. X. Yang W. H. Shi H. W. Xie J. Lv Q. Q. Wu X. F. Cao Mol. Cancer 2015 14 3
11. K. Hibi H. Nakamura A. Hirai Y. Fujikake Y. Kasai S. Akiyama K. Ito H. Takagi Cancer Res. 1996 56 480 482
12. J. Y. Li X. Ma C. B. Zhang Int. J. Clin. Exp. Pathol. 2014 7 7938 7944
13. X. Yan Z. Hu Y. Feng X. Hu J. Yuan S. D. Zhao Y. Zhang L. Yang W. Shan Q. He L. Fan L. E. Kandalaft J. L. Tanyi C. Li C. X. Yuan D. Zhang H. Yuan K. Hua Y. Lu D. Katsaros Q. Huang K. Montone Y. Fan G. Coukos J. Boyd A. K. Sood T. Rebbeck G. B. Mills C. V. Dang L. Zhang Cancer Cell 2015 28 529 540
14. Q. Liao C. Liu X. Yuan S. Kang R. Miao H. Xiao G. Zhao H. Luo D. Bu H. Zhao G. Skogerbo Z. Wu Y. Zhao Nucleic Acids Res. 2011 39 3864 3878
15. N. Agrawal Y. Jiao C. Bettegowda S. M. Hutfless Y. Wang S. David Y. Cheng W. S. Twaddell N. L. Latt E. J. Shin L. D. Wang L. Wang W. Yang V. E. Velculescu B. Vogelstein N. Papadopoulos K. W. Kinzler S. J. Meltzer Cancer Discovery 2012 2 899 905
16. L. A. Field B. Love B. Deyarmin J. A. Hooke C. D. Shriver R. E. Ellsworth Cancer 2012 118 1334 1344
17. L. W. M. Loo M. Tiirikainen I. Cheng A. Lum-Jones A. Seifried J. M. Church R. Gryfe D. J. Weisenberger N. M. Lindor S. Gallinger R. W. Haile D. J. Duggan S. N. Thibodeau G. Casey L. Le Marchand Genes, Chromosomes Cancer 2013 52 450 466
18. H. He Z. Han Q. Dai X. Ling X. Fu Z. Lin Y. Deng G. Qin C. Cai J. Chen F. Jiang X. Liu W. Zhong BMC Genomics 2013 14 757
19. Y. Lu M. You Z. Ghazoui P. Liu P. T. Vedell W. Wen A. M. Bode C. J. Grubbs R. A. Lubet Cancer Prev. Res. 2013 6 1151 1161
20. G. Bindea B. Mlecnik H. Hackl P. Charoentong M. Tosolini A. Kirilovsky W. H. Fridman F. Pages Z. Trajanoski J. Galon Bioinformatics 2009 25 1091 1093
21. C. Li X. Li Y. Miao Q. Wang W. Jiang C. Xu J. Li J. Han F. Zhang B. Gong L. Xu Nucleic Acids Res. 2009 37 e131
22. A. Pauli J. L. Rinn A. F. Schier Nat. Rev. Genet. 2011 12 136 149
23. P. K. Hsu H. L. Kao H. Y. Chen C. C. Yen Y. C. Wu W. H. Hsu T. Y. Chou J. Thorac. Cardiovasc. Surg. 2014 147 1612 1618 e1614.
24. A. Chopra, Molecular Imaging and Contrast Agent Database (MICAD), National Center for Biotechnology Information (US), Bethesda, MD, 2004
25. M. Takai Y. Terai H. Kawaguchi K. Ashihara S. Fujiwara T. Tanaka S. Tsunetoh Y. Tanaka H. Sasaki M. Kanemura A. Tanabe M. Ohmichi J. Ovarian Res. 2014 7 76
26. H. Lu K. R. Clauser W. L. Tam J. Frose X. Ye E. N. Eaton F. Reinhardt V. S. Donnenberg R. Bhargava S. A. Carr R. A. Weinberg Nat. Cell Biol. 2014 16 1105 1117
27. S. Deng S. Zhu B. Wang X. Li Y. Liu Q. Qin Q. Gong Y. Niu C. Xiang J. Chen J. Yan S. Deng T. Yin M. Yang H. Wu C. Wang G. Zhao Cancer Lett. 2014 355 184 191
28. Y. Liao X. He H. Qiu Q. Che F. Wang W. Lu Z. Chen M. Qiu J. Wang H. Wang X. Wan BMC Cancer 2014 14 487
29. S. L. Chan Y. Cui A. van Hasselt H. Li G. Srivastava H. Jin K. M. Ng Y. Wang K. Y. Lee G. S. Tsao S. Zhong K. D. Robertson S. Y. Rha A. T. Chan Q. Tao Lab. Invest. 2007 87 644 650
30. Y. Song L. Li Y. Ou Z. Gao E. Li X. Li W. Zhang J. Wang L. Xu Y. Zhou X. Ma L. Liu Z. Zhao X. Huang J. Fan L. Dong G. Chen L. Ma J. Yang L. Chen M. He M. Li X. Zhuang K. Huang K. Qiu G. Yin G. Guo Q. Feng P. Chen Z. Wu J. Wu L. Ma J. Zhao L. Luo M. Fu B. Xu B. Chen Y. Li T. Tong M. Wang Z. Liu D. Lin X. Zhang H. Yang J. Wang Q. Zhan Nature 2014 509 91 95
31. C. Ge S. Wu W. Wang Z. Liu J. Zhang Z. Wang R. Li Z. Zhang Z. Li S. Dong Y. Wang Y. Xue J. Yang Q. Tan Z. Wang X. Song Oncotarget 2015 6 10964 10977
32. W. Wang L. Xue H. Liu P. Wang P. Xu Y. Cai Cancer Invest. 2010 28 230 241
33. J. Li Z. Chen L. Tian C. Zhou M. Y. He Y. Gao S. Wang F. Zhou S. Shi X. Feng N. Sun Z. Liu G. Skogerboe J. Dong R. Yao Y. Zhao J. Sun B. Zhang Y. Yu X. Shi M. Luo K. Shao N. Li B. Qiu F. Tan R. Chen J. He Gut 2014 63 1700 1710
34. J. Xu Y. Chen R. Zhang Y. Song J. Cao N. Bi J. Wang J. He J. Bai L. Dong L. Wang Q. Zhan Z. Abliz Mol. Cell. Proteomics 2013 12 1306 1318
35. Y. Wang H. Wu Q. Liu C. Wang L. Fu H. Wang W. Zhu W. Fu Y. Lv S. Wang L. Hu PLoS One 2013 8 e67664
36. S. L. Anne E. E. Govek O. Ayrault J. H. Kim X. Zhu D. A. Murphy L. Van Aelst M. F. Roussel M. E. Hatten PLoS One 2013 8 e81769
37. L. Bi X. Liu C. Wang Y. Cao R. Mao P. Li M. Geng Int. J. Clin. Exp. Pathol. 2014 7 987 995
38. K. D. Somers M. M. Murphey Cancer Res. 1982 42 2575 2578
39. A. Romanenko L. Morell-Quadreny J. A. Lopez-Guerrero A. Pellin V. Nepomnyaschy A. Vozianov A. Llombart-Bosch Virchows Arch. 2004 445 298 304
40. A. Vilmar E. Santoni-Rugiu J. G. Cillas M. Huarriz J. B. Sorensen Anticancer Res. 2014 34 2991 2996
41. E. H. Lin H. J. Lenz M. N. Saleh M. J. Mackenzie J. A. Knost K. Pathiraja R. B. Langdon S. L. Yao B. D. Lu Cancer Med. 2014 3 988 997
42. X. H. Bao M. Takaoka H. F. Hao Z. G. Wang T. Fukazawa T. Yamatsuji K. Sakurama D. S. Sun T. Nagasaka T. Fujiwara Y. Naomoto Anticancer Res. 2012 32 2827 2834
43. J. G. Izzo R. Luthra T. T. Wu A. M. Correa M. Luthra S. Anandasabapathy K. S. Chao M. C. Hung B. Aggarwal W. N. Hittelman J. A. Ajani Semin. Oncol. 2007 34 S2 S6
44. J. P. Hamilton F. Sato Z. Jin B. D. Greenwald T. Ito Y. Mori B. C. Paun T. Kan Y. Cheng S. Wang J. Yang J. M. Abraham S. J. Meltzer Clin. Cancer Res. 2006 12 6637 6642
45. C. Morgan W. Alazawi P. Sirieix T. Freeman N. Coleman R. Fitzgerald Am. J. Gastroenterol. 2004 99 218 224
46. Z. Wang B. Hao Y. Yang R. Wang Y. Li Q. Wu Arch. Med. Sci. 2014 10 863 869
47. N. Said I. Najwer K. Motamed Am. J. Pathol. 2007 170 1054 1063
48. J. Shen P. E. DiCorleto Circ. Res. 2008 102 448 456
49. K. Iwanaga T. Murata M. Hori H. Ozaki Eur. J. Pharmacol. 2013 702 158 164
50. J. Kong M. A. Crissey D. B. Stairs A. R. Sepulveda J. P. Lynch Neoplasia 2011 13 792 805
51. X. Chen S. Wang N. Wu S. Sood P. Wang Z. Jin D. G. Beer T. J. Giordano Y. Lin W. C. Shih R. A. Lubet C. S. Yang Clin. Cancer Res. 2004 10 6703 6709
52. W. S. Wang H. J. Zhong D. W. Xiao X. Huang L. D. Liao Z. F. Xie X. E. Xu Z. Y. Shen L. Y. Xu E. M. Li Dis Esophagus 2010 23 512 521
53. C. D. Fichter V. Gudernatsch C. M. Przypadlo M. Follo G. Schmidt M. Werner S. Lassmann J. Mol. Med. 2014 10 1209 1223
54. I. Chattopadhyay R. Phukan A. Singh M. Vasudevan J. Purkayastha S. Hewitt A. Kataki J. Mahanta S. Kapur S. Saxena Oncol. Rep. 2009 21 1135 1146
55. Y. Zheng Y. Zhang X. Huang L. Chen Hepatogastroenterology 2011 58 2007 2011
56. C. Long B. Yin Q. Lu X. Zhou J. Hu Y. Yang F. Yu Y. Yuan Cancer Invest. 2007 25 685 690
57. Q. Ling W. Shi C. Huang J. Zheng Q. Cheng K. Yu S. Chen H. Zhang N. Li M. Chen Am. J. Cancer Res. 2014 4 508 517
58. F. Yang L. Zhang X. S. Huo J. H. Yuan D. Xu S. X. Yuan N. Zhu W. P. Zhou G. S. Yang Y. Z. Wang J. L. Shang C. F. Gao F. R. Zhang F. Wang S. H. Sun Hepatology 2011 54 1679 1689
59. R. A. Gupta N. Shah K. C. Wang J. Kim H. M. Horlings D. J. Wong M. C. Tsai T. Hung P. Argani J. L. Rinn Y. Wang P. Brzoska B. Kong R. Li R. B. West M. J. van de Vijver S. Sukumar H. Y. Chang Nature 2010 464 1071 1076
60. R. Kogo T. Shimamura K. Mimori K. Kawahara S. Imoto T. Sudo F. Tanaka K. Shibata A. Suzuki S. Komune S. Miyano M. Mori Cancer Res. 2011 71 6320 6326
61. S. Swami S. Kumble G. Triadafilopoulos Am. J. Gastroenterol. 1995 90 1808 1813
62. X. Huang D. W. Xiao L. Y. Xu H. J. Zhong L. D. Liao Z. F. Xie E. M. Li Oncol. Rep. 2009 21 1123 1129
63. Z. Du T. Fei R. G. Verhaak Z. Su Y. Zhang M. Brown Y. Chen X. S. Liu Nat. Struct. Mol. Biol. 2013 20 908 913