MetDIA: Targeted Metabolite Extraction of Multiplexed MS/MS Spectra Generated by Data-Independent Acquisition

Analytical Chemistry

Volumn 88, Issue 17, 2016, Pages 8757-8764

  Li, Hao ^a   Cai, Yuping ^a   Guo, Yuan ^a   Chen, Fangfang ^a   Zhu, Zheng Jiang ^a  

^a SHANGHAI INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHROMATOGRAPHIC ANALYSIS; DATA HANDLING; EXTRACTION; INFORMATION ANALYSIS; IONS; MASS SPECTROMETRY; METABOLITES; MULTIPLEXING;

BIOLOGICAL EXTRACTS; BIOLOGICAL SAMPLES; DATA DIMENSIONALITY; DATA PROCESSING METHODS; FALSE POSITIVE RATES; METABOLITE EXTRACTION; METABOLITE IDENTIFICATION; SPECTRAL LIBRARIES;

BIOMOLECULES;

EID: 84985905031     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.6b02122     Document Type: Article

References (31)

1. Cajka, T.; Fiehn, O. Anal. Chem. 2016, 88, 524-545 10.1021/acs.analchem.5b04491
2. Li, L.; Li, R.; Zhou, J.; Zuniga, A.; Stanislaus, A. E.; Wu, Y.; Huan, T.; Zheng, J.; Shi, Y.; Wishart, D. S.; Lin, G. Anal. Chem. 2013, 85, 3401-3408 10.1021/ac400099b
3. Peng, J.; Chen, Y. T.; Chen, C. L.; Li, L. Anal. Chem. 2014, 86, 6540-6547 10.1021/ac5011684
4. Tsugawa, H.; Arita, M.; Kanazawa, M.; Ogiwara, A.; Bamba, T.; Fukusaki, E. Anal. Chem. 2013, 85, 5191-5199 10.1021/ac400515s
5. Patti, G. J.; Yanes, O.; Siuzdak, G. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2012, 13, 263-269 10.1038/nrm3314
6. Smith, C. A.; O'Maille, G.; Want, E. J.; Qin, C.; Trauger, S. A.; Brandon, T. R.; Custodio, D. E.; Abagyan, R.; Siuzdak, G. Ther. Drug Monit. 2005, 27, 747-751 10.1097/01.ftd.0000179845.53213.39
7. Horai, H.; Arita, M.; Kanaya, S.; Nihei, Y.; Ikeda, T.; Suwa, K.; Ojima, Y.; Tanaka, K.; Tanaka, S.; Aoshima, K.; Oda, Y.; Kakazu, Y.; Kusano, M.; Tohge, T.; Matsuda, F.; Sawada, Y.; Hirai, M. Y.; Nakanishi, H.; Ikeda, K.; Akimoto, N.; Maoka, T.; Takahashi, H.; Ara, T.; Sakurai, N.; Suzuki, H.; Shibata, D.; Neumann, S.; Iida, T.; Tanaka, K.; Funatsu, K.; Matsuura, F.; Soga, T.; Taguchi, R.; Saito, K.; Nishioka, T. J. Mass Spectrom. 2010, 45, 703-714 10.1002/jms.1777
8. Wishart, D. S.; Tzur, D.; Knox, C.; Eisner, R.; Guo, A. C.; Young, N.; Cheng, D.; Jewell, K.; Arndt, D.; Sawhney, S.; Fung, C.; Nikolai, L.; Lewis, M.; Coutouly, M. A.; Forsythe, I.; Tang, P.; Shrivastava, S.; Jeroncic, K.; Stothard, P.; Amegbey, G.; Block, D.; Hau, D. D.; Wagner, J.; Miniaci, J.; Clements, M.; Gebremedhin, M.; Guo, N.; Zhang, Y.; Duggan, G. E.; Macinnis, G. D.; Weljie, A. M.; Dowlatabadi, R.; Bamforth, F.; Clive, D.; Greiner, R.; Li, L.; Marrie, T.; Sykes, B. D.; Vogel, H. J.; Querengesser, L. Nucleic Acids Res. 2007, 35, D521-526 10.1093/nar/gkl923
9. Zhu, X.; Chen, Y.; Subramanian, R. Anal. Chem. 2014, 86, 1202-1209 10.1021/ac403385y
10. Roemmelt, A. T.; Steuer, A. E.; Poetzsch, M.; Kraemer, T. Anal. Chem. 2014, 86, 11742-11749 10.1021/ac503144p
11. Neumann, S.; Bocker, S. Anal. Bioanal. Chem. 2010, 398, 2779-2788 10.1007/s00216-010-4142-5
12. Silva, J. C.; Gorenstein, M. V.; Li, G. Z.; Vissers, J. P.; Geromanos, S. J. Mol. Cell. Proteomics 2005, 5, 144-156 10.1074/mcp.M500230-MCP200
13. Panchaud, A.; Scherl, A.; Shaffer, S. A.; Haller, P. D.; Kulasekara, H. D.; Miller, S. I.; Goodlett, D. R. Anal. Chem. 2009, 81, 6481-6488 10.1021/ac900888s
14. Gillet, L. C.; Navarro, P.; Tate, S.; Rost, H.; Selevsek, N.; Reiter, L.; Bonner, R.; Aebersold, R. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, O111.016717-O111.016717 10.1074/mcp.O111.016717
15. Wang, J.; Tucholska, M.; Knight, J. D. R.; Lambert, J.-P.; Tate, S.; Larsen, B.; Gingras, A.-C.; Bandeira, N. Nat. Methods 2015, 12, 1106-1108 10.1038/nmeth.3655
16. Li, Y.; Zhong, C.-Q.; Xu, X.; Cai, S.; Wu, X.; Zhang, Y.; Chen, J.; Shi, J.; Lin, S.; Han, J. Nat. Methods 2015, 12, 1105-1106 10.1038/nmeth.3593
17. Tsou, C. C.; Avtonomov, D.; Larsen, B.; Tucholska, M.; Choi, H.; Gingras, A. C.; Nesvizhskii, A. I. Nat. Methods 2015, 12, 258-264 10.1038/nmeth.3255
18. Tsugawa, H.; Cajka, T.; Kind, T.; Ma, Y.; Higgins, B.; Ikeda, K.; Kanazawa, M.; VanderGheynst, J.; Fiehn, O.; Arita, M. Nat. Methods 2015, 12, 523-526 10.1038/nmeth.3393
19. Venable, J. D.; Dong, M. Q.; Wohlschlegel, J.; Dillin, A.; Yates, J. R. Nat. Methods 2004, 1, 39-45 10.1038/nmeth705
20. Rost, H. L.; Rosenberger, G.; Navarro, P.; Gillet, L.; Miladinovic, S. M.; Schubert, O. T.; Wolski, W.; Collins, B. C.; Malmstrom, J.; Malmstrom, L.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2014, 32, 219-223 10.1038/nbt.2841
21. Egertson, J. D.; MacLean, B.; Johnson, R.; Xuan, Y.; MacCoss, M. J. Nat. Protoc. 2015, 10, 887-903 10.1038/nprot.2015.055
22. Cai, Y.; Weng, K.; Guo, Y.; Peng, J.; Zhu, Z.-J. Metabolomics 2015, 11, 1575-1586 10.1007/s11306-015-0809-4
23. Tautenhahn, R.; Bottcher, C.; Neumann, S. BMC Bioinf. 2008, 9, 504 10.1186/1471-2105-9-504
24. John, T. P.; Edward, M. M. Anal. Chem. 2006, 78, 6140-6152 10.1021/ac0605344
25. Yang, X.; Neta, P.; Stein, S. E. Anal. Chem. 2014, 86, 6393-6400 10.1021/ac500711m
26. Stein, S. E.; Scott, D. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 859-866 10.1016/1044-0305(94)87009-8
27. Smith, C. A.; Want, E. J.; O'Maille, G.; Abagyan, R.; Siuzdak, G. Anal. Chem. 2006, 78, 779-787 10.1021/ac051437y
28. Benton, H. P.; Wong, D. M.; Trauger, S. A.; Siuzdak, G. Anal. Chem. 2008, 80, 6382-6389 10.1021/ac800795f
29. Stein, S. Anal. Chem. 2012, 84, 7274-7282 10.1021/ac301205z
30. Xia, J.; Psychogios, N.; Young, N.; Wishart, D. S. Nucleic Acids Res. 2009, 37, W652-660 10.1093/nar/gkp356
31. Tourneur, L.; Chiocchia, G. Trends Immunol. 2010, 31, 260-269 10.1016/j.it.2010.05.005