Low carbon fuels and commodity chemicals from waste gases-systematic approach to understand energy metabolism in a model acetogen

Green Chemistry

Volumn 18, Issue 10, 2016, Pages 3020-3028

  Marcellin, Esteban ^a   Behrendorff, James B ^b   Nagaraju, Shilpa ^b   Detissera, Sashini ^b   Segovia, Simon ^b   Palfreyman, Robin W ^a   Daniell, James ^b,c   Licona Cassani, Cuauhtemoc ^a   Quek, Lake Ee ^a   Speight, Robert ^a,d   Hodson, Mark P ^a   Simpson, Sean D ^b   Mitchell, Wayne P ^b   Köpke, Michael ^b   Nielsen, Lars K ^a  

^a UNIVERSITY OF QUEENSLAND   (Australia)

^b LanzaTech Limited   (United States)

^c UNIVERSITY OF AUCKLAND   (New Zealand)

^d QUEENSLAND UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Australia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84970028225     PISSN: 14639262     EISSN: 14639270     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5gc02708j     Document Type: Article

References (62)

1. M. Kircher Ind. Biotechnol. 2014 10 11 18
2. M. Kircher Curr. Opin. Chem. Biol. 2015 29 26 31
3. P. Friedlingstein R. M. Andrew J. Rogelj G. P. Peters J. G. Canadell R. Knutti G. Luderer M. R. Raupach M. Schaeffer D. P. van Vuuren C. Le Quéré Nat. Geosci. 2014 7 709 715
4. M. Köpke C. Mihalcea J. C. Bromley S. D. Simpson Curr. Opin. Biotechnol. 2011 22 320 325
5. H. Latif A. a. Zeidan A. T. Nielsen K. Zengler Curr. Opin. Biotechnol. 2014 27 79 87
6. M. J. Russell W. Martin Trends Biochem. Sci. 2004 29 358 363
7. H. G. Wood FASEB J. 1991 10 156 163
8. H. L. Drake, K. Küsel and C. Matthies, in The Prokaryotes, ed., M. Dworkin, S. Falkow, E. Rosenberg, K.-H. Schleifer, and, E. Stackebrandt, Springer, New York, NY, 3rd edn, 2006, pp. 354-420
9. J. Daniell M. Köpke S. Simpson Energies 2012 5 5372 5417
10. D. W. Griffin M. A. Schultz Environ. Prog. Sustainable Energy 2012 31 219 224
11. J. L. Vega K. T. Klasson D. E. Kimmel E. C. Clausen J. L. Gaddy Appl. Biochem. Biotechnol. 1990 24-25 329 340
12. J. Abrini H. Naveau E.-J. Nyns Arch. Microbiol. 1994 161 345 351
13. M. Köpke C. Mihalcea F. Liew J. H. Tizard M. S. Ali J. J. Conolly B. Al-Sinawi S. D. Simpson Appl. Environ. Microbiol. 2011 77 5467 5475
14. M. Köpke M. L. Gerth D. J. Maddock A. P. Mueller F. Liew S. D. Simpson W. M. Patrick Appl. Environ. Microbiol. 2014 80 3394 3403
15. M. Köpke A. Havill Catal. Rev. 2014 27 7 12
16. H. N. Abubackar M. C. Veiga C. Kennes Int. J. Environ. Res. Public Health 2015 12 1029 1043
17. B. P. Tracy S. W. Jones A. G. Fast D. C. Indurthi E. T. Papoutsakis Curr. Opin. Biotechnol. 2012 23 364 381
18. K. Schuchmann V. Müller Nat. Rev. Microbiol. 2014 12 809 821
19. S. Wang H. Huang J. Kahnt A. P. Mueller M. Köpke R. K. Thauer J. Bacteriol. 2013 195 4373 4386
20. J. Mock Y. Zheng A. P. Mueller S. Ly L. Tran S. Segovia S. Nagaraju M. Köpke P. Dürre R. K. Thauer J. Bacteriol. 2015 197 2965 2980
21. J. Mock S. Wang H. Huang J. Kahnt R. K. Thauer J. Bacteriol. 2014 196 3303 3314
22. J. Bertsch V. Müller Biotechnol. Bioeng. 2015 1 12
23. W. Buckel R. K. Thauer Biochim. Biophys. Acta 2013 1827 94 113
24. P. Tremblay T. Zhang S. A. Dar C. Leang D. R. Lovley mBio 2012 4
25. M. Köpke C. Held S. Hujer H. Liesegang A. Wiezer A. Wollherr A. Ehrenreich W. Liebl G. Gottschalk P. Dürre Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 13087 13092
26. V. Müller F. Imkamp E. Biegel S. Schmidt S. Dilling Ann. N. Y. Acad. Sci. 2008 1125 137 146
27. E. Biegel V. Müller Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 18138 18142
28. S. D. Brown S. Nagaraju S. Utturkar S. De Tissera S. Segovia W. Mitchell M. L. Land A. Dassanayake M. Köpke Biotechnol. Biofuels 2014 7 40
29. S. M. Utturkar D. M. Klingeman J. M. Bruno-Barcena M. S. Chinn A. M. Grunden M. Köpke S. D. Brown Sci. Data 2015 2 150014
30. J. L. Cotter M. S. Chinn A. M. Grunden Bioprocess Biosyst. Eng. 2009 32 369 380
31. M. E. Martin H. Richter S. Saha L. T. Angenent Biotechnol. Bioeng. 2015 10.1002/bit.25827
32. S. D. Brown S. M. Utturkar T. S. Magnuson A. E. Ray F. L. Poole W. A. Lancaster M. P. Thorgersen M. W. W. Adams D. A. Elias Genome Announc. 2014 2 e00881 e00814
33. C. S. Henry M. DeJongh A. A. Best P. M. Frybarger B. Linsay R. L. Stevens Nat. Biotechnol. 2010 28 977 982
34. H. Nagarajan M. Sahin J. Nogales H. Latif D. R. Lovley A. Ebrahim K. Zengler Microb. Cell Fact. 2013 12 118
35. L.-E. Quek S. Dietmair M. Hanscho V. S. Martínez N. Borth L. K. Nielsen J. Biotechnol. 2014 184 172 178
36. J. D. Orth I. Thiele B. Ø. Palsson Nat. Biotechnol. 2010 28 245 248
37. C. H. Schilling J. S. Edwards D. Letscher B. Ø. Palsson Biotechnol. Bioeng. 71 286 306
38. S. Wang H. Huang J. Moll R. K. Thauer J. Bacteriol. 2010 192 5115 5123
39. H. White H. Simon Arch. Microbiol. 1992 158 81 84
40. A. G. Fast E. T. Papoutsakis Curr. Opin. Chem. Eng. 2012 1 16
41. E. Marcellin L. K. Nielsen P. Abeydeera J. O. Krömer Biotechnol. J. 2009 4 58 63
42. R. A. Cox Microbiology 2004 150 1413 1426
43. A. H. Stouthamer Antonie van Leeuwenhoek 1973 39 545 565
44. Y. P. Chao R. Patnaik W. D. Roof R. F. Young J. C. Liao J. Bacteriol. 1993 175 6939 6944
45. J. T. Heap S. a. Kuehne M. Ehsaan S. T. Cartman C. M. Cooksley J. C. Scott N. P. Minton J. Microbiol. Methods 2010 80 49 55
46. Y. Tan J. Liu X. Chen H. Zheng F. Li Mol. BioSyst. 2013 9 2775 2784
47. A. G. Fast E. D. Schmidt S. W. Jones B. P. Tracy Curr. Opin. Biotechnol. 2015 33 60 72
48. N. A. Brunner H. Brinkmann B. Siebers R. Hensel J. Biol. Chem. 1998 273 6149 6156
49. C. Vogel E. M. Marcotte Nat. Rev. Genet. 2012 13 227 232
50. M. Basen G. J. Schut D. M. Nguyen G. L. Lipscomb R. A. Benn C. J. Prybol B. J. Vaccaro F. L. Poole R. M. Kelly M. W. W. Adams Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014 111 17618 17623
51. R. S. Tanner L. M. Miller D. Yang Int. J. Syst. Bacteriol. 1993 43 232
52. J. S.-C. Liou D. L. Balkwill G. R. Drake R. S. Tanner Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2005 55 2085 2091
53. M. Köpke M. Straub P. Dürre PLoS One 2013 8 e62157
54. M. Sebaihia B. W. Wren P. Mullany N. F. Fairweather N. Minton R. Stabler N. R. Thomson A. P. Roberts A. M. Cerdeño-Tárraga H. Wang M. T. G. Holden A. Wright C. Churcher M. A. Quail S. Baker N. Bason K. Brooks T. Chillingworth A. Cronin P. Davis L. Dowd A. Fraser T. Feltwell Z. Hance S. Holroyd K. Jagels S. Moule K. Mungall C. Price E. Rabbinowitsch S. Sharp M. Simmonds K. Stevens L. Unwin S. Whithead B. Dupuy G. Dougan B. Barrell J. Parkhill Nat. Genet. 2006 38 779 786
55. H. Seedorf W. F. Fricke B. Veith H. Brüggemann H. Liesegang A. Strittmatter M. Miethke W. Buckel J. Hinderberger F. Li C. Hagemeier R. K. Thauer G. Gottschalk Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 2128 2133
56. C. A. Orellana E. Marcellin B. L. Schulz A. S. Nouwens P. P. Gray L. K. Nielsen J. Proteome Res. 2015 14 609 618
57. E. Marcellin T. R. Mercer C. Licona-Cassani R. W. Palfreyman M. E. Dinger J. A. Steen J. S. Mattick L. K. Nielsen BMC Genomics 2013 14 15
58. B. Langmead S. L. Salzberg Nat. Methods 2012 9 357 359
59. C. Trapnell A. Roberts L. Goff G. Pertea D. Kim D. R. Kelley H. Pimentel S. L. Salzberg J. L. Rinn L. Pachter Nat. Protoc. 2012 7 562 578
60. C. G. de Oliveira Dal'Molin L.-E. Quek R. W. Palfreyman S. M. Brumbley L. K. Nielsen Plant Physiol. 2010 152 579 589
61. S. A. Becker A. M. Feist M. L. Mo G. Hannum B. Ø. Palsson M. J. Herrgard Nat. Protoc. 2007 2 727 738
62. J. Schellenberger R. Que R. M. T. Fleming I. Thiele J. D. Orth A. M. Feist D. C. Zielinski A. Bordbar N. E. Lewis S. Rahmanian J. Kang D. R. Hyduke B. Ø. Palsson Nat. Protoc. 2011 6 1290 1307