Development of Diubiquitin-Based FRET Probes to Quantify Ubiquitin Linkage Specificity of Deubiquitinating Enzymes

ChemBioChem

Volumn 17, Issue 9, 2016, Pages 816-820

  Geurink, Paul P ^a   Van Tol, Bianca D M ^a   Van Dalen, Duco ^a   Brundel, Paul J G ^a   Mevissen, Tycho E T ^b   Pruneda, Jonathan N ^b   Elliott, Paul R ^b   Van Tilburg, Gabriëlle B A ^a   Komander, David ^b   Ovaa, Huib ^a  

^a NETHERLANDS CANCER INSTITUTE   (Netherlands)

^b MRC LABORATORY OF MOLECULAR BIOLOGY   (United Kingdom)

Author keywords

deubiquitinating enzymes; FRET; native chemical ligation; solid phase synthesis; ubiquitin conjugates

Indexed keywords

DEUBIQUITINASE; DIUBIQUITIN; RHODAMINE 110; TETRAMETHYLRHODAMINE; UBIQUITIN; UNCLASSIFIED DRUG; FLUORESCENT DYE;

ARTICLE; FLUORESCENCE MICROSCOPY; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; MICHAELIS MENTEN KINETICS; PEPTIDE SYNTHESIS; POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS; PRIORITY JOURNAL; SYNTHESIS; CHEMISTRY; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; KINETICS; METABOLISM; UBIQUITINATION;

CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; DEUBIQUITINATING ENZYMES; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; FLUORESCENT DYES; KINETICS; UBIQUITIN; UBIQUITINATION;

EID: 84962623766     PISSN: 14394227     EISSN: 14397633     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cbic.201600017     Document Type: Article

References (23)

1. D. Komander, M. Rape, Annu. Rev. Biochem. 2012, 81, 203-229.
2. F. E. Reyes-Turcu, K. H. Ventii, K. D. Wilkinson, Annu. Rev. Biochem. 2009, 78, 363-397.
3. F. El Oualid, R. Merkx, R. Ekkebus, D. S. Hameed, J. J. Smit, A. de Jong, H. Hilkmann, T. K. Sixma, H. Ovaa, Angew. Chem. Int. Ed. 2010, 49, 10149-10153;
4. Angew. Chem. 2010, 122, 10347-10351.
5. A. C. Faesen, M. P. A. Luna-Vargas, P. P. Geurink, M. Clerici, R. Merkx, W. J. van Dijk, D. S. Hameed, F. El Oualid, H. Ovaa, T. K. Sixma, Chem. Biol. 2011, 18, 1550-1561;
6. T. E. T. Mevissen, M. K. Hospenthal, P. P. Geurink, P. R. Elliott, M. Akutsu, N. Arnaudo, R. Ekkebus, Y. Kulathu, T. Wauer, F. El Oualid, S. M. V. Freund, H. Ovaa, D. Komander, Cell 2013, 154, 169-184;
7. M. S. Ritorto, R. Ewan, A. B. Perez-Oliva, A. Knebel, S. J. Buhrlage, M. Wightman, S. M. Kelly, N. T. Wood, S. Virdee, N. S. Gray, N. A. Morrice, D. R. Alessi, M. Trost, Nat. Commun. 2014, 5, 4763.
8. M. P. C. Mulder, F. El Oualid, J. ter Beek, H. Ovaa, ChemBioChem 2014, 15, 946-949;
9. J. F. McGouran, S. R. Gaertner, M. Altun, H. B. Kramer, B. M. Kessler, Chem. Biol. 2013, 20, 1447-1455;
10. G. Li, Q. Liang, P. Gong, A. H. Tencer, Z. Zhuang, Chem. Commun. 2014, 50, 216-218;
11. N. Haj-Yahya, H. P. Hemantha, R. Meledin, S. Bondalapati, M. Seenaiah, A. Brik, Org. Lett. 2014, 16, 540-543.
12. S. Ohayon, L. Spasser, A. Aharoni, A. Brik, J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 3281-3289;
13. R. A. Horton, E. A. Strachan, K. W. Vogel, S. M. Riddle, Anal. Biochem. 2007, 360, 138-143;
14. Y. Ye, G. Blaser, M. H. Horrocks, M. J. Ruedas-Rama, S. Ibrahim, A. A. Zhukov, A. Orte, D. Klenerman, S. E. Jackson, D. Komander, Nature 2012, 492, 266-270.
15. M. K. Hospenthal, T. E. T. Mevissen, D. Komander, Nat. Protoc. 2015, 10, 349-361.
16. J. B. Grimm, L. D. Lavis, Org. Lett. 2011, 13, 6354-6357.
17. K. S. A. Kumar, M. Haj-Yahya, D. Olschewski, H. A. Lashuel, A. Brik, Angew. Chem. Int. Ed. 2009, 48, 8090-8094;
18. Angew. Chem. 2009, 121, 8234-8238;
19. K. K. Pasunooti, R. Yang, S. Vedachalam, B. K. Gorityala, C.-F. Liu, X.-W. Liu, Bioorg. Med. Chem. Lett. 2009, 19, 6268-6271;
20. R. Merkx, G. de Bruin, A. Kruithof, T. van den Bergh, E. Snip, M. Lutz, F. El Oualid, H. Ovaa, Chem. Sci. 2013, 4, 4494-4498.
21. Q. Wan, S. J. Danishefsky, Angew. Chem. Int. Ed. 2007, 46, 9248-9252;
22. Angew. Chem. 2007, 119, 9408-9412.
23. M. A. Michel, P. R. Elliott, K. N. Swatek, M. Simicek, J. N. Pruneda, J. L. Wagstaff, S. M. V. Freund, D. Komander, Mol. Cell 2015, 58, 95-109.