Molecular dynamics study of zinc binding to cysteines in a peptide mimic of the alcohol dehydrogenase structural zinc site

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 11, Issue 6, 2009, Pages 975-983

  Brandt, Erik G ^a   Hellgren, Mikko ^b   Brinck, Tore ^c   Bergman, Tomas ^b   Edholm, Olle ^a  

^a ALBANOVA UNIVERSITY CENTER   (Sweden)

^b KAROLINSKA INSTITUTE   (Sweden)

^c ROYAL INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84962439482     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b815482a     Document Type: Article

References (56)

1. B. L. Vallee, D. S. Auld Biochemistry, 1990, 29, 24, 5647-5659
2. C. Andreini, L. Banci, I. Bertini, A. Rosato J. Proteome Res., 2006, 5, 1, 196-201
3. D. S. Auld BioMetals, 2001, 14, 3-4, 271-313
4. T. V. O’Halloran Science, 1993, 261, 5122, 715-25
5. J. M. Berg, Y. Shi Science, 1996, 271, 5252, 1081-1085
6. B. L. Vallee, R. J. P. Williams, F. L. Hoch J. Biol. Chem., 1959, 234, 10, 2621-2626
7. H. Eklund, B. Nordström, E. Zeppezauer, G. Söderlund, I. Ohlsson, T. Boiwe, B.-O. Söderberg, O. Tapia, C.-I. Bränden, A. Åkeson J. Mol. Biol., 1976, 102, 27-59
8. B. L. Vallee, D. S. Auld Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1990, 87, 1, 220-224
9. C. I. Brändén, H. Jörnvall, H. Eklund, and B. Furugren, in The Enzymes, Academic Press, New York, 1975, vol. 11, pp. 103-190
10. T. Bergman, H. Jörnvall, B. Holmquist, B. L. Vallee Eur. J. Biochem., 1992, 205, 2, 467-470
11. J. Jelokova, C. Karlsson, M. Estonius, H. Jörnvall, J.-O. Höög Eur. J. Biochem., 1994, 225, 3, 1015-1019
12. U. Ryde J. Comput.-Aided Mol. Des., 1996, 10, 2, 153-164
13. U. Ryde Proteins: Struct., Funct., Genet., 1995, 21, 1, 40-56
14. U. Ryde Protein Sci., 1995, 4, 6, 1124-1132
15. U. Ryde Eur. Biophys. J., 1996, 24, 4, 213-221
16. N. Calimet, T. Simonson J. Mol. Graphics Modell., 2006, 24, 5, 404-411
17. C. Brändén, and J. Tooze, Introduction to protein structure, Garland Publishing, Inc., 1999
18. S. C. Hoops, K. W. Anderson, K. M. Merz J. Am. Chem. Soc., 1991, 113, 22, 8262-8270
19. R. H. Stote, M. Karplus Proteins: Struct., Funct., Genet., 1995, 23, 1, 12-31
20. U. Heinz, M. Kiefer, A. Tholey, H. Adolph J. Biol. Chem., 2005, 280, 5, 3197-207
21. D. V. Sakharov, C. Lim J. Am. Chem. Soc., 2005, 127, 13, 4921-4929
22. A. J. Sillanpää, R. Aksela, K. Laasonen Phys. Chem. Chem. Phys., 2003, 5, 16, 3382-3393
23. T. Bergman, C. Palmberg, H. Jörnvall, D. S. Auld, and B. L. Vallee, in Enzymology and Molecular Biology of Carbonyl Metabolism 7, eds. H. Weiner, E. Maser, D. Crabb and R. Lindahl, Kluwer Academic/Plenum Publishers, New York, 1999, pp. 339-342
24. M. A. Kastenholz, P. H. Hünenberger J. Chem. Phys., 2006, 124, 12, 124106.
25. M. A. Kastenholz, P. H. Hünenberger J. Chem. Phys., 2006, 124, 22, 224501.
26. ed. A. J. Bard, R. Parsons, and J. Jordan, Standard potentials in aqueous solution, CRC Press, 1985
27. Y. Marcus Biophys. Chem., 1994, 51, 111-127
28. R. F. Pogue, G. Atkinson J. Solution Chem., 1989, 18, 3, 249-264
29. R. M. Noyes J. Am. Chem. Soc., 1962, 84, 4, 513-522
30. D. R. Rosseinsky Chem. Rev., 1965, 65, 4, 467-490
31. P. Kollman Chem. Rev., 1993, 93, 7, 2395-2417
32. R. Zwanzig J. Chem. Phys., 1954, 22, 8, 1420-1426
33. D. van der Spoel, E. Lindahl, B. Hess, G. Groenhof, A. E. Mark, H. J. C. Berendsen J. Comput. Chem., 2005, 26, 16, 1701-1718
34. J. K. Rubach, B. V. Plapp Biochemistry, 2003, 42, 10, 2907-2915
35. H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, W. F. van Gunsteren, A. DiNola, J. R. Haak J. Chem. Phys., 1984, 81, 8, 3684-3690
36. W. L. Jorgensen, J. Tirado-Rives J. Am. Chem. Soc., 1988, 110, 6, 1657-1666
37. W. L. Jorgensen J. Phys. Chem., 1986, 90, 23, 6379-6388
38. B. Hess, H. Bekker, H. J. C. Berendsen, J. G. E. M. Fraaije J. Comput. Chem., 1997, 18, 12, 1463-1472
39. W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. D. Madura, R. W. Impey, M. L. Klein J. Chem. Phys., 1983, 79, 2, 926-935
40. T. Darden, D. York, L. Pedersen J. Chem. Phys., 1993, 98, 12, 10089-10092
41. U. Essmann, L. Perera, M. L. Berkowitz, T. Darden, H. Lee, L. G. Pedersen J. Chem. Phys., 1995, 103, 19, 8577-8593
42. J. Wang, Y. Deng, B. Roux Biophys. J., 2006, 91, 8, 2798-2814
43. J. Åqvist, J. Marelius Comb. Chem. High Throughput Screening, 2001, 4, 8, 613-626
44. T. Hansson, J. Marelius, J. Åqvist J. Comput.-Aided Mol. Des., 1998, 12, 1, 27-35
45. B. Roux, H. A. Yu, M. Karplus J. Phys. Chem., 1990, 94, 11, 4683-4688
46. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr, T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, J. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, and J. A. Pople, GAUSSIAN 03 (Revision C.02), 2004
47. R. Q. Zhang, X. G. Xie, S. X. Liu, C. S. Lee, S. T. Lee Chem. Phys. Lett., 2000, 330, 484-490
48. M. W. Wong Chem. Phys. Lett., 1996, 256, 391-399
49. A. Scott, L. Radom J. Phys. Chem., 1996, 100, 41, 16502-16513
50. B. H. Besler, K. M. Merz, P. A. Kollman J. Comput. Chem., 1990, 11, 4, 431-439
51. B. Hess J. Chem. Phys., 2002, 116, 1, 209-217
52. T. Dudev, C. Lim J. Am. Chem. Soc., 2002, 124, 23, 6759-6766
53. S. Donnini, A. E. Mark, A. H. Juffer, A. Villa J. Comput. Chem., 2005, 26, 2, 115.
54. Handbook of chemistry and physics, ed. R. C. Weast, The chemical rubber co., 1971, 52 edn
55. S. Mierts, E. Scrocco, J. Tomasi Chem. Phys., 1981, 55, 1, 117-129
56. R. Cammi, J. Tomasi J. Comput. Chem., 1995, 16, 12, 1449-1458