Predicting hydration free energies of neutral compounds by a parametrization of the polarizable continuum model

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 109, Issue 49, 2005, Pages 11322-11327

  Shimizu, K ^a   Freitas, A A ^a   Farah, J P S ^a   Dias, L G ^a,b  

^a UNIVERSITY OF SÃO PAULO   (Brazil)

^b FEDERAL UNIVERSITY OF JUIZ DE FORA   (Brazil)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CAVITATION; CONTINUUM MECHANICS; DISPERSIONS; HYDRATION; MOLECULAR DYNAMICS; SOLVENTS;

BONDI ATOMIC RADII; HYDRATION FREE ENERGIES; NEUTRAL COMPOUNDS; POLARIZABLE CONTINUUM MODELS (PCM);

FREE ENERGY;

EID: 84962361671     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp054673l     Document Type: Article

References (37)

1. Tomasi, J.; Persico, M. Chem. Rev. 1994, 94, 2027.
2. Miertus, S.; Scrocco, E.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1981, 55, 117.
3. Cossi; M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Barone, V. J. Chem. Phys. 2002, 117, 43.
4. Soteras, I.; Curutchet, C.; Bidon-Chanal, A.; Orozco, M.; Luque, F. J. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2005, 727, 29.
5. Thompson, J. D.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 6532.
6. Zhang, W.; Hou, T.; Qiao, X.; Xu, X. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 9071.
7. Bordner, A. J.; Cavasotto, C. N.; Abagyan, R. A. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 11009.
8. Pellegrini, E.; Field, M. J. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 1316.
9. Guarnieri, F.; Schmidt, A. B.; Mehler, E. L. Int. J. Quantum Chem. 1998, 69, 57.
10. Gogonea, V.; Osawa, E. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1994, 311, 305.
11. Su, Y.; Gallicchio, E. Biophys. Chem. 2004, 109, 251.
12. Levy, R.; Zhang, L.; Gallicchio, E.; Felts, A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 9523.
13. Zacharias, M. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 3000.
14. Chambers, C. C.; Hawkins, G. D.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16385.
15. Adamo, C.; Barone, V. J. Chem. Phys. 1998, 108, 664.
16. (a) Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
17. (b) Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
18. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. A.; Montgomery, J. A.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Peterson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M. ; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Kiene, M.; Li, X.; Know, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision B.04; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2003.
19. Cossi, M.; Barone, V.; Mennucci, B.; Tomasi, J. Chem. Phys. Lett. 1998, 256, 253.
20. Barone, V.; Cossi, M.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 1997, 107, 3210.
21. (a) Pierotti, R. A. Chem. Rev. 1976, 76, 717.
22. (b) Claverie, P. In Intermolecular Interactions: from Diatomics to Biomolecules; Pullman, B., Ed.; Wiley: Chichester, U.K., 1978.
23. (c) Colominas, C.; Luque, F. J.; Teixidó, J.; Orozco, M. Chem. Phys. 1999, 240, 253.
24. Floris, F.; Tomasi, J. J. Comput. Chem. 1989, 10, 616.
25. Bondi, A. J. Phys. Chem. 1964, 65, 441.
26. Mennucci, B.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 1997, 106, 5151.
27. Pascual-Ahuir, J. L.; Silla, E.; Tuñon, I. J. Comput. Chem. 1994, 15, 1127.
28. Pitarch, J.; Moliner, V.; Pascual-Ahuir, J. L.; Silla, E.; Tuñon, I. J. Phys. Chem. 1996, 100, 9955.
29. Tuñon, I.; Silla, E.; Pascual-Ahuir, J. L. Chem. Phys. Lett. 1993, 203, 289.
30. Pellenq, R. J. M.; Nicholson, D. Mol. Phys. 1998, 95, 549.
31. Aqvist, J.; Luzhkov, V. B.; Brandsdal, B. O. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 358.
32. Zhou, R.; Friesner, R. A.; Ghosh, A.; Rizzo, R. C.; Jorgensen, W. L.; Levy, R. M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 10388.
33. Marten, B.; Kim, K.; Cortis, C.; Friesner, R. A.; Murphy, R. B.; Ringnalda, M. N.; Sitkoff, D.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1996, 100, 11775.
34. Yu, Z.; Jacobson, M. P.; Josovitz, J.; Rapp, C. S.; Friesner, R. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 6643.
35. Elcock, A. H.; McCammon, J. A. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 9624.
36. Rashin, A. A.; Namboodiri, K. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6003.
37. Gallicchio, E.; Kubo, M. M.; Levy, R. M. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 6271.