A combined molecular dynamics simulation and quantum chemical study on the mechanism for activation of the OxyR transcription factor by hydrogen peroxide

Organic and Biomolecular Chemistry

Volumn 4, Issue 18, 2006, Pages 3468-3478

  Kóňa, Juraj ^a,b   Brinck, Tore ^a  

^a ROYAL INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Sweden)

^b INSTITUTE OF CHEMISTRY   (Slovakia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACTIVATION ENERGY; COMPUTER SIMULATION; CONFORMATIONS; ESCHERICHIA COLI; HYDROGEN PEROXIDE; OXIDATION; QUANTUM THEORY;

BIOCHEMICAL PROCESS; CONFORMATIONAL ANALYSIS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; REGULATORY DOMAIN;

MOLECULAR DYNAMICS;

ESCHERICHIA COLI;

EID: 84961985014     PISSN: 14770520     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b604602a     Document Type: Article

References (48)

1. P. J. Pomposiello B. Demple Trends Biotechnol. 2001 19 109 114
2. G. Georgiou Cell 2002 111 607 610
3. J. D. Helmann, Science's STKE, 2002, http://www.stke.org/cgi/content/ full/sigtrans;2002/157/pe46
4. D. Barford Curr. Opin. Struct. Biol. 2004 14 679
5. I. Kullik M. B. Toledano L. A. Tartaglia G. Storz J. Bacteriol. 1995 177 1275 1284
6. M. Zheng F. Åslund G. Storz Science 1998 279 1718 1721
7. F. Åslund M. Zheng J. Beckwith G. Storz Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 6161 6165
8. K. Tao FEBS Lett. 1999 457 90
9. H. Choi S. Kim P. Mukhopadhyay S. Cho J. Woo G. Storz S. Ryu Cell 2001 105 103 113
10. S. O. Kim K. Merchant R. Nudelman W. F. Beyer, Jr. T. Keng J. DeAngelo A. Hausladen J. S. Stamler Cell 2002 109 383 396
11. C. Lee S. M. Lee P. Mukhopadhyay S. J. Kim S. C. Lee W. S. Ahn M. H. Yu G. Storz S. E. Ryu Nat. Struct. Mol. Biol. 2004 11 1179 1185
12. J. Zaim A. M. Kierzek Nucleic Acids Res. 2003 31 1444 1454
13. G. M. Whitesides J. E. Lilburn R. P. Szajewski J. Org. Chem. 1977 42 332 338
14. R. P. Szajewski G. M. Whitesides J. Am. Chem. Soc. 1980 102 2011 2026
15. G. M. Whitesides J. Houk M. A. K. Patterson J. Org. Chem. 1983 48 112 115
16. R. Singh G. M. Whitesides J. Am. Chem. Soc. 1990 112 1190 1197
17. R. Singh G. M. Whitesides J. Am. Chem. Soc. 1990 112 6304 6309
18. S. M. Bachrach J. M. Hayes T. Dao J. L. Mynar Theor. Chem. Acc. 2002 107 266 271
19. J. M. Hayes S. M. Bachrach J. Phys. Chem. A 2003 107 7952 7961
20. S. M. Bachrach D. W. Demoin M. Luk J. V. Miller, Jr. J. Phys. Chem. A 2004 108 4040 4046
21. Z. Benková J. Kóa G. Gann W. M. F. Fabian Int. J. Quantum Chem. 2002 90 555 565
22. B. Cardey M. Enescu ChemPhysChem 2005 6 1175 1180
23. C. Sun M. J. Berardi J. H. Bushweller J. Mol. Biol. 1998 280 687 701
24. A. Gustafsson P. L. Pettersson L. Grehn P. Jemth B. Mannervik Biochemistry 2001 40 15835 15845
25. A. Claiborne J. I. Yeh T. C. Mallett J. Luba E. J. Crane, III V. Charrier D. Parsonage Biochemistry 1999 38 15407 15416
26. D. A. Case, D. A. Pearlman, J. W. Caldwell, T. E. Cheatham, III, W. S. Ross, C. L. Simmerling, T. A. Darden, K. M. Merz, R. V. Stanton, A. L. Cheng, J. J. Vincent, M. Crowley, V. Tsui, R. J. Radmer, Y. Duan, J. Pitera, I. Massova, G. L. Seibel, U. C. Singh, P. K. Weiner and P. A. Kollman, AMBER 6, University of California, San Francisco, 1999
27. T. E. Chetham, III P. Cieplak P. A. Kollman J. Biomol. Struct. Dyn. 1999 16 845 861
28. C. C. J. Roothan Rev. Mod. Phys. 1951 23 69
29. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, V. G. Zakrzewski, J. A. Montgomery, R. E. Stratmann, J. C. Burant, S. Dapprich, J. M. Millam, A. D. Daniels, K. N. Kudin, M. C. Strain, O. Farkas, J. Tomasi, V. Barone, M. Cossi, R. Cammi, B. Mennucci, C. Pomelli, C. Adamo, S. Clifford, J. Ochterski, G. A. Petersson, P. Y. Ayala, Q. Cui, K. Morokuma, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. Cioslowski, J. V. Ortiz, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. Gomperts, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, C. Gonzalez, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. G. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, J. L. Andres, M. Head-Gordon, E. S. Replogle and J. A. Pople, Gaussian 98, Revision A.7, Gaussian, Inc., Pittsburgh, PA, 1998
30. B. H. Besler K. M. Merz, Jr. P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1990 11 431 439
31. U. C. Singh P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1984 5 129 145
32. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
33. C. E. A. F. Schafmeister, W. S. Ross and V. Romanovski, LEAP, University of California, San Francisco, 1995
34. H. J. C. Berendsen J. P. M. Potsma W. F. van Gunsteren A. D. DiNola J. R. Haak J. Chem. Phys. 1984 81 3684 3690
35. J. P. Ryckaert G. Ciccotti H. J. C. Berendsen J. Comput. Phys. 1977 23 327 341
36. W. Humphrey A. Dalke K. Schulten J. Mol. Graphics 1996 14 33 38
37. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 5648 5652
38. C. Lee W. Yang R. G. Parr Phys. Rev. B: Condens. Matter 1988 37 785 789
39. B. Miehlich A. Savin H. Stoll H. Preuss Chem. Phys. Lett. 1989 157 200 206
40. C. Møller M. S. Plesset Phys. Rev. 1934 46 618
41. M. Head-Gordon J. A. Pople M. J. Frisch Chem. Phys. Lett. 1988 153 503 506
42. M. J. Frisch M. Head-Gordon J. A. Pople Chem. Phys. Lett. 1990 166 275 280
43. M. J. Frisch M. Head-Gordon J. A. Pople Chem. Phys. Lett. 1990 166 281 289
44. S. Miertu E. Scrocco J. Tomasi Chem. Phys. 1981 55 117 129
45. S. Miertu J. Tomasi Chem. Phys. 1982 65 239 245
46. M. Cossi V. Barone R. Cammi J. Tomasi Chem. Phys. Lett. 1996 255 327 335
47. T. Brinck A. G. Larsen K. M. Madsen K. Daasbjerg J. Phys. Chem. B 2000 104 9887 9893
48. F. Jensen, in Introduction to computational chemistry, John Wiley & Sons, Chichester, 1999, pp. 3, 56