Aromaticity-induced changes in the electronic properties of size-expanded DNA bases: Case of xC

International Journal of Quantum Chemistry

Volumn 106, Issue 11, 2006, Pages 2339-2346

  Fuentes Cabrera, Miguel ^a   Lipkowski, Pawel ^b   Huertas, Oscar ^c   Sumpter, Bobby G ^a   Orozco, Modesto ^c,d   Luque, F Javier ^c   Wells, Jack C ^a   Leszczynski, Jerzy ^e  

^a OAK RIDGE NATIONAL LABORATORY   (United States)

^b WROCLAW UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Poland)

^c UNIVERSITY OF BARCELONA   (Spain)

^d INSTITUTE FOR RESEARCH IN BIOMEDICINE   (Spain)

^e JACKSON STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

Nanowires; Size expanded DNA bases; xDNA; yDNA

Indexed keywords

BENZENE; ELECTRONIC PROPERTIES; MOLECULAR STRUCTURE; NANOSTRUCTURED MATERIALS;

NANOWIRES; SIZE-EXPANDED DNA BASES; XDNA; YDNA;

DNA;

EID: 84961981838     PISSN: 00207608     EISSN: 1097461X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/qua.20966     Document Type: Conference Paper

References (36)

1. (a) Ding, B.; Sha, R.; Seeman, N. C. J Am Chem Soc 2004, 126, 10230;
2. (b) Seeman, N. C.; Nature 2003, 421, 427.
3. Endres, R. G.; Cox, D. L.; Singh, R. R. P. Rev Mod Phys 2004, 76, 195.
4. (a) Liu, H.; Gao, J.; Maynard, L.; Saito, D. Y.; Kool, E. T. J Am Chem Soc 2004, 126, 1102;
5. (b) Gao, J.; Liu, H.; Kool, E. T. J Am Chem Soc 2004, 126, 11826;
6. (c) Liu, H.; Gao, J.; Kool, E. T. J Org Chem 2005, 70, 639;
7. (d) Liu, H.; Gao, J.; Lynch, S. R.; Saito, Y. D.; Maynard, L.; Kool, E. T. Science 2003, 302 868;
8. (e) Liu, H.; Gao, J.; Lynch, S. R.; Kool, E. T. J Am Chem Soc 2004, 126, 6900;
9. (f) Liu, H.; Gao, J.; Kool, E. T. J Am Chem Soc 2005, 127, 1396;
10. (g) Gao, J.; Liu, H.; Kool, E. T. Angew Chem Int Ed 2005, 44, 3118.
11. (a) Lu, H.; He, K.; Kool, E. T. Angew Chem Int Ed 2004, 43, 5834;
12. (b) Lee, A. H. F.; Kool, E. T. J Org Chem 2005, 70, 132;
13. (c) Lee, A. H. F.; Kool, E. T. J Am Chem Soc 2005, 127, 3332.
14. Huertas, O.; Blas, J. R.; Soteras, I.; Orozco, M.; Luque, F. J. J Phys Chem A 2005, 110, 510.
15. (a) Wang, H.; Lewis, J. P.; Sankey, O. F. Phys Rev Lett 2004, 93, 016401-1;
16. (b) Lewis, J. P.; Cheatham, T. E.; Starikov, E. B.; Wang, H.; Sankey, O. F. J Phys Chem B 2003, 107, 2581;
17. (c) de Pablo, P.; Moreno-Herrero, F.; Colchero, J.; Gomez-Herrero, J.; Herrero, P.; Baro, A. M.; Ordejón, P.; Soler, J. M.; Artacho, E. Phys Rev Lett 2000, 85, 4992.
18. Fuentes-Cabrera, M.; Sumpter, B. G.; Wells, J. C. J Phys Chem B 2005, 109, 21135.
19. Fuentes-Cabrera, M.; Sumpter, B. G.; Lipkowski, P.; Wells, J. C. J Phys Chem B.
20. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G.E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, V; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, B.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03; Revision C.02; Gaussian: Wallingford, CT, 2004.
21. (a) Curutchet, C.; Orozco, M.; Luque, F. J. J Comput Chem 2001, 22, 1180;
22. (b) Orozco, M.; Bachs, M.; Luque, F. J. J Comput Chem 1995, 16, 563.
23. Miertus, S.; Scrocco, E.; Tomasi, J Chem Phys 1981, 55, 117.
24. Peterson, M.; Poirier, R. MonsterGauss; Version modified by Cammi, R.; Tomasi, J.; 1987; Curuutchet, C.; Orozco, M.; Luque, F. J. 2003; Department of Biochemistry, University of Toronto, Canada.
25. (a) Aprà, E.; Windus, T. L.; Straatsma, T. P.; Bylaska, E. J.; de Jong, W.; Hirata, S.; Valiev, M.; Hackler, M.; Pollack, L.; Kowalski, K.; Harrison, R.; Dupuis, M.; Smith, D. M. A.; Nieplocha, J.; Tipparaju, V.; Krishnan, M.; Auer, A. A.; Brown, E.; Cisneros, G.; Fann, G.; Fruchtl, H.; Garza, J.; Hirao, K.; Kendall, R.; Nichols, J.; Tsemekhman, K.; Wolinski, K.; Anchell, J.; Bernholdt, D.; Borowski, P.; Clark, T.; Clerc, D.; Dachsel, H.; Deegan, M.; Dyall, K.; Elwood, D.; Glendening, E.; Gutowski, M.; Hess, A.; Jaffe, J.; Johnson, B.; Ju, J.; Kobayashi, R.; Kutteh, R.; Lin, Z.; Littlefield, R.; Long, X.; Meng, B.; Nakajima, T.; Niu, S.; Rosing, M.; Sandrone, G.; Stave, M.; Taylor, H.; Thomas, G.; van Lenthe, J.; Wong, A.; Zhang, Z.; NWChem; A Computational Chemistry Package for Parallel Computers; Version 4.7; Pacific Northwest National Laboratory: Richland, WA, 2005;
26. (b) Kendall, R. A.; Aprà, E.; Bernholdt, D. E.; Bylaska, E. J.; Dupuis, M.; Farm, G. I.; Harrison, R. J.; Ju, J.; Nichols, J. A.; Nieplocha, J.; Straatsma, T. P.; Windus, T. L.; Wong, A. T. Comput Phys Comm 2000, 128, 260.
27. (a) Slater, C. Quantum Theory of Molecules and Solid; McGraw-Hill: New York, 1974;
28. (b) Vosko, S. J.; Wilk, L.; Nusair, M. Can J Phys 1980, 58, 1200;
29. (c) Ceperly, D. M.; Alder, B. J. Phys Rev Lett 1980, 45, 566.
30. Perdew, J. P.; Chvary, J. A.; Vosko, S. H.; Jackson, K. A.; Pederson, M. R.; Singh, D. J.; Fiolhais, C. Phys Rev 1992, 46, 6671.
31. Becke, A. D. J Chem Phys 1993, 98, 5648.
32. (a) Szczesniak, M.; Szczepaniak, K.; Kwiatkowski, J. S.; Kubulat, K.; Person, W. B. J Am Chem Soc 1988, 110, 8319;
33. (b) Nowak, M. J.; Lapinski, L.; Fulara, J. Spectrochim Acta 1989, 45A, 229;
34. (c) Hanus, M.; Ryjácek, F.; Kabelác, M.; Kubar, T.; Bogdan, T. V.; Trygubenko, S. A.; Hobza, P. J Am Chem Soc 2003, 125, 7678.
35. (a) Kruszewski, J; Krygowski, T. M. Tetrahedron Lett 1972, 13, 3839;
36. (b) Krygowski, T. M. J Chem Inf Comput Sci 1993, 33, 70.