The reorganization energy of azurin in bulk solution and in the electrochemical scanning tunneling microscopy setup

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 109, Issue 8, 2005, Pages 3423-3430

  Corni, Stefano ^a  

^a CNR Consiglio Nazionale delle Ricerche   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

APPROXIMATION THEORY; COPPER; ELECTROCHEMISTRY; ELECTRODES; ELECTRONS; HYDROPHOBICITY; ORGANIC SOLVENTS; PROBABILITY; SCANNING TUNNELING MICROSCOPY; SOLUTIONS; SUBSTRATES;

AZURIN; ELECTROCHEMICAL SCANNING TUNNELING MICROSCOPY (ECSTM); SELF-EXCHANGE REACTIONS; TOTAL REORGANIZATION ENERGY;

PROTEINS;

EID: 84961978964     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0459920     Document Type: Article

References (50)

1. Solomon, E. I.; Szitagyi, R. K.; DeBeer, G. S.; Basumallick, L. Chem. Rev. 2004, 104, 419.
2. Vijgcnboom, E.; Busch, J. E.; Canters, G. W. Microbiology 1997, 143, 2853.
3. Rinaldi, R.; Biasco, A.; Maruccio, G.; Cingolani, R.; Alliata, D.; Andolfi, L.; Facci, P.; De Rienzo, F.; Di Felice, R.; Molinari, E. Adv. Mater. 2002, 14, 1453.
4. Friis, E. P.; Andersen, J. E. T.; Kharkats, Y. I.; Kuznetsov, A. M.; Nichols, R. J.; Zhang, J. D.; Ulstrup, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 1379.
5. Chi, Q.; Zhang, J.; Nielsen, J. U.; Friis, E. P.; Chorkendorff, I.; Canters, G. W.; Andersen, J. E. T.; Ulstrup, J. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4047.
6. Alessandrini, A.; Gerunda, M.; Canters, G. W.; Verbeet, M. Ph; Facci, P. Chem. Phys. Lett. 2003, 376, 625.
7. (a) Olsson, M. H. M.; Hong, G.; Warshel, A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 5025.
8. (b) Simonson, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 6544.
9. Zhou, H.-X. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 10362.
10. (a) Schmickler, W. Surf. Sci. 1993, 295, 43.
11. (b) Friis, E P.; Kharkats, Y. I.; Kuznetsov, A. M.; Ulstrup, J. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 7851.
12. (c) Kuznetsov, A. M.; Ulstrup, J. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 11531.
13. Ryde, U.; Olsson, M. H. M. Int. J. Quantum Chem. 2001, 81, 335.
14. van Amsterdam, I. M. C.; Ubbink, M.; Einsle, O.; Messerschmidt, A.; Merli, A.; Cavazzini, D.; Rossi, G. L.; Canters, G. W. Nat. Struct. Bio. 2002, 9, 48.
15. Nar, H.; Messerschmidt, A.; Huber, R.; van de Kamp, M.; Canters, G. W. J. Moi Biol. 1991, 221, 765.
16. (a) Cancès, E.; Mennucci, B.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 1997, 107, 3031.
17. (b) Cancès, E.; Mennucci, B.; Tomasi, J. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 10506.
18. (c) Cancès, E.; Mennucci, B. J. Math. Chem. 1998, 23, 309.
19. Miertus, S.; Scrocco, E.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1981, 55, 117.
20. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S. J.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347.
21. Tomasi, J.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Cappelli, C.; Corni, S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 5697.
22. Comi, S.; De Rienzo, F.; Di Felice, R.; Molinari, E. Int. J. Quantum Chem., in press.
23. Luque, F. J.; Zhang, Y.; Aleman, C.; Bachs, M.; Gao, J.; Orozco, M. J. Phys. Chem. 1994, 100, 4269.
24. Tomasi, J.; Persico, M. Chem. Rev. 1994, 94, 2027.
25. Pascual-Ahuir, J. L.; Silla, E.; Tun̄on, I. J. Comput. Chem. 1994, 15, 1127.
26. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98; Gaussian. Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
27. Kornyshev, A. A. In The Chemical Physics of Solvation; Dogonadze, R., Kámál, E., Kornyshev, A. A., Ulstrup, J., Eds.; Elsevier: Amsterdam, 1985; Part A, p 85, eq 3.13.
28. (a) Bopp, P. A.; Kornyshev, A. A.; Sutmann, G. Phys. Rev. Lett. 1996, 76, 1280.
29. (b) Kornyshev, A. A.; Kuznetsov, A. M.; Ulstrup, J.; Slimming, U. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 5917.
30. (c) Perng, B.-C; Ladanyi, B. M. J. Chem. Phys. 1999, 110, 6389.
31. (a) LeBard, D. N.; Lilichenko, M.; Matyushov, D. V.; Berlin, Y. A.; Ratner, M. A. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 14509.
32. (b) Matyushov, D. V. J. Chem. Phys. 2004, 120, 7532.
33. Basilevsky, M. V.; Parsons, D. F. J. Chem. Phys. 1998, 108, 9114.
34. Liu, Y.-P.; Newton, M. D. J. Phys. Chem. 1995, 99, 12382.
35. Cammi, R.; Tomasi, J. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1449.
36. (a) Zhou, H.-X. J. Chem. Phys. 1996, 105, 3726.
37. (b) Höfinger, S.; Simonson, T. J. Comput. Chem. 2001, 22, 290.
38. Marcus, R. A. J. Chem. Phys. 1956, 24, 967.
39. Marcus, R. A. J. Chem. Phys. 1956, 24, 979.
40. Cammi, R.; Tomasi, J. Int. J. Quantum Chem. 1995, Suppl. 29, 465.
41. Cappeli, C.; Corni, S.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 2000, 113, 11270.
42. (a) Di Bilio, A. J.; Hill, M. G.; Bonander, N.; Karlsson, B. G.; Villahermosa, R. M.; Malmström, B. G.; Winkler, J. R.; Gray, H. B. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9921.
43. (b) Gray, H. B.; Malmström, B. G.; Williams, R. J. P. J. Biol. Inorg. Chem. 2000, 5, 551.
44. Gerischer, H. Adv. Electrochem. Electrochem. Eng. 1961, 1, 139.
45. Bard, A. J.; Faulkner, L. R. Electrochemical Methods; Wiley: New York, 2001.
46. Facci, P. Private communications.
47. Teschke, O.; Ceotto, G.; de Souza, E. F. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 3761.
48. (a) Corni, S.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 2002, 117, 7266.
49. (b) Corni, S.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 2003, 118, 6481.
50. (c) Andreussi, O.; Corni, S.; Mennucci, B.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 2004, 121, 10190.