Bias in High-Throughput Analysis of miRNAs and Implications for Biomarker Studies

Analytical Chemistry

Volumn 88, Issue 4, 2016, Pages 2088-2095

  Backes, Christina ^a   Sedaghat Hamedani, Farbod ^b,c,d   Frese, Karen ^b,c,d   Hart, Martin ^e   Ludwig, Nicole ^e   Meder, Benjamin ^b,c,d   Meese, Eckart ^e   Keller, Andreas ^a  

^a SAARLAND UNIVERSITY   (Germany)

^b UNIVERSITY HOSPITAL HEIDELBERG   (Germany)

^c DZHK GERMAN CENTRE FOR CARDIOVASCULAR RESEARCH   (Germany)

^d Klaus Tschira Institute for Integrative Computational Cardiology   (Germany)

^e SAARLAND UNIVERSITY   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOASSAY; BIOMARKERS; MICROARRAYS; NUCLEOTIDES; POLYMERASE CHAIN REACTION; POSITIVE IONS; THROUGHPUT;

ARRAY MEASUREMENTS; BIO-MARKER DISCOVERY; CORRELATION COEFFICIENT; HIGH-THROUGHPUT ANALYSIS; MOLECULAR TECHNOLOGIES; NEXT-GENERATION SEQUENCING; NUCLEOTIDE COMPOSITION; QUANTITATIVE REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION;

RNA;

BIOLOGICAL MARKER; MICRORNA;

DNA MICROARRAY; GENETICS; HIGH THROUGHPUT SEQUENCING; HUMAN; REAL TIME POLYMERASE CHAIN REACTION; SEQUENCE ANALYSIS;

BIOMARKERS; HIGH-THROUGHPUT NUCLEOTIDE SEQUENCING; HUMANS; MICRORNAS; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS; REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION; SEQUENCE ANALYSIS, RNA;

EID: 84958260824     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.5b03376     Document Type: Article

References (18)

1. Willenbrock, H.; Salomon, J.; Søkilde, R.; Barken, K. B.; Hansen, T. N.; Nielsen, F. C.; Møller, S.; Litman, T. RNA 2009, 15, 2028-2034 10.1261/rna.1699809
2. Hafner, M.; Renwick, N.; Brown, M.; Mihailovic, A.; Holoch, D.; Lin, C.; Pena, J. T.; Nusbaum, J. D.; Morozov, P.; Ludwig, J.; Ojo, T.; Luo, S.; Schroth, G.; Tuschl, T. RNA 2011, 17, 1697-1712 10.1261/rna.2799511
3. Fuchs, R. T.; Sun, Z.; Zhuang, F.; Robb, G. B. PLoS One 2015, 10, e0126049 10.1371/journal.pone.0126049
4. Mitiushkina, N. V.; Iyevleva, A. G.; Kuligina, E. S.; Togo, A. V.; Miki, Y.; Imyanitov, E. N. J. Comput. Sci. 2014, 5, 351-356 10.1016/j.jocs.2013.09.002
5. Mestdagh, P.; Hartmann, N.; Baeriswyl, L.; Andreasen, D.; Bernard, N.; Chen, C.; Cheo, D.; D'Andrade, P.; DeMayo, M.; Dennis, L.; Derveaux, S.; Feng, Y.; Fulmer-Smentek, S.; Gerstmayer, B.; Gouffon, J.; Grimley, C.; Lader, E.; Lee, K. Y.; Luo, S.; Mouritzen, P.; Narayanan, A.; Patel, S.; Peiffer, S.; Ruberg, S.; Schroth, G.; Schuster, D.; Shaffer, J. M.; Shelton, E. J.; Silveria, S.; Ulmanella, U.; Veeramachaneni, V.; Staedtler, F.; Peters, T.; Guettouche, T.; Wong, L.; Vandesompele, J. Nat. Methods 2014, 11, 809-815 10.1038/nmeth.3014
6. Keller, A.; Leidinger, P.; Vogel, B.; Backes, C.; ElSharawy, A.; Galata, V.; Mueller, S. C.; Marquart, S.; Schrauder, M. G.; Strick, R.; Bauer, A.; Wischhusen, J.; Beier, M.; Kohlhaas, J.; Katus, H. A.; Hoheisel, J.; Franke, A.; Meder, B.; Meese, E. BMC Med. 2014, 12, 224 10.1186/s12916-014-0224-0
7. Leidinger, P.; Backes, C.; Deutscher, S.; Schmitt, K.; Mueller, S. C.; Frese, K.; Haas, J.; Ruprecht, K.; Paul, F.; Stahler, C.; Lang, C. J.; Meder, B.; Bartfai, T.; Meese, E.; Keller, A. Genome Biol. 2013, 14, R78 10.1186/gb-2013-14-7-r78
8. Backes, C.; Meder, B.; Hart, M.; Ludwig, N.; Leidinger, P.; Vogel, B.; Galata, V.; Roth, P.; Menegatti, J.; Grasser, F.; Ruprecht, K.; Kahraman, M.; Grossmann, T.; Haas, J.; Meese, E.; Keller, A. Nucleic Acids Res. 2015, gkv1335 10.1093/nar/gkv1335
9. Backes, C.; Haas, J.; Leidinger, P.; Frese, K.; Grossmann, T.; Ruprecht, K.; Meder, B.; Meese, E.; Keller, A. J. Transl. Med. 2015, 13, 224 10.1186/s12967-015-0594-x
10. Keller, A.; Leidinger, P.; Meese, E.; Haas, J.; Backes, C.; Rasche, L.; Behrens, J. R.; Pfuhl, C.; Wakonig, K.; Giess, R. M.; Jarius, S.; Meder, B.; Bellmann-Strobl, J.; Paul, F.; Pache, F. C.; Ruprecht, K. J. Neuroinflammation 2015, 12, 196 10.1186/s12974-015-0418-1
11. Keller, A.; Leidinger, P.; Bauer, A.; Elsharawy, A.; Haas, J.; Backes, C.; Wendschlag, A.; Giese, N.; Tjaden, C.; Ott, K.; Werner, J.; Hackert, T.; Ruprecht, K.; Huwer, H.; Huebers, J.; Jacobs, G.; Rosenstiel, P.; Dommisch, H.; Schaefer, A.; Muller-Quernheim, J.; Wullich, B.; Keck, B.; Graf, N.; Reichrath, J.; Vogel, B.; Nebel, A.; Jager, S. U.; Staehler, P.; Amarantos, I.; Boisguerin, V.; Staehler, C.; Beier, M.; Scheffler, M.; Buchler, M. W.; Wischhusen, J.; Haeusler, S. F.; Dietl, J.; Hofmann, S.; Lenhof, H. P.; Schreiber, S.; Katus, H. A.; Rottbauer, W.; Meder, B.; Hoheisel, J. D.; Franke, A.; Meese, E. Nat. Methods 2011, 8, 841-843 10.1038/nmeth.1682
12. Keller, A.; Leidinger, P.; Lange, J.; Borries, A.; Schroers, H.; Scheffler, M.; Lenhof, H.-P.; Ruprecht, K.; Meese, E. PLoS One 2009, 4, e7440 10.1371/journal.pone.0007440
13. Keller, A.; Leidinger, P.; Steinmeyer, F.; Stahler, C.; Franke, A.; Hemmrich-Stanisak, G.; Kappel, A.; Wright, I.; Dorr, J.; Paul, F.; Diem, R.; Tocariu-Krick, B.; Meder, B.; Backes, C.; Meese, E.; Ruprecht, K. Mult Scler 2014, 20, 295-303 10.1177/1352458513496343
14. Friedlander, M. R.; Mackowiak, S. D.; Li, N.; Chen, W.; Rajewsky, N. Nucleic Acids Res. 2012, 40, 37-52 10.1093/nar/gkr688
15. Benjamini, Y.; Hochberg, Y. J. R. Statist. Soc. B 1995, 57, 289-300
16. Backes, C.; Leidinger, P.; Altmann, G.; Wuerstle, M.; Meder, B.; Galata, V.; Mueller, S. C.; Sickert, D.; Stahler, C.; Meese, E.; Keller, A. Anal. Chem. 2015, 87, 8910-8916 10.1021/acs.analchem.5b02043
17. Keller, A.; Meese, E. WIREs RNA 2015, 10.1002/wrna.1320
18. Leidinger, P.; Brefort, T.; Backes, C.; Krapp, M.; Galata, V.; Beier, M.; Kohlhaas, J.; Huwer, H.; Meese, E.; Keller, A. Oncotarget 2015, 10.18632/oncotarget.6566