Systematic Optimization of C-Terminal Amine-Based Isotope Labeling of Substrates Approach for Deep Screening of C-Terminome

Analytical Chemistry

Volumn 87, Issue 20, 2015, Pages 10354-10361

  Zhang, Yang ^a   He, Quanze ^b   Ye, Juanying ^a   Li, Yanhong ^a   Huang, Lin ^a   Li, Qingqing ^a   Huang, Jingnan ^a   Lu, Jianan ^a   Zhang, Xumin ^a  

^a FUDAN UNIVERSITY   (China)

^b NANJING MEDICAL UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACETYLATION; AMINO ACIDS; ESCHERICHIA COLI; ISOTOPES; PROTEINS;

AMIDATION REACTION; BIOLOGICAL PROCESS; C-TERMINAL PEPTIDES; IDENTIFICATION APPROACH; IDENTIFICATION NUMBER; PROTEIN STRUCTURES; SYSTEMATIC OPTIMIZATION; TERMINAL MODIFICATIONS;

PEPTIDES;

AMINE; PEPTIDE;

CHEMISTRY; ESCHERICHIA COLI; ISOTOPE LABELING;

AMINES; ESCHERICHIA COLI; ISOTOPE LABELING; PEPTIDES;

EID: 84945356152     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.5b02451     Document Type: Article

References (41)

1. Chung, J. J.; Shikano, S.; Hanyu, Y.; Li, M. Trends Cell Biol. 2002, 12, 146-150 10.1016/S0962-8924(01)02241-3
2. Selkoe, D. J. Trends Cell Biol. 1998, 8, 447-453 10.1016/S0962-8924(98)01363-4
3. Mundt, M.; Hupp, T.; Fritsche, M.; Merkle, C.; Hansen, S.; Lane, D.; Groner, B. Oncogene 1997, 15, 237-244 10.1038/sj.onc.1201174
4. Jacob, E.; Unger, R. Bioinformatics 2007, 23, e225-230 10.1093/bioinformatics/btl318
5. Capitani, M.; Sallese, M. FEBS Lett. 2009, 583, 3863-3871 10.1016/j.febslet.2009.10.053
6. Ye, F.; Zhang, M. Biochem. J. 2013, 455, 1-14 10.1042/BJ20130783
7. Stricker, N. L.; Christopherson, K. S.; Yi, B. A.; Schatz, P. J.; Raab, R. W.; Dawes, G.; Bassett, D. E., Jr.; Bredt, D. S.; Li, M. Nat. Biotechnol. 1997, 15, 336-342 10.1038/nbt0497-336
8. Moerman, P. P.; Sergeant, K.; Debyser, G.; Devreese, B.; Samyn, B. J. Proteomics 2010, 73, 1454-1460 10.1016/j.jprot.2010.02.002
9. Schilling, O.; Barre, O.; Huesgen, P. F.; Overall, C. M. Nat. Methods 2010, 7, 508-511 10.1038/nmeth.1467
10. Olsen, J. V.; Ong, S. E.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 608-614 10.1074/mcp.T400003-MCP200
11. Burkhart, J. M.; Schumbrutzki, C.; Wortelkamp, S.; Sickmann, A.; Zahedi, R. P. J. Proteomics 2012, 75, 1454-1462 10.1016/j.jprot.2011.11.016
12. Chait, B. T.; Wang, R.; Beavis, R. C.; Kent, S. B. Science 1993, 262, 89-92 10.1126/science.8211132
13. Zhong, H.; Zhang, Y.; Wen, Z.; Li, L. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 1291-1296 10.1038/nbt1011
14. Kishimoto, T.; Kondo, J.; Takai-Igarashi, T.; Tanaka, H. Proteomics 2011, 11, 485-489 10.1002/pmic.201000537
15. Xu, G.; Shin, S. B.; Jaffrey, S. R. ACS Chem. Biol. 2011, 6, 1015-1020 10.1021/cb200164h
16. Kosaka, T.; Takazawa, T.; Nakamura, T. Anal. Chem. 2000, 72, 1179-1185 10.1021/ac991067b
17. McDonald, L.; Robertson, D. H.; Hurst, J. L.; Beynon, R. J. Nat. Methods 2005, 2, 955-957 10.1038/nmeth811
18. McDonald, L.; Beynon, R. J. Nat. Protoc. 2006, 1, 1790-1798 10.1038/nprot.2006.317
19. Impens, F.; Colaert, N.; Helsens, K.; Plasman, K.; Van Damme, P.; Vandekerckhove, J.; Gevaert, K. Proteomics 2010, 10, 1284-1296 10.1002/pmic.200900418
20. Kuyama, H.; Shima, K.; Sonomura, K.; Yamaguchi, M.; Ando, E.; Nishimura, O.; Tsunasawa, S. Proteomics 2008, 8, 1539-1550 10.1002/pmic.200701044
21. Sechi, S.; Chait, B. T. Anal. Chem. 2000, 72, 3374-3378 10.1021/ac000045i
22. Van Damme, P.; Staes, A.; Bronsoms, S.; Helsens, K.; Colaert, N.; Timmerman, E.; Aviles, F. X.; Vandekerckhove, J.; Gevaert, K. Nat. Methods 2010, 7, 512-515 10.1038/nmeth.1469
23. Schilling, O.; Huesgen, P. F.; Barre, O.; Overall, C. M. Methods Mol. Biol. 2011, 781, 59-69 10.1007/978-1-61779-276-2-4
24. Huesgen, P. F.; Lange, P. F.; Rogers, L. D.; Solis, N.; Eckhard, U.; Kleifeld, O.; Goulas, T.; Gomis-Ruth, F. X.; Overall, C. M. Nat. Methods 2015, 12, 55-58 10.1038/nmeth.3177
25. Staes, A.; Impens, F.; Van Damme, P.; Ruttens, B.; Goethals, M.; Demol, H.; Timmerman, E.; Vandekerckhove, J.; Gevaert, K. Nat. Protoc. 2011, 6, 1130-1141 10.1038/nprot.2011.355
26. Gevaert, K.; Goethals, M.; Martens, L.; Van Damme, J.; Staes, A.; Thomas, G. R.; Vandekerckhove, J. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 566-569 10.1038/nbt810
27. Wisniewski, J. R.; Zougman, A.; Nagaraj, N.; Mann, M. Nat. Methods 2009, 6, 359-362 10.1038/nmeth.1322
28. Gobom, J.; Nordhoff, E.; Mirgorodskaya, E.; Ekman, R.; Roepstorff, P. J. Mass Spectrom. 1999, 34, 105-116 10.1002/(SICI)1096-9888(199902)34:2<105::AID-JMS768>3.3.CO;2-W
29. Olsen, J. V.; de Godoy, L. M.; Li, G.; Macek, B.; Mortensen, P.; Pesch, R.; Makarov, A.; Lange, O.; Horning, S.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 2010-2021 10.1074/mcp.T500030-MCP200
30. Perkins, D. N.; Pappin, D. J. C.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S. Electrophoresis 1999, 20, 3551-3567 10.1002/(SICI)1522-2683(19991201)20:18<3551::AID-ELPS3551>3.0.CO;2-2
31. Vizcaino, J. A.; Cote, R. G.; Csordas, A.; Dianes, J. A.; Fabregat, A.; Foster, J. M.; Griss, J.; Alpi, E.; Birim, M.; Contell, J.; O'Kelly, G.; Schoenegger, A.; Ovelleiro, D.; Perez-Riverol, Y.; Reisinger, F.; Rios, D.; Wang, R.; Hermjakob, H. Nucleic Acids Res. 2013, 41, D1063-D1069 10.1093/nar/gks1262
32. Vizcaino, J. A.; Deutsch, E. W.; Wang, R.; Csordas, A.; Reisinger, F.; Rios, D.; Dianes, J. A.; Sun, Z.; Farrah, T.; Bandeira, N.; Binz, P. A.; Xenarios, I.; Eisenacher, M.; Mayer, G.; Gatto, L.; Campos, A.; Chalkley, R. J.; Kraus, H. J.; Albar, J. P.; Martinez-Bartolome, S.; Apweiler, R.; Omenn, G. S.; Martens, L.; Jones, A. R.; Hermjakob, H. Nat. Biotechnol. 2014, 32, 223-226 10.1038/nbt.2839
33. Sehgal, D.; Vijay, I. K. Anal. Biochem. 1994, 218, 87-91 10.1006/abio.1994.1144
34. Staros, J. V.; Wright, R. W.; Swingle, D. M. Anal. Biochem. 1986, 156, 220-222 10.1016/0003-2697(86)90176-4
35. D'Este, M.; Eglin, D.; Alini, M. Carbohydr. Polym. 2014, 108, 239-246 10.1016/j.carbpol.2014.02.070
36. Park, C.; Vo, C. L.; Kang, T.; Oh, E.; Lee, B. J. Eur. J. Pharm. Biopharm. 2015, 89, 365-373 10.1016/j.ejpb.2014.12.002
37. Nakajima, N.; Ikada, Y. Bioconjugate Chem. 1995, 6, 123-130 10.1021/bc00031a015
38. Keil-Dlouha, V. V.; Zylber, N.; Imhoff, J.; Tong, N.; Keil, B. FEBS Lett. 1971, 16, 291-295 10.1016/0014-5793(71)80373-3
39. Tabb, D. L.; Smith, L. L.; Breci, L. A.; Wysocki, V. H.; Lin, D.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 2003, 75, 1155-1163 10.1021/ac026122m
40. Cheng, X. L.; Wei, F.; Chen, J.; Li, M. H.; Zhang, L.; Zhao, Y. Y.; Xiao, X. Y.; Ma, S. C.; Lin, R. C. J. Anal. Methods Chem. 2014, 2014, 764397 10.1155/2014/764397
41. Zhang, X.; Ye, J.; Engholm-Keller, K.; Hojrup, P. Proteomics 2011, 11, 81-93 10.1002/pmic.201000453