MyCompoundID MS/MS Search: Metabolite Identification Using a Library of Predicted Fragment-Ion-Spectra of 383,830 Possible Human Metabolites

Analytical Chemistry

Volumn 87, Issue 20, 2015, Pages 10619-10626

  Huan, Tao ^a   Tang, Chenqu ^a   Li, Ronghong ^a   Shi, Yi ^a   Lin, Guohui ^a   Li, Liang ^a  

^a UNIVERSITY OF ALBERTA   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOMOLECULES; METABOLISM;

ANALYTICAL TOOL; HUMAN METABOLITES; HUMAN URINE SAMPLES; METABOLIC PRODUCTS; METABOLIC REACTIONS; METABOLITE IDENTIFICATION; PUTATIVE METABOLITES; SPECTRAL LIBRARIES;

METABOLITES;

ORGANIC COMPOUND;

ALGORITHM; CHEMICAL STRUCTURE; FACTUAL DATABASE; HUMAN; METABOLISM; METABOLOMICS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

ALGORITHMS; DATABASES, FACTUAL; HUMANS; METABOLOMICS; MOLECULAR STRUCTURE; ORGANIC CHEMICALS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 84945249632     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.5b03126     Document Type: Article

References (22)

1. Li, L.; Li, R. H.; Zhou, J. J.; Zuniga, A.; Stanislaus, A. E.; Wu, Y. M.; Huan, T.; Zheng, J. M.; Shi, Y.; Wishart, D. S.; Lin, G. H. Anal. Chem. 2013, 85, 3401-3408 10.1021/ac400099b
2. Brown, M.; Dunn, W. B.; Dobson, P.; Patel, Y.; Winder, C. L.; Francis-McIntyre, S.; Begley, P.; Carroll, K.; Broadhurst, D.; Tseng, A.; Swainston, N.; Spasic, I.; Goodacre, R.; Kell, D. B. Analyst 2009, 134, 1322-1332 10.1039/b901179j
3. Dunn, W. B.; Erban, A.; Weber, R. J. M.; Creek, D. J.; Brown, M.; Breitling, R.; Hankemeier, T.; Goodacre, R.; Neumann, S.; Kopka, J.; Viant, M. R. Metabolomics 2013, 9, 44-66 10.1007/s11306-012-0434-4
4. Oberacher, H.; Whitley, G.; Berger, B. J. Mass Spectrom. 2013, 48, 487-496 10.1002/jms.3184
5. Stein, S. Anal. Chem. 2012, 84, 7274-7282 10.1021/ac301205z
6. Wishart, D. S.; Tzur, D.; Knox, C.; Eisner, R.; Guo, A. C.; Young, N.; Cheng, D.; Jewell, K.; Arndt, D.; Sawhney, S.; Fung, C.; Nikolai, L.; Lewis, M.; Coutouly, M. A.; Forsythe, I.; Tang, P.; Shrivastava, S.; Jeroncic, K.; Stothard, P.; Amegbey, G.; Block, D.; Hau, D. D.; Wagner, J.; Miniaci, J.; Clements, M.; Gebremedhin, M.; Guo, N.; Zhang, Y.; Duggan, G. E.; MacInnis, G. D.; Weljie, A. M.; Dowlatabadi, R.; Bamforth, F.; Clive, D.; Greiner, R.; Li, L.; Marrie, T.; Sykes, B. D.; Vogel, H. J.; Querengesser, L. Nucleic Acids Res. 2007, 35, D521-D526 10.1093/nar/gkl923
7. Smith, C. A.; O'Maille, G.; Want, E. J.; Qin, C.; Trauger, S. A.; Brandon, T. R.; Custodio, D. E.; Abagyan, R.; Siuzdak, G. Ther. Drug Monit. 2005, 27, 747-751 10.1097/01.ftd.0000179845.53213.39
8. Tautenhahn, R.; Cho, K.; Uritboonthai, W.; Zhu, Z. J.; Patti, G. J.; Siuzdak, G. Nat. Biotechnol. 2012, 30, 826-828 10.1038/nbt.2348
9. Horai, H.; Arita, M.; Kanaya, S.; Nihei, Y.; Ikeda, T.; Suwa, K.; Ojima, Y.; Tanaka, K.; Tanaka, S.; Aoshima, K.; Oda, Y.; Kakazu, Y.; Kusano, M.; Tohge, T.; Matsuda, F.; Sawada, Y.; Hirai, M. Y.; Nakanishi, H.; Ikeda, K.; Akimoto, N.; Maoka, T.; Takahashi, H.; Ara, T.; Sakurai, N.; Suzuki, H.; Shibata, D.; Neumann, S.; Iida, T.; Funatsu, K.; Matsuura, F.; Soga, T.; Taguchi, R.; Saito, K.; Nishioka, T. J. Mass Spectrom. 2010, 45, 703-714 10.1002/jms.1777
10. Hill, A. W.; Mortishire-Smith, R. J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2005, 19, 3111-3118 10.1002/rcm.2177
11. Heinonen, M.; Rantanen, A.; Mielikainen, T.; Kokkonen, J.; Kiuru, J.; Ketola, R. A.; Rousu, J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2008, 22, 3043-3052 10.1002/rcm.3701
12. Wolf, S.; Schmidt, S.; Muller-Hannemann, M.; Neumann, S. BMC Bioinf. 2010, 11, 148 10.1186/1471-2105-11-148
13. Rasche, F.; Scheubert, K.; Hufsky, F.; Zichner, T.; Kai, M.; Svatos, A.; Bocker, S. Anal. Chem. 2012, 84, 3417-3426 10.1021/ac300304u
14. Rojas-Cherto, M.; Peironcely, J. E.; Kasper, P. T.; van der Hooft, J. J. J.; de Vos, R. C. H.; Vreeken, R.; Hankemeier, T.; Reijmers, T. Anal. Chem. 2012, 84, 5524-5534 10.1021/ac2034216
15. Hufsky, F.; Scheubert, K.; Bocker, S. TrAC, Trends Anal. Chem. 2014, 53, 41-48 10.1016/j.trac.2013.09.008
16. Ma, Y.; Kind, T.; Yang, D. W.; Leon, C.; Fiehn, O. Anal. Chem. 2014, 86, 10724-10731 10.1021/ac502818e
17. Ridder, L.; van der Hooft, J. J. J.; Verhoeven, S.; de Vos, R. C. H.; Vervoort, J.; Bino, R. J. Anal. Chem. 2014, 86, 4767-4774 10.1021/ac403875b
18. Wang, Y. F.; Kora, G.; Bowen, B. P.; Pan, C. L. Anal. Chem. 2014, 86, 9496-9503 10.1021/ac5014783
19. Zhou, J. R.; Weber, R. J. M.; Allwood, J. W.; Mistrik, R.; Zhu, Z. X.; Ji, Z.; Chen, S. P.; Dunn, W. B.; He, S.; Viant, M. R. Bioinformatics 2014, 30, 581-583 10.1093/bioinformatics/btt711
20. Allen, F.; Greiner, R.; Wishart, D. Metabolomics 2015, 11, 98-110 10.1007/s11306-014-0676-4
21. Vaniya, A.; Fiehn, O. TrAC, Trends Anal. Chem. 2015, 69, 52-61 10.1016/j.trac.2015.04.002
22. Wang, N.; Li, L. Anal. Chem. 2008, 80, 4696-4710 10.1021/ac800260w