Targeted Proteomics of Human Metapneumovirus in Clinical Samples and Viral Cultures

Analytical Chemistry

Volumn 87, Issue 20, 2015, Pages 10247-10254

  Foster, Matthew W ^a   Gerhardt, Geoff ^b   Robitaille, Lynda ^c   Plante, Pier Luc ^c   Boivin, Guy ^c   Corbeil, Jacques ^c   Moseley, M Arthur ^a  

^a DUKE UNIVERSITY MEDICAL CENTER   (United States)

^b WATERS CORPORATION   (United States)

^c UNIVERSITÉ LAVAL   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR BIOLOGY; NUCLEIC ACIDS; PEPTIDES; PROTEINS; SPECTROMETRY; VIRUSES;

BACTERIAL PATHOGENS; INFECTIOUS PATHOGENS; LIMITS OF DETECTION; LIQUID CHROMATOGRAPHY TANDEM MASS SPECTROMETRY (LC MS/MS); MULTIPLE REACTION MONITORING; NEXT-GENERATION SEQUENCING; RESPIRATORY TRACT INFECTIONS; TARGETED PROTEOMICS;

POLYMERASE CHAIN REACTION;

PROTEOME; VIRUS PROTEIN; VIRUS RNA;

CELL CULTURE; CHEMISTRY; GENETICS; GROWTH, DEVELOPMENT AND AGING; HUMAN; ISOLATION AND PURIFICATION; LIQUID CHROMATOGRAPHY; METAPNEUMOVIRUS; PARAMYXOVIRUS INFECTION; PROTEOMICS; TANDEM MASS SPECTROMETRY; VIROLOGY;

CELLS, CULTURED; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; HUMANS; METAPNEUMOVIRUS; PARAMYXOVIRIDAE INFECTIONS; PROTEOME; PROTEOMICS; RNA, VIRAL; TANDEM MASS SPECTROMETRY; VIRAL PROTEINS;

EID: 84945143960     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.5b01544     Document Type: Article

References (36)

1. Shaw, J.; Welch, T. R.; Milstone, A. M. JAMA Pediatr. 2014, 168, 981-982 10.1001/jamapediatrics.2014.2628
2. Lancet Infect. Dis. 2014, 14, 1023. 10.1016/S1473-3099(14)70968-5
3. Guarner, J. Am. J. Clin. Pathol. 2014, 142, 428-430 10.1309/AJCPEPQB4G3ECCOP
4. Zumla, A.; Al-Tawfiq, J. A.; Enne, V. I.; Kidd, M.; Drosten, C.; Breuer, J.; Muller, M. A.; Hui, D.; Maeurer, M.; Bates, M.; Mwaba, P.; Al-Hakeem, R.; Gray, G.; Gautret, P.; Al-Rabeeah, A. A.; Memish, Z. A.; Gant, V. Lancet Infect. Dis. 2014, 14, 1123-1135 10.1016/S1473-3099(14)70827-8
5. Raymond, F.; Carbonneau, J.; Boucher, N.; Robitaille, L.; Boisvert, S.; Wu, W. K.; De Serres, G.; Boivin, G.; Corbeil, J. J. Clin. Microbiol. 2009, 47, 743-750 10.1128/JCM.01297-08
6. Kaleta, E. J.; Clark, A. E.; Cherkaoui, A.; Wysocki, V. H.; Ingram, E. L.; Schrenzel, J.; Wolk, D. M. Clin. Chem. 2011, 57, 1057-1067 10.1373/clinchem.2011.161968
7. Wolk, D. M.; Kaleta, E. J.; Wysocki, V. H. J. Mol. Diagn. 2012, 14, 295-304 10.1016/j.jmoldx.2012.02.005
8. Downard, K. M. Chem. Soc. Rev. 2013, 42, 8584-8595 10.1039/c3cs60081e
9. Nguyen, A. P.; Downard, K. M. Anal. Chem. 2013, 85, 1097-1105 10.1021/ac302962u
10. Schwahn, A. B.; Wong, J. W.; Downard, K. M. Anal. Chem. 2010, 82, 4584-4590 10.1021/ac100594j
11. Schwahn, A. B.; Wong, J. W.; Downard, K. M. Anal. Chem. 2009, 81, 3500-3506 10.1021/ac900026f
12. Schwahn, A. B.; Wong, J. W.; Downard, K. M. Eur. Mass Spectrom. 2010, 16, 321-329 10.1255/ejms.1056
13. Santana, W. I.; Williams, T. L.; Winne, E. K.; Pirkle, J. L.; Barr, J. R. Anal. Chem. 2014, 86, 4088-4095 10.1021/ac4040778
14. Williams, T. L.; Pirkle, J. L.; Barr, J. R. Vaccine 2012, 30, 2475-2482 10.1016/j.vaccine.2011.12.056
15. Luna, L. G.; Williams, T. L.; Pirkle, J. L.; Barr, J. R. Anal. Chem. 2008, 80, 2688-2693 10.1021/ac701945h
16. Feuillet, F.; Lina, B.; Rosa-Calatrava, M.; Boivin, G. J. Clin. Virol. 2012, 53, 97-105 10.1016/j.jcv.2011.10.002
17. Hamelin, M. E.; Abed, Y.; Boivin, G. Clin. Infect. Dis. 2004, 38, 983-990 10.1086/382536
18. Cote, S.; Abed, Y.; Boivin, G. J. Clin. Microbiol. 2003, 41, 3631-3635 10.1128/JCM.41.8.3631-3635.2003
19. Klemenc, J.; Asad Ali, S.; Johnson, M.; Tollefson, S. J.; Talbot, H. K.; Hartert, T. V.; Edwards, K. M.; Williams, J. V. J. Clin. Virol. 2012, 54, 371-375 10.1016/j.jcv.2012.05.005
20. Hamelin, M. E.; Yim, K.; Kuhn, K. H.; Cragin, R. P.; Boukhvalova, M.; Blanco, J. C.; Prince, G. A.; Boivin, G. J. Virol. 2005, 79, 8894-8903 10.1128/JVI.79.14.8894-8903.2005
21. Bastien, N.; Normand, S.; Taylor, T.; Ward, D.; Peret, T. C.; Boivin, G.; Anderson, L. J.; Li, Y. Virus Res. 2003, 93, 51-62 10.1016/S0168-1702(03)00065-0
22. Hamelin, M. E.; Couture, C.; Sackett, M. K.; Boivin, G. J. Gen. Virol. 2007, 88, 3391-3400 10.1099/vir.0.83250-0
23. Foster, M. W.; Thompson, J. W.; Ledford, J. G.; Dubois, L. G.; Hollingsworth, J. W.; Francisco, D.; Tanyaratsrisakul, S.; Voelker, D. R.; Kraft, M.; Moseley, M. A.; Foster, W. M. J. Proteome Res. 2014, 13, 3722-3732 10.1021/pr500307f
24. MacLean, B.; Tomazela, D. M.; Shulman, N.; Chambers, M.; Finney, G. L.; Frewen, B.; Kern, R.; Tabb, D. L.; Liebler, D. C.; MacCoss, M. J. Bioinformatics 2010, 26, 966-968 10.1093/bioinformatics/btq054
25. Boisvert, S.; Raymond, F.; Godzaridis, E.; Laviolette, F.; Corbeil, J. Genome Biol. 2012, 13, R122 10.1186/gb-2012-13-12-r122
26. Tedcastle, A. B.; Fenwick, F.; Ingram, R. E.; King, B. J.; Robinson, M. J.; Toms, G. L. J. Med. Virol. 2012, 84, 1061-1070 10.1002/jmv.23298
27. Carr, S. A.; Abbatiello, S. E.; Ackermann, B. L.; Borchers, C.; Domon, B.; Deutsch, E. W.; Grant, R. P.; Hoofnagle, A. N.; Huttenhain, R.; Koomen, J. M.; Liebler, D. C.; Liu, T.; MacLean, B.; Mani, D. R.; Mansfield, E.; Neubert, H.; Paulovich, A. G.; Reiter, L.; Vitek, O.; Aebersold, R.; Anderson, L.; Bethem, R.; Blonder, J.; Boja, E.; Botelho, J.; Boyne, M.; Bradshaw, R. A.; Burlingame, A. L.; Chan, D.; Keshishian, H.; Kuhn, E.; Kinsinger, C.; Lee, J. S.; Lee, S. W.; Moritz, R.; Oses-Prieto, J.; Rifai, N.; Ritchie, J.; Rodriguez, H.; Srinivas, P. R.; Townsend, R. R.; Van Eyk, J.; Whiteley, G.; Wiita, A.; Weintraub, S. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 907-917 10.1074/mcp.M113.036095
28. Njenga, M. K.; Lwamba, H. M.; Seal, B. S. Virus Res. 2003, 91, 163-169 10.1016/S0168-1702(02)00256-3
29. Manoha, C.; Bour, J. B.; Pitoiset, C.; Darniot, M.; Aho, S.; Pothier, P. J. Med. Virol. 2008, 80, 154-158 10.1002/jmv.21038
30. Yang, C. F.; Wang, C. K.; Tollefson, S. J.; Piyaratna, R.; Lintao, L. D.; Chu, M.; Liem, A.; Mark, M.; Spaete, R. R.; Crowe, J. E., Jr.; Williams, J. V. Virol. J. 2009, 6, 138 10.1186/1743-422X-6-138
31. Mani, D. R.; Abbatiello, S. E.; Carr, S. A. BMC Bioinf. 2012, 13 (Suppl 16) S9 10.1186/1471-2105-13-S16-S9
32. Addona, T. A.; Abbatiello, S. E.; Schilling, B.; Skates, S. J.; Mani, D. R.; Bunk, D. M.; Spiegelman, C. H.; Zimmerman, L. J.; Ham, A. J.; Keshishian, H.; Hall, S. C.; Allen, S.; Blackman, R. K.; Borchers, C. H.; Buck, C.; Cardasis, H. L.; Cusack, M. P.; Dodder, N. G.; Gibson, B. W.; Held, J. M.; Hiltke, T.; Jackson, A.; Johansen, E. B.; Kinsinger, C. R.; Li, J.; Mesri, M.; Neubert, T. A.; Niles, R. K.; Pulsipher, T. C.; Ransohoff, D.; Rodriguez, H.; Rudnick, P. A.; Smith, D.; Tabb, D. L.; Tegeler, T. J.; Variyath, A. M.; Vega-Montoto, L. J.; Wahlander, A.; Waldemarson, S.; Wang, M.; Whiteaker, J. R.; Zhao, L.; Anderson, N. L.; Fisher, S. J.; Liebler, D. C.; Paulovich, A. G.; Regnier, F. E.; Tempst, P.; Carr, S. A. Nat. Biotechnol. 2009, 27, 633-641 10.1038/nbt.1546
33. Anderson, N. L.; Anderson, N. G.; Haines, L. R.; Hardie, D. B.; Olafson, R. W.; Pearson, T. W. J. Proteome Res. 2004, 3, 235-244 10.1021/pr034086h
34. Zhao, L.; Whiteaker, J. R.; Pope, M. E.; Kuhn, E.; Jackson, A.; Anderson, N. L.; Pearson, T. W.; Carr, S. A.; Paulovich, A. G. J. Vis. Exp. 2011, 53, 2812 10.3791/2812.
35. Choudhary, M. L.; Anand, S. P.; Sonawane, N. S.; Chadha, M. S. Arch. Virol. 2014, 159, 217-225 10.1007/s00705-013-1812-6
36. Papenburg, J.; Carbonneau, J.; Isabel, S.; Bergeron, M. G.; Williams, J. V.; De Serres, G.; Hamelin, M. E.; Boivin, G. J. Clin. Virol. 2013, 58, 541-547 10.1016/j.jcv.2013.08.029