Theoretical analysis of ion conductance and gating transitions in the OpdK (OccK1) channel

Analyst

Volumn 140, Issue 14, 2015, Pages 4855-4864

  Pothula, Karunakar Reddy ^a   Kleinekathöfer, Ulrich ^a  

^a JACOBS UNIVERSITY BREMEN   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ION CHANNEL;

CHANNEL GATING; CHEMISTRY; MOLECULAR DYNAMICS; PHYSIOLOGY;

ION CHANNEL GATING; ION CHANNELS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION;

EID: 84934324313     PISSN: 00032654     EISSN: 13645528     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5an00036j     Document Type: Article

References (51)

1. B. Hille, Ion Channels of Excitable Membranes, Sinauer, Sunderland, MA, 3rd edn, 2001
2. M. R. Blatt G. Thiel Annu. Rev. Plant Biol. 1993 44 543 567
3. H. Nikaido Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2003 67 593 656
4. Bacterial and Eukaryotic Porins, ed., R. Benz, Wiley-VCH, Weinheim, 2004
5. B. R. Cheneke B. van den Berg L. Movileanu Biochemistry 2011 50 4987 4997
6. H. Hong G. Szabo L. K. Tamm Nat. Chem. Biol. 2006 2 627 635
7. M. Chen S. Khalid M. S. P. Sansom H. Bayley Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 6272 6277
8. W. L. Hwang M. Chen B. Cronin M. A. Holden H. Bayley J. Am. Chem. Soc. 2008 130 5878 5879
9. B. R. Cheneke M. Indic B. van den Berg L. Movileanu Biochemistry 2012 51 5348 5358
10. S. A. Mari S. Köster C. A. Bippes Ö. Yildiz W. Kühlbrandt D. J. Muller J. Mol. Biol. 2010 396 610 616
11. B. W. Lepore M. Indic H. Pham E. M. Hearn D. R. Patel B. van den Berg Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 10121 10126
12. N. Liu H. Samartzidou K. W. Lee J. M. Briggs A. H. Delcour Protein Eng. 2000 13 491 500
13. A. Basle R. Iyer A. H. Delcour Biochim. Biophys. Acta 2004 1664 100 107
14. S. Khalid P. J. Bond T. Carpenter M. S. Sansom Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2008 1778 1871 1880
15. E. Eren J. Vijayaraghavan J. Liu B. R. Cheneke D. S. Touw B. W. Lepore M. Indic L. Movileanu B. van den Berg PLoS Biol. 2012 10 e1001242
16. S. Biswas M. M. Mohammad D. R. Patel L. Movileanu B. van den Berg Nat. Struct. Mol. Biol. 2007 14 1108 1109
17. S. Biswas M. M. Mohammad D. R. Patel L. Movileanu B. van den Berg Structure 2008 16 1027 1035
18. B. R. Cheneke B. van den Berg L. Movileanu ACS Chem. Biol. 2014 10.1021/cb5008025
19. S. Tamber E. Maier R. Benz R. E. W. Hancock J. Bacteriol. 2007 189 929 939
20. J. Liu E. Eren J. Vijayaraghavan B. R. Cheneke M. Indic B. van den Berg L. Movileanu Biochemistry 2012 51 2319 2330
21. N. Modi M. Winterhalter U. Kleinekathöfer Nanoscale 2012 4 6166 6180
22. C. Maffeo S. Bhattacharya J. Yoo D. Wells A. Aksimentiev Chem. Rev. 2012 112 6250 6284
23. C. Soares J. Björkstén O. Tapia Protein Eng. 1995 8 5 12
24. M. Sotomayor K. Schulten Biophys. J. 2004 87 3050 3055
25. A. Aksimentiev K. Schulten Biophys. J. 2005 88 3745 3761
26. C. Chimerel L. Movileanu S. Pezeshki M. Winterhalter U. Kleinekathöfer Eur. Biophys. J. 2008 38 121 125
27. S. Pezeshki C. Chimerel A. Bessenov M. Winterhalter U. Kleinekathöfer Biophys. J. 2009 97 1898 1906
28. I. Biro S. Pezeshki H. Weingart M. Winterhalter U. Kleinekathöfer Biophys. J. 2010 98 1830 1839
29. T. J. Piggot D. A. Holdbrook S. Khalid Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2013 1828 284 293
30. N. Modi R. Benz R. E. W. Hancock U. Kleinekathöfer J. Phys. Chem. Lett. 2012 3 3639 3645
31. N. Modi I. Bárcena-Uribarri M. Bains R. Benz R. E. Hancock U. Kleinekathöfer Biochemistry 2013 52 5522 5532
32. N. Modi I. Bárcena-Uribarri M. Bains R. Benz R. E. Hancock U. Kleinekathöfer ACS Chem. Biol. 2015 10 441 451
33. E. Eren J. Parkin A. Adelanwa B. Cheneke L. Movileanu S. Khalid B. Van den Berg J. Biol. Chem. 2013 288 12042 12053
34. J. Parkin S. Khalid Biophys. J. 2014 107 1853 1861
35. C. Danelon E. M. Nestorovich M. Winterhalter M. Ceccarelli S. M. Bezrukov Biophys. J. 2006 90 1617 1617
36. K. R. Mahendran E. Hajjar T. Mach M. Lovelle A. Kumar I. Sousa E. Spiga H. Weingart P. Gameiro M. Winterhalter M. Ceccarelli J. Phys. Chem. B 2010 114 5170 5179
37. M. Ceccarelli P. Ruggerone Curr. Drug Targets 2008 9 779 788
38. E. Hajjar A. Bessonov A. Molitor A. Kumar K. R. Mahendran M. Winterhalter J.-M. Pages P. Ruggerone M. Ceccarelli Biochemistry 2010 49 6928 6935
39. P. Raj Singh M. Ceccarelli M. Lovelle M. Winterhalter K. R. Mahendran J. Phys. Chem. B 2012 116 4433 4438
40. P. Sampathkumar F. Lu X. Zhao Z. Li J. Gilmore K. Bain M. E. Rutter T. Gheyi K. D. Schwinn J. B. Bonanno et al. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2010 78 3056 3062
41. N. Eswar B. Webb M. A. Marti Renom M. Madhusudhan D. Eramian M.-y. Shen U. Pieper A. Sali Curr. Protoc. Bioinf. 2006 15 5.6.1 5.6.30
42. W. F. Humphrey A. Dalke K. Schulten J. Mol. Graphics 1996 14 33 38
43. J. Gumbart F. Khalili Araghi M. Sotomayor B. Roux Biochim. Biophys. Acta 2012 1818 294 302
44. J. C. Phillips R. Braun W. Wang J. Gumbart E. Tajkhorshid E. Villa C. Chipot R. D. Skeel L. Kale K. Schulten J. Comput. Chem. 2005 26 1781 1802
45. A. MacKerell D. Bashford M. Bellott R. Dunbrack J. Evanseck M. Field S. Fischer J. Gao H. Guo S. Ha D. Joseph McCarthy L. Kuchnir K. Kuczera F. Lau C. Mattos S. Michnick T. Ngo D. Nguyen B. Prodhom W. Reiher B. Roux M. Schlenkrich J. Smith R. Stote J. Straub M. Watanabe J. Wiorkiewicz Kuczera D. Yin M. Karplus J. Phys. Chem. B 1998 102 3586 3616
46. T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089 10092
47. M. Tuckerman B. Berne G. Martyna J. Chem. Phys. 1992 97 1990 2001
48. W. Van Gunsteren H. Berendsen Mol. Phys. 1977 34 1311 1327
49. Y. Liu F. Zhu Biophys. J. 2013 104 368 376
50. N. Liu A. H. Delcour Protein Eng. 1998 11 797 802
51. E. L. Wu P. J. Fleming M. S. Yeom G. Widmalm J. B. Klauda K. G. Fleming W. Im Biophys. J. 2014 106 2493 2502