Loop nucleotides impact the stability of intrastrand i-motif structures at neutral pH

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 17, Issue 26, 2015, Pages 16719-16722

  Fujii, Taiga ^a   Sugimoto, Naoki ^a  

^a KONAN UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

NUCLEOTIDE;

CHEMISTRY; GENETICS; NUCLEOTIDE MOTIF; PH; THERMODYNAMICS;

HYDROGEN-ION CONCENTRATION; NUCLEOTIDE MOTIFS; NUCLEOTIDES; THERMODYNAMICS;

EID: 84934301353     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5cp02794b     Document Type: Article

References (39)

1. H. Tateishi-Karimata N. Isono N. Sugimoto PLoS One 2014 9 e9058
2. T. Endoh Y. Kawasaki N. Sugimoto Nucleic Acids Res. 2013 41 6222
3. T. Endoh Y. Kawasaki N. Sugimoto Angew. Chem., Int. Ed. 2013 52 5522
4. S. A. Ohnmacht E. Varavipour R. Nanjunda I. Pazitna G. D. Vita M. Gunaratnam A. Kumar M. A. Ismail D. W. Boykin W. D. Wilson S. Neidle Chem. Commun. 2014 50 960
5. A. Marchand R. Ferreira H. Tateishi-Karimata D. Miyoshi N. Sugimoto V. Gabelica J. Phys. Chem. B 2013 117 12391
6. P. A. Rachwal I. S. Findlow J. M. Werner T. Brown K. R. Fox Nucleic Acids Res. 2007 35 4212
7. P. A. Rachwal T. Brown K. R. Fox FEBS Lett. 2007 581 1657
8. J. R. Williamson M. K. Raghuraman T. R. Cech Cell 1989 59 871
9. J. M. Dettler R. Buscaglia J. J. Cui D. Cashman M. Blynn E. A. Lewis Biophys. J. 2010 99 561
10. D. Sun L. H. Hurley J. Med. Chem. 2009 52 2863
11. T. Simonsson M. Pribylova M. Vorlickova Biochem. Biophys. Res. Commun. 2000 278 158
12. Y. Cui D. Koirala H. Kang S. Dhakal P. Yangyuoru L. H. Hurley H. Mao Nucleic Acids Res. 2014 42 5755
13. H.-J. Kang S. Kendrick S. M. Hecht L. H. Hurley J. Am. Chem. Soc. 2014 136 4172
14. S. Kendrick H.-J. Kang M. P. Alam M. M. Madathil P. Agrawal V. Gokhale D. Yang S. M. Hecht L. H. Hurley J. Am. Chem. Soc. 2014 136 4161
15. S. Kendrick Y. Akiyama S. M. Hecht L. H. Hurley J. Am. Chem. Soc. 2009 131 17667
16. T. S. Dexheimer D. Sun L. H. Hurley J. Am. Chem. Soc. 2006 128 5404
17. K. Guo A. Pourpak K. Beetz-Rogers V. Gokhale D. Sun L. H. Hurley J. Am. Chem. Soc. 2007 129 10220
18. D. Sun K. Guo Y. J. Shin Nucleic Acids Res. 2011 39 1256
19. K. Guo V. Gokhale L. H. Hurey D. Sun Nucleic Acids Res. 2008 36 4598
20. Y. Qin E. M. Rezler V. Gokhale D. Sun L. H. Hurey Nucleic Acids Res. 2007 35 7698
21. R. D. Armond S. Wood D. Sun L. H. Hurey S. W. Ebbinghaus Biochemistry 2005 44 16341
22. S. L. Palumbo S. W. Ebbinghaus L. H. Hurley J. Am. Chem. Soc. 2009 131 10878
23. Y.-W. Chen C.-R. Jhan S. Neidle M.-H. Hou Angew. Chem., Int. Ed. 2014 53 10682
24. K. Gehring J.-L. Leroy M. Guéron Nature 1993 363 561
25. S. Benabou A. Aviño R. Eritja C. González R. Gargallo RSC Adv. 2014 4 26956
26. A. Rajendran S. Nakano N. Sugimoto Chem. Commun. 2010 46 1299
27. I. V. Nesterova E. E. Nesterov J. Am. Chem. Soc. 2014 136 8843
28. T. Li M. Famulok J. Am. Chem. Soc. 2013 135 1593
29. T. A. Brooks S. Kendrick L. Hurley FEBS J. 2010 277 3459
30. J. W. Park Y. J. Seo B. H. Kim Chem. Commun. 2014 50 52
31. Y. Xu H. Sugiyama Nucleic Acids Res. 2006 34 949
32. A. L. Lieblein B. Fürtig H. Schwalbe ChemBioChem 2013 14 1226
33. I. J. Lee J. W. Yi B. H. Kim Chem. Commun. 2009 5383
34. J. A. Brazier A. Shah G. D. Brown Chem. Commun. 2012 48 10739
35. S. P. Gurung C. Schwarz J. P. Hall C. J. Cardin J. A. Brazier Chem. Commun. 2015 51 5630
36. S. M. Reilly R. K. Morgan T. A. Brooks R. M. Wadkins Biochemistry 2015 54 1364
37. D. H. Turner N. Sugimoto R. Kierzek S. D. Dreiker J. Am. Chem. Soc. 1987 109 3783
38. S. Dhakal J. L. Lafontaine Z. Yu D. Koirala H. Mao PLoS One 2012 7 e39271
39. S. Dhakal D. J. Schonhoft D. Koirala Z. Yu S. Basu H. Mao J. Am. Chem. Soc. 2010 132 8991