In silico antibacterial activity modeling based on the TOMOCOMD-CARDD approach

Journal of the Brazilian Chemical Society

Volumn 26, Issue 6, 2015, Pages 1218-1226

  Castillo Garit, Juan A ^a,b,c   Marrero Ponce, Yovani ^b,c,d   Barigye, Stephen J ^e   Medina Marrero, Ricardo ^a,b   Bernal, Milagros G ^a,b   De La Vega, José M G ^f   Torrens, Francisco ^c   Arán, Vicente J ^g   Pérez Giménez, Facundo ^c   García Domenech, Ramón ^c   Acevedo Barrios, Rosa ^d  

^a CENTRAL UNIVERSITY OF LAS VILLAS   (Cuba)

^b Comp Aided Molec Biosilico Discov and Bioinfo Research Intl Netwk ^*  (Colombia)

^c UNIVERSITY OF VALENCIA   (Spain)

^d UNIVERSIDAD TECNOLÓGICA DE BOLÍVAR   (Colombia)

^e FEDERAL UNIVERSITY OF LAVRAS   (Brazil)

^f UNIVERSIDAD AUTÓNOMA DE MADRID   (Spain)

^g INSTITUTO DE QUÍMICA MÉDICA   (Spain)

Author keywords

Antibacterial activity; Atom based bilinear index; Linear discriminant analysis; QSAR; TOMOCOMD CARDD software; Virtual screening

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EID: 84930670379     PISSN: 01035053     EISSN: 16784790     Source Type: Journal    
DOI: 10.5935/0103-5053.20150087     Document Type: Article

References (59)

1. Hede, K.; Nature 2014, 509, S2.
2. Projan, S. J.; Shlaes, D. M.; Clin. Microbiol. Infect. 2004, 10, 18.
3. McKenna, M.; Nature 2013, 499, 394.
4. Dimov, D.; Nedyalkova, Z.; Haladjova, S.; Schüürmann, G.; Mekenyan, O.; QSAR Comb. Sci. 2001, 20, 298.
5. Greenwood, D.; J. Med. Microbiol. 1998, 47, 751.
6. Tenover, F. C.; Clin. Infect. Dis. 2001, 33, S108.
7. Hooper, D. C.; Clin. Infect. Dis. 2001, 33, S157.
8. Collis, C.; Hall, R.; Antimicrob. Agents Chemother. 1995, 39, 155.
9. Xiong, Y.; Caillon, J.; Drugeon, H.; Potel, G.; Baron, D.; Antimicrob. Agents Chemother. 1996, 40, 35.
10. Maskell, J.; Sefton, A.; Hall, L.; Antimicrob. Agents Chemother. 1997, 41, 2121.
11. Marrero-Ponce, Y.; Medina-Marrero, R.; Torrens, F.; Martinez, Y.; Romero-Zaldivar, V.; Castro, E. A.; Bioorg. Med. Chem. 2005, 13, 2881.
12. Wölcke, J.; Ullmann, D.; Drug Discovery Today 2001, 6, 637.
13. Cronin, M. T. D.; Aptula, A. O.; Dearden, J. C.; Duffy, J. C.; Netzeva, T. I.; Patel, H.; Rowe, P. H.; Schultz, T. W.; Worth, A. P.; Voutzoulidis, K.; Schuurmann, G.; J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2002, 42, 869.
14. Walters, W. P.; Murcko, A. A.; Murcko, M. A.; Curr. Opin. Chem. Biol. 1999, 3, 384.
15. Seifert, M. H. J.; Wolf, K.; Vitt, D.; BIOSILICO 2003, 1, 143.
16. Mishra, R. K.; Garcia-Domenech, R.; Galvez, J.; J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2001, 41, 387.
17. Garcia-Domenech, R.; de Julian-Ortiz, J. V.; J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1998, 38, 445.
18. Tomás-Vert, F.; Pérez-Giménez, F.; Salabert-Salvador, M. T.; García-March, F. J.; Jaén-Oltra, J.; J. Mol. Struct.: THEOCHEM 2000, 504, 249.
19. Molina, E.; Diaz, H. G.; Gonzalez, M. P.; Rodriguez, E.; Uriarte, E.; J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 515.
20. Murcia-Soler, M.; Perez-Gimenez, F.; Garcia-March, F. J.; Salabert-Salvador, M. T.; Diaz-Villanueva, W.; Castro-Bleda, M. J.; Villanueva-Pareja, A.; J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 1031.
21. Cherkasov, A.; Int. J. Mol. Sci. 2005, 6, 63.
22. Barigye, S. J.; Marrero-Ponce, Y.; López, Y. M.; Santiago, O. M.; Torrens, F.; Domenech, R. G.; Galvez, J.; SAR QSAR Environ. Res. 2013, 24, 3.
23. Hansch, C.; Fujita, T.; J. Am. Chem. Soc. 1964, 86, 1616.
24. Hansch, C.; Maloney, P. P.; Fujita, T.; Muir, R. M.; Nature 1962, 194, 178.
25. Roberts, D. W.; Williams, D. L.; J. Theor. Biol. 1982, 99, 807.
26. Estrada, E.; Patlewicz, G.; Chamberlain, M.; Basketter, D.; Larbey, S.; Chem. Res. Toxicol. 2003, 16, 1226.
27. Miller, M. D.; Yourtee, D. M.; Glaros, A. G.; Chappelow, C. C.; Eick, J. D.; Holder, A. J.; J. Chem. Inf. Model. 2005, 45, 924.
28. Fedorowicz, A.; Zheng, L.; Singh, H.; Demchuk, E.; Int. J. Mol. Sci. 2004, 5, 56.
29. García-Jacas, C. R.; Marrero-Ponce, Y.; Acevedo-Martínez, L.; Barigye, S. J.; Valdés-Martiní, J. R.; Contreras-Torres, E.; J. Comp. Chem. 2014, 35, 1395.
30. Marrero-Ponce, Y.; Castillo-Garit, J. A.; Olazabal, E.; Serrano, H. S.; Morales, A.; Castanedo, N.; Ibarra-Velarde, F.; Huesca-Guillen, A.; Sanchez, A. M.; Torrens, F.; Castro, E. A.; Bioorg. Med. Chem. 2005, 13, 1005.
31. Marrero-Ponce, Y.; Iyarreta-Veitia, M.; Montero-Torres, A.; Romero-Zaldivar, C.; Brandt, C. A.; Avila, P. E.; Kirchgatter, K.; Machado, Y.; J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2005, 45, 1082.
32. Marrero-Ponce, Y.; Meneses-Marcel, A.; Catillo-Garit, J. A.; Machado-Tugores, Y.; Escario, J. A.; Gómez-Barrio, A.; Montero Pereira, D.; Nogal-Ruiz, J. J.; Arán, V. J.; Martínez-Fernández, A. R.; Torrens, F.; Rotondo, R.; Bioorg. Med. Chem. 2006, 14, 6502.
33. Marrero-Ponce, Y.; Casanola-Martin, G. M.; Khan, M. T. H.; Torrens, F.; Rescigno, A.; Abad, C.; Curr. Pharm. Des. 2010, 16, 2601.
34. Marrero-Ponce, Y.; Siverio-Mota, D.; Gálvez-Llompart, M.; Recio, M. C.; Giner, R. M.; García-Domènech, R.; Torrens, F.; Arán, V. J.; Cordero-Maldonado, M. L.; Esguera, C. V.; Eur. J. Med. Chem. 2011, 46, 5736.
35. Glasby, J. S.; Encyclopedia of Antibiotics; Woodhouse: Manchester, 1978.
36. th ed.; Chapman and Hall: London, 1996.
37. Negwer, M.; Organic-Chemical Drugs and their Synonyms; Akademie: Berlin, 1987.
38. Anderson, R.; Groundwater, P.; Todd, A.; Worsley, A.; Antibacterial Agents: Chemistry, Mode of Action, Mechanisms of Resistance and Clinical Applications; Wiley: Weinheim, 2012.
39. ra ed.; Masson, S.A.: Barcelona, 1998.
40. Marrero-Ponce, Y.; Marrero, R. M.; Torrens, F.; Martinez, Y.; Bernal, M. G.; Zaldivar, V. R.; Castro, E. A.; Abalo, R. G.; J. Mol. Model. 2006, 12, 255.
41. Mc Farland, J. W.; Gans, D. J. In Chemometric Methods in Molecular Design; Waterbeemd, H., Ed.; VCH Publishers: New York, 1995 1, ch. 4.
42. Bryskier, A.; Clin. Infect. Dis. 1998, 27, 865.
43. Bryskier, A.; Clin. Infect. Dis. 2000, 31, 1423.
44. Karelson, M.; Molecular Descriptors in QSAR/QSPR; John Wiley & Sons: New York, 2000.
45. Katritzky, A. R.; Gordeeva, E. V.; J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1993, 33, 835.
46. Topological Indices and Related Descriptors in QSAR and QSPR. Gordon and Breach: Amsterdam, the Netherlands, 1999.
47. Marrero-Ponce, Y.; Khan, M. T. H.; Casañola-Martín, G. M.; Ather, A.; Sultankhodzhaev, M. N.; Torrens, F.; Rotondo, R.; ChemMedChem 2007, 2, 449
48. Marrero-Ponce, Y.; Torrens, F.; García-Domenech, R.; Ortega-Broche, S. E.; Zaldivar, V. R.; J. Math. Chem. 2008, 44, 650.
49. Valdés-Martiní, J. R.; Marrero-Ponce, Y.; Barigye, S. J.; García-Jacas, C. R.; Almeida, Y. S. V. d.; Morrel, C. A.; TOMOCOMD; CAMD-BIT International Network; Cartagena de Indias, Bolivar, Colombia, 2014.
50. Statsoft Inc.; STATISTICA version 6
51. Data Analysis Software System; Tulsa, Oklahoma, 2001.
52. Johnson, R. A.; Wichern, D. W.; Applied Multivariate Statistical Analysis. Prentice-Hall: Englewood Cliffs, 1988.
53. Baldi, P.; Brunak, S.; Chauvin, Y.; Andersen, C. A.; Nielsen, H.; Bioinformatics 2000, 16, 412.
54. Hanczar, B.; Hua, J.; Sima, C.; Weinstein, J.; Bittner, M.; Dougherty, E. R.; Bioinformatics 2010, 26, 822.
55. Penney, K. B.; Smith, C. J.; Allen, J. C.; J. Invest. Dermatol. 1984, 82, 308.
56. Aptula, A.; Kühne, R.; Ebert, R.; Cronin, M. T. D.; Netzeva, T. I.; Schüürmann, G.; QSAR Comb. Sci. 2003, 22, 113.
57. González-Díaz, H.; Torres-Gómez, L.; Guevara, Y.; Almeida, M.; Molina, R.; Castañedo, N.; Santana, L.; Uriarte, E.; J. Mol. Model. 2005, 11, 116.
58. Cherkasov, A.; Muratov, E. N.; Fourches, D.; Varnek, A.; Baskin, I. I.; Cronin, M.; Dearden, J.; Gramatica, P.; Martin, Y. C.; Todeschini, R.; Consonni, V.; Kuz'min, V. E.; Cramer, R.; Benigni, R.; Yang, C.; Rathman, J.; Terfloth, L.; Gasteiger, J.; Richard, A.; Tropsha, A.; J. Med. Chem. 2013, 57, 4977.
59. Zhu, H.; Tropsha, A.; Fourches, D.; Varnek, A.; Papa, E.; Gramatica, P.; Oberg, T.; Dao, P.; Cherkasov, A.; Tetko, I. V.; J. Chem. Inf. Model. 2008, 48, 766.