Molecular thermodynamics of metabolism: Quantum thermochemical calculations for key metabolites

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 17, Issue 16, 2015, Pages 10438-10453

  Hadadi, N ^a,b   Ataman, M ^a,b   Hatzimanikatis, V ^a,b   Panayiotou, C ^c  

^a EPFL   (Switzerland)

^b SWISS INSTITUTE OF BIOINFORMATICS   (Switzerland)

^c ARISTOTLE UNIVERSITY OF THESSALONIKI   (Greece)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHEMICAL STRUCTURE; CONFORMATION; HEAT; HYDROGEN BOND; METABOLISM; QUANTUM THEORY;

HOT TEMPERATURE; HYDROGEN BONDING; METABOLIC NETWORKS AND PATHWAYS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR CONFORMATION; QUANTUM THEORY;

EID: 84927946979     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4cp05825a     Document Type: Article

References (78)

1. T. Geyer Curr. Opin. Struct. Biol. 2013 23 218 223
2. N. D. Price J. A. Papin C. H. Schilling B. O. Palsson Trends Biotechnol. 2003 21 162 169
3. C. S. Henry M. D. Jankowski L. J. Broadbelt V. Hatzimanikatis Biophys. J. 2006 90 1453 1461
4. A. M. Feist C. S. Henry J. L. Reed M. Krummenacker A. R. Joyce L. J. B. P. D. Karp V. Hatzimanikatis B. Ø. Palsson Mol. Syst. Biol. 2007 3 1 18
5. A. Kummel S. Panke M. Heinemann BMC Bioinf. 2006 7 1 12
6. D. A. Beard H. Qian Am. J. Physiol.: Endocrinol. Metab. 2005 288 E633 E644
7. A. Kummel S. Panke M. Heinemann Mol. Syst. Biol. 2006 2 1 10
8. C. S. Henry L. J. Broadbelt V. Hatzimanikatis Biophys. J. 2007 92 1792 1805
9. R. N. Goldberg Y. B. Tewari T. N. Bhat Bioinformatics 2004 20 2874 2877
10. A. Jinich D. Rappoport I. Dunn B. Sanchez-Lengeling R. Olivares-Amaya E. Noor A. B. Even A. Aspuru-Guzik Sci. Rep. 2014 4 7022
11. M. D. Jankowski C. S. Henry L. J. Broadbelt V. Hatzimanikatis Biophys. J. 2008 95 1487 1499
12. Y. D. Cai T. Huang L. Chen B. Niu BioMed Res. Int. 2013 651968
13. N. Cohen J. Phys. Chem. Ref. Data 1996 25 1411 1481
14. E. S. H. Domalski E. D. Hearing J. Phys. Chem. Ref. Data 1993 22 805 1159
15. E. V. Sagadeev A. A. Gimadeev D. V. Chachkov V. P. Barabanov Russ. J. Gen. Chem. 2009 79 1490 1493
16. V. van Speybroeck R. Gani R. J. Meier Chem. Soc. Rev. 2010 39 1764 1779
17. L. A. Curtiss P. C. Redfern K. Raghavachari J. Chem. Phys. 2001 114 108 117
18. Quantum-Chemical Methods for Accurate Theoretical Thermochemistry, ed., K. Raghavachari, and, L. A. Curtiss, Kluwer, New York, 2002
19. L. A. Curtiss P. C. Redfern K. Raghavachari Chem. Phys. Lett. 2010 499 168 172
20. O. V. Dorofeeva O. N. Ryzhova M. A. Suntsova J. Phys. Chem. A 2013 117 6835 6845
21. L. V. Gurvich, I. V. Veytz and C. B. Alcock, Thermodynamic Properties of IndiVidual Substances, Hemisphere, New York, 1989, vol. I
22. L. V. Gurvich, I. V. Veytz and C. B. Alcock, Thermodynamic Properties of IndiVidual Substances, Hemisphere, New York, 1990, vol. II
23. in Thermochemical Data and Structures of Organic Compounds, ed., B. Pedley, TRC, College Station, TX, 1994
24. P. J. Linstrom W. G. Mallard J. Chem. Eng. Data 2001 46 1059 1063
25. B. Ruscic R. E. Pinzon M. L. Morton G. von Laszevski S. J. Bittner S. G. Nijsure K. A. Amin M. Minkoff A. F. Wagner J. Phys. Chem. A 2004 108 9979 9997
26. A. B. A. B. R. Elke Goos, 2014, http://garfield.chem.elte.hu/Burcat/burcat.html, http://burcat.technion.ac.il/dir/
27. G. H. Thomson J. Chem. Eng. Data 2000 45 145
28. S. Gronert R. A. J. O'Hair J. Am. Chem. Soc. 1995 117 2071 2081
29. S. Gronert D. C. Simpson K. M. Conner J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009 20 2116 2123
30. E. P. Hunter S. G. Lias J. Phys. Chem. Ref. Data 1998 27 413 656
31. A. G. Harrison Mass Spectrom. Rev. 1997 16 201 217
32. I. S. Hahn C. Wesdemiotis Int. J. Mass Spectrom. 2003 222 465 479
33. L. Drahos C. Peltz K. Vekey J. Mass Spectrom. 2004 39 1016 1024
34. G. Bouchoux Mass Spectrom. Rev. 2007 26 775 835
35. M. L. Stover V. E. Jackson M. H. Matus M. A. Adams C. J. Cassady D. A. Dixon J. Phys. Chem. B 2012 116 2905 2916
36. G. Bouchoux Mass Spectrom. Rev. 2012 31 391 435
37. C. M. Jones M. Bernier E. Carson K. E. Colyer R. Metz A. Pawlow E. D. Wischow I. Webb E. J. Andriole J. C. Poutsma Int. J. Mass Spectrom. 2007 267 54 62
38. K. A. Jebber K. Zhang C. J. Cassady A. ChungPhillips J. Am. Chem. Soc. 1996 118 10515 10524
39. D. Touboul G. Bouchoux R. Zenobi J. Phys. Chem. B 2008 112 11716 11725
40. A. Chung-Phillips Y. Y. Chen J. Phys. Chem. A 1999 103 953 964
41. W. M. C. Sameera D. A. Pantazis J. Chem. Theory Comput. 2012 8 2630 2645
42. H. B. Mayes L. J. Broadbelt G. T. Beckham J. Am. Chem. Soc. 2014 136 1008 1022
43. A. Hocquet N. Leulliot M. Ghomi J. Phys. Chem. B 2000 104 4560 4568
44. M. L. Mavrovouniotis J. Biol. Chem. 1991 266 14440 14445
45. J. P. Amend H. C. Helgeson Geochim. Cosmochim. Acta 1997 61 11 46
46. A. V. Plyasunov E. L. Shock Geochim. Cosmochim. Acta 2000 64 439 468
47. R. A. Alberty, Thermodynamics of Biochemical Reactions, Massachusetts Institute of Technology Press, Cambridge, MA, 2003
48. J. C. M. Scholten J. C. Murrell D. P. Kelly Arch. Microbiol. 2003 179 135 144
49. M. Tanaka Y. Okuno T. Yamada S. Goto S. Uemura M. Kanehisa Genome Inf. 2003 14 370 371
50. C. Li J. A. Ionita C. S. Henry M. D. Jankowski V. Hatzimanikatis a. L. J. Broadbelt Chem. Eng. Sci. 2004 59 5051 5060
51. Y. B. Tewari R. N. Goldberg J. Chem. Thermodyn. 2005 37 720 728
52. D. E. LaRowe H. C. Helgeson Geochim. Cosmochim. Acta 2006 70 4680 4724
53. A. Picard I. Daniel Biophys. Chem. 2013 183 30 41
54. J. Rak P. Skurski J. Simons M. Gutowski J. Am. Chem. Soc. 2001 123 11695 11707
55. S. L. Ling W. B. Yu Z. J. Huang Z. J. Lin M. Haranczyk M. Gutowski J. Phys. Chem. A 2006 110 12282 12291
56. S. Grimme S. Ehrlich L. Goerigk J. Comput. Chem. 2011 32 1456 1465
57. M. Von Arnim R. Ahlrichs J. Comput. Chem. 1998 19 1746 1757
58. K. Eichkorn F. Weigend O. Treutler R. Ahlrichs Theor. Chem. Acc. 1997 97 119 124
59. C. T. Lee W. T. Yang R. G. Parr Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1988 37 785 789
60. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 5648 5652
61. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1997 107 8554 8560
62. S. Grimme J. Comput. Chem. 2006 27 1787 1799
63. J. D. Chai M. Head-Gordon Phys. Chem. Chem. Phys. 2008 10 6615 6620
64. J. B. O. a. J. Boerio-Goates, Chemical Thermodynamics: Principles and Applications, 2000
65. D. Missopolinou C. Panayiotou J. Phys. Chem. A 1998 102 3574 3581
66. V. Riffet G. Bouchoux Phys. Chem. Chem. Phys. 2013 15 6097 6106
67. S. A. Trygubenko T. V. Bogdan M. Rueda M. Orozco F. J. Luque J. Sponer P. Slavicek P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2002 4 4192 4203
68. M. Hanus F. Ryjacek M. Kabelac T. Kubar T. V. Bogdan S. A. Trygubenko P. Hobza J. Am. Chem. Soc. 2003 125 7678 7688
69. O. V. Dorofeeva O. N. Ryzhova J. Chem. Thermodyn. 2009 41 433 438
70. I. M. Alecu J. J. Zheng Y. Zhao D. G. Truhlar J. Chem. Theory Comput. 2010 6 2872 2887
71. E. V. Sagadeev A. A. Gimadeev V. P. Barabanov Russ. J. Phys. Chem. A 2010 84 209 214
72. S. N. Ngauv R. Sabbah M. Laffitte Thermochim. Acta 1977 20 371 380
73. O. V. Dorofeeva I. N. Kolesnikova I. I. Marochkin O. N. Ryzhova Struct. Chem. 2011 22 1303 1314
74. M. W. J. Chase, NIST-JANAF Thermochemical Tables, American Institute of Physics, Woodbury, NY, 4th edn, 1998
75. R. Sabbah M. Laffitte Bulletin De La Societe Chimique De France Partie I-Physicochimie Des Systemes Liquides Electrochimie Catalyse Genie Chimique 1978 I50 I52
76. I. Contineanu A. Neacsu R. Zgirian S. Tanasescu S. Perisanu Thermochim. Acta 2012 537 31 35
77. A. F. Santos M. A. Ribeiro da Silva J. Phys. Chem. A 2009 113 9741 9750
78. S. G. Lias J. E. Bartmess J. F. Liebman J. L. Holmes R. D. Levin W. G. Mallard J. Phys. Chem. Ref. Data 1988 17 1 861