Classification of lung cancer using ensemble-based feature selection and machine learning methods

Molecular BioSystems

Volumn 11, Issue 3, 2015, Pages 791-800

  Cai, Zhihua ^a   Xu, Dong ^b   Zhang, Qing ^c   Zhang, Jiexia ^d   Ngai, Sai Ming ^c   Shao, Jianlin ^e  

^a GUANGZHOU MEDICAL UNIVERSITY   (China)

^b SHANGHAI NORMAL UNIVERSITY   (China)

^c CHINESE UNIVERSITY OF HONG KONG   (Hong Kong)

^d GUANGZHOU MEDICAL UNIVERSITY   (China)

^e ZHEJIANG UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

TUMOR MARKER;

ALGORITHM; ARTIFICIAL INTELLIGENCE; CLUSTER ANALYSIS; DNA METHYLATION; EPIGENETICS; GENE EXPRESSION REGULATION; GENETICS; HUMAN; LUNG NEOPLASMS; NUCLEIC ACID DATABASE; PROCEDURES; RECEIVER OPERATING CHARACTERISTIC; REPRODUCIBILITY; SUPPORT VECTOR MACHINE; TUMOR CELL LINE;

ALGORITHMS; ARTIFICIAL INTELLIGENCE; CELL LINE, TUMOR; CLUSTER ANALYSIS; DATABASES, NUCLEIC ACID; DNA METHYLATION; EPIGENOMICS; GENE EXPRESSION REGULATION, NEOPLASTIC; HUMANS; LUNG NEOPLASMS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; ROC CURVE; SUPPORT VECTOR MACHINES; TUMOR MARKERS, BIOLOGICAL;

EID: 84923365781     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4mb00659c     Document Type: Article

References (74)

1. C. K. Toh Methods Mol. Biol. 2009 472 397 411
2. R. Govindan N. Page D. Morgensztern W. Read R. Tierney A. Vlahiotis E. L. Spitznagel J. Piccirillo J. Clin. Oncol. 2006 24 4539 4544
3. D. M. Jackman B. E. Johnson Lancet 2005 366 1385 1396
4. T. Sher G. K. Dy A. A. Adjei Mayo Clin. Proc. 2008 83 355 367
5. R. S. Herbst V. J. O'Neill L. Fehrenbacher C. P. Belani P. D. Bonomi L. Hart O. Melnyk D. Ramies M. Lin A. Sandler J. Clin. Oncol. 2007 25 4743 4750
6. A. Sandler Clin. Cancer Res. 2007 13 4613s 4616s
7. A. F. Gazdar Ann. Oncol. 2010 21 225 229
8. A. Stang H. Pohlabeln K. M. Muller I. Jahn K. Giersiepen K. H. Jockel Lung Cancer 2006 52 29 36
9. J. A. Bishop H. Benjamin H. Cholakh A. Chajut D. P. Clark W. H. Westra Clin. Cancer Res. 2010 16 610 619
10. A. M. Maeshima M. Omatsu K. Tsuta H. Asamura Y. Matsuno Pathol. Int. 2008 58 31 37
11. D. Lebanony H. Benjamin S. Gilad M. Ezagouri A. Dov K. Ashkenazi N. Gefen S. Izraeli G. Rechavi H. Pass D. Nonaka J. J. Li Y. Spector N. Rosenfeld A. Chajut D. Cohen R. Aharonov M. Mansukhani J. Clin. Oncol. 2009 27 2030 2037
12. J. Hou J. Aerts B. den Hamer W. van Ijcken M. den Bakker P. Riegman C. van der Leest P. van der Spek J. A. Foekens H. C. Hoogsteden F. Grosveld S. Philipsen PLoS One 2010 5 e10312
13. B. Q. Li J. You T. Huang Y. D. Cai PLoS One 2014 9 e88300
14. D. Seidel T. Zander L. C. Heukamp M. Peifer M. Bos L. Fernandez-Cuesta F. Leenders X. Lu S. Ansen M. Gardizi C. Nguyen J. Berg P. Russell Z. Wainer H. U. Schildhaus T. M. Rogers B. Solomon W. Pao S. L. Carter G. Getz D. N. Hayes M. D. Wilkerson E. Thunnissen W. D. Travis S. Perner G. Wright E. Brambilla R. Buttner J. Wolf R. K. Thomas F. Gabler I. Wilkening C. Muller I. Dahmen R. Menon K. Konig K. Albus S. Merkelbach-Bruse J. Fassunke K. Schmitz H. Kuenstlinger M. A. Kleine E. Binot S. Querings J. Altmuller I. Bossmann P. Numberg P. M. Schneider M. Bogus R. Buttner S. Perner P. Russell E. Thunnissen W. D. Travis E. Brambilla A. Soltermann H. Moch O. T. Brustugun S. Solberg M. Lund-Iversen A. Helland T. Muley H. Hoffmann P. A. Schnabel Y. Chen H. Groen W. Timens H. Sietsma J. H. Clement W. Weder J. Sanger E. Stoelben C. Ludwig W. Engel-Riedel E. Smit D. A. M. Heideman P. J. F. Snijders L. Nogova M. L. Sos C. Mattonet K. Topelt M. Scheffler E. Goekkurt R. Kappes S. Kruger K. Kambartel D. Behringer W. Schulte W. Galetke W. Randerath M. Heldwein A. Schlesinger M. Serke K. Hekmat K. F. Frank R. Schnell M. Reiser A. N. Hunerliturkoglu S. Schmitz L. Meffert Y. D. Ko M. Litt-Lampe U. Gerigk R. Fricke B. Besse C. Brambilla S. Lantuejoul P. Lorimier D. Moro-Sibilot F. Cappuzzo C. Ligorio S. Damiani J. K. Field R. Hyde P. Validire P. Girard L. A. Muscarella V. M. Fazio M. Hallek J. C. Soria S. L. Carter G. Getz D. N. Hayes M. D. Wilkerson V. Achter U. Lang D. Seidel T. Zander L. C. Heukamp M. Peifer M. Bos W. Pao W. D. Travis E. Brambilla R. Buttner J. Wolf R. K. Thomas Clcgp Ngm Sci. Transl. Med. 2013 5 209ra153
15. S. Gilad G. Lithwick-Yanai I. Barshack S. Benjamin I. Krivitsky T. B. Edmonston M. Bibbo C. Thurm L. Horowitz Y. J. Huang M. Feinmesser J. S. Hou B. St Cyr I. Burnstein H. Gibori N. Dromi M. Sanden M. Kushnir R. Aharonov J. Mol. Diagn. 2012 14 510 517
16. G. Nikolaidis O. Y. Raji S. Markopoulou J. R. Gosney J. Bryan C. Warburton M. Walshaw J. Sheard J. K. Field T. Liloglou Cancer Res. 2012 72 5692 5701
17. W. D. Travis E. Brambilla G. J. Riely J. Clin. Oncol. 2013 31 992 1001
18. J. Sandoval J. Mendez-Gonzalez E. Nadal G. A. Chen F. J. Carmona S. Sayols S. Moran H. Heyn M. Vizoso A. Gomez M. Sanchez-Cespedes Y. Assenov F. Muller C. Bock M. Taron J. Mora L. A. Muscarella T. Liloglou M. Davies M. Pollan M. J. Pajares W. Torre L. M. Montuenga E. Brambilla J. K. Field L. Roz M. Lo Iacono G. V. Scagliotti R. Rosell D. G. Beer M. Esteller J. Clin. Oncol. 2013 31 4140 4147
19. J. A. Tsou J. S. Galler K. D. Siegmund P. W. Laird S. Turla W. Cozen J. A. Hagen M. N. Koss I. A. Laird-Offringa Mol. Cancer 2007 6 70
20. P. P. Anglim J. S. Galler M. N. Koss J. A. Hagen S. Turla M. Campan D. J. Weisenberger P. W. Laird K. D. Siegmund I. A. Laird-Offringa Mol. Cancer 2008 7 62
21. A. M. Marchevsky J. A. Tsou I. A. Laird-Offringa J. Mol. Diagn. 2004 6 28 36
22. P. S. Hammerman M. S. Lawrence D. Voet R. Jing K. Cibulskis A. Sivachenko P. Stojanov A. McKenna E. S. Lander S. Gabriel G. Getz C. Sougnez M. Imielinski E. Helman B. Hernandez N. H. Pho M. Meyerson A. Chu H. J. E. Chun A. J. Mungall E. Pleasance A. G. Robertson P. Sipahimalani D. Stoll M. Balasundaram I. Birol Y. S. N. Butterfield E. Chuah R. J. N. Coope R. Corbett N. Dhalla R. Guin A. C. Hirst M. Hirst R. A. Holt D. Lee H. I. Li M. Mayo R. A. Moore K. Mungall K. M. Nip A. Olshen J. E. Schein J. R. Slobodan A. Tam N. Thiessen R. Varhol T. Zeng Y. Zhao S. J. M. Jones M. A. Marra G. Saksena A. D. Cherniack S. E. Schumacher B. Tabak S. L. Carter N. H. Pho H. Nguyen R. C. Onofrio A. Crenshaw K. Ardlie R. Beroukhim W. Winckler P. S. Hammerman G. Getz M. Meyerson A. Protopopov J. H. Zhang A. Hadjipanayis S. Lee R. B. Xi L. X. Yang X. J. Ren H. L. Zhang S. Shukla P. C. Chen P. Haseley E. Lee L. Chin P. J. Park R. Kucherlapati N. D. Socci Y. P. Liang N. Schultz L. Borsu A. E. Lash A. Viale C. Sander M. Ladanyi J. T. Auman K. A. Hoadley M. D. Wilkerson Y. Shi C. Liquori S. W. Meng L. Li Y. J. Turman M. D. Topal D. H. Tan S. Waring E. Buda J. Walsh C. D. Jones P. A. Mieczkowski D. Singh J. Wu A. Gulabani P. Dolina T. Bodenheimer A. P. Hoyle J. V. Simons M. G. Soloway L. E. Mose S. R. Jefferys S. Balu B. D. O'Connor J. F. Prins J. Liu D. Y. Chiang D. N. Hayes C. M. Perou L. Cope L. Danilova D. J. Weisenberger D. T. Maglinte F. Pan D. J. den Berg T. Triche J. G. Herman S. B. Baylin P. W. Laird G. Getz M. Noble D. Voet G. Saksena N. Gehlenborg D. DiCara J. H. Zhang H. L. Zhang C. J. Wu S. Y. Liu M. S. Lawrence L. H. Zou A. Sivachenko P. Lin P. Stojanov R. Jing J. Cho M. D. Nazaire J. Robinson H. Thorvaldsdottir J. Mesirov P. J. Park L. Chin N. Schultz R. Sinha G. Ciriello E. Cerami B. Gross A. Jacobsen J. Gao B. A. Aksoy N. Weinhold R. Ramirez B. S. Taylor Y. Antipin B. Reva R. L. Shen Q. Mo V. Seshan P. K. Paik M. Ladanyi C. Sander R. Akbani N. X. Zhang B. M. Broom T. Casasent A. Unruh C. Wakefield R. C. Cason K. A. Baggerly J. N. Weinstein D. Haussler C. C. Benz J. M. Stuart J. C. Zhu C. Szeto G. K. Scott C. Yau S. Ng T. Goldstein P. Waltman A. Sokolov K. Ellrott E. A. Collisson D. Zerbino C. Wilks S. Ma B. Craft M. D. Wilkerson J. T. Auman K. A. Hoadley Y. Du C. Cabanski V. Walter D. Singh J. Y. Wu A. Gulabani T. Bodenheimer A. P. Hoyle J. V. Simons M. G. Soloway L. E. Mose S. R. Jefferys S. Balu J. S. Marron Y. Liu K. Wang J. Liu J. F. Prins D. N. Hayes C. M. Perou C. J. Creighton Y. Q. Zhang W. D. Travis N. Rekhtman J. Yi M. C. Aubry R. Cheney S. Dacic D. Flieder W. Funkhouser P. Illei J. Myers M. S. Tsao R. Penny D. Mallery T. Shelton M. Hatfield S. Morris P. Yena C. Shelton M. Sherman J. Paulauskis M. Meyerson S. B. Baylin R. Govindan R. Akbani I. Azodo D. Beer R. Bose L. A. Byers D. Carbone L. W. Chang D. Chiang A. Chu E. Chun E. Collisson L. Cope C. J. Creighton L. Danilova L. Ding G. Getz P. S. Hammerman D. N. Hayes B. Hernandez J. G. Herman J. Heymach C. Ida M. Imielinski B. Johnson I. Jurisica J. Kaufman F. Kosari R. Kucherlapati D. Kwiatkowski M. Ladanyi M. S. Lawrence C. A. Maher A. Mungall S. Ng W. Pao M. Peifer R. Penny G. Robertson V. Rusch C. Sander N. Schultz R. L. Shen J. Siegfried R. Sinha A. Sivachenko C. Sougnez D. Stoll J. Stuart R. K. Thomas S. Tomaszek M. S. Tsao W. D. Travis C. Vaske J. N. Weinstein D. Weisenberger D. Wheeler D. A. Wigle M. D. Wilkerson C. Wilks P. Yang J. J. Zhang M. A. Jensen R. Sfeir A. B. Kahn A. L. Chu P. Kothiyal Z. Wang E. E. Snyder J. Pontius T. D. Pihl B. Ayala M. Backus J. Walton J. Baboud D. L. Berton M. C. Nicholls D. Srinivasan R. Raman S. Girshik P. A. Kigonya S. Alonso R. N. Sanbhadti S. P. Barletta J. M. Greene D. A. Pot M. S. Tsao B. Bandarchi-Chamkhaleh J. Boyd J. Weaver D. A. Wigle I. A. Azodo S. C. Tomaszek M. C. Aubry C. M. Ida P. Yang F. Kosari M. V. Brock K. Rogers M. Rutledge T. Brown B. Lee J. Shin D. Trusty R. Dhir J. M. Siegfried O. Potapova K. V. Fedosenko E. Nemirovich-Danchenko V. Rusch M. Zakowski M. V. Iacocca J. Brown B. Rabeno C. Czerwinski N. Petrelli Z. Fan N. Todaro J. Eckman J. Myers W. K. Rathmell L. B. Thorne M. Huang L. Boice A. Hill R. Penny D. Mallery E. Curley C. Shelton P. Yena C. Morrison C. Gaudioso J. S. Bartlett S. Kodeeswaran B. Zanke H. Sekhon K. David H. Juhl X. Van Le B. Kohl R. Thorp N. V. Tien N. Van Bang H. Sussman B. D. Phu R. Hajek N. PhiHung K. Z. Khan T. Muley K. R. M. Shaw M. Sheth L. Yang K. Buetow T. Davidsen J. A. Demchok G. Eley M. Ferguson L. A. L. Dillon C. Schaefer M. S. Guyer B. A. Ozenberger J. D. Palchik J. Peterson H. J. Sofia E. Thomson M. Meyerson C. G. A. R. Network Nature 2012 489 519 525
23. C. Fernandez-Lozano E. Fernandez-Blanco K. Dave N. Pedreira M. Gestal J. Dorado C. R. Munteanu Mol. BioSyst. 2014 10 1063 1071
24. C. Fernandez-Lozano M. Gestal N. Pedreira-Souto L. Postelnicu J. Dorado C. R. Munteanu Curr. Top. Med. Chem. 2013 13 1681 1691
25. B. Q. Li Y. D. Cai K. Y. Feng G. J. Zhao PLoS One 2012 7 e45854
26. B. Q. Li L. L. Hu L. Chen K. Y. Feng Y. D. Cai K. C. Chou PLoS One 2012 7 e39308
27. T. Barrett S. E. Wilhite P. Ledoux C. Evangelista I. F. Kim M. Tomashevsky K. A. Marshall K. H. Phillippy P. M. Sherman M. Holko A. Yefanov H. Lee N. G. Zhang C. L. Robertson N. Serova S. Davis A. Soboleva Nucleic Acids Res. 2013 41 D991 D995
28. K. Soreide J. Clin. Pathol. 2009 62 1 5
29. B. K. Scurfield J. Math. Psychol. 1996 40 253 269
30. B. K. Scurfield J. Math. Psychol. 1998 42 5 31
31. J. L. Li J. P. Fine Biostatistics 2008 9 566 576
32. J. L. Li X. H. Zhou J. Stat. Plan. Inference 2009 139 4133 4142
33. N. Novoselova C. Della Beffa J. Wang J. Li F. Pessler F. Klawonn Bioinformatics 2014 30 1635 1636
34. H. Peng F. Long C. Ding IEEE Trans. Pattern Anal. Mach. Intell. 2005 27 1226 1238
35. B. Q. Li T. Huang L. Liu Y. D. Cai K. C. Chou PLoS One 2012 7 e33393
36. T. Huang J. Zhang Z. P. Xu L. L. Hu L. Chen J. L. Shao L. Zhang X. Y. Kong Y. D. Cai K. C. Chou Biochimie 2012 94 1017 1025
37. T. Huang J. Wang Y. D. Cai H. Yu K. C. Chou PLoS One 2012 7 e34460
38. L. Breiman Mach. Learn. 2001 45 5 32
39. R. H. Chung Y. E. Chen PLoS One 2012 7 e36662
40. C.-C. Chang C.-J. Lin ACM Trans. Intell. Syst. Technol. 2011 2 1 27
41. C. W. Hsu C. J. Lin IEEE Trans. Neural Networks 2002 415 425
42. M. Sokolova G. Lapalme Inf. Proc. Manag. 2009 45 427 437
43. W. Huang da B. T. Sherman R. A. Lempicki Nat. Protoc. 2009 4 44 57
44. Y. Benjamini Y. Hochberg J. R. Statist. Soc. B 1995 289 300
45. M. Benito J. Parker Q. Du J. Wu D. Xiang C. M. Perou J. S. Marron Bioinformatics 2004 20 105 114
46. K. C. Chou J. Theor. Biol. 2011 273 236 247
47. G. L. Fan Q. Z. Li J. Theor. Biol. 2012 304 88 95
48. K. C. Chou Z. C. Wu X. Xiao Mol. BioSyst. 2012 8 629 641
49. X. Xiao P. Wang K. C. Chou Mol. BioSyst. 2011 7 911 919
50. Z. C. Wu X. Xiao K. C. Chou Mol. BioSyst. 2011 7 3287 3297
51. T. Yu J. Li M. Yan L. Liu H. Lin F. Zhao L. Sun Y. Zhang Y. Cui F. Zhang J. Li X. He M. Yao Oncogene 2014 10.1038/onc.2013.574
52. M. O. Hoque M. Brait E. Rosenbaum M. L. Poeta P. Pal S. Begum S. Dasgupta A. L. Carvalho S. A. Ahrendt W. H. Westra D. Sidransky J. Thorac. Oncol. 2010 5 1887 1893
53. T. Yamasaki N. Seki H. Yoshino T. Itesako H. Hidaka Y. Yamada S. Tatarano T. Yonezawa T. Kinoshita M. Nakagawa H. Enokida J. Urol. 2013 190 1059 1068
54. S. Ocak H. Yamashita A. R. Udyavar A. N. Miller A. L. Gonzalez Y. Zou A. Jiang Y. Yi Y. Shyr L. Estrada V. Quaranta P. P. Massion Oncogene 2010 29 6331 6342
55. W. Y. Kim J. Y. Jang Y. K. Jeon D. H. Chung Y. G. Kim C. W. Kim Exp. Mol. Med. 2014 46 e90
56. G. K. Dy L. Ylagan S. Pokharel A. Miller E. Brese W. Bshara C. Morrison W. G. Cance V. M. Golubovskaya J. Thorac. Oncol. 2014 9 1278 1284
57. S. Ocak H. Chen C. Callison A. L. Gonzalez P. P. Massion Cancer 2012 118 1293 1301
58. Y. Hu Y. Hong Y. Xu P. Liu D. H. Guo Y. Chen Apoptosis 2014 19 1627 1636
59. L. Song B. Rawal J. A. Nemeth E. B. Haura Mol. Cancer Ther. 2011 10 481 494
60. P. J. Murray J. Immunol. 2007 178 2623 2629
61. A. J. Hubers M. A. van der Drift C. F. Prinsen B. I. Witte Y. Wang N. Shivapurkar V. Stastny A. S. Bolijn B. E. Hol Z. Feng P. N. Dekhuijzen A. F. Gazdar E. Thunnissen Lung Cancer 2014 84 127 133
62. K. Walter T. Holcomb T. Januario P. Du M. Evangelista N. Kartha L. Iniguez R. Soriano L. Huw H. Stern Z. Modrusan S. Seshagiri G. M. Hampton L. C. Amler R. Bourgon R. L. Yauch D. S. Shames Clin. Cancer Res. 2012 18 2360 2373
63. N. Shivapurkar V. Stastny M. Suzuki I. I. Wistuba L. Li Y. Zheng Z. Feng B. Hol C. Prinsen F. B. Thunnissen A. F. Gazdar Cancer Lett. 2007 247 56 71
64. B. Job A. Bernheim M. Beau-Faller S. Camilleri-Broet P. Girard P. Hofman J. Mazieres S. Toujani L. Lacroix J. Laffaire P. Dessen P. Fouret L. G. Investigators PLoS One 2010 5 e15145
65. B. Jandrig S. Seitz B. Hinzmann W. Arnold B. Micheel K. Koelble R. Siebert A. Schwartz K. Ruecker P. M. Schlag S. Scherneck A. Rosenthal Oncogene 2004 23 9295 9302
66. M. Kusakabe T. Kutomi K. Watanabe N. Emoto N. Aki H. Kage E. Hamano H. Kitagawa T. Nagase A. Sano Y. Yoshida T. Fukami T. Murakawa J. Nakajima S. Takamoto S. Ota M. Fukayama Y. Yatomi N. Ohishi D. Takai Int. J. Cancer 2010 126 1895 1902
67. A. Sanchez-Palencia M. Gomez-Morales J. A. Gomez-Capilla V. Pedraza L. Boyero R. Rosell M. E. Farez-Vidal Int. J. Cancer 2011 129 355 364
68. S. A. Selamat J. S. Galler A. D. Joshi M. N. Fyfe M. Campan K. D. Siegmund K. M. Kerr I. A. Laird-Offringa PLoS One 2011 6 e21443
69. M. Abe J. Hamada O. Takahashi Y. Takahashi M. Tada M. Miyamoto T. Morikawa S. Kondo T. Moriuchi Oncol. Rep. 2006 15 797 802
70. A. Suzuki H. Makinoshima H. Wakaguri H. Esumi S. Sugano T. Kohno K. Tsuchihara Y. Suzuki Nucleic Acids Res. 2014 10.1093/nar/gku885
71. P. Xiao J. R. Chen F. Zhou C. X. Lu Q. Yang G. H. Tao Y. J. Tao J. L. Chen Lung Cancer 2014 83 56 60
72. S. A. Belinsky Nat. Rev. Cancer 2004 4 707 717
73. S. E. Hawes J. E. Stern Q. Feng L. W. Wiens J. S. Rasey H. Lu N. B. Kiviat H. Vesselle Lung Cancer 2010 69 172 179
74. X. Fu Z. Meng W. Liang Y. Tian X. Wang W. Han G. Lou X. Wang F. Lou Y. Yen H. Yu R. Jove W. Huang Oncogene 2014 33 4296 4306