Experimental phase diagram of negatively supercoiled DNA measured by magnetic tweezers and fluorescence

Nanoscale

Volumn 7, Issue 7, 2015, Pages 3205-3216

  Vlijm, Rifka ^a   Mashaghi, Alireza ^a   Bernard, Stéphanie ^b   Modesti, Mauro ^b   Dekker, Cees ^a  

^a DELFT UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Netherlands)

^b AIX MARSEILLE UNIVERSITY   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

FLUORESCENCE IMAGING; PHASE DIAGRAMS; PROTEINS;

BIOLOGICAL FUNCTIONS; BUCKLING TRANSITIONS; DNA-BINDING PROTEIN; FORCE AND TORQUES; MAGNETIC TWEEZERS; NEGATIVE SUPERCOILING; SINGLE MOLECULE LEVEL; SINGLE-STRAND BINDING PROTEIN;

DNA;

DNA SUPERCOILING; NANOPARTICLE;

CHEMISTRY; CONFORMATION; DNA SUPERCOILING; MAGNETISM; NANOTECHNOLOGY; OPTICAL TWEEZERS; SPECTROFLUOROMETRY;

DNA, SUPERHELICAL; MAGNETICS; NANOPARTICLES; NANOTECHNOLOGY; NUCLEIC ACID CONFORMATION; OPTICAL TWEEZERS; SPECTROMETRY, FLUORESCENCE;

EID: 84922780611     PISSN: 20403364     EISSN: 20403372     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4nr04332d     Document Type: Article

References (47)

1. R. Wing H. Drew T. Takano C. Broka S. Tanaka K. Itakura R. E. Dickerson Nature 1980 287 755 758
2. K. Havas A. Flaus M. Phelan R. Kingston P. A. Wade D. M. Lilley T. Owen-Hughes Cell 2000 103 1133 1142
3. L. Postow N. J. Crisona B. J. Peter C. D. Hardy N. R. Cozzarelli Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 8219 8226
4. C. Bustamante Z. Bryant S. B. Smith Nature 2003 421 423 427
5. L. F. Liu J. C. Wang Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1987 84 7024 7027
6. F. Kouzine A. Gupta L. Baranello D. Wojtowicz K. Ben-Aissa J. Liu T. M. Przytycka D. Levens Nat. Struct. Mol. Biol. 2013 20 396 403
7. M. Petersheim D. H. Turner Biochemistry 1983 22 256 263
8. P. Yakovchuk E. Protozanova M. D. Frank-Kamenetskii Nucleic Acids Res. 2006 34 564 574
9. J. Marmur P. Doty J. Mol. Biol. 1962 5 109 118
10. J. H. Jeon W. Sung Biophys. J. 2008 95 3600 3605
11. A. H. Wang G. J. Quigley F. J. Kolpak J. L. Crawford J. H. van Boom G. van der Marel A. Rich Nature 1979 282 680 686
12. A. Rich A. Nordheim A. H. Wang Annu. Rev. Biochem. 1984 53 791 846
13. T. J. Thomas V. A. Bloomfield Nucleic Acids Res. 1983 11 1919 1930
14. F. Kouzine D. Levens Front. Biosci. 2007 12 4409 4423
15. C. Naughton N. Avlonitis S. Corless J. G. Prendergast I. K. Mati P. P. Eijk S. L. Cockroft M. Bradley B. Ylstra N. Gilbert Nat. Struct. Mol. Biol. 2013 20 387 395
16. I. De Vlaminck I. Vidic M. T. van Loenhout R. Kanaar J. H. Lebbink C. Dekker Nucleic Acids Res. 2010 38 4133 4142
17. S. B. Smith Y. Cui C. Bustamante Science 1996 271 795 799
18. P. Cluzel A. Lebrun C. Heller R. Lavery J. L. Viovy D. Chatenay F. Caron Science 1996 271 792 794
19. A. Sarkar J. F. Leger D. Chatenay J. F. Marko Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2001 63 051903
20. Z. Bryant M. D. Stone J. Gore S. B. Smith N. R. Cozzarelli C. Bustamante Nature 2003 424 338 341
21. J. Leger G. Romano A. Sarkar J. Robert L. Bourdieu D. Chatenay J. Marko Phys. Rev. Lett. 1999 83 1066
22. J. F. Allemand D. Bensimon R. Lavery V. Croquette Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 14152 14157
23. T. R. Strick J. F. Allemand D. Bensimon V. Croquette Biophys. J. 1998 74 2016 2028
24. J. Wereszczynski I. Andricioaei Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 16200 16205
25. T. R. Strick J. F. Allemand D. Bensimon A. Bensimon V. Croquette Science 1996 271 1835 1837
26. S. A. Harris C. A. Laughton T. B. Liverpool Nucleic Acids Res. 2008 36 21 29
27. T. Lionnet S. Joubaud R. Lavery D. Bensimon V. Croquette Phys. Rev. Lett. 2006 96 178102
28. G. L. Randall L. Zechiedrich B. M. Pettitt Nucleic Acids Res. 2009 37 5568 5577
29. M. Y. Sheinin S. Forth J. F. Marko M. D. Wang Phys. Rev. Lett. 2011 107 108102
30. F. C. Oberstrass L. E. Fernandes Z. Bryant Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 6106 6111
31. A. Rich S. Zhang Nat. Rev. Genet. 2003 4 566 572
32. J. F. Marko S. Neukirch Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 2013 88 062722
33. F. C. Oberstrass L. E. Fernandes Z. Bryant Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 6106 6111
34. M. Lee S. H. Kim S. C. Hong Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 4985 4990
35. J. SantaLucia Jr. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 1460 1465
36. A. Sarkar J. F. Leger D. Chatenay J. F. Marko Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 2001 63
37. J. F. Marko S. Neukirch Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2013 88 062722
38. H. Meng J. Bosman T. van der Heijden J. van Noort Biophys. J. 2014 106 1174 1181
39. M. T. van Loenhout M. V. de Grunt C. Dekker Science 2012 338 94 97
40. I. Vilfan, J. Lipfert, D. Koster, S. Lemay and N. Dekker, in Handbook of Single-Molecule Biophysics, Springer, 2009, pp. 371-395
41. M. Modesti Methods Mol. Biol. 2011 783 101 120
42. S. Forth C. Deufel M. Y. Sheinin B. Daniels J. P. Sethna M. D. Wang Phys. Rev. Lett. 2008 100 148301
43. C. Iftode Y. Daniely J. A. Borowiec Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 1999 34 141 180
44. H. S. Chung W. A. Eaton Nature 2013 502 685 688
45. A. Y. Lushnikov B. A. Brown 2nd E. A. Oussatcheva V. N. Potaman R. R. Sinden Y. L. Lyubchenko Nucleic Acids Res. 2004 32 4704 4712
46. T. Schwartz K. Lowenhaupt Y. G. Kim L. Li B. A. Brown 2nd A. Herbert A. Rich J. Biol. Chem. 1999 274 2899 2906
47. J. Gore Z. Bryant M. Nollmann M. U. Le N. R. Cozzarelli C. Bustamante Nature 2006 442 836 839