WESTPA: An interoperable, highly scalable software package for weighted ensemble simulation and analysis

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 11, Issue 2, 2015, Pages 800-809

  Zwier, Matthew C ^a   Adelman, Joshua L ^b   Kaus, Joseph W ^b   Pratt, Adam J ^b   Wong, Kim F ^b   Rego, Nicholas B ^b   Suárez, Ernesto ^c   Lettieri, Steven ^c   Wang, David W ^b   Grabe, Michael ^d   Zuckerman, Daniel M ^c   Chong, Lillian T ^b  

^a DRAKE UNIVERSITY   (United States)

^b UNIVERSITY OF PITTSBURGH   (United States)

^c UNIVERSITY OF PITTSBURGH SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

^d UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PEPTIDE; PROTEIN;

ALGORITHM; KINETICS; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR WEIGHT; SOFTWARE;

ALGORITHMS; KINETICS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; MOLECULAR WEIGHT; PEPTIDES; PROTEINS; SOFTWARE;

EID: 84922667647     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct5010615     Document Type: Article

References (49)

1. Faradjian, A. K.; Elber, R. J. Chem. Phys. 2004, 120, 10880
2. Elber, R.; Roitberg, A.; Simmerling, C.; Goldstein, R.; Li, H.; Verkhivker, G.; Keasar, C.; Zhang, J.; Ulitsky, A. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 159
3. Dellago, C.; Bolhuis, P. G.; Csajka, F.; Chandler, D. J. Chem. Phys. 1998, 108, 1964
4. Brooks, B. R.; Brooks, C. L., III; Mackerell, A. D., Jr.; Nilsson, L.; Petrella, R. J.; Roux, B.; Won, Y.; Archontis, G.; Bartels, C.; Boresch, S.; Caflisch, A.; Caves, L.; Cui, Q.; Dinner, A. R.; Feig, M.; Fischer, S.; Gao, J.; Hodoscek, M.; Im, W.; Kuczera, K.; Lazaridis, T.; Ma, J.; Ovchinnikov, V.; Paci, E.; Pastor, R. W.; Post, C. B.; Pu, J. Z.; Schaefer, M.; Tidor, B.; Venable, R. M.; Woodcock, H. L.; Wu, X.; Yang, W.; York, D. M.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1545
5. Kratzer, K.; Berryman, J. T.; Taudt, A.; Zeman, J.; Arnold, A. Comput. Phys. Commun. 2014, 185, 1875
6. Allen, R. J.; Warren, P.; ten Wolde, P. R. Phys. Rev. Lett. 2005, 94, 018104
7. Beauchamp, K. A.; Bowman, G. R.; Lane, T. J.; Maibaum, L.; Haque, I. S.; Pande, V. S. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 3412
8. Senne, M.; Trendelkamp-Schroer, B.; Mey, A. S. J. S.; Schütte, C.; Noé, F. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 2223
9. Chodera, J. D.; Swope, W. C.; Pitera, J. W.; Dill, K. A. Multiscale Model. Simul. 2006, 5, 1214
10. Bowman, G. R.; Ensign, D. L.; Pande, V. S. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 787
11. Doerr, S.; De Fabritiis, G. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 2064
12. Huber, G. A.; Kim, S. Biophys. J. 1996, 70, 97
13. Rojnuckarin, A.; Kim, S.; Subramaniam, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 4288
14. Rojnuckarin, A.; Livesay, D. R.; Subramaniam, S. Biophys. J. 2000, 79, 686
15. Zhang, B. W.; Jasnow, D.; Zuckerman, D. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 18043
16. Zhang, B. W.; Jasnow, D.; Zuckerman, D. M. J. Chem. Phys. 2010, 132, 054107
17. Bhatt, D.; Zhang, B. W.; Zuckerman, D. M. J. Chem. Phys. 2010, 133, 014110
18. Bhatt, D.; Zuckerman, D. M. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 3527
19. Zwier, M. C.; Kaus, J. W.; Chong, L. T. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1189
20. Adelman, J. L.; Dale, A. L.; Zwier, M. C.; Bhatt, D.; Chong, L. T.; Zuckerman, D. M.; Grabe, M. Biophys. J. 2011, 101, 2399
21. Bhatt, D.; Bahar, I. J. Chem. Phys. 2012, 137, 104101
22. Donovan, R. M.; Sedgewick, A. J.; Faeder, J. R.; Zuckerman, D. M. J. Chem. Phys. 2013, 139, 115105
23. Adelman, J. L.; Grabe, M. J. Chem. Phys. 2013, 138, 044105
24. Dickson, A.; Brooks, C. L., III J. Phys. Chem. B 2014, 118, 3532
25. Abdul-Wahid, B.; Feng, H.; Rajan, D.; Costaouec, R.; Darve, E.; Thain, D.; Izaguirre, J. A. J. Chem. Inf. Model. 2014, 3033
26. Dickson, A.; Mustoe, A. M.; Salmon, L.; Brooks, C. L. Nucleic Acids Res. 2014, 42, 12126
27. Suárez, E.; Lettieri, S.; Zwier, M. C.; Stringer, C. A.; Subramanian, S. R.; Chong, L. T.; Zuckerman, D. M. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 2658
28. Pronk, S.; Pall, S.; Schulz, R.; Larsson, P.; Bjelkmar, P.; Apostolov, R.; Shirts, M. R.; Smith, J. C.; Kasson, P. M.; van der Spoel, D.; Hess, B.; Lindahl, E. Bioinformatics 2013, 29, 845
29. Case, D. A.; Cheatham, T. E.; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668
30. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kalé, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781
31. Eastman, P.; Friedrichs, M. S.; Chodera, J. D.; Radmer, R. J.; Bruns, C. M.; Ku, J. P.; Beauchamp, K. A.; Lane, T. J.; Wang, L.-P.; Shukla, D.; Tye, T.; Houston, M.; Stich, T.; Klein, C.; Shirts, M. R.; Pande, V. S. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 461
32. Elcock, A. H. PLoS Comput. Biol. 2006, 2, e98
33. Frembgen-Kesner, T.; Elcock, A. H. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 242
34. Blinov, M. L.; Faeder, J. R.; Goldstein, B.; Hlavacek, W. S. Bioinformatics 2004, 20, 3289
35. Kerr, R. A.; Bartol, T. M.; Kaminsky, B.; Dittrich, M.; Chang, J.-C. J.; Baden, S. B.; Sejnowski, T. J.; Stiles, J. R. SIAM J. Sci. Comput. 2008, 30, 3126
36. Frenkel, D.; Smit, B. Understanding molecular simulation: from algorithms to applications, 2 nd ed.; Academic Press: San Diego, 2002.
37. Basconi, J. E.; Shirts, M. R. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 2887
38. Oliphant, T. E. Comput. Sci. Eng. 2007, 9, 10
39. Perez, F.; Granger, B. E.; Hunter, J. D. Comput. Sci. Eng. 2011, 13, 13
40. van der Walt, S.; Colbert, S. C.; Varoquaux, G. Comput. Sci. Eng. 2011, 13, 22
41. Behnel, S.; Bradshaw, R.; Citro, C.; Dalcin, L.; Seljebotn, D. S.; Smith, K. Comput. Sci. Eng. 2011, 13, 31
42. Collette, A. Python and HDF5; O'Reilly: Sebastopol, CA, 2014.
43. Zhang, B. W.; Jasnow, D.; Zuckerman, D. M. J. Chem. Phys. 2007, 126, 074504
44. Loeliger, J.; McCullough, M. Version Control Using Git, 2 nd ed.; O'Reilly: Sebastopol, CA, 2012.
45. Wilson, G.; Aruliah, D. A.; Brown, C. T.; Chue Hong, N. P.; Davis, M.; Guy, R. T.; Haddock, S. H. D.; Huff, K. D.; Mitchell, I. M.; Plumbley, M. D.; Waugh, B.; White, E. P.; Wilson, P. PLoS Biol. 2014, 12, e1001745
46. Dellago, C.; Bolhuis, P. G.; Chandler, D. J. Chem. Phys. 1999, 110, 6617
47. Straub, J. E.; Borkovec, M.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1988, 89, 4833
48. Nilmeier, J. P.; Crooks, G. E.; Minh, D. D. L.; Chodera, J. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, E1009
49. Weeks, J. D.; Chandler, D.; Andersen, H. C. J. Chem. Phys. 1971, 54, 5237