Efficient explicit-solvent molecular dynamics simulations of molecular association kinetics: Methane/methane, Na+/Cl-, methane/benzene, and K+/18-crown-6 ether

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 7, Issue 4, 2011, Pages 1189-1197

  Zwier, Matthew C ^a   Kaus, Joseph W ^a   Chong, Lillian T ^a  

^a UNIVERSITY OF PITTSBURGH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 79954537738     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct100626x     Document Type: Article

References (74)

1. Henzler-Wildman, K. A.; Kern, D. Nature 2007, 450, 964
2. Huber, G. A.; Kim, S. Biophys. J. 1996, 70, 97
3. Dellago, C.; Bolhuis, P. G.; Csajka, F.; Chandler, D. J. Chem. Phys. 1998, 108, 1964
4. Zuckerman, D. M.; Woolf, T. B. Phys. Rev. E 2000, 63, 1
5. van Erp, T. S.; Moroni, D.; Bolhuis, P. G. J. Chem. Phys. 2003, 118, 7762
6. Moroni, D.; Bolhuis, P. G.; van Erp, T. S. J. Chem. Phys. 2004, 120, 4055
7. Faradjian, A. K.; Elber, R. J. Chem. Phys. 2004, 120, 10880
8. Allen, R. J.; Warren, P.; ten Wolde, P. R. Phys. Rev. Lett. 2005, 94, 018104
9. Allen, R. J.; Frenkel, D.; ten Wolde, P. R. J. Chem. Phys. 2006, 124, 024102
10. van Erp, T. S. Phys. Rev. Lett. 2007, 98, 1
11. Zwier, M. C.; Chong, L. T. Curr. Opin. Pharm. 2010, 10, 745
12. Zhang, B. W.; Jasnow, D.; Zuckerman, D. M. J. Chem. Phys. 2010, 132, 054107
13. Rojnuckarin, A.; Livesay, D. R.; Subramaniam, S. Biophys. J. 2000, 79, 686
14. Rojnuckarin, A.; Kim, S.; Subramaniam, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998, 95, 4288
15. Zhang, B. W.; Jasnow, D.; Zuckerman, D. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 18043
16. Bhatt, D.; Zuckerman, D. M. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 3527
17. Bhatt, D.; Zhang, B. W.; Zuckerman, D. M. J. Chem. Phys. 2010, 133, 014110
18. Dang, L. X. J. Chem. Phys. 1994, 100, 9032
19. Meng, E. C.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 11460
20. Oostenbrink, C.; van Gunsteren, W. F. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 53
21. Trzesniak, D.; van Gunsteren, W. F. Chem. Phys. 2006, 330, 410
22. Thomas, A. S.; Elcock, A. H. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 14887
23. Trzesniak, D.; Kunz, A.-P. E.; van Gunsteren, W. F. Chemphyschem 2007, 8, 162
24. Belch, A. C.; Berkowitz, M. L.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 1755
25. Dang, L. X.; Rice, J. E.; Kollman, P. A. J. Chem. Phys. 1990, 93, 7528
26. Guàrdia, E.; Rey, R.; Padró, J. A. Chem. Phys. 1991, 155, 187
27. Hummer, G.; Soumpasis, D.; Neumann, M. Mol. Phys. 1992, 77, 769
28. Pratt, L. R.; Hummer, G.; Garcia, A. E. Biophys. Chem. 1994, 51, 147
29. Koneshan, S.; Rasaiah, J. C. J. Chem. Phys. 2000, 113, 8125
30. Patra, M.; Karttunen, M. J. Comput. Chem. 2004, 25, 678
31. Baumketner, A. J. Chem. Phys. 2009, 130, 104106
32. Fennell, C. J.; Bizjak, A.; Vlachy, V.; Dill, K. A. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 6782
33. Timko, J.; Bucher, D.; Kuyucak, S. J. Chem. Phys. 2010, 132, 114510
34. Tsuzuki, S.; Honda, K.; Uchimaru, T.; Mikami, M.; Tanabe, K. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 3746
35. Ringer, A. L.; Figgs, M. S.; Sinnokrot, M. O.; Sherrill, C. D. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 10822
36. Dang, L. X.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 5716
37. Troxler, L.; Wipff, G. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 1468
38. Humphrey, W. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33
39. Hänggi, P.; Talkner, P.; Borkovec, M. Rev. Mod. Phys. 1990, 62, 251
40. Efron, B. Y. B.; Tibshirani, R. Stat. Sci. 1986, 1, 54
41. Press, W. H.; Teukolsky, S. A.; Vetterling, W. T.; Flannery, B. P. Numerical Recipes in C, 2 nd ed.; Cambridge University Press: Cambridge, England, 1992.
42. Zhang, B. W.; Jasnow, D.; Zuckerman, D. M. J. Chem. Phys. 2007, 126, 074504
43. Kolmogoroff, A. Ann. Math. Stat. 1941, 12, 461
44. Kvam, P. H.; Vidakovic, B. Nonparametric Statistics with Applications to Science and Engineering; John Wiley & Sons: Hoboken, NJ, 2007.
45. Cambillau, C.; Bram, G.; Corset, J.; Riche, C.; Pascard-Billy, C. Tetrahedron 1978, 34, 2675
46. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435
47. Adelman, S.; Doll, J. J. Chem. Phys. 1976, 64, 2375
48. Shirts, M. R.; Pitera, J. W.; Swope, W. C.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2003, 119, 5740
49. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577
50. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463
51. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684
52. Schuler, L.; Daura, X.; van Gunsteren, W. F. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1205
53. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, T. P. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269
54. Kaminski, G. A.; Friesner, R. A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474
55. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
56. Chandler, D. Introduction to Modern Statistical Mechanics; Oxford University Press: New York, NY, 1987.
57. Elber, R. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 151
58. Adcock, S. A.; McCammon, J. A. Chem. Rev. 2006, 106, 1589
59. Lei, H.; Duan, Y. Curr. Opin. Struct. Biol. 2007, 17, 187
60. Huber, T.; Torda, a. E.; van Gunsteren, W. F. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1994, 8, 695
61. Laio, A.; Parrinello, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 99, 12562
62. Schlitter, J.; Engels, M.; Krüger, P. J. Mol. Graphics 1994, 12, 84
63. Izrailev, S.; Stepaniants, S.; Balsera, M.; Oono, Y.; Schulten, K. Biophys. J. 1997, 72, 1568
64. Hamelberg, D.; Mongan, J.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 2004, 120, 11919
65. Zheng, L.; Chen, M.; Yang, W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 20227
66. Allen, R. J.; Valeriani, C.; Rein ten Wolde, P. J. Phys.: Condens. Matter 2009, 21, 463102
67. Escobedo, F. A.; Borrero, E. E.; Araque, J. C. J. Phys.: Condens. Matter 2009, 21, 333101
68. Bolhuis, P. G.; Chandler, D.; Dellago, C.; Geissler, P. L. Annu. Rev. Phys. Chem. 2002, 53, 291
69. Grünwald, M.; Dellago, C.; Geissler, P. L. J. Chem. Phys. 2008, 129, 194101
70. Májek, P.; Elber, R. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1805
71. Allen, R. J.; Frenkel, D.; ten Wolde, P. R. J. Chem. Phys. 2006, 124, 194111
72. Borrero, E. E.; Escobedo, F. A. J. Chem. Phys. 2008, 129, 024115
73. West, A. M. A.; Elber, R.; Shalloway, D. J. Chem. Phys. 2007, 126, 145104
74. Gabdoulline, R. R.; Wade, R. C. Curr. Opin. Struct. Biol. 2002, 12, 204