On-the-fly learning and sampling of ligand binding by high-throughput molecular simulations

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 10, Issue 5, 2014, Pages 2064-2069

  Doerr, S ^a   De Fabritiis, G ^a  

^a INST MUNIC D INVESTIGACIO MEDICA   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84900552634     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct400919u     Document Type: Article

References (30)

1. Shaw, D. E.; Deneroff, M. M.; Dror, R. O.; Kuskin, J. S.; Larson, R. H.; Salmon, J. K.; Young, C.; Batson, B.; Bowers, K. J.; Chao, J. C.; Eastwood, M. P.; Gagliardo, J.; Grossman, J. P.; Ho, C. R.; Ierardi, D. J.; Kolossváry, I.; Klepeis, J. L.; Layman, T.; McLeavey, C.; Moraes, M. A.; Mueller, R.; Priest, E. C.; Shan, Y.; Spengler, J.; Theobald, M.; Towles, B.; Wang, S. C. Commun. ACM 2008, 51, 91-97
2. Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Science 2011, 334, 517-520
3. Jensen, M.; Jogini, V.; Borhani, D. W.; Leffler, A. E.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Science 2012, 336, 229-233 PMID: 22499946.
4. Arkhipov, A.; Shan, Y.; Das, R.; Endres, N. F.; Eastwood, M. P.; Wemmer, D. E.; Kuriyan, J.; Shaw, D. E. Cell 2013, 152, 557-569
5. Shirts, M.; Pande, V. S. Science 2000, 290, 1903-1904 PMID: 17742054.
6. Hummer, G.; Kevrekidis, I. G. J. Chem. Phys. 2003, 118, 10762-10773
7. Prinz, J.-H.; Wu, H.; Sarich, M.; Keller, B.; Senne, M.; Held, M.; Chodera, J. D.; Schütte, C.; Noé, F. J. Chem. Phys. 2011, 134, 174105-174105-23
8. Singhal, N.; Snow, C. D.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2004, 121, 415-425 PMID: 15260562.
9. Sriraman, S.; Kevrekidis, I. G.; Hummer, G. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6479-6484
10. Pan, A. C.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2008, 129, 064107 PMID: 18715051 PMCID: PMC2674374.
11. Schütte, C.; Fischer, A.; Huisinga, W.; Deuflhard, P. J. Comput. Phys. 1999, 151, 146-168
12. Noé, F.; Fischer, S. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 154-162
13. Buch, I.; Giorgino, T.; De Fabritiis, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 10184-10189
14. Silva, D.-A.; Bowman, G. R.; Sosa-Peinado, A.; Huang, X. PLoS Comput. Biol. 2011, 7, e1002054
15. Sadiq, S. K.; Noé, F.; De Fabritiis, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, 20449-20454
16. Muff, S.; Caflisch, A. J. Chem. Phys. 2009, 130, 125104 PMID: 19334897.
17. Singhal, N.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2005, 123, 204909 PMID: 16351319.
18. Hinrichs, N. S.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2007, 126, 244101
19. Pronk, S.; Larsson, P.; Pouya, I.; Bowman, G. R.; Haque, I. S.; Beauchamp, K.; Hess, B.; Pande, V. S.; Kasson, P. M.; Lindahl, E. Copernicus: A New paradigm for parallel adaptive molecular dynamics. Proceedings of 2011 International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage, and Analysis; New York, 2011; p 60:1-60:10.
20. Weber, J. K.; Pande, V. S. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 3405-3411
21. Bowman, G. R.; Ensign, D. L.; Pande, V. S. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 787-794
22. Bowman, G. R.; Huang, X.; Pande, V. S. Biophys. J. 2009, 96, 575a
23. Huang, X.; Bowman, G. R.; Bacallado, S.; Pande, V. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 19765-19769 PMID: 19805023.
24. Zhou, T.; Caflisch, A. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 2134-2140
25. Harvey, M. J.; Giupponi, G.; Fabritiis, G. D. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1632-1639
26. Buch, I.; Harvey, M. J.; Giorgino, T.; Anderson, D. P.; De Fabritiis, G. J. Chem. Inf. Model. 2010, 50, 397-403
27. Pérez-Hernández, G.; Paul, F.; Giorgino, T.; De Fabritiis, G.; Noé, F. J. Chem. Phys. 2013, 7, 07B604
28. Schwantes, C. R.; Pande, V. S. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 2000-2009
29. Deuflhard, P.; Weber, M. Linear Algebra Appl. 2005, 398, 161-184
30. Mares-Guia, M.; Shaw, E. J. Biol. Chem. 1965, 240, 1579-1585 PMID: 14285494.