Spectroscopic quantification of 5-hydroxymethylcytosine in genomic DNA

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 16, 2014, Pages 8231-8237

  Shahal, Tamar ^a   Gilat, Noa ^a   Michaeli, Yael ^a   Redy Keisar, Orit ^a   Shabat, Doron ^a   Ebenstein, Yuval ^a  

^a TEL AVIV UNIVERSITY   (Israel)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

FLUORESCENCE; GENE EXPRESSION; SPECTROSCOPIC ANALYSIS;

5-HYDROXYMETHYLCYTOSINE; CLICK REACTION; FLUORESCENCE INTENSITIES; LABELING TECHNIQUES; SIMULTANEOUS RECORDING; SPECTROSCOPIC METHOD; TUMORIGENESIS; TWO-STEP PROTOCOL;

DNA;

EID: 84906264992     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac501609d     Document Type: Article

References (28)

1. Kriaucionis, S.; Heintz, N. Science 2009, 324, 929
2. Tahiliani, M.; Koh, K. P.; Shen, Y.; Pastor, W. A.; Bandukwala, H.; Brudno, Y.; Agarwal, S.; Iyer, L. M.; Liu, D. R.; Aravind, L.; Rao, A. Science 2009, 324, 930
3. Ito, S.; DAlessio, A. C.; Taranova, O. V.; Hong, K.; Sowers, L. C.; Zhang, Y. Nature 2010, 466, 1129
4. Hackett, J. a.; Sengupta, R.; Zylicz, J. J.; Murakami, K.; Lee, C.; Down, T. a.; Surani, M. A. Science 2013, 339, 448
5. Gu, T.-P.; Guo, F.; Yang, H.; Wu, H.-P.; Xu, G.-F.; Liu, W.; Xie, Z.-G.; Shi, L.; He, X.; Jin, S.; Iqbal, K.; Shi, Y. G.; Deng, Z.; Szabó, P. E.; Pfeifer, G. P.; Li, J.; Xu, G.-L. Nature 2011, 477, 606
6. Iqbal, K.; Jin, S.-G.; Pfeifer, G. P.; Szabó, P. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 3642
7. Münzel, M.; Globisch, D.; Brückl, T.; Wagner, M.; Welzmiller, V.; Michalakis, S.; Müller, M.; Biel, M.; Carell, T. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 5375
8. Song, C.-X.; Szulwach, K. E.; Fu, Y.; Dai, Q.; Yi, C.; Li, X.; Li, Y.; Chen, C.-H.; Zhang, W.; Jian, X.; Wang, J.; Zhang, L.; Looney, T. J.; Zhang, B.; Godley, L. a.; Hicks, L. M.; Lahn, B. T.; Jin, P.; He, C. Nat. Biotechnol. 2011, 29, 68
9. Ficz, G.; Branco, M. R.; Seisenberger, S.; Santos, F.; Krueger, F.; Hore, T. a.; Marques, C. J.; Andrews, S.; Reik, W. Nature 2011, 473, 398
10. Lian, C. G.; Xu, Y.; Ceol, C.; Wu, F.; Larson, A.; Dresser, K.; Xu, W.; Tan, L.; Hu, Y.; Zhan, Q.; Lee, C.-W.; Hu, D.; Lian, B. Q.; Kleffel, S.; Yang, Y.; Neiswender, J.; Khorasani, A. J.; Fang, R.; Lezcano, C.; Duncan, L. M.; Scolyer, R. a.; Thompson, J. F.; Kakavand, H.; Houvras, Y.; Zon, L. I.; Mihm, M. C.; Kaiser, U. B.; Schatton, T.; Woda, B. a.; Murphy, G. F.; Shi, Y. G. Cell 2012, 150, 1135
11. Ko, M.; Huang, Y.; Jankowska, A. M.; Pape, U. J.; Tahiliani, M.; Bandukwala, H. S.; An, J.; Lamperti, E. D.; Koh, K. P.; Ganetzky, R.; Liu, X. S.; Aravind, L.; Agarwal, S.; Maciejewski, J. P.; Rao, A. Nature 2010, 468, 839
12. Globisch, D.; Münzel, M.; Müller, M.; Michalakis, S.; Wagner, M.; Koch, S.; Brückl, T.; Biel, M.; Carell, T. PLoS One 2010, 5, e15367
13. Huang, Y.; Pastor, W. a.; Zepeda-Martínez, J. a.; Rao, A. Nat. Protoc. 2012, 7, 1897
14. Pastor, W. a.; Huang, Y.; Henderson, H. R.; Agarwal, S.; Rao, A. Nat. Protoc. 2012, 7, 1909
15. Georgopoulos, C. P.; Revel, H. R. Virology 1971, 44, 271
16. Szwagierczak, A.; Bultmann, S.; Schmidt, C. S.; Spada, F.; Leonhardt, H. Nucleic Acids Res. 2010, 38, e181
17. Kornberg, S. R.; Zimmerman, S. B.; Kornberg, A. J. Biol. Chem. 1961, 236, 1487
18. Kinney, S. M.; Chin, H. G.; Vaisvila, R.; Bitinaite, J.; Zheng, Y.; Estave, P.-O.; Feng, S.; Stroud, H.; Jacobsen, S. E.; Pradhan, S. J. Biol. Chem. 2011, 286, 24685
19. Robertson, A. B.; Dahl, J. A.; Ougland, R.; Klungland, A. Nat. Protoc. 2012, 7, 340
20. Song, C.-X.; Clark, T. a.; Lu, X.-Y.; Kislyuk, A.; Dai, Q.; Turner, S. W.; He, C.; Korlach, J. Nat. Methods 2012, 9, 75
21. Robertson, A. B.; Dahl, J. A.; Vagbø, C. B.; Tripathi, P.; Krokan, H. E.; Klungland, A. Nucleic Acids Res. 2011, 39, e55
22. Booth, M. J.; Ost, T. W. B.; Beraldi, D.; Bell, N. M.; Branco, M. R.; Reik, W.; Balasubramanian, S. Nat. Protoc. 2013, 8, 1841
23. Booth, M. J.; Branco, M. R.; Ficz, G.; Oxley, D.; Krueger, F.; Reik, W.; Balasubramanian, S. Science 2012, 336, 934
24. Michaeli, Y.; Shahal, T.; Torchinsky, D.; Grunwald, A.; Hoch, R.; Ebenstein, Y. Chem. Commun. (Cambridge, U. K.) 2013, 49, 8599
25. Song, C.-X.; Szulwach, K. E.; Fu, Y.; Dai, Q.; Yi, C.; Li, X.; Li, Y.; Chen, C.-H.; Zhang, W.; Jian, X.; Wang, J.; Zhang, L.; Looney, T. J.; Zhang, B.; Godley, L. a.; Hicks, L. M.; Lahn, B. T.; Jin, P.; He, C. Nat. Biotechnol. 2011, 29, 68
26. Levy-Sakin, M.; Grunwald, A.; Kim, S.; Gassman, N. R.; Gottfried, A.; Antelman, J.; Kim, Y.; Ho, S. O.; Samuel, R.; Michalet, X.; Lin, R. R.; Dertinger, T.; Kim, A. S.; Chung, S.; Colyer, R. A.; Weinhold, E.; Weiss, S.; Ebenstein, Y. ACS Nano 2014, 8, 14
27. Redy, O.; Kisin-Finfer, E.; Sella, E.; Shabat, D. Org. Biomol. Chem. 2012, 10, 710
28. Orski, S. V.; Sheppard, G. R.; Arumugam, S.; Arnold, R. M.; Popik, V. V.; Locklin, J. Langmuir 2012, 28, 14693