Substrate-guided front-face reaction revealed by combined structural snapshots and metadynamics for the polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

Angewandte Chemie - International Edition

Volumn 53, Issue 31, 2014, Pages 8206-8210

  Lira Navarrete, Erandi ^a   Iglesias Fernández, Javier ^b   Zandberg, Wesley F ^d   Compañón, Ismael ^e   Kong, Yun ^f   Corzana, Francisco ^e   Pinto, B Mario ^d   Clausen, Henrik ^f   Peregrina, Jesús M ^e   Vocadlo, David J ^d   Rovira, Carme ^b,c   Hurtado Guerrero, Ramon ^a  

^a UNIVERSITY OF ZARAGOZA   (Spain)

^b UNIVERSITY OF BARCELONA   (Spain)

^c INSTITUCIÓ CATALANA DE RECERCA I ESTUDIS AVANÇATS ICREA   (Spain)

^d SIMON FRASER UNIVERSITY   (Canada)

^e UNIVERSITY OF LA RIOJA   (Spain)

^f UNIVERSITY OF COPENHAGEN   (Denmark)

Author keywords

acetamido groups; proteins; quantum mechanics molecular mechanics; X ray diffraction

Indexed keywords

ENZYMES; MOLECULAR MODELING; PROTEINS; X RAY DIFFRACTION;

ACETAMIDO GROUPS; CELL SURFACE PROTEINS; COMPUTATIONAL APPROACH; GLYCOSYL TRANSFERASE; POST-TRANSLATIONAL MODIFICATIONS; QUANTUM MECHANICS/MOLECULAR MECHANICS; SUBSTRATE RECOGNITION;

FACE RECOGNITION;

EID: 84905366680     PISSN: 14337851     EISSN: 15213773     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/anie.201402781     Document Type: Article

References (26)

1. E. P. Bennett, U. Mandel, H. Clausen, T. A. Gerken, T. A. Fritz, L. A. Tabak, Glycobiology 2012, 22, 736.
2. C. Steentoft, S. Y. Vakhrushev, H. J. Joshi, Y. Kong, M. B. Vester-Christensen, K. T. Schjoldager, K. Lavrsen, S. Dabelsteen, N. B. Pedersen, L. Marcos-Silva, R. Gupta, E. P. Bennett, U. Mandel, S. Brunak, H. H. Wandall, S. B. Levery, H. Clausen, EMBO J. 2013, 32, 1478.
3. T. Kubota, T. Shiba, S. Sugioka, S. Furukawa, H. Sawaki, R. Kato, S. Wakatsuki, H. Narimatsu, J. Mol. Biol. 2006, 359, 708
4. T. A. Fritz, J. Raman, L. A. Tabak, J. Biol. Chem. 2006, 281, 8613
5. T. A. Fritz, J. H. Hurley, L. B. Trinh, J. Shiloach, L. A. Tabak, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004, 101, 15307.
6. M. Schimpl, X. Zheng, V. S. Borodkin, D. E. Blair, A. T. Ferenbach, A. W. Schüttelkopf, I. Navratilova, T. Aristotelous, O. Albarbarawi, D. A. Robinson, M. A. Macnaughtan, D. M. van Aalten, Nat. Chem. Biol. 2012, 8, 969
7. M. B. Lazarus, J. Jiang, T. M. Gloster, W. F. Zandberg, G. E. Whitworth, D. J. Vocadlo, S. Walker, Nat. Chem. Biol. 2012, 8, 966.
8. T. M. Gloster, W. F. Zandberg, J. E. Heinonen, D. L. Shen, L. Deng, D. J. Vocadlo, Nat. Chem. Biol. 2011, 7, 174.
9. D. J. Gill, K. M. Tham, J. Chia, S. C. Wang, C. Steentoft, H. Clausen, E. A. Bard-Chapeau, F. A. Bard, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2013, 110, E 3152
10. J. Raman, T. A. Fritz, T. A. Gerken, O. Jamison, D. Live, M. Liu, L. A. Tabak, J. Biol. Chem. 2008, 283, 22942.
11. A. L. Milac, N. V. Buchete, T. A. Fritz, G. Hummer, L. A. Tabak, J. Mol. Biol. 2007, 373, 439.
12. S. Wragg, F. K. Hagen, L. A. Tabak, J. Biol. Chem. 1995, 270, 16947.
13. T. White, E. P. Bennett, K. Takio, T. Sørensen, N. Bonding, H. Clausen, J. Biol. Chem. 1995, 270, 24156.
14. H. Gómez, R. Rojas, D. Patel, L. A. Tabak, J. M. Lluch, L. Masgrau, Org. Biomol. Chem. 2014, 12, 2645.
15. A. Laio, M. Parrinello, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 12562
16. A. Barducci, M. Bonomi, M. Parrinello, WIREs Comput. Mol. Sci. 2011, 1, 826.
17. K. Persson, H. D. Ly, M. Dieckelmann, W. W. Wakarchuk, S. G. Withers, N. C. Strynadka, Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 166.
18. A. Ardèvol, C. Rovira, Angew. Chem. 2011, 123, 11089
19. Angew. Chem. Int. Ed. 2011, 50, 10897.
20. H. H. Wandall, H. Hassan, E. Mirgorodskaya, A. K. Kristensen, P. Roepstorff, E. P. Bennett, P. A. Nielsen, M. A. Hollingsworth, J. Burchell, J. Taylor-Papadimitriou, H. Clausen, J. Biol. Chem. 1997, 272, 23503.
21. M. L. Sinnott, W. P. Jencks, J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 2026.
22. E. S. Lewis, C. E. Boozer, J. Am. Chem. Soc. 1952, 74, 308.
23. J. Chan, A. Tang, A. J. Bennet, J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 1212
24. J. C. Errey, S. S. Lee, R. P. Gibson, C. Martinez Fleites, C. S. Barry, P. M. Jung, A. C. O'Sullivan, B. G. Davis, G. J. Davies, Angew. Chem. 2010, 122, 1256
25. Angew. Chem. Int. Ed. 2010, 49, 1234
26. S. S. Lee, S. Y. Hong, J. C. Errey, A. Izumi, G. J. Davies, B. G. Davis, Nat. Chem. Biol. 2011, 7, 631.