Photodissociation of conformer-selected ubiquitin ions reveals site-specific cis / trans isomerization of proline peptide bonds

Journal of the American Chemical Society

Volumn 136, Issue 29, 2014, Pages 10308-10314

  Warnke, Stephan ^a   Baldauf, Carsten ^a   Bowers, Michael T ^b   Pagel, Kevin ^a,c   Von Helden, Gert ^a  

^a FRITZ HABER INSTITUT DER MAX PLANCK GESELLSCHAFT   (Germany)

^b UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^c FREIE UNIVERSITÄT BERLIN   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

GASES; ISOMERIZATION; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR BIOLOGY; MOLECULAR DYNAMICS; PEPTIDES;

CIS/TRANS ISOMERIZATION; COLLISION INDUCED DISSOCIATION; EXPERIMENTAL EVIDENCE; FRAGMENTATION BEHAVIOR; HIGHER-ORDER STRUCTURE; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE; ULTRAVIOLET PHOTODISSOCIATION;

PHOTODISSOCIATION;

PEPTIDE; PROLINE; UBIQUITIN; GAS; ION; PEPTIDE FRAGMENT;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; CHEMICAL BOND; CIS TRANS ISOMERISM; COLLISIONALLY ACTIVATED DISSOCIATION; DISSOCIATION; GAS; HEATING; ISOMERIZATION; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR DYNAMICS; PHASE TRANSITION; PHOTOCHEMISTRY; PHOTODISSOCIATION; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN STRUCTURE; PROTEOMICS; ULTRAVIOLET RADIATION; CHEMISTRY; ELECTROSPRAY MASS SPECTROMETRY; PROCEDURES; STEREOISOMERISM;

GASES; IONS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PEPTIDE FRAGMENTS; PHASE TRANSITION; PROLINE; PROTEIN CONFORMATION; PROTEOMICS; SPECTROMETRY, MASS, ELECTROSPRAY IONIZATION; STEREOISOMERISM; UBIQUITIN; ULTRAVIOLET RAYS;

EID: 84904908682     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja502994b     Document Type: Article

References (47)

1. Aebersold, R.; Mann, M. Nature 2003, 422, 198
2. Dettmer, K.; Aronov, P. A.; Hammock, B. D. Mass Spectrom. Rev. 2007, 26, 51
3. Polfer, N. C.; Oomens, J. Mass Spectrom. Rev. 2009, 28, 468
4. Wyttenbach, T.; Bowers, M. In Modern Mass Spectrometry; Schalley, C. A., Ed.; Springer: Berlin Heidelberg, 2003; Vol. 225, p 207.
5. Bohrer, B. C.; Merenbloom, S. I.; Koeniger, S. L.; Hilderbrand, A. E.; Clemmer, D. E. Annu. Rev. Anal. Chem. 2008, 1, 293
6. Uetrecht, C.; Rose, R. J.; van Duijn, E.; Lorenzen, K.; Heck, A. J. R. Chem. Soc. Rev. 2010, 39, 1633
7. Bleiholder, C.; Dupuis, N. F.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. Nat. Chem. 2011, 3, 172
8. Chapman, H. N.; Fromme, P.; Barty, A.; White, T. A.; Kirian, R. A.; Aquila, A.; Hunter, M. S.; Schulz, J.; DePonte, D. P.; Weierstall, U.; Doak, R. B.; Maia, F. R. N. C.; Martin, A. V.; Schlichting, I.; Lomb, L.; Coppola, N.; Shoeman, R. L.; Epp, S. W.; Hartmann, R.; Rolles, D.; Rudenko, A.; Foucar, L.; Kimmel, N.; Weidenspointner, G.; Holl, P.; Liang, M.; Barthelmess, M.; Caleman, C.; Boutet, S.; Bogan, M. J.; Krzywinski, J.; Bostedt, C.; Bajt, S.; Gumprecht, L.; Rudek, B.; Erk, B.; Schmidt, C.; Homke, A.; Reich, C.; Pietschner, D.; Struder, L.; Hauser, G.; Gorke, H.; Ullrich, J.; Herrmann, S.; Schaller, G.; Schopper, F.; Soltau, H.; Kuhnel, K.-U.; Messerschmidt, M.; Bozek, J. D.; Hau-Riege, S. P.; Frank, M.; Hampton, C. Y.; Sierra, R. G.; Starodub, D.; Williams, G. J.; Hajdu, J.; Timneanu, N.; Seibert, M. M.; Andreasson, J.; Rocker, A.; Jonsson, O.; Svenda, M.; Stern, S.; Nass, K.; Andritschke, R.; Schroter, C.-D.; Krasniqi, F.; Bott, M.; Schmidt, K. E.; Wang, X.; Grotjohann, I.; Holton, J. M.; Barends, T. R. M.; Neutze, R.; Marchesini, S.; Fromme, R.; Schorb, S.; Rupp, D.; Adolph, M.; Gorkhover, T.; Andersson, I.; Hirsemann, H.; Potdevin, G.; Graafsma, H.; Nilsson, B.; Spence, J. C. H. Nature 2011, 470, 73
9. Meyer, T.; Gabelica, V.; Grubmüller, H.; Orozco, M. Wiley Interdiscip. Rev.: Comput. Mol. Sci. 2013, 3, 408
10. Wyttenbach, T.; Pierson, N. A.; Clemmer, D. E.; Bowers, M. T. Annu. Rev. Phys. Chem. 2014, 65, 175
11. Ruotolo, B. T.; Giles, K.; Campuzano, I.; Sandercock, A. M.; Bateman, R. H.; Robinson, C. V. Science 2005, 310, 1658
12. Heck, A. J. R. Nat. Methods 2008, 5, 927
13. Ly, T.; Julian, R. R. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 7130
14. Shaw, J. B.; Li, W.; Holden, D. D.; Zhang, Y.; Griep-Raming, J.; Fellers, R. T.; Early, B. P.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L.; Brodbelt, J. S. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 12646
15. Reilly, J. P. Mass Spectrom. Rev. 2009, 28, 425
16. Choi, K. M.; Yoon, S. H.; Sun, M.; Oh, J. Y.; Moon, J. H.; Kim, M. S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 1643
17. Guan, Z.; Kelleher, N. L.; O'Connor, P. B.; Aaserud, D. J.; Little, D. P.; McLafferty, F. W. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1996, 157-158, 357
18. Kemper, P. R.; Dupuis, N. F.; Bowers, M. T. Int. J. Mass Spectrom. 2009, 287, 46
19. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435
20. Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Palmo, K.; Maragakis, P.; Klepeis, J. L.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Proteins 2010, 78, 1950
21. Bussi, G.; Donadio, D.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2007, 126 014101
22. Freitas, M. A.; Hendrickson, C. L.; Emmett, M. R.; Marshall, A. G. Int. J. Mass Spectrom. 1999, 185-187, 565
23. Skinner, O. S.; McLafferty, F. W.; Breuker, K. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012, 23, 1011
24. Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 12266
25. Koeniger, S. L.; Merenbloom, S. I.; Clemmer, D. E. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 7017
26. Myung, S.; Badman, E. R.; Lee, Y. J.; Clemmer, D. E. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 9976
27. Koeniger, S. L.; Merenbloom, S. I.; Sevugarajan, S.; Clemmer, D. E. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 11713
28. Li, J.; Taraszka, J. A.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. Int. J. Mass Spectrom. 1999, 185-187, 37
29. Shi, H.; Pierson, N. A.; Valentine, S. J.; Clemmer, D. E. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 3344
30. Wilkinson, K. D.; Mayer, A. N. Arch. Biochem. Biophys. 1986, 250, 390
31. Pan, Y.; Briggs, M. S. Biochemistry 1992, 31, 11405
32. Brutscher, B.; Bruschweiler, R.; Ernst, R. R. Biochemistry 1997, 36, 13043
33. Badman, E. R.; Hoaglund-Hyzer, C. S.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 719
34. Pierson, N. A.; Chen, L.; Russell, D. H.; Clemmer, D. E. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 3186
35. Breci, L. A.; Tabb, D. L.; Yates, J. R., 3rd; Wysocki, V. H. Anal. Chem. 2003, 75, 1963
36. Kim, P. Annu. Rev. Biochem. 1990, 59, 631
37. Briggs, M. S.; Roder, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1992, 89, 2027
38. Nall, B. T. Comments Mol. Cell. Biophys. 1985, 3, 123
39. Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 2002, 74, 1946
40. Baldauf, C.; Pagel, K.; Warnke, S.; von Helden, G.; Koksch, B.; Blum, V.; Scheffler, M. Chemistry 2013, 19, 11224
41. Cordier, F.; Grzesiek, S. Biochemistry 2004, 43, 11295
42. Segev, E.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T.; Gerber, R. B. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 3077
43. Kony, D. B.; Hunenberger, P. H.; van Gunsteren, W. F. Protein Sci. 2007, 16, 1101
44. Shvartsburg, A. A.; Jarrold, M. F. Chem. Phys. Lett. 1996, 261, 86
45. Pal, D.; Chakrabarti, P. J. Mol. Biol. 1999, 294, 271
46. Lermyte, F.; Konijnenberg, A.; Williams, J. P.; Brown, J. M.; Valkenborg, D.; Sobott, F. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2014, 25, 343
47. Zhang, Z.; Browne, S. J.; Vachet, R. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2014, 25, 604