Tailoring the properties of quadruplex nucleobases for biological and nanomaterial applications

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 16, Issue 29, 2014, Pages 15241-15248

  Novotný, Jan ^a   Yurenko, Yevgen P ^a   Kulhánek, Petr ^a   Marek, Radek ^a  

^a MASARYK UNIVERSITY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHLORINE; FLUORINE; GUANINE; GUANINE QUADRUPLEX; NANOMATERIAL; XANTHINE;

CHEMISTRY; QUANTUM THEORY;

CHLORINE; FLUORINE; G-QUADRUPLEXES; GUANINE; NANOSTRUCTURES; QUANTUM THEORY; XANTHINE;

EID: 84903787142     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4cp00541d     Document Type: Article

References (43)

1. S. Balasubramanian L. H. Hurley S. Neidle Nat. Rev. Drug Discovery 2011 10 261 275
2. P. Alberti A. Bourdoncle B. Sacca L. Lacroix J.-L. Mergny Org. Biomol. Chem. 2006 4 3383 3391
3. J. Szolomajer G. Paragi G. Batta C. Fonseca Guerra F. M. Bickelhaupt Z. Kele P. Padar Z. Kupihar L. Kovacs New J. Chem. 2011 35 476 482
4. C. Fonseca Guerra H. Zijlstra G. Paragi F. M. Bickelhaupt Chem.-Eur. J. 2011 17 12612 12622
5. J. Novotny P. Kulhanek R. Marek J. Phys. Chem. Lett. 2012 3 1788 1792
6. Y. P. Yurenko J. Novotný V. Sklenář R. Marek Phys. Chem. Chem. Phys. 2014 16 2072 2084
7. G. Paragi, J. Szolomájer, Z. Kupihár, G. Batta, Z. Kele, P. Pádár, B. Penke, H. Zijlstra, C. Fonseca Guerra, F. Matthias Bickelhaupt and L. Kovács, in Guanine Quartets, ed., L. Spindler, and, W. Fritzsche, RSC Publishing, Cambridge, 2013, pp. 179-193
8. M. Kaushik S. Kaushik A. Bansal S. Saxena S. Kukreti Curr. Mol. Med. 2011 11 744 769
9. R. Haudecoeur L. Stefan F. Denat D. Monchaud J. Am. Chem. Soc. 2013 135 550 553
10. G. Biffi D. Tannahill J. McCafferty S. Balasubramanian Nat. Chem. 2013 5 182 186
11. G. N. Parkinson, in Guanine Quartets, ed., L. Spindler, and, W. Fritzsche, RSC Publishing, Cambridge, 2013, pp. 237-247
12. E. Largy and M.-P. Teulade-Fichou, in Guanine Quartets, ed., L. Spindler, and, W. Fritzsche, RSC Publishing, Cambridge, 2013, pp. 248-262
13. W. Fritzsche and L. Spindler, Guanine quartets: structure and application, RSC Publishing, Cambridge, 2013
14. M. S. Kaucher W. A. Harrell J. T. Davis J. Am. Chem. Soc. 2006 128 38 39
15. H. Sun X. Li Y. Li L. Fan H.-B. Kraatz Analyst 2013 138 856 862
16. J. Davis Angew. Chem., Int. Ed. 2004 43 668 698
17. T. Pinnavaia C. Marshall C. Mettler C. Fisk H. Miles E. Becker J. Am. Chem. Soc. 1978 100 3625 3627
18. M. Nikan J. C. Sherman J. Org. Chem. 2009 74 5211 5218
19. R. Ahlrichs M. Bar M. Haser H. Horn C. Kolmel Chem. Phys. Lett. 1989 162 165 169
20. A. Becke Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1988 38 3098 3100
21. C. Lee W. Yang R. Parr Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1988 37 785 789
22. F. Weigend R. Ahlrichs Phys. Chem. Chem. Phys. 2005 7 3297 3305
23. S. Grimme J. Antony S. Ehrlich H. Krieg J. Chem. Phys. 2010 132 154104
24. K. Eichkorn O. Treutler H. Ohm M. Haser R. Ahlrichs Chem. Phys. Lett. 1995 240 283 289
25. F. Weigend Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 1057 1065
26. A. Klamt G. Schuurmann J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1993 799 805
27. M. Swart P. T. van Duijnen Mol. Simul. 2006 32 471 484
28. M. Swart E. Rösler F. M. Bickelhaupt Eur. J. Inorg. Chem. 2007 3646 3654
29. S. Grimme J. Comput. Chem. 2006 27 1787 1799
30. T. van Mourik A. J. Dingley Chem.-Eur. J. 2005 11 6064 6079
31. D. A. Case, T. A. Darden, T. E. Cheatham III, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, R. C. Walker, W. Zhang, K. M. Merz, B. P. Roberts, B. Wang, S. Hayik, A. Roitberg, G. Seabra, I. Kolossváry, K. F. Wong, F. Paesani, J. Vanicek, J. Liu, X. Wu, S. R. Brozell, T. Steinbrecher, H. Gohlke, Q. Cai, X. Ye, J. Wang, M.-J. Hsieh, G. Cui, D. R. Roe, D. H. Mathews, M. G. Seetin, C. Sagui, V. Babin, T. Luchko, S. Gusarov, A. Kovalenko and P. A. Kollman, Amber 11, University of California, San Francisco, 2010
32. J. Wang P. Cieplak P. Kollman J. Comput. Chem. 2000 21 1049 1074
33. A. Perez I. Marchan D. Svozil J. Sponer T. E. Cheatham C. A. Laughton M. Orozco Biophys. J. 2007 92 3817 3829
34. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
35. I. S. Joung T. E. Cheatham J. Phys. Chem. B 2008 112 9020 9041
36. U. Singh P. Kollman J. Comput. Chem. 1984 5 129 145
37. R. D. Gray J. B. Chaires Methods 2012 57 47 55
38. P. B. Lutz C. A. Bayse Phys. Chem. Chem. Phys. 2013 15 9397 9406
39. C. J. Lech B. Heddi A. T. Phan Nucleic Acids Res. 2013 41 2034 2046
40. N. V. Hud F. W. Smith F. A. L. Anet J. Feigon Biochemistry 1996 35 15383 15390
41. Y. Marcus J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1991 87 2995 2999
42. A. V. Marenich C. J. Cramer D. G. Truhlar J. Phys. Chem. B 2009 113 6378 6396
43. M. Sproviero K. L. Fadock A. A. Witham R. A. Manderville P. Sharma S. D. Wetmore Chem. Sci. 2014 5 788 796