Sensitive detection of transcription factors using near-infrared fluorescent solid-phase rolling circle amplification

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 5, 2014, Pages 2572-2579

  Yin, Junhuan ^a   Gan, Ping ^a   Zhou, Fei ^a   Wang, Jinke ^a  

^a SOUTHEAST UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA MICRO-ARRAY; NEAR-INFRARED FLUORESCENT; NUCLEAR EXTRACTS; PROOF OF CONCEPT; PROTEIN SAMPLES; RELATIVE ACTIVITIES; ROLLING CIRCLE AMPLIFICATIONS; SENSITIVE DETECTION;

DNA; FLUORESCENCE; INFRARED DEVICES; PURIFICATION; TRANSCRIPTION FACTORS;

CYTOLOGY;

IMMUNOGLOBULIN ENHANCER BINDING PROTEIN; RECOMBINANT PROTEIN; TRANSCRIPTION FACTOR;

HELA CELL LINE; HUMAN; LIMIT OF DETECTION; NEAR INFRARED SPECTROSCOPY; PROCEDURES; SPECTROFLUOROMETRY;

HELA CELLS; HUMANS; LIMIT OF DETECTION; NF-KAPPA B; RECOMBINANT PROTEINS; SPECTROMETRY, FLUORESCENCE; SPECTROSCOPY, NEAR-INFRARED; TRANSCRIPTION FACTORS;

EID: 84900614224     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac403758p     Document Type: Article

References (51)

1. Jolma, A.; Yan, J.; Whitington, T.; Toivonen, J.; Nitta, K. R.; Rastas, P.; Morgunova, E.; Enge, M.; Taipale, M.; Wei, G.; Palin, K.; Vaquerizas, J. M.; Vincentelli, R.; Luscombe, N. M.; Hughes, T. R.; Lemaire, P.; Ukkonen, E.; Kivioja, T.; Taipale, J. Cell 2013, 152, 327-339
2. Hayden, M. S.; Ghosh, S. Genes Dev. 2012, 26, 203-234
3. Hayden, M. S.; Ghosh, S. Cell 2008, 132, 344-362
4. Fried, M.; Crothers, D. M. Nucleic Acids Res. 1981, 9, 6505-6525
5. Garner, M. M.; Revzin, A. Nucleic Acids Res. 1981, 9, 3047-3060
6. Bourcier, T. Methods Mol. Med. 1999, 30, 159-167
7. Hellman, L. M.; Fried, M. G. Nat. Protoc. 2007, 2, 1849-1861
8. Hart, D. J.; Speight, R. E.; Sutherland, J. D.; Blackburn, J. M. J. Mol. Biol. 2001, 310, 563-575
9. Wong, D.; Teixeira, A.; Oikonomopoulos, S.; Humburg, P.; Lone, I. N.; Saliba, D.; Siggers, T.; Bulyk, M.; Angelov, D.; Dimitrov, S.; Udalova, I. A.; Ragoussis, J. Genome Biol. 2011, 12, R70
10. Cao, A.; Zhang, C. Y. Anal. Chem. 2013, 85, 2543-2547
11. Zhang, Y.; Hu, J.; Zhang, C. Y. Anal. Chem. 2012, 84, 9544-9549
12. Hou, P.; Chen, Z.; Ji, M.; He, N.; Lu, Z. Clin. Chem. 2007, 53, 581-586
13. Renard, P.; Ernest, I.; Houbion, A.; Art, M.; Le Calvez, H.; Raes, M.; Remacle, J. Nucleic Acids Res. 2001, 29, E21
14. Brand, L. H.; Kirchler, T.; Hummel, S.; Chaban, C.; Wanke, D. Plant Methods 2010, 6, 25
15. Shen, Z.; Peedikayil, J.; Olson, G. K.; Siebert, P. D.; Fang, Y. BioTechniques 2002, 32, 1168, 1170-1162, 1174 passim
16. Gupta, S. V.; McGowen, R. M.; Callewaert, D. M.; Brown, T. R.; Li, Y.; Sarkar, F. H. J. Immunoassay Immunochem. 2005, 26, 125-143
17. Qiao, J. Y.; Shao, W.; Wei, H. J.; Sun, Y. M.; Zhao, Y. C.; Xing, W. L.; Zhang, L.; Mitchelson, K.; Cheng, J. J. Proteome Res. 2008, 7, 2769-2779
18. Bilgin, B.; Liu, L.; Chan, C.; Walton, S. P. Anal. Bioanal. Chem. 2013, 405, 2461-2468
19. Keller, E. T.; Yao, Z. J. Musculoskeletal Neuronal Interact. 2002, 2, 575-578
20. Derer, S.; Berger, S.; Schlaeth, M.; Schneider-Merck, T.; Klausz, K.; Lohse, S.; Overdijk, M. B.; Dechant, M.; Kellner, C.; Nagelmeier, I.; Scheel, A. H.; Lammerts van Bueren, J. J.; van de Winkel, J. G.; Parren, P. W.; Peipp, M.; Valerius, T. Neoplasia 2012, 14, 190-205
21. Yaoi, T.; Jiang, X.; Li, X. Assay Drug Dev. Technol. 2006, 4, 285-292
22. Shao, W.; Wei, H. J.; Qiao, J. Y.; Zhao, Y. C.; Sun, Y. M.; Zhou, Y. X.; Cheng, J. J. Proteome. Res. 2005, 4, 1451-1456
23. Piera-Velazquez, S.; Louneva, N.; Fertala, J.; Wermuth, P. J.; Del Galdo, F.; Jimenez, S. A. Ann. Rheum. Dis. 2010, 69, 2017-2023
24. Fire, A.; Xu, S. Q. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 4641-4645
25. Kim, J.; Easley, C. J. Bioanalysis 2011, 3, 227-239
26. Johne, R.; Muller, H.; Rector, A.; van Ranst, M.; Stevens, H. Trends Microbiol. 2009, 17, 205-211
27. Li, J.; Deng, T.; Chu, X.; Yang, R.; Jiang, J.; Shen, G.; Yu, R. Anal. Chem. 2010, 82, 2811-2816
28. Christian, A. T.; Pattee, M. S.; Attix, C. M.; Reed, B. E.; Sorensen, K. J.; Tucker, J. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 14238-14243
29. Liu, H.; Li, L.; Duan, L.; Wang, X.; Xie, Y.; Tong, L.; Wang, Q.; Tang, B. Anal. Chem. 2013, 85, 7941-7947
30. Wen, Y.; Xu, Y.; Mao, X.; Wei, Y.; Song, H.; Chen, N.; Huang, Q.; Fan, C.; Li, D. Anal. Chem. 2012, 84, 7664-7669
31. Chapin, S. C.; Doyle, P. S. Anal. Chem. 2011, 83, 7179-7185
32. Gusev, Y.; Sparkowski, J.; Raghunathan, A.; Ferguson, H., Jr.; Montano, J.; Bogdan, N.; Schweitzer, B.; Wiltshire, S.; Kingsmore, S. F.; Maltzman, W.; Wheeler, V. Am. J. Pathol. 2001, 159, 63-69
33. Schweitzer, B.; Wiltshire, S.; Lambert, J.; O'Malley, S.; Kukanskis, K.; Zhu, Z.; Kingsmore, S. F.; Lizardi, P. M.; Ward, D. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 10113-10119
34. Zhang, S.; Metelev, V.; Tabatadze, D.; Zamecnik, P.; Bogdanov, A., Jr. Oligonucleotides 2008, 18, 235-243
35. Ntziachristos, V.; Bremer, C.; Weissleder, R. Eur. Radiol. 2003, 13, 195-208
36. Hilderbrand, S. A.; Weissleder, R. Curr. Opin. Chem. Biol. 2010, 14, 71-79
37. Biffi, S.; Dal Monego, S.; Dullin, C.; Garrovo, C.; Bosnjak, B.; Licha, K.; Welker, P.; Epstein, M. M.; Alves, F. PloS One 2013, 8, e57150
38. Weldon, S.; Ambroz, K.; Schutz-Geschwender, A.; Olive, D. M. Anal. Biochem. 2008, 375, 156-158
39. Bao, B.; Ali, S.; Kong, D.; Sarkar, S. H.; Wang, Z.; Banerjee, S.; Aboukameel, A.; Padhye, S.; Philip, P. A.; Sarkar, F. H. PloS One 2011, 6, e17850
40. Lourenco, A. P.; Vasques-Novoa, F.; Fontoura, D.; Bras-Silva, C.; Roncon-Albuquerque, R., Jr.; Leite-Moreira, A. F. J. Nutr. 2011, 141, 1954-1960
41. Aguilar, H. N.; Zielnik, B.; Tracey, C. N.; Mitchell, B. F. PloS One 2010, 5, e9965
42. Mitsunaga, M.; Nakajima, T.; Sano, K.; Choyke, P. L.; Kobayashi, H. Bioconjug. Chem. 2012, 23, 604-609
43. Nakajima, T.; Sano, K.; Mitsunaga, M.; Choyke, P. L.; Kobayashi, H. Cancer Res. 2012, 72, 4622-4628
44. Mitsunaga, M.; Ogawa, M.; Kosaka, N.; Rosenblum, L. T.; Choyke, P. L.; Kobayashi, H. Nat. Med. 2011, 17, 1685-1691
45. Zhou, F.; Xing, Y.; Xu, X.; Yang, Y.; Zhang, J.; Ma, Z.; Wang, J. Int. J. Biochem. Cell Biol. 2013, 45, 2479-2490
46. Gu, G.; Wang, T.; Yang, Y.; Xu, X.; Wang, J. PloS One 2013, 8, e76109
47. Wilchek, M.; Bayer, E. A. Biomol. Eng. 1999, 16, 1-4
48. Toubal, A.; Clement, K.; Fan, R.; Ancel, P.; Pelloux, V.; Rouault, C.; Veyrie, N.; Hartemann, A.; Treuter, E.; Venteclef, N. J. Clin. Invest. 2013, 123, 362-379
49. Su, B.; Xiang, B.; Wang, L.; Cao, L.; Xiao, L.; Li, X.; Wu, M.; Li, G. J. Cell. Biochem. 2010, 109, 173-183
50. Jiang, X.; Norman, M.; Li, X. Biochim. Biophys. Acta 2003, 1642, 1-8
51. Compe, E.; Drane, P.; Laurent, C.; Diderich, K.; Braun, C.; Hoeijmakers, J. H.; Egly, J. M. Mol. Cell. Biol. 2005, 25, 6065-6076