Free energy guided sampling

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 6, 2012, Pages 2134-2140

  Zhou, Ting ^a   Caflisch, Amedeo ^a  

^a UNIVERSITY OF ZURICH   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84862180821     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct300147t     Document Type: Article

References (52)

1. Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Science 2011, 334, 517
2. Settanni, G.; Rao, F.; Caflisch, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 628
3. Luo, G.; Andricioaei, I.; Xie, X. S.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 9363
4. Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141
5. Muff, S.; Caflisch, A. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 3218
6. Zheng, W.; Andrec, M.; Gallicchio, E.; Levy, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 15340
7. Zuckerman, D. M.; Lyman, E. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 12001202
8. Liu, P.; Kim, B.; Friesner, R. A.; Berne, B. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 13749
9. Okur, A.; Wickstrom, L.; Layten, M.; Geney, R.; Song, K.; Hornak, V.; Simmerling, C. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 420
10. Kamberaj, H.; van der Vaart, A. J. Chem. Phys. 2007, 127, 234102
11. Laio, A.; Parrinello, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 99, 12562
12. Faradjian, A. K.; Elber, R. J. Chem. Phys. 2004, 120, 10880
13. Maragliano, L.; Vanden-Eijnden, E. Chem. Phys. Lett. 2006, 426, 168
14. Laio, A.; Gervasio, F. L. Rep. Prog. Phys. 2008, 71, 126601
15. Pan, A. C.; Sezer, D.; Roux, B. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 3432
16. Czerminski, R.; Elber, R. J. Chem. Phys. 1990, 92, 5580
17. Tribello, G. A.; Ceriotti, M.; Parrinello, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 17509
18. Swope, W. C.; Pitera, J. W.; Suits, F. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 6571
19. Guarnera, E.; Pellarin, R.; Caflisch, A. Biophys. J. 2009, 97, 1737
20. Pande, V. S.; Beauchamp, K.; Bowman, G. R. Methods 2010, 52, 99
21. Prinz, J.-H.; Wu, H.; Sarich, M.; Keller, B.; Senne, M.; Held, M.; Chodera, J. D.; Schütte, C.; Noé, F. J. Chem. Phys. 2011, 134, 174105
22. Huang, X.; Bowman, G. R.; Bacallado, S.; Pande, V. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 19765
23. Gan, W.; Yang, S.; Roux, B. Biophys. J. 2009, 97, L8
24. Berteotti, A.; Cavalli, A.; Branduardi, D.; Gervasio, F. L.; Recanatini, M.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 244
25. Shan, Y.; Seeliger, M. A.; Eastwood, M. P.; Frank, F.; Xu, H.; Jensen, M. Ø.; Dror, R. O.; Kuriyan, J.; Shaw, D. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 139
26. Huang, D.; Caflisch, A. PLoS Comput. Biol. 2011, 7, e1002002
27. Buch, I.; Giorgino, T.; Fabritiis, G. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 10184
28. Huang, D.; Caflisch, A. ChemMedChem 2011, 6, 1578
29. Krivov, S. V.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 12689
30. Krivov, S. V.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 13841
31. Krivov, S. V.; Muff, S.; Caflisch, A.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 8701
32. Hermans, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 3095
33. de Alba, E.; Santoro, J.; Rico, M.; Jiménez, M. A. Protein Sci. 1999, 8, 854
34. Ferrara, P.; Caflisch, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000, 97, 10780
35. Ferrara, P.; Apostolakis, J.; Caflisch, A. Proteins 2002, 46, 24
36. Vanden-Eijnden, E.; Venturoli, M. J. Chem. Phys. 2009, 130, 194101
37. Noé, F.; Fischer, S. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 154
38. Van Kampen, N. G. Stochastic Processes in Physics and Chemistry, 2nd edition; North-Holland Personal Library: North Holland, 1992, Vol. 1.
39. Scalco, R.; Caflisch, A. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 6358
40. Muff, S.; Caflisch, A. J. Chem. Phys. 2009, 130, 125104
41. Kemeny, J. G.; Snell, J. L. Finite Markov Chains: With a New Appendix 'Generalization of a Fundamental Matrix' (Undergraduate Texts in Mathematics); Springer: New York, 1976.
42. Tarjan, R. SIAM J. Comput. 1972, 1, 146
43. Rao, F.; Caflisch, A. J. Mol. Biol. 2004, 342, 299
44. Muff, S.; Caflisch, A. Proteins 2008, 70, 1185
45. Qi, B.; Muff, S.; Caflisch, A.; Dinner, A. R. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 6979
46. Smith, L. J.; Daura, X.; van Gunsteren, W. F. Proteins 2002, 48, 487
47. Brooks, B. R.; Brooks, C. L.; Mackerell, A. D.; Nilsson, L.; Petrella, R. J.; Roux, B.; Won, Y.; Archontis, G.; Bartels, C.; Boresch, S.; Caflisch, A.; Caves, L.; Cui, Q.; Dinner, A. R.; Feig, M.; Fischer, S.; Gao, J.; Hodoscek, M.; Im, W.; Kuczera, K.; Lazaridis, T.; Ma, J.; Ovchinnikov, V.; Paci, E.; Pastor, R. W.; Post, C. B.; Pu, J. Z.; Schaefer, M.; Tidor, B.; Venable, R. M.; Woodcock, H. L.; Wu, X.; Yang, W.; York, D. M.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1545
48. Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327
49. Seeber, M.; Felline, A.; Raimondi, F.; Muff, S.; Friedman, R.; Rao, F.; Caflisch, A.; Fanelli, F. J. Comput. Chem. 2011, 32, 1183
50. Apaydin, M. S.; Brutlag, D. L.; Guestrin, C.; Hsu, D.; Latombe, J.-C.; Varma, C. J. Comput. Biol. 2003, 10, 257
51. Noé, F.; Schütte, C.; Vanden-Eijnden, E.; Reich, L.; Weikl, T. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 19011
52. Andersen, C. A. F.; Palmer, A. G.; Brunak, S.; Rost, B. Structure 2002, 10, 175