Efficient simulations of the aqueous bio-interface of graphitic nanostructures with a polarisable model

Nanoscale

Volumn 6, Issue 10, 2014, Pages 5438-5448

  Hughes, Zak E ^a   Tomásio, Susana M ^b   Walsh, Tiffany R ^a  

^a DEAKIN UNIVERSITY   (Australia)

^b UNIVERSITY OF WARWICK   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ADSORPTION; AMINO ACIDS; BINDING ENERGY; BIOMOLECULES; CONFORMATIONS; GRAPHENE; NANOSTRUCTURES; VAN DER WAALS FORCES;

ADSORPTION BEHAVIOUR; AQUEOUS INTERFACES; CONFORMATIONAL SAMPLINGS; EFFICIENT SIMULATION; EXPERIMENTAL TECHNIQUES; FREE ENERGY OF ADSORPTION; MOLECULAR SIMULATIONS; SIMULATION PACKAGES;

COMPUTER SIMULATION;

GRAPHITE; NANOMATERIAL;

CHEMICAL MODEL; CHEMISTRY;

GRAPHITE; MODELS, CHEMICAL; NANOSTRUCTURES;

EID: 84899525957     PISSN: 20403364     EISSN: 20403372     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4nr00468j     Document Type: Article

References (100)

1. Y. Zhang T. R. Nayak H. Hong W. B. Cai Nanoscale 2012 4 3833 3842
2. H. C. Zhang G. Grüner Y. L. Zhao J. Mater. Chem. B 2013 1 2542 2567
3. Z. Liu S. M. Tabakman Z. Chen H. Dai Nat. Protoc. 2009 4 1372 1381
4. A. Kalra S. Garde G. Hummer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 10175 10180
5. Y. Liu X. Dong P. Chen Chem. Soc. Rev. 2012 41 2283
6. M. S. Mannoor H. Tao J. D. Clayton A. Sengupta D. L. Kaplan R. R. Naik N. Verma F. G. Omenetto M. C. McAlpine Nat. Commun. 2012 3 763
7. Y. X. Fang E. K. Wang Chem. Commun. 2013 49 9526 9539
8. D. R. Samarajeewa G. R. Dieckmann S. O. Nielsen I. H. Musselman Nanoscale 2012 4 4544 4554
9. B. Akdim R. Pachter S. S. Kim R. R. Naik T. R. Walsh S. Trohalaki G. Hong Z. Kuang B. L. Farmer ACS Appl. Mater. Interfaces 2013 5 7470 7477
10. S. Wang E. S. Humphreys S.-Y. Chung D. F. Delduco S. R. Lustig H. Wang K. N. Parker N. W. Rizzo S. Subramoney Y.-M. Chiang A. Jagota Nat. Mater. 2003 2 196
11. Z. Su T. Leung J. F. Honek J. Phys. Chem. B 2006 23263
12. X. Li W. Chen Q. Zhan L. Dai L. Sowards M. Pender R. R. Naik J. Phys. Chem. B 2006 110 12621 12625
13. C. G. Salzmann M. A. H. Ward R. M. J. Jacobs G. Tobias M. L. H. Green J. Phys. Chem. C 2007 111 18520 18524
14. H. Xie E. J. Becraft R. H. Baughman A. B. Dalton G. R. Dieckmann J. Pept. Sci. 2008 14 139 151
15. Y. Cui S. N. Kim S. E. Jones L. L. Wissler R. R. Naik M. C. McAlpine Nano Lett. 2010 10 4559 4565
16. S. N. Kim Z. Kuang J. M. Slocik S. E. Jones Y. Cui B. L. Farmer M. C. McAlpine R. R. Naik J. Am. Chem. Soc. 2011 133 14480 14483
17. J. Katoch S. N. Kim Z. Kuang B. L. Farmer R. R. Naik S. A. Tatulian M. Ishigami Nano Lett. 2012 12 2342 2346
18. C. R. So Y. Hayamizu H. Yazici C. Gresswell D. Khatayevich C. Tamerler M. Sarikaya ACS Nano 2012 6 1648 1656
19. X. B. Mao Y. Y. Guo Y. Luo L. Niu L. Liu X. J. Ma H. B. Wang Y. L. Yang G. H. Wei C. Wang J. Am. Chem. Soc. 2013 135 2181 2187
20. X. B. Mao Y. B. Wang L. Liu L. Niu Y. L. Yang C. Wang Langmuir 2009 25 8849 8853
21. Z. Li T. Uzawa T. Tanaka A. Hida K. Ishibashi H. Katakura E. Kobatake Y. Ito Biotechnol. Lett. 2013 35 39 45
22. Z. Tang J. P. Palafox-Hernandez W.-C. Law Z. E. Hughes M. T. Swihart P. N. Prasad M. R. Knecht T. R. Walsh ACS Nano 2013 7 9632 9646
23. S. D. Tomásio T. R. Walsh Mol. Phys. 2007 105 221 229
24. A. A. Skelton T. N. Liang T. R. Walsh ACS Appl. Mater. Interfaces 2009 1 1482 1491
25. R. B. Pandey Z. Kuang B. L. Farmer S. S. Kim R. R. Naik Soft Matter 2012 8 9101
26. A. N. Camden S. A. Barr R. J. Berry J. Phys. Chem. B 2013 117 10691 10697
27. T. R. Walsh Mol. Phys. 2008 106 1613 1619
28. C. Rajesh C. Majumder H. Mizuseki Y. Kawazoe J. Chem. Phys. 2009 130 124911
29. S. M. Tomásio T. R. Walsh J. Phys. Chem. C 2009 113 8778 8785
30. S. R. Friling R. Notman T. R. Walsh Nanoscale 2010 2 98 106
31. T. R. Walsh S. M. Tomasio Mol. BioSyst. 2010 6 1707 1718
32. M. Mijajlovic M. J. Penna M. J. Biggs Langmuir 2013 29 2919 2926
33. J. Schneider L. Colombi Ciacchi J. Am. Chem. Soc. 2012 134 2407 2413
34. A. Pertsin M. Grunze J. Phys. Chem. B 2004 108 1357 1364
35. R. L. Jaffe P. Gonnet T. Werder J. H. Walther P. Koumoutsakos Mol. Simul. 2004 30 205 216
36. A. Pertsin M. Grunze J. Chem. Phys. 2006 125 114707
37. G. R. Birkett D. D. Do J. Phys. Chem. C 2007 111 5735 5742
38. C. Calero M. C. Gordillo J. Martí J. Chem. Phys. 2013 138 214702
39. T. A. Ho A. Striolo J. Chem. Phys. 2013 138 054117
40. D. Konatham J. Yu T. A. Ho A. Striolo Langmuir 2013 29 11884 11897
41. F. Taherian V. Marcon N. F. A. van der Vegt Langmuir 2013 29 1457 1465
42. Y. Wu N. R. Aluru J. Phys. Chem. B 2013 117 8802 8813
43. M. C. Gordillo J. Martí J. Phys.: Condens. Matter 2010 22 284111
44. A. Alexiadis S. Kassinos Chem. Rev. 2008 108 5014 5034
45. D. Lu Y. Li U. Ravaioli K. Schulten J. Phys. Chem. B 2005 109 11461
46. X. Zhao J. K. Johnson Mol. Simul. 2005 31 1 10
47. F. Moulin M. Devel S. Picaud Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 2005 71 165401
48. J. Sala E. Guardia J. Martí Phys. Chem. Chem. Phys. 2012 14 10799
49. P. Schyman W. L. Jorgensen J. Phys. Chem. Lett. 2013 4 468 474
50. S. D. Chakarova-Käck E. Schröder B. I. Lundqvist D. C. Langreth Phys. Rev. Lett. 2006 96 146107
51. E. M. Cabaleiro-Lago J. A. Carrazana-García J. Rodríguez-Otero J. Chem. Phys. 2009 130 234307
52. E. M. Huff P. Pulay Mol. Phys. 2009 107 1197 1207
53. G. R. Jenness K. D. Jordan J. Phys. Chem. C 2009 113 10242 10248
54. M. RubeŠ P. Nachtigall J. VondráŠek O. Bludský J. Phys. Chem. C 2009 113 8412 8419
55. G. R. Jenness O. Karalti K. D. Jordan Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 6375
56. M. RubeŠ J. Kysilka P. Nachtigall O. Bludský Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 6438 6444
57. A. Ambrosetti P. L. Silvestrelli J. Phys. Chem. C 2011 115 3695 3702
58. R. R. Q. Freitas R. Rivelino F. d. B. Mota C. M. C. de Castilho J. Phys. Chem. A 2011 115 12348 12356
59. J. Ma A. Michaelides D. Alfè L. Schimka G. Kresse E. Wang Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 2011 84 033402
60. J. Kysilka M. RubeŠ L. Grajciar P. Nachtigall O. Bludský J. Phys. Chem. A 2011 115 11387 11393
61. C. Thierfelder M. Witte S. Blankenburg E. Rauls W. G. Schmidt Surf. Sci. 2011 605 746 749
62. E. Voloshina D. Usvyat M. Schütz Y. Dedkov B. Paulus Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 12041
63. K. Berland P. Hyldgaard Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 2013 87 205421
64. P. Lazar F. Karlický P. Jurečka M. Kocman E. Otyepková K. Šafářová M. Otyepka J. Am. Chem. Soc. 2013 135 6372 6377
65. J.-H. Lee Y.-K. Choi H.-J. Kim R. H. Scheicher J.-H. Cho J. Phys. Chem. C 2013 117 13435 13441
66. D. G. A. Smith K. Patkowski J. Chem. Theory Comput. 2013 9 370 389
67. T. R. Walsh Phys. Chem. Chem. Phys. 2005 7 443 451
68. M. Dion H. Rydberg E. Schröder D. C. Langreth B. I. Lundqvist Phys. Rev. Lett. 2004 92 246401
69. J. KlimeŠ A. Michaelides J. Chem. Phys. 2012 137 120901
70. P. Tereshchuk J. L. F. Da Silva J. Phys. Chem. C 2012 116 24695 24705
71. L. B. Wright P. M. Rodger S. Corni T. R. Walsh J. Chem. Theory Comput. 2013 9 1616 1630
72. J. Carrasco J. KlimeŠ A. Michaelides J. Chem. Phys. 2013 138 024708
73. Z. E. Hughes L. B. Wright T. R. Walsh Langmuir 2013 29 13217 13229
74. L. B. Wright P. M. Rodger T. R. Walsh S. Corni J. Phys. Chem. C 2013 117 24292 24306
75. F. Iori S. Corni J. Comput. Chem. 2008 29 1656 1666
76. G. Cicero J. C. Grossman E. Schwegler F. Gygi G. Galli J. Am. Chem. Soc. 2008 130 1871 1878
77. M. K. Rana A. Chandra J. Chem. Phys. 2013 138 204702
78. C. Calero J. Marti E. Guardia M. Masia J. Chem. Theory Comput. 2013 9 5070 5075
79. P. Ren J. W. Ponder J. Comput. Chem. 2002 23 1497 1506
80. J. W. Ponder D. A. Case Adv. Protein Chem. 2003 66 27 85
81. P. Ren J. W. Ponder J. Phys. Chem. B 2003 107 5933 5947
82. A. Barducci G. Bussi M. Parrinello Phys. Rev. Lett. 2008 100 020603
83. P. Giannozzi S. Baroni N. Bonini M. Calandra R. Car C. Cavazzoni D. Ceresoli G. L. Chiarotti M. Cococcioni I. Dabo A. D. Corso S. de Gironcoli S. Fabris G. Fratesi R. Gebauer U. Gerstmann C. Gougoussis A. Kokalj M. Lazzeri L. Martin-Samos N. Marzari F. Mauri R. Mazzarello S. Paolini A. Pasquarello L. Paulatto C. Sbraccia S. Scandolo G. Sclauzero A. P. Seitsonen A. Smogunov P. Umari R. M. Wentzcovitch J. Phys.: Condens. Matter 2009 21 395502
84. D. Vanderbilt Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1990 41 7892
85. É. D. Murray K. Lee D. C. Langreth J. Chem. Theory Comput. 2009 5 2754 2762
86. K. Lee É. D. Murray L. Kong B. I. Lundqvist D. C. Langreth Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 2010 82 081101
87. J. KlimeŠ D. R. Bowler A. Michaelides J. Phys.: Condens. Matter 2010 22 022201
88. V. R. Cooper Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 2010 81 161104
89. A. D. MacKerell, Jr D. Bashford M. Bellott R. L. Dunbrack, Jr J. D. Evanseck M. J. Field S. Fischer J. Gao H. Guo S. Ha J. Phys. Chem. B 1998 102 3586 3616
90. S. Piana K. Lindorff-Larsen D. E. Shaw Biophys. J. 2011 100 L47 L49
91. B. Hess C. Kutzner D. Van Der Spoel E. Lindahl J. Chem. Theory Comput. 2008 4 435 447
92. M. Bonomi D. Branduardi G. Bussi C. Camilloni D. Provasi P. Raiteri D. Donadio F. Marinelli F. Pietrucci R. A. Broglia Comput. Phys. Commun. 2009 180 1961 1972
93. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
94. E. Neria S. Fischer M. Karplus J. Phys. Chem. 1996 105 1029 1921
95. W. Hoover Phys. Rev. A 1985 31 1695 1697
96. R. Zacharia H. Ulbricht T. Hertel Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 2004 69 155406
97. J. W. Ponder, P. Ren, R. V. Pappu, R. K. Hart, M. E. Hodgson, D. P. Cistola, C. E. Kundrot and F. M. Richards, Software tools for molecular design, Washington Universtiy School of Medicine, 4th edn, 2004
98. A. J. Stone Chem. Phys. Lett. 1981 83 233 239
99. A. J. Stone M. Alderton Mol. Phys. 1985 56 1047 1064
100. M. Rosa S. Corni R. Di Felice J. Chem. Theory Comput. 2014 10.1021/ct401117g