Real-time study of interactions between cytosine-cytosine pairs in DNA oligonucleotides and silver ions using dual polarization interferometry

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 8, 2014, Pages 3849-3855

  Zheng, Yu ^a,b   Yang, Cheng ^a,b   Yang, Fan ^a   Yang, Xiurong ^a  

^a CHANGCHUN INSTITUTE OF APPLIED CHEMISTRY   (China)

^b UNIVERSITY OF CHINESE ACADEMY OF SCIENCES   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; CONFORMATIONS; DNA; LEAD; METAL IONS; OLIGONUCLEOTIDES;

CALIBRATION CURVES; CONFORMATIONAL CHANGE; CYTOSINE-CYTOSINE MISMATCHES; DENSITY VALUE; DNA OLIGONUCLEOTIDES; DUAL POLARIZATION INTERFEROMETRY; RANDOM COIL CONFORMATION; REAL-TIME STUDIES;

SILVER;

CYSTEINE; CYTOSINE; DNA; DRINKING WATER; METAL; OLIGONUCLEOTIDE; SILVER; SINGLE STRANDED DNA;

ATOMIC FORCE MICROSCOPY; BASE PAIRING; CALIBRATION; CHEMISTRY; CIRCULAR DICHROISM; COMPUTER SYSTEM; GENETIC PROCEDURES; INTERFEROMETRY; PROCEDURES;

BASE PAIRING; BIOSENSING TECHNIQUES; CALIBRATION; CIRCULAR DICHROISM; COMPUTER SYSTEMS; CYSTEINE; CYTOSINE; DNA; DNA, SINGLE-STRANDED; DRINKING WATER; INTERFEROMETRY; METALS; MICROSCOPY, ATOMIC FORCE; OLIGONUCLEOTIDES; SILVER;

EID: 84898885359     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac403992r     Document Type: Article

References (82)

1. Sambhy, V.; MacBride, M. M.; Peterson, B. R.; Sen, A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 9798-9808
2. Bhardwaj, V. K.; Singh, N.; Hundal, M. S.; Hundal, G. Tetrahedron 2006, 62, 7878-7886
3. Fung, M. C.; Bowen, D. L. J. Toxicol., Clin. Toxicol. 1996, 34, 119-126
4. Alexander, J. W. Surg. Infect. 2009, 10, 289-292
5. Newman, M.; Kolecki, P. Am. J. Emerg. Med. 2001, 19, 525-526
6. Morgan, T. P.; Wood, C. M. Environ. Toxicol. Chem. 2004, 23, 1261-1267
7. Hogstrand, C.; Wood, C. M. Environ. Toxicol. Chem. 1998, 17, 547-561
8. Reinfelder, J. R; Chang, S. I. Environ. Sci. Technol. 1999, 33, 1860-1863
9. Hidalgo, E.; Dominguez, C. Toxicol. Lett. 1998, 98, 169-179
10. Poon, V. K. M.; Burd, A. Burns 2004, 30, 140-147
11. Torigoe, H.; Miyakawa, Y.; Nagasawa, N.; Kozasa, T.; Ono, A. Nucleic Acids Symp. Ser. 2006, 50, 225-226
12. Torigoe, H.; Kozasa, T.; Ono, A. Nucleic Acids Symp. Ser. 2006, 50, 89-90
13. Ono, A.; Miyake, Y. Nucleic Acids Symp. Ser. 2003, 3, 227-228
14. Shukla, S.; Sastry, M. Nanoscale 2009, 1, 122-127
15. Ono, A.; Cao, S.; Togashi, H.; Tashiro, M.; Fujimoto, T.; Machinami, T.; Oda, S.; Miyake, Y.; Okamoto, I.; Tanaka, Y. Chem. Commun. 2008, 39, 4825-4827
16. Li, T.; Shi, L.; Wang, E.; Dong, S. J. Chem.-Eur. J. 2009, 15, 3347-3350
17. Oh, J. H.; Lee, J. S. Chem. Commun. 2010, 46, 6382-6384
18. Kong, D. M.; Cai, L. L.; Shen, H. X. Analyst 2010, 135, 1253-1258
19. Li, B. L.; Du, Y.; Dong, S. J. Anal. Chim. Acta 2009, 644, 78-82
20. Wen, Y. Q.; Xing, F. F.; He, S. J.; Song, S. P.; Wang, L. H.; Long, Y. T.; Li, D.; Fan, C. H. Chem. Commun. 2010, 46, 2596-2598
21. Man, B. Y. W.; Chan, D. S. H.; Yang, H.; Ang, S. W.; Yang, F.; Yan, S. C.; Ho, C. M.; Wu, P.; Che, C. M.; Leung, C. H.; Ma, D. L. Chem. Commun. 2010, 46, 8534-8536
22. Lin, Y. H.; Tseng, W. L. Chem. Commun. 2009, 43, 6619-6621
23. Zhao, C.; Qu, K. G.; Song, Y. J.; Xu, C.; Ren, J. S.; Qu, X. G. Chem.-Eur. J. 2010, 16, 8147-8154
24. Freeman, N. J.; Peel, L. L.; Swann, M. J.; Cross, G. H.; Reeves, A.; Brand, S.; Lu, J. R. J. Phys.: Condens. Matter 2004, 16, S2493-S2496
25. Biehle, S. J.; Carrozzella, J.; Shukla, R.; Popplewell, J.; Swann, M.; Freeman, N.; Clark, J. F. Biochim. Biophys. Acta 2004, 1689, 244-251
26. Swann, M. J.; Peel, L. L.; Carrington, S.; Freeman, N. J. Anal. Biochem. 2004, 329, 190-198
27. Lu, J. R.; Swann, M. J.; Peel, L. L.; Freeman, N. J. Langmuir 2004, 20, 1827-1832
28. Sonesson, A. W.; Callisen, T. H.; Brismar, H.; Elofsson, U. M. Colloids Surf., B 2007, 54, 236-240
29. Sonesson, A. W.; Callisen, T. H.; Brismar, H.; Elofsson, U. M. Colloids Surf., B 2008, 61, 208-215
30. Lin, S.; Lee, C. K.; Wang, Y. M.; Huang, L. S.; Lin, Y. H.; Lee, S. Y.; Sheu, B. C.; Hsu, S. M. Biosens. Bioelectron. 2006, 22, 323-327
31. Sheu, B. C.; Lin, Y. H.; Lin, C. C.; Lee, A. S. Y.; Chang, W. C.; Wu, J. H.; Tsai, J. C.; Lin, S. M. Biosens. Bioelectron. 2010, 26, 822-827
32. Daghestani, H. N.; Fernig, D. G.; Day, B. W. Biosens. Bioelectron. 2009, 25, 136-141
33. Gupta, S.; Modak, R.; Surolia, N.; Surolia, A. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2009, 380, 763-768
34. Lundin, M.; Sandberg, T.; Caldwell, K. D.; Blomberg, E. J. Colloid Interface Sci. 2009, 336, 30-39
35. Tan, O.; Cross, G. H. Phys. Rev. E. 2009, 79, 021703-021713
36. Boudjemline, A.; Saridakis, E.; Swann, M. J.; Govada, L.; Mavridis, I. M.; Chayen, N. E. Anal. Chem. 2011, 83, 7881-7887
37. Song, H. Y.; Zhou, X. D.; Hobley, J.; Su, X. D. Langmuir 2012, 28, 997-1004
38. Zhao, X. B.; Pan, F.; Cowsill, B.; Lu, J. R. Langmuir 2011, 27, 7654-7662
39. Cowsill, B. J.; Coffey, P. D.; Yaseen, M.; Waigh, T. A.; Freeman, N. J.; Lu, J. R. Soft Matter 2011, 7, 7223-7230
40. Zhai, J. L.; Wooster, T. J.; Hoffmann, S. V.; Lee, T. H.; Augustin, M. A.; Aguilar, M. I. Langmuir 2011, 27, 9227-9236
41. Lane, T. J.; Fletcher, W. R.; Gormally, M. V.; Johal, M. S. Langmuir 2008, 24, 10633-10636
42. Feldötö, Z.; Varga, I.; Blomberg, E. Langmuir 2010, 26, 17048-17057
43. Westwood, M.; Noel, T. R.; Parker, R. Biomacromolecules 2011, 12, 359-369
44. Lundin, M.; Solaqa, F.; Thormann, E.; Macakova, L.; Blomberg, E. Langmuir 2011, 27, 7537-7548
45. Karabulut, E.; Wagberg, L. Soft Matter 2011, 7, 3467-3474
46. Terry, C. J.; Popplewell, J. F.; Swann, M. J.; Freeman, N. J.; Fernig, D. G. Biosens. Bioelectron. 2006, 22, 627-632
47. Mashaghi, A.; Swann, M.; Popplewell, J.; Textor, M.; Reimhult, E. Anal. Chem. 2008, 80, 3666-3676
48. Sanghera, N.; Swann, M. J.; Ronan, G.; Pinheiro, T. J. T. Biochim. Biophys. Acta 2009, 1788, 2245-2251
49. Lee, T. H.; Heng, C.; Swann, M. J.; Gehman, J. D.; Separovic, F.; Aguilar, M. I. Biochim. Biophys. Acta 2010, 1798, 1977-1986
50. Nielsen, S. B.; Otzen, D. E. J. Colloid Interface Sci. 2010, 345, 248-256
51. Baumann, M. K.; Swann, M. J.; Textor, M.; Reimhult, E. Anal. Chem. 2011, 83, 6267-6274
52. Blum, S. R.; Peel, L. L.; Ruggiero, F.; Freeman, N. J. Anal. Biochem. 2006, 352, 252-259
53. Lin, S. M.; Lee, C. K.; Lin, Y. H.; Lee, S. Y.; Sheu, B. C.; Tsai, J. C.; Hsu, S. M. Biosens. Bioelectron. 2006, 22, 715-721
54. Karim, K.; Taylor, J. D.; Cullen, D. C. Anal. Chem. 2007, 79, 3023-3031
55. Thompsett, A. R.; Brown, D. R. Biochim. Biophys. Acta 2007, 1774, 920-927
56. Berney, H.; Oliver, K. Biosens. Bioelectron. 2005, 21, 618-626
57. Lillis, B.; Manning, M.; Berney, H.; Hurley, E.; Mathewson, A.; Sheehan, M. M. Biosens. Bioelectron. 2006, 21, 1459-1467
58. Lee, L.; Johnston, A. P. R.; Caruso, F. Biomacromolecules 2008, 9, 3070-3078
59. Kato, N.; Lee, L.; Chandrawati, R.; Johnston, A. P. R.; Caruso, F. J. Phys. Chem. C. 2009, 113, 21185-21195
60. Ferreira, V. C.; Melato, A. I.; Silva, A. F.; Abrantes, L. M. Electrochem. Commun. 2011, 13, 993-996
61. Nowicka, A. M.; Kowalczyk, A.; Sek, S.; Stojek, Z. Anal. Chem. 2013, 85, 355-361
62. Masuda, T.; Sonsudin, F.; Singh, P. R.; Naohara, H.; Uosaki, K. J. Phys. Chem. C. 2013, 117, 15704-15709
63. Song, H. Y.; Sun, W.; Prabhakar, S.; Aung, K. M. M.; Su, X. D. Anal. Biochem. 2013, 433, 121-128
64. Özalp, V. C. Anal. Bioanal. Chem. 2012, 402, 799-804
65. Wang, J.; Xu, X. W.; Zhang, Z. X.; Yang, F.; Yang, X. R. Anal. Chem. 2009, 81, 4914-4921
66. Wang, J.; Coffey, P. D.; Swann, M. J.; Yang, F.; Lu, J. R.; Yang, X. R. Anal. Chem. 2010, 82, 5455-54622
67. Wang, Y.; Zheng, Y.; Yang, F.; Yang, X. R. Chem. Commun. 2012, 48, 2873-2875
68. Gooding, J. J. Electroanalysis 2002, 14, 1149-1156
69. Soto, C. M.; Patterson, C. H.; Charles, P. T.; Martin, B. D.; Spector, M. S. Biotechnol. Bioeng. 2005, 92, 934-942
70. Zhang, J.; Chua, L. S.; Lynn, D. M. Langmuir 2004, 20, 8015-8021
71. Gong, H.; Li, X. H. Analyst 2011, 136, 2242-2246
72. Xie, W. Y.; Huang, W. T.; Li, N. B.; Luo, H. Q. Chem. Commun. 2012, 48, 82-84
73. Chang, C. C.; Lin, S. H.; Wei, S. C.; Chu-Su, Y.; Lin, C. W. Anal. Bioanal. Chem. 2012, 402, 2827-2835
74. Johnston, A. P. R; Read, E. S.; Caruso, F. Nano Lett. 2005, 5, 953-956
75. Murphy, M. C.; Rasnik, I.; Cheng, W.; Lohman, T. M.; Ha, T. Biophys. J. 2004, 86, 2530-2537
76. Papadakis, G.; Tsortos, A.; Bender, F.; Ferapontova, E. E.; Gizeli, E. Anal. Chem. 2012, 84, 1854-1861
77. Kypr, J.; Kejnovska, I.; Renciuk, D.; Vorlickova, M. Nucleic Acids Res. 2009, 37, 1713-1725
78. Megger, D. A.; Müller, J. Nucleosides, Nucleotides Nucleic Acids 2010, 29, 27-38
79. Nakano, S.; Wu, L.; Oka, H.; Karimata, H. T.; Kirihata, T.; Sato, Y.; Fujii, S.; Sakai, H.; Kuwahara, M.; Sawai, H.; Sugimoto, N. Mol. BioSyst 2008, 4, 579-588
80. Nakano, M.; Moody, E. M.; Liang, J.; Bevilacqua, P. C. Biochemistry 2002, 41, 14281-14292
81. Wei, H.; Li, B. L.; Li, J.; Wang, E. K.; Dong, S. J. Chem. Commun. 2007, 36, 3735-3737
82. Goodman, M. T.; McDuffie, K.; Hernandez, B.; Wilkens, L. R.; Selhub, J. Cancer 2000, 89, 376-382