Cytosine DNA methylation is found in drosophila melanogaster but absent in saccharomyces cerevisiae, schizosaccharomyces pombe, and other yeast species

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 8, 2014, Pages 3697-3702

  Capuano, Floriana ^a   Mülleder, Michael ^a   Kok, Robert ^b   Blom, Henk J ^c   Ralser, Markus ^a,d  

^a UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

^b VU UNIVERSITY AMSTERDAM   (Netherlands)

^c UNIVERSITY OF FREIBURG   (Germany)

^d NATIONAL INSTITUTE FOR MEDICAL RESEARCH   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALKYLATION; DNA; ESCHERICHIA COLI; PLANTS (BOTANY); SUGARS;

ARABIDOPSIS THALIANA; CAENORHABDITIS ELEGANS; DROSOPHILA MELANOGASTER; ENZYMATIC DIGESTIONS; GAS CHROMATOGRAPHY/MASS SPECTROMETRY; INDUSTRIAL STRAIN; ORDERS OF MAGNITUDE; SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE;

YEAST;

CYTOSINE; FUNGAL DNA;

ANIMAL; CHEMISTRY; DNA METHYLATION; DROSOPHILA MELANOGASTER; GENETICS; MASS FRAGMENTOGRAPHY; MOUSE; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; SCHIZOSACCHAROMYCES; SPECIES DIFFERENCE; YEAST;

ANIMALS; CYTOSINE; DNA METHYLATION; DNA, FUNGAL; DROSOPHILA MELANOGASTER; GAS CHROMATOGRAPHY-MASS SPECTROMETRY; MICE; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; SCHIZOSACCHAROMYCES; SPECIES SPECIFICITY; YEASTS;

EID: 84898871225     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac500447w     Document Type: Article

References (35)

1. Law, J. A.; Jacobsen, S. E. Nat. Rev. Genet. 2010, 11, 204-220
2. Simpson, V. J.; Johnson, T. E.; Hammen, R. F. Nucleic Acids Res. 1986, 14, 6711-6719
3. Tamaru, H.; Selker, E. U. Nature 2001, 414, 277-283
4. Katoh, M.; Curk, T.; Xu, Q.; Zupan, B.; Kuspa, A.; Shaulsky, G. Eukaryotic Cell 2006, 5, 18-25
5. Geyer, K. K.; Rodríguez López, C. M.; Chalmers, I. W.; Munshi, S. E.; Truscott, M.; Heald, J.; Wilkinson, M. J.; Hoffmann, K. F. Nat. Commun. 2011, 2, 424
6. Gowher, H.; Leismann, O.; Jeltsch, A. EMBO J. 2000, 19, 6918-6923
7. Warnecke, P. M.; Stirzaker, C.; Song, J.; Grunau, C.; Melki, J. R.; Clark, S. J. Methods 2002, 27, 101-107
8. Sievers, S.; Fritzsch, C.; Kuhnen, C.; Müller, O. Anticancer Res. 2008, 28, 2055-2060
9. Grunau, C.; Clark, S. J.; Rosenthal, A. Nucleic Acids Res. 2001, 29, E65-E70
10. Deng, J.; Shoemaker, R.; Xie, B.; Gore, A.; LeProust, E. M.; Antosiewicz-Bourget, J.; Egli, D.; Maherali, N.; Park, I.-H.; Yu, J.; Daley, G. Q.; Eggan, K.; Hochedlinger, K.; Thomson, J.; Wang, W.; Gao, Y.; Zhang, K. Nat. Biotechnol. 2009, 27, 353-360
11. Hattman, S.; Kenny, C.; Berger, L.; Pratt, K. J. Bacteriol. 1978, 135, 1156-1157
12. Proffitt, J. H.; Davie, J. R.; Swinton, D.; Hattman, S. Mol. Cell. Biol. 1984, 4, 985-988
13. Tang, Y.; Gao, X.-D.; Wang, Y.; Yuan, B.-F.; Feng, Y.-Q. Anal. Chem. 2012, 84, 7249-7255
14. Wilkinson, C. R.; Bartlett, R.; Nurse, P.; Bird, a P. Nucleic Acids Res. 1995, 23, 203-210
15. Becker, M.; Müller, S.; Nellen, W.; Jurkowski, T. P.; Jeltsch, A.; Ehrenhofer-Murray, A. E. Nucleic Acids Res. 2012, 40, 11648-11658
16. Brachmann, C. B.; Davies, A.; Cost, G. J.; Caputo, E.; Li, J.; Hieter, P.; Boeke, J. D. Yeast 1998, 14, 115-132
17. Rocha, M. S.; Castro, R.; Rivera, I.; Kok, R. M.; Smulders, Y. M.; Jakobs, C.; de Almeida, I. T.; Blom, H. J. Clin. Chem. Lab. Med. 2010, 48, 1793-1798
18. Yamagata, Y.; Szabó, P.; Szüts, D.; Bacquet, C.; Arànyi, T.; Páldi, A. Epigenetics 2012, 7, 141-145
19. Palmer, B. R.; Marinus, M. G. Gene 1994, 143, 1-12
20. Marinus, M. G.; Carraway, M.; Frey, A. Z.; Brown, L.; Arraj, J. A. Mol. Gen. Genet. 1983, 192, 288-289
21. Nau, F. Biochimie 1976, 58, 629-645
22. Sharma, S.; Yang, J.; Watzinger, P.; Kötter, P.; Entian, K.-D. Nucleic Acids Res. 2013, 41, 9062-9076
23. Motorin, Y.; Lyko, F.; Helm, M. Nucleic Acids Res. 2010, 38, 1415-1430
24. Le, T.; Kim, K.-P.; Fan, G.; Faull, K. F. Anal. Biochem. 2011, 412, 203-209
25. Mulleder, M.; Capuano, F.; Pir, P.; Christen, S.; Sauer, U.; Oliver, S. G.; Ralser, M. Nat. Biotechnol. 2012, 30, 1176-1178
26. Raddatz, G.; Guzzardo, P. M.; Olova, N.; Fantappié, M. R.; Rampp, M.; Schaefer, M.; Reik, W.; Hannon, G. J.; Lyko, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2013, 110, 8627-8631
27. Phalke, S.; Nickel, O.; Walluscheck, D.; Hortig, F.; Onorati, M. C.; Reuter, G. Nat. Genet. 2009, 41, 696-702
28. Sherman, F. Genetics 1963, 48, 375-385
29. Milo, R.; Jorgensen, P.; Moran, U.; Weber, G.; Springer, M. Nucleic Acids Res. 2010, 38, D750-3
30. Keightley, P. D.; Trivedi, U.; Thomson, M.; Oliver, F.; Kumar, S.; Blaxter, M. L. Genome Res. 2009, 19, 1195-1201
31. Matecic, M.; Stuart, S.; Holmes, S. G. Genetics 2002, 162, 973-976
32. Kellis, M.; Patterson, N.; Endrizzi, M.; Birren, B.; Lander, E. S. Nature 2003, 423, 241-254
33. Khatri, I.; Akhtar, A.; Kaur, K.; Tomar, R.; Prasad, G. S.; Ramya, T. N. C.; Subramanian, S. Gut Pathog. 2013, 5, 30
34. De Schutter, K.; Lin, Y.-C.; Tiels, P.; Van Hecke, A.; Glinka, S.; Weber-Lehmann, J.; Rouzé, P.; Van de Peer, Y.; Callewaert, N. Nat. Biotechnol. 2009, 27, 561-566
35. Wood, V.; Gwilliam, R.; Rajandream, M.-A.; Lyne, M.; Lyne, R.; Stewart, A.; Sgouros, J.; Peat, N.; Hayles, J.; Baker, S.; Basham, D.; Bowman, S.; Brooks, K.; Brown, D.; Brown, S.; Chillingworth, T.; Churcher, C.; Collins, M.; Connor, R.; Cronin, A.; Davis, P.; Feltwell, T.; Fraser, A.; Gentles, S.; Goble, A.; Hamlin, N.; Harris, D.; Hidalgo, J.; Hodgson, G.; Holroyd, S.; Hornsby, T.; Howarth, S.; Huckle, E. J.; Hunt, S.; Jagels, K.; James, K.; Jones, L.; Jones, M.; Leather, S.; McDonald, S.; McLean, J.; Mooney, P.; Moule, S.; Mungall, K.; Murphy, L.; Niblett, D.; Odell, C.; Oliver, K.; O'Neil, S.; Pearson, D.; Quail, M. A.; Rabbinowitsch, E.; Rutherford, K.; Rutter, S.; Saunders, D.; Seeger, K.; Sharp, S.; Skelton, J.; Simmonds, M.; Squares, R.; Squares, S.; Stevens, K.; Taylor, K.; Taylor, R. G.; Tivey, A.; Walsh, S.; Warren, T.; Whitehead, S.; Woodward, J.; Volckaert, G.; Aert, R.; Robben, J.; Grymonprez, B.; Weltjens, I.; Vanstreels, E.; Rieger, M.; Schäfer, M.; Müller-Auer, S.; Gabel, C.; Fuchs, M.; Düsterhöft, A.; Fritzc, C.; Holzer, E.; Moestl, D.; Hilbert, H.; Borzym, K.; Langer, I.; Beck, A.; Lehrach, H.; Reinhardt, R.; Pohl, T. M.; Eger, P.; Zimmermann, W.; Wedler, H.; Wambutt, R.; Purnelle, B.; Goffeau, A.; Cadieu, E.; Dréano, S.; Gloux, S.; Lelaure, V.; Mottier, S.; Galibert, F.; Aves, S. J.; Xiang, Z.; Hunt, C.; Moore, K.; Hurst, S. M.; Lucas, M.; Rochet, M.; Gaillardin, C.; Tallada, V. A.; Garzon, A.; Thode, G.; Daga, R. R.; Cruzado, L.; Jimenez, J.; Sánchez, M.; del Rey, F.; Benito, J.; Domínguez, A.; Revuelta, J. L.; Moreno, S.; Armstrong, J.; Forsburg, S. L.; Cerutti, L.; Lowe, T.; McCombie, W. R.; Paulsen, I.; Potashkin, J.; Shpakovski, G. V; Ussery, D.; Barrell, B. G.; Nurse, P.; Cerrutti, L. Nature 2002, 415, 871-880