19Fa NMR spectroscopy as a probe of cytoplasmic viscosity and weak protein interactions in living cells

Chemistry - A European Journal

Volumn 19, Issue 38, 2013, Pages 12705-12710

  Ye, Yansheng ^a,b   Liu, Xiaoli ^a   Zhang, Zeting ^a   Wu, Qiong ^a   Jiang, Bin ^a   Jiang, Ling ^a   Zhang, Xu ^a   Liu, Maili ^a   Pielak, Gary J ^c   Li, Conggang ^a  

^a INSTITUTE OF GEOLOGY AND GEOPHYSICS   (China)

^b UNIVERSITY OF CHINESE ACADEMY OF SCIENCES   (China)

^c University of North Carolina at Chapel Hill   (United States)

Author keywords

cytoplasmic viscosity; fluorine; NMR spectroscopy; transient weak interactions

Indexed keywords

CELL FUNCTIONS; ESCHERICHIA COLI CELLS; INHOMOGENEITIES; LIVING CELL; PROTEIN INTERACTION; PROTEIN MOBILITY; PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS; WEAK INTERACTIONS;

CELLS; CYTOLOGY; ESCHERICHIA COLI; FLUORINE; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; RESONANCE; VISCOSITY;

PROTEINS;

ESCHERICHIA COLI PROTEIN; FLUORINE; UBIQUITIN;

CHEMISTRY; ESCHERICHIA COLI; METABOLISM; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PROTEIN DOMAIN; VISCOSITY;

ESCHERICHIA COLI; ESCHERICHIA COLI PROTEINS; FLUORINE RADIOISOTOPES; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; PROTEIN INTERACTION DOMAINS AND MOTIFS; UBIQUITIN; VISCOSITY;

EID: 84898236033     PISSN: 09476539     EISSN: 15213765     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/chem.201301657     Document Type: Article

References (51)

1. S. B. Zimmerman, S. O. Trach, J. Mol. Biol. 1991, 222, 599-620.
2. H. X. Zhou, G. Rivas, A. P. Minton, Annu. Rev. Biophys. 2008, 37, 375-397
3. A. Dhar, A. Samiotakis, S. Ebbinghaus, L. Nienhaus, D. Homouz, M. Gruebele, M. S. Cheung, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2010, 107, 17586-17591
4. S. R. McGuffee, A. H. Elcock, PLoS Comput. Biol. 2010, 6, e 1000694.
5. S. Zorrilla, M. A. Hink, A. J. Visser, M. P. Lillo, Biophys. Chem. 2007, 125, 298-305
6. C. Li, Y. Wang, G. J. Pielak, J. Phys. Chem. B 2009, 113, 13390-13392.
7. A. Nenninger, G. Mastroianni, C. W. Mullineaux, J. Bacteriol. 2010, 192, 4535-4540
8. G. vana dena Bogaart, N. Hermans, V. Krasnikov, B. Poolman, Mol. Biol. 2007, 64, 858-871
9. M. Sarkar, C. Li, G. J. Pielak, Biophys. Rev. 2013, 1-8.
10. R. E. London, C. T. Gregg, N. A. Matwiyoff, Science 1975, 188, 266-268
11. K. Luby-Phelps, P. E. Castle, D. L. Taylor, F. Lanni, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1987, 84, 4910-4913
12. K. M. Berland, P. T. So, E. Gratton, Biophys. J. 1995, 68, 694-701
13. O. Seksek, J. Biwersi, A. S. Verkman, J. Cell Biol. 1997, 138, 131-142
14. R. Swaminathan, C. P. Hoang, A. S. Verkman, Biophys. J. 1997, 72, 1900-1907
15. H. P. Kao, J. R. Abney, A. S. Verkman, J. Cell Biol. 1993, 120, 175-184.
16. M. B. Elowitz, M. G. Surette, P. E. Wolf, J. B. Stock, S. Leibler, J. Bacteriol. 1999, 181, 197-203
17. K. M. Slade, B. L. Steele, G. J. Pielak, N. L. Thompson, J. Phys. Chem. B 2009, 113, 4837-4845
18. J. T. Mika, V. Krasnikov, G. vana dena Bogaart, F. dea Haan, B. Poolman, PLoS One 2011, 6, e 25664.
19. X. S. Xie, P. J. Choi, G.-W. Li, N. K. Lee, G. Lia, Annu. Rev. Biophys. 2008, 37, 417-444.
20. M. A. Danielson, J. J. Falke, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1996, 25, 163
21. C. Dalvit, Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 2007, 51, 243-271
22. J. L. Kitevski-LeBlanc, R. S. Prosser, Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 2012, 62, 1-33.
23. C. Li, G. F. Wang, Y. Wang, R. Creager-Allen, E. A. Lutz, H. Scronce, K. M. Slade, R. A. Ruf, R. A. Mehl, G. J. Pielak, J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 321-327
24. J. C. Jackson, J. T. Hammill, R. A. Mehl, J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 1160-1166.
25. V. A. Jarymowycz, M. J. Stone, Chem. Rev. 2006, 106, 1624-1671.
26. W. E. Hull, B. D. Sykes, J. Mol. Biol. 1975, 98, 121-153
27. W. E. Hull, B. D. Sykes, Biochemistry 1974, 13, 3431-3437
28. P. M. Haggie, K. M. Brindle, J. Biol. Chem. 1999, 274, 3941-3945
29. S. P. Williams, P. M. Haggie, K. M. Brindle, Biophys. J. 1997, 72, 490-498
30. L. A. Luck, J. E. Vance, T. M. O'Connell, R. E. London, J. Biomol. NMR 1996, 7, 261-272.
31. G. Lipari, A. Szabo, J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 4546-4559
32. G. Lipari, A. Szabo, J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 4559-4570.
33. Q. Wang, A. Zhuravleva, L. M. Gierasch, Biochemistry 2011, 50, 9225-9236.
34. K. Elbayed, M. Bourdonneau, J. Furrer, T. Richert, J. Raya, J. Hirschinger, M. Piotto, J. Magn. Reson. 1999, 136, 127-129.
35. Z. Serber, R. Ledwidge, S. M. Miller, V. Dötsch, J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 8895-8901.
36. A. C. Miklos, M. Sarkar, Y. Wang, G. J. Pielak, J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 7116-7120
37. P. B. Crowley, E. Chow, T. Papkovskaia, Chembiochem 2011, 12, 1043-1048.
38. D. Sakakibara, A. Sasaki, T. Ikeya, J. Hamatsu, T. Hanashima, M. Mishima, M. Yoshimasu, N. Hayashi, T. Mikawa, M. Walchli, B. O. Smith, M. Shirakawa, P. Guntert, Y. Ito, Nature 2009, 458, 102-105
39. K. Inomata, A. Ohno, H. Tochio, S. Isogai, T. Tenno, I. Nakase, T. Takeuchi, S. Futaki, Y. Ito, H. Hiroaki, M. Shirakawa, Nature 2009, 458, 106-109
40. G. J. Pielak, C. Li, A. C. Miklos, A. P. Schlesinger, K. M. Slade, G. F. Wang, I. G. Zigoneanu, Biochemistry 2009, 48, 226-234
41. M. Renault, R. Tommassen-vana Boxtel, M. P. Bos, J. A. Post, J. Tommassen, M. Baldus, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2012, 109, 4863-4868
42. S. Reckel, J. J. Lopez, F. Lohr, C. Glaubitz, V. Dötsch, Chembiochem 2012, 13, 534-537
43. A. Y. Maldonado, D. S. Burz, A. Shekhtman, Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 2011, 59, 197-212
44. F. Arnesano, L. Banci, I. Bertini, I. C. Felli, M. Losacco, G. Natile, J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 18361-18369
45. L. Banci, L. Barbieri, I. Bertini, F. Cantini, E. Luchinat, PLoS ONE 2011, 6, e 23561.
46. C. A. Waudby, M. D. Mantle, L. D. Cabrita, L. F. Gladden, C. M. Dobson, J. Christodoulou, J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 11312-11315.
47. M. Feig, Y. Sugita, J. Phys. Chem. B 2012, 116, 599-605.
48. C. Li, L. M. Charlton, A. Lakkavaram, C. Seagle, G. Wang, G. B. Young, J. M. Macdonald, G. J. Pielak, J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 6310-6311
49. A. M. Augustus, P. N. Reardon, L. D. Spicer, Proc. Natl. Acad. Sci. 2009, 106, 5065-5069.
50. M. P. Latham, L. E. Kay, J. Biomol. NMR 2013, 55, 239-247.
51. C. O. Barnes, G. J. Pielak, Proteins: Struct. Funct. Bioinf. 2011, 79, 347-351.