Identification of nitrated immunoglobulin variable regions in the HIV-infected human brain: Implications in HIV infection and immune response

Journal of Proteome Research

Volumn 13, Issue 3, 2014, Pages 1614-1623

  Uzasci, Lerna ^a   Bianchet, Mario A ^a   Cotter, Robert J ^a   Nath, Avindra ^b  

^a JOHNS HOPKINS UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

^b NATIONAL INSTITUTE OF NEUROLOGICAL DISORDERS AND STROKE   (United States)

Author keywords

antibody; HIV; HIV associated neurocognitive disorders; immune response; mass spectrometry; nitration; nitroproteome

Indexed keywords

IMMUNOGLOBULIN; NITRATED IMMUNOGLOBULIN; TRYPTOPHAN; TYROSINE; UNCLASSIFIED DRUG;

ARTICLE; CONTROLLED STUDY; HIV ASSOCIATED DEMENTIA; HUMAN; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS INFECTION; HUMAN TISSUE; IMMUNE RESPONSE; IMMUNOPRECIPITATION; PRIORITY JOURNAL; VIRUS ENCEPHALITIS;

AMINO ACID SEQUENCE; ANTIBODIES; BRAIN; BRAIN CHEMISTRY; ENCEPHALITIS, VIRAL; HIV INFECTIONS; HIV-1; HUMANS; IMMUNITY, INNATE; IMMUNOGLOBULIN VARIABLE REGION; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR SEQUENCE DATA; NITRATES; TYROSINE;

EID: 84896793252     PISSN: 15353893     EISSN: 15353907     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr401117m     Document Type: Article

References (49)

1. Adamson, D. C.; McArthur, J. C.; Dawson, T. M.; Dawson, V. L. Mol. Med. 1999, 2, 98-109
2. Boven, L. A.; Gomes, L.; Hery, C.; Gray, F.; Verhoef, J.; Portegies, P.; Tardieu, M.; Nottet, H. S. J. Immunol. 1999, 7, 4319-4327
3. Uzasci, L.; Nath, A.; Cotter, R. J. Neuroimmune Pharmacol. 2013, 5, 1167-1180
4. Castagna, A.; Le Grazie, C.; Accordini, A.; Giulidori, P.; Cavalli, G.; Bottiglieri, T.; Lazzarin, A. Neurology 1995, 9, 1678-1683
5. Choi, J.; Liu, R. M.; Kundu, R. K.; Sangiorgi, F.; Wu, W.; Maxson, R.; Forman, H. J. J. Biol. Chem. 2000, 5, 3693-3698
6. Radi, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 12, 4003-4008
7. Yamakura, F.; Ikeda, K. Nitric Oxide 2006, 2, 152-161
8. Szabo, C.; Ischiropoulos, H.; Radi, R. Nat. Rev. Drug Discovery 2007, 8, 662-680
9. Nuriel, T.; Hansler, A.; Gross, S. S. J. Proteomics 2011, 11, 2300-2312
10. Butterfield, D. A.; Reed, T.; Sultana, R. Free Radical Res. 2011, 1, 59-72
11. Franco, M. C.; Ye, Y.; Refakis, C. A.; Feldman, J. L.; Stokes, A. L.; Basso, M.; Fernandez, Melero; de Mera, R. M.; Sparrow, N. A.; Calingasan, N. Y.; Kiaei, M.; Rhoads, T. W.; Ma, T. C.; Grumet, M.; Barnes, S.; Beal, M. F.; Beckman, J. S.; Mehl, R.; Estevez, A. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2013, 12, E1102-E1111
12. Danielson, S. R.; Held, J. M.; Schilling, B.; Oo, M.; Gibson, B. W.; Andersen, J. K. Anal. Chem. 2009, 18, 7823-7828
13. Aulak, K. S.; Miyagi, M.; Yan, L.; West, K. A.; Massillon, D.; Crabb, J. W.; Stuehr, D. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 21, 12056-12061
14. Cherner, M.; Cysique, L.; Heaton, R. K.; Marcotte, T. D.; Ellis, R. J.; Masliah, E.; Grant, I. J. NeuroVirol. 2007, 1, 23-28
15. Li, W.; Malpica-Llanos, T. M.; Gundry, R.; Cotter, R. J.; Sacktor, N.; McArthur, J.; Nath, A. Neurology 2008, 19, 1753-1762
16. Beasley, A.; Anderson, C.; McArthur, J.; Sacktor, N.; Nath, A.; Cotter, R. Clin. Proteomics 2010, 1, 29-41
17. Rebrin, I.; Bregere, C.; Kamzalov, S.; Gallaher, T. K.; Sohal, R. S. Biochemistry 2007, 35, 10130-10144
18. Petre, B. A.; Ulrich, M.; Stumbaum, M.; Bernevic, B.; Moise, A.; Doring, G.; Przybylski, M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012, 11, 1831-1840
19. Olsen, J. V.; de Godoy, L. M.; Li, G.; Macek, B.; Mortensen, P.; Pesch, R.; Makarov, A.; Lange, O.; Horning, S.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2005, 12, 2010-2021
20. Zemlin, M.; Klinger, M.; Link, J.; Zemlin, C.; Bauer, K.; Engler, J. A.; Schroeder, H. W., Jr.; Kirkham, P. M. J. Mol. Biol. 2003, 4, 733-749
21. Luftig, M. A.; Mattu, M.; Di Giovine, P.; Geleziunas, R.; Hrin, R.; Barbato, G.; Bianchi, E.; Miller, M. D.; Pessi, A.; Carfi, A. Nat. Struct. Mol. Biol. 2006, 8, 740-747
22. Scharf, L.; West, A. P., Jr.; Gao, H.; Lee, T.; Scheid, J. F.; Nussenzweig, M. C.; Bjorkman, P. J.; Diskin, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2013, 15, 6049-6054
23. Steiner, J.; Haughey, N.; Li, W.; Venkatesan, A.; Anderson, C.; Reid, R.; Malpica, T.; Pocernich, C.; Butterfield, D. A.; Nath, A. Antioxid. Redox Signaling 2006, 11-12, 2089-2100
24. Alvarez, B.; Rubbo, H.; Kirk, M.; Barnes, S.; Freeman, B. A.; Radi, R. Chem. Res. Toxicol. 1996, 2, 390-396
25. Denicola, A.; Souza, J. M.; Radi, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 7, 3566-3571
26. Ischiropoulos, H. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2003, 3, 776-783
27. Perreau, M.; Levy, Y.; Pantaleo, G. Curr. Opin. HIV AIDS 2013, 4, 333-340
28. Ohno, S.; Mori, N.; Matsunaga, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1985, 9, 2945-2949
29. Mian, I. S.; Bradwell, A. R.; Olson, A. J. J. Mol. Biol. 1991, 1, 133-151
30. Fellouse, F. A.; Wiesmann, C.; Sidhu, S. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 34, 12467-12472
31. Koide, S.; Sidhu, S. S. ACS Chem. Biol. 2009, 5, 325-334
32. Birtalan, S.; Zhang, Y.; Fellouse, F. A.; Shao, L.; Schaefer, G.; Sidhu, S. S. J. Mol. Biol. 2008, 5, 1518-1528
33. Burkala, E. J.; He, J.; West, J. T.; Wood, C.; Petito, C. K. AIDS 2005, 7, 675-684
34. Toborek, M.; Lee, Y. W.; Flora, G.; Pu, H.; Andras, I. E.; Wylegala, E.; Hennig, B.; Nath, A. Cell. Mol. Neurobiol. 2005, 1, 181-199
35. Eugenin, E. A.; Clements, J. E.; Zink, M. C.; Berman, J. W. J. Neurosci. 2011, 26, 9456-9465
36. Sickmann, A.; Dormeyer, W.; Wortelkamp, S.; Woitalla, D.; Kuhn, W.; Meyer, H. E. J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2002, 1-2, 167-196
37. Huang, J.; Ofek, G.; Laub, L.; Louder, M. K.; Doria-Rose, N. A.; Longo, N. S.; Imamichi, H.; Bailer, R. T.; Chakrabarti, B.; Sharma, S. K.; Alam, S. M.; Wang, T.; Yang, Y.; Zhang, B.; Migueles, S. A.; Wyatt, R.; Haynes, B. F.; Kwong, P. D.; Mascola, J. R.; Connors, M. Nature 2012, 7424, 406-412
38. Masuda, K.; Sakamoto, K.; Kojima, M.; Aburatani, T.; Ueda, T.; Ueda, H. FEBS J. 2006, 10, 2184-2194
39. Farzan, M.; Mirzabekov, T.; Kolchinsky, P.; Wyatt, R.; Cayabyab, M.; Gerard, N. P.; Gerard, C.; Sodroski, J.; Choe, H. Cell 1999, 5, 667-676
40. Huang, C. C.; Venturi, M.; Majeed, S.; Moore, M. J.; Phogat, S.; Zhang, M. Y.; Dimitrov, D. S.; Hendrickson, W. A.; Robinson, J.; Sodroski, J.; Wyatt, R.; Choe, H.; Farzan, M.; Kwong, P. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 9, 2706-2711
41. Liu, H.; Gaza-Bulseco, G.; Chumsae, C.; Radziejewski, C. H. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2008, 1, 1-10
42. Wan, J.; Csaszar, E.; Chen, W. Q.; Li, K.; Lubec, G. PLoS One 2012, 4, e34511-1-e34511-5
43. Wei, Z.; Feng, J.; Lin, H. Y.; Mullapudi, S.; Bishop, E.; Tous, G. I.; Casas-Finet, J.; Hakki, F.; Strouse, R.; Schenerman, M. A. Anal. Chem. 2007, 7, 2797-2805
44. Schrama, D.; Reisfeld, R. A.; Becker, J. C. Nat. Rev. Drug Discovery 2006, 2, 147-159
45. Pejchal, R.; Walker, L. M.; Stanfield, R. L.; Phogat, S. K.; Koff, W. C.; Poignard, P.; Burton, D. R.; Wilson, I. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 25, 11483-11488
46. Kwong, J. A.; Dorfman, T.; Quinlan, B. D.; Chiang, J. J.; Ahmed, A. A.; Choe, H.; Farzan, M. J. Virol. 2011, 15, 7563-7571
47. Antinori, A.; Arendt, G.; Becker, J. T.; Brew, B. J.; Byrd, D. A.; Cherner, M.; Clifford, D. B.; Cinque, P.; Epstein, L. G.; Goodkin, K.; Gisslen, M.; Grant, I.; Heaton, R. K.; Joseph, J.; Marder, K.; Marra, C. M.; McArthur, J. C.; Nunn, M.; Price, R. W.; Pulliam, L.; Robertson, K. R.; Sacktor, N.; Valcour, V.; Wojna, V. E. Neurology 2007, 18, 1789-1799
48. Lee, E. Y.; Lee, B. W.; Kim, D.; Lee, Y. H.; Kim, K. J.; Kang, E. S.; Cha, B. S.; Lee, E. J.; Lee, H. C. Acta Diabetol. 2011, 2, 167-172
49. Chen, H. J.; Chen, Y. C. Anal. Chem. 2012, 18, 7881-7890