-
1
-
-
53249098376
-
-
Sherwood, P.; Brookes, B. R.; Sansom, M. S. P. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 630-640
-
(2008)
Curr. Opin. Struct. Biol.
, vol.18
, pp. 630-640
-
-
Sherwood, P.1
Brookes, B.R.2
Sansom, M.S.P.3
-
4
-
-
84866493817
-
-
Shen, H.; Xia, Z.; Li, G.; Ren, P. Annu. Rep. Comput. Chem. 2012, 8, 129-148
-
(2012)
Annu. Rep. Comput. Chem.
, vol.8
, pp. 129-148
-
-
Shen, H.1
Xia, Z.2
Li, G.3
Ren, P.4
-
6
-
-
79251480753
-
-
048104
-
Karzbrun, E.; Shin, J.; Bar-Ziz, R. H.; Noireaux, V. Phys. Rev. Lett. 2011, 106 048104
-
(2011)
Phys. Rev. Lett.
, vol.106
-
-
Karzbrun, E.1
Shin, J.2
Bar-Ziz, R.H.3
Noireaux, V.4
-
9
-
-
41449119304
-
-
Scott, K. A.; Bond, P. J.; Ivetac, A.; Chetwynd, A. P.; Khalid, S.; Sansom, M. S. P. Structure 2008, 16, 621-630
-
(2008)
Structure
, vol.16
, pp. 621-630
-
-
Scott, K.A.1
Bond, P.J.2
Ivetac, A.3
Chetwynd, A.P.4
Khalid, S.5
Sansom, M.S.P.6
-
10
-
-
14044266389
-
-
Liwo, A.; Khalili, M.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 2005, 102, 2362-2367
-
(2005)
Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A.
, vol.102
, pp. 2362-2367
-
-
Liwo, A.1
Khalili, M.2
Scheraga, H.A.3
-
12
-
-
33845204189
-
-
Arkhipov, A.; Freddolino, P. L.; Schulten, K. Structure 2006, 14, 1767-1777
-
(2006)
Structure
, vol.14
, pp. 1767-1777
-
-
Arkhipov, A.1
Freddolino, P.L.2
Schulten, K.3
-
15
-
-
0345973041
-
-
Haliloglu, T.; Bahar, I.; Erman, B. Phys. Rev. Lett. 1997, 79, 3090-3093
-
(1997)
Phys. Rev. Lett.
, vol.79
, pp. 3090-3093
-
-
Haliloglu, T.1
Bahar, I.2
Erman, B.3
-
16
-
-
1842861587
-
-
Buchete, N. V.; Straub, J. E.; Thirumalai, D. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 225-232
-
(2004)
Curr. Opin. Struct. Biol.
, vol.14
, pp. 225-232
-
-
Buchete, N.V.1
Straub, J.E.2
Thirumalai, D.3
-
21
-
-
33744906496
-
-
Dehouck, Y.; Gilis, D.; Rooman, M. J. Biophys. J. 2006, 90, 4010-4017
-
(2006)
Biophys. J.
, vol.90
, pp. 4010-4017
-
-
Dehouck, Y.1
Gilis, D.2
Rooman, M.J.3
-
26
-
-
34250380707
-
-
Trylska, J.; Tozzini, V.; Chang, C. E.; McCammon, J. A. Biophys. J. 2007, 92, 4179-4187
-
(2007)
Biophys. J.
, vol.92
, pp. 4179-4187
-
-
Trylska, J.1
Tozzini, V.2
Chang, C.E.3
McCammon, J.A.4
-
27
-
-
33847116895
-
-
Tozzini, V.; Trylska, J.; Chang, C. E.; McCammon, J. A. J. Struct Biol. 2007, 157, 606-615
-
(2007)
J. Struct Biol.
, vol.157
, pp. 606-615
-
-
Tozzini, V.1
Trylska, J.2
Chang, C.E.3
McCammon, J.A.4
-
31
-
-
34547474332
-
-
Marrink, S. J.; Risselada, H. J.; Yefimov, S.; Tieleman, D. P.; de Vries, A. H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7812-7824
-
(2007)
J. Phys. Chem. B
, vol.111
, pp. 7812-7824
-
-
Marrink, S.J.1
Risselada, H.J.2
Yefimov, S.3
Tieleman, D.P.4
De Vries, A.H.5
-
32
-
-
49449113010
-
-
Monticelli, L.; Kandasamy, S. K.; Petiole, X.; Larson, R. G.; Tieleman, D. P.; Marrink, S. J. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 819-34
-
(2008)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.4
, pp. 819-834
-
-
Monticelli, L.1
Kandasamy, S.K.2
Petiole, X.3
Larson, R.G.4
Tieleman, D.P.5
Marrink, S.J.6
-
33
-
-
73349084983
-
-
Periole, X.; Cavalli, M.; Marrink, S. J.; Ceruso, M. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2531-2543
-
(2009)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.5
, pp. 2531-2543
-
-
Periole, X.1
Cavalli, M.2
Marrink, S.J.3
Ceruso, M.4
-
34
-
-
84871579289
-
-
Shen, H.; Moustafa, I. M.; Cameron, C. E.; Colina, C. M. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 14515-14524
-
(2012)
J. Phys. Chem. B
, vol.116
, pp. 14515-14524
-
-
Shen, H.1
Moustafa, I.M.2
Cameron, C.E.3
Colina, C.M.4
-
35
-
-
84882325585
-
-
Kar, P.; Gopal, S. M.; Cheng, Y.; Predeus, A.; Feig, M. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 3769-3788
-
(2013)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.9
, pp. 3769-3788
-
-
Kar, P.1
Gopal, S.M.2
Cheng, Y.3
Predeus, A.4
Feig, M.5
-
36
-
-
78149429881
-
-
Han, W.; Wan, C.-K.; Jiang, F.; Wu, Y.-D. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 3373-3389
-
(2010)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.6
, pp. 3373-3389
-
-
Han, W.1
Wan, C.-K.2
Jiang, F.3
Wu, Y.-D.4
-
37
-
-
78149451041
-
-
Han, W.; Wan, C.-K.; Wu, Y.-D. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 3390-3402
-
(2010)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.6
, pp. 3390-3402
-
-
Han, W.1
Wan, C.-K.2
Wu, Y.-D.3
-
40
-
-
0001107036
-
-
Cleaver, D. J.; Care, C. M.; Allen, M. P.; Neal, M. P. Phys. Rev. E. 1996, 54, 559-567
-
(1996)
Phys. Rev. E.
, vol.54
, pp. 559-567
-
-
Cleaver, D.J.1
Care, C.M.2
Allen, M.P.3
Neal, M.P.4
-
42
-
-
67649230810
-
-
Shen, H.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 8738-8744
-
(2009)
J. Phys. Chem. B
, vol.113
, pp. 8738-8744
-
-
Shen, H.1
Liwo, A.2
Scheraga, H.A.3
-
47
-
-
41549097838
-
-
Golubkov, P. A.; Wu, J. C.; Ren, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 2050-2057
-
(2008)
Phys. Chem. Chem. Phys.
, vol.10
, pp. 2050-2057
-
-
Golubkov, P.A.1
Wu, J.C.2
Ren, P.3
-
48
-
-
80155157254
-
-
155104
-
Wu, J.; Xia, Z.; Shen, H.; Li, G.; Ren, P. J. Chem. Phys. 2011, 135 155104
-
(2011)
J. Chem. Phys.
, vol.135
-
-
Wu, J.1
Xia, Z.2
Shen, H.3
Li, G.4
Ren, P.5
-
49
-
-
84877156642
-
-
Xu, P.; Shen, H.; Yang, L.; Ding, Y.; Li, B.; Shao, Y.; Mao, Y.; Li, G. J. Mol. Mod. 2013, 19, 551-558
-
(2013)
J. Mol. Mod.
, vol.19
, pp. 551-558
-
-
Xu, P.1
Shen, H.2
Yang, L.3
Ding, Y.4
Li, B.5
Shao, Y.6
Mao, Y.7
Li, G.8
-
50
-
-
0024821263
-
-
Allinger, N. L.; Yuh, Y. H.; Lii, J. H. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 8551-8566
-
(1989)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.111
, pp. 8551-8566
-
-
Allinger, N.L.1
Yuh, Y.H.2
Lii, J.H.3
-
51
-
-
1642576012
-
-
MacKerell, A. D.; Feig, M.; Brooks, C. L., III J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 698-699
-
(2004)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.126
, pp. 698-699
-
-
Mackerell, A.D.1
Feig, M.2
Brooks III, C.L.3
-
53
-
-
84884194561
-
-
Yue, S.; Xia, Z.; Zhang, J.; Best, R. B.; Wu, C.; Ponder, J. W.; Ren, R. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 4046-4063
-
(2013)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.9
, pp. 4046-4063
-
-
Yue, S.1
Xia, Z.2
Zhang, J.3
Best, R.B.4
Wu, C.5
Ponder, J.W.6
Ren, R.7
-
55
-
-
33846823909
-
-
Darden, T. A.; York, D.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092
-
(1993)
J. Chem. Phys.
, vol.98
, pp. 10089-10092
-
-
Darden, T.A.1
York, D.2
Pedersen, L.G.3
-
56
-
-
33646940952
-
-
Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341
-
(1977)
J. Comput. Phys.
, vol.23
, pp. 327-341
-
-
Ryckaert, J.P.1
Ciccotti, G.2
Berendsen, H.J.C.3
-
57
-
-
84943502952
-
-
Nose, S. Mol. Phys. 1984, 52, 255-268
-
(1984)
Mol. Phys.
, vol.52
, pp. 255-268
-
-
Nose, S.1
-
60
-
-
73649194755
-
-
Ramachandran, G. N.; Ramakrishnan, C.; Sasisekharan, V. J. Mol. Biol. 1963, 7, 95-99
-
(1963)
J. Mol. Biol.
, vol.7
, pp. 95-99
-
-
Ramachandran, G.N.1
Ramakrishnan, C.2
Sasisekharan, V.3
-
61
-
-
84856000778
-
-
Berkholz, D. S.; Driggers, C. M.; Shapovalov, M. V.; Dunbrack, R. L; Karplus, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, 449-453
-
(2012)
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.
, vol.109
, pp. 449-453
-
-
Berkholz, D.S.1
Driggers, C.M.2
Shapovalov, M.V.3
Dunbrack, R.L.4
Karplus, P.A.5
-
63
-
-
84878865144
-
-
Tabib-Salazar, A.; Liu, B.; Doughty, P.; Lewis, R. A.; Ghosh, S.; Parsy, M. L.; Simpson, P. J.; O'Dwyer, K.; Matthews, S. J.; Paget, M. S. Nucleic Acids Res. 2013, 41, 5679-5691
-
(2013)
Nucleic Acids Res.
, vol.41
, pp. 5679-5691
-
-
Tabib-Salazar, A.1
Liu, B.2
Doughty, P.3
Lewis, R.A.4
Ghosh, S.5
Parsy, M.L.6
Simpson, P.J.7
O'Dwyer, K.8
Matthews, S.J.9
Paget, M.S.10
-
64
-
-
84874408145
-
-
Tommos, C.; Valentine, K. G.; Martinez-Rivera, M. C.; Liang, L.; Moorman, V. R. Biochemistry 2013, 52, 1409-1418
-
(2013)
Biochemistry
, vol.52
, pp. 1409-1418
-
-
Tommos, C.1
Valentine, K.G.2
Martinez-Rivera, M.C.3
Liang, L.4
Moorman, V.R.5
-
65
-
-
0242663237
-
-
Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999-2012
-
(2003)
J. Comput. Chem.
, vol.24
, pp. 1999-2012
-
-
Duan, Y.1
Wu, C.2
Chowdhury, S.3
Lee, M.C.4
Xiong, G.5
Zhang, W.6
Yang, R.7
Cieplak, P.8
Luo, R.9
Lee, T.10
Caldwell, J.11
Wang, J.12
Kollman, P.13
-
66
-
-
23444454552
-
-
Case, D. A.; Cheatham, T. E., III; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668-1688
-
(2005)
J. Comput. Chem.
, vol.26
, pp. 1668-1688
-
-
Case, D.A.1
Cheatham III, T.E.2
Darden, T.3
Gohlke, H.4
Luo, R.5
Merz, K.M.6
Onufriev, A.7
Simmerling, C.8
Wang, B.9
Woods, R.10
-
67
-
-
84870683475
-
-
Gu, J.; Bai, F.; Li, H.; Wang, X. Int. J. Mol. Sci. 2012, 13, 14451-14469
-
(2012)
Int. J. Mol. Sci.
, vol.13
, pp. 14451
-
-
Gu, J.1
Bai, F.2
Li, H.3
Wang, X.4
|