-
1
-
-
0020491251
-
-
Kuntz, I. D.; Blaney, J. M.; Oatley, S. J.; Langridge, R.; Ferrin, T. E. J. Mol. Biol. 1982, 161, 269-288
-
(1982)
J. Mol. Biol.
, vol.161
, pp. 269-288
-
-
Kuntz, I.D.1
Blaney, J.M.2
Oatley, S.J.3
Langridge, R.4
Ferrin, T.E.5
-
2
-
-
66449110287
-
-
Lang, P. T.; Brozell, S. R.; Mukherjee, S.; Pettersen, E. F.; Meng, E. C.; Thomas, V.; Rizzo, R. C.; Case, D. A.; James, T. L.; Kuntz, I. D. RNA 2009, 15, 1219-1230
-
(2009)
RNA
, vol.15
, pp. 1219-1230
-
-
Lang, P.T.1
Brozell, S.R.2
Mukherjee, S.3
Pettersen, E.F.4
Meng, E.C.5
Thomas, V.6
Rizzo, R.C.7
Case, D.A.8
James, T.L.9
Kuntz, I.D.10
-
3
-
-
11644261806
-
-
Morris, G. M.; Goodsell, D. S.; Halliday, R. S.; Huey, R.; Hart, W. E.; Belew, R. K.; Olson, A. J. J. Comput. Chem. 1998, 19, 1639-1662
-
(1998)
J. Comput. Chem.
, vol.19
, pp. 1639-1662
-
-
Morris, G.M.1
Goodsell, D.S.2
Halliday, R.S.3
Huey, R.4
Hart, W.E.5
Belew, R.K.6
Olson, A.J.7
-
4
-
-
70349932423
-
-
Morris, G. M.; Huey, R.; Lindstrom, W.; Sanner, M. F.; Belew, R. K.; Goodsell, D. S.; Olson, A. J. J. Comput. Chem. 2009, 30, 2785-2791
-
(2009)
J. Comput. Chem.
, vol.30
, pp. 2785-2791
-
-
Morris, G.M.1
Huey, R.2
Lindstrom, W.3
Sanner, M.F.4
Belew, R.K.5
Goodsell, D.S.6
Olson, A.J.7
-
6
-
-
33745316548
-
-
Eds. Springer Berlin Heidelberg: Berlin, Heidelberg
-
Ant Colony Optimization and Swarm Intelligence; Dorigo, M.; Gambardella, L. M.; Birattari, M.; Martinoli, A.; Poli, R.; Stützle, T., Eds.; Springer Berlin Heidelberg: Berlin, Heidelberg, 2006; Vol. 4150.
-
(2006)
Ant Colony Optimization and Swarm Intelligence
, vol.4150
-
-
Dorigo, M.1
Gambardella, L.M.2
Birattari, M.3
Martinoli, A.4
Poli, R.5
Stützle, T.6
-
7
-
-
84893402523
-
-
Tripos International. Surflex-Dock.
-
Tripos International. Surflex-Dock. http://www.tripos.com/.
-
-
-
-
8
-
-
12144289984
-
-
Friesner, R. A.; Banks, J. L.; Murphy, R. B.; Halgren, T. A.; Klicic, J. J.; Mainz, D. T.; Repasky, M. P.; Knoll, E. H.; Shelley, M.; Perry, J. K.; Shaw, D. E.; Francis, P.; Shenkin, P. S. J. Med. Chem. 2004, 47, 1739-49
-
(2004)
J. Med. Chem.
, vol.47
, pp. 1739-1749
-
-
Friesner, R.A.1
Banks, J.L.2
Murphy, R.B.3
Halgren, T.A.4
Klicic, J.J.5
Mainz, D.T.6
Repasky, M.P.7
Knoll, E.H.8
Shelley, M.9
Perry, J.K.10
Shaw, D.E.11
Francis, P.12
Shenkin, P.S.13
-
9
-
-
1642310340
-
-
Halgren, T. A.; Murphy, R. B.; Friesner, R. A.; Beard, H. S.; Frye, L. L.; Pollard, W. T.; Banks, J. L. J. Med. Chem. 2004, 47, 1750-1759
-
(2004)
J. Med. Chem.
, vol.47
, pp. 1750-1759
-
-
Halgren, T.A.1
Murphy, R.B.2
Friesner, R.A.3
Beard, H.S.4
Frye, L.L.5
Pollard, W.T.6
Banks, J.L.7
-
10
-
-
33750124980
-
-
Friesner, R. A.; Murphy, R. B.; Repasky, M. P.; Frye, L. L.; Greenwood, J. R.; Halgren, T. A.; Sanschagrin, P. C.; Mainz, D. T. J. Med. Chem. 2006, 49, 6177-6196
-
(2006)
J. Med. Chem.
, vol.49
, pp. 6177-6196
-
-
Friesner, R.A.1
Murphy, R.B.2
Repasky, M.P.3
Frye, L.L.4
Greenwood, J.R.5
Halgren, T.A.6
Sanschagrin, P.C.7
Mainz, D.T.8
-
11
-
-
0041919542
-
-
Verdonk, M. L.; Cole, J. C.; Hartshorn, M. J.; Murray, C. W.; Taylor, R. D. Proteins 2003, 52, 609-623
-
(2003)
Proteins
, vol.52
, pp. 609-623
-
-
Verdonk, M.L.1
Cole, J.C.2
Hartshorn, M.J.3
Murray, C.W.4
Taylor, R.D.5
-
12
-
-
0031552362
-
-
Jones, G.; Willett, P.; Glen, R. C.; Leach, A. R.; Taylor, R. J. Mol. Biol. 1997, 267, 727-748
-
(1997)
J. Mol. Biol.
, vol.267
, pp. 727-748
-
-
Jones, G.1
Willett, P.2
Glen, R.C.3
Leach, A.R.4
Taylor, R.5
-
13
-
-
0028854034
-
-
Jones, G.; Willett, P.; Glen, R. C. J. Mol. Biol. 1995, 245, 43-53
-
(1995)
J. Mol. Biol.
, vol.245
, pp. 43-53
-
-
Jones, G.1
Willett, P.2
Glen, R.C.3
-
14
-
-
67650097331
-
-
Cross, J. B.; Thompson, D. C.; Rai, B. K.; Baber, J. C.; Fan, K. Y.; Hu, Y.; Humblet, C. J. Chem. Inf. Model. 2009, 49, 1455-1474
-
(2009)
J. Chem. Inf. Model.
, vol.49
, pp. 1455-1474
-
-
Cross, J.B.1
Thompson, D.C.2
Rai, B.K.3
Baber, J.C.4
Fan, K.Y.5
Hu, Y.6
Humblet, C.7
-
15
-
-
13944263886
-
-
Cummings, M. D.; DesJarlais, R. L.; Gibbs, A. C.; Mohan, V.; Jaeger, E. P. J. Med. Chem. 2005, 48, 962-976
-
(2005)
J. Med. Chem.
, vol.48
, pp. 962-976
-
-
Cummings, M.D.1
Desjarlais, R.L.2
Gibbs, A.C.3
Mohan, V.4
Jaeger, E.P.5
-
16
-
-
79251524915
-
-
Plewczynski, D.; Łaźniewski, M.; Augustyniak, R.; Ginalski, K. J. Comput. Chem. 2011, 32, 742-755
-
(2011)
J. Comput. Chem.
, vol.32
, pp. 742-755
-
-
Plewczynski, D.1
Łaźniewski, M.2
Augustyniak, R.3
Ginalski, K.4
-
17
-
-
84862027743
-
-
Scior, T.; Bender, A.; Tresadern, G.; Medina-Franco, J. L.; Martínez-Mayorga, K.; Langer, T.; Cuanalo-Contreras, K.; Agrafiotis, D. K. J. Chem. Inf. Model. 2012, 52, 867-881
-
(2012)
J. Chem. Inf. Model.
, vol.52
, pp. 867-881
-
-
Scior, T.1
Bender, A.2
Tresadern, G.3
Medina-Franco, J.L.4
Martínez- Mayorga, K.5
Langer, T.6
Cuanalo-Contreras, K.7
Agrafiotis, D.K.8
-
18
-
-
0034996721
-
-
Anderson, A. C.; O'Neil, R. H.; Surti, T. S.; Stroud, R. M. Chem. Biol. 2001, 8, 445-57
-
(2001)
Chem. Biol.
, vol.8
, pp. 445-457
-
-
Anderson, A.C.1
O'Neil, R.H.2
Surti, T.S.3
Stroud, R.M.4
-
19
-
-
31544439666
-
-
Siedlecki, P.; Garcia Boy, R.; Musch, T.; Brueckner, B.; Suhai, S.; Lyko, F.; Zielenkiewicz, P. J. Med. Chem. 2006, 49, 678-83
-
(2006)
J. Med. Chem.
, vol.49
, pp. 678-683
-
-
Siedlecki, P.1
Garcia Boy, R.2
Musch, T.3
Brueckner, B.4
Suhai, S.5
Lyko, F.6
Zielenkiewicz, P.7
-
21
-
-
79251524201
-
-
Plewczynski, D.; Łaźniewski, M.; von Grotthuss, M.; Rychlewski, L.; Ginalski, K. J. Comput. Chem. 2011, 32, 568-581
-
(2011)
J. Comput. Chem.
, vol.32
, pp. 568-581
-
-
Plewczynski, D.1
Łaźniewski, M.2
Von Grotthuss, M.3
Rychlewski, L.4
Ginalski, K.5
-
23
-
-
84893418881
-
-
Tripos International. Tripos Muse.
-
Tripos International. Tripos Muse. http://www.tripos.com/.
-
-
-
-
24
-
-
84893344741
-
-
Schrödinger LLC. Maestro Suite.
-
Schrödinger LLC. Maestro Suite. https://www.schrodinger.com/.
-
-
-
-
25
-
-
84893400071
-
-
Chemical Computing Group Inc. Molecular Operating Environment (MOE).
-
Chemical Computing Group Inc. Molecular Operating Environment (MOE) http://www.chemcomp.com.
-
-
-
-
26
-
-
78651076564
-
-
Berthold, M. R.; Cebron, N.; Dill, F.; Fatta, G. Di; Gabriel, T. R.; Georg, F.; Meinl, T.; Ohl, P.; Sieb, C.; Wiswedel, B. Computer (Long Beach, Calif). 2008, 11, 26-31
-
(2008)
Computer (Long Beach, Calif).
, vol.11
, pp. 26-31
-
-
Berthold, M.R.1
Cebron, N.2
Dill, F.3
Fatta, G.D.4
Gabriel, T.R.5
Georg, F.6
Meinl, T.7
Ohl, P.8
Sieb, C.9
Wiswedel, B.10
-
28
-
-
0031226772
-
-
Eldridge, M. D.; Murray, C. W.; Auton, T. R.; Paolini, G. V; Mee, R. P. J. Comput.-Aided. Mol. Des. 1997, 11, 425-445
-
(1997)
J. Comput.-Aided. Mol. Des.
, vol.11
, pp. 425-445
-
-
Eldridge, M.D.1
Murray, C.W.2
Auton, T.R.3
Paolini, G.V.4
Mee, R.P.5
-
30
-
-
0036022960
-
-
Wang, R.; Lai, L.; Wang, S. J. Comput.-Aided. Mol. Des. 2002, 16, 11-26
-
(2002)
J. Comput.-Aided. Mol. Des.
, vol.16
, pp. 11-26
-
-
Wang, R.1
Lai, L.2
Wang, S.3
-
31
-
-
33244478322
-
-
Oda, A.; Tsuchida, K.; Takakura, T.; Yamaotsu, N.; Hirono, S. J. Chem. Inf. Model. 2006, 46, 380-391
-
(2006)
J. Chem. Inf. Model.
, vol.46
, pp. 380-391
-
-
Oda, A.1
Tsuchida, K.2
Takakura, T.3
Yamaotsu, N.4
Hirono, S.5
-
32
-
-
0036280661
-
-
Aqvist, J.; Luzhkov, V. B.; Brandsdal, B. O. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 358-365
-
(2002)
Acc. Chem. Res.
, vol.35
, pp. 358-365
-
-
Aqvist, J.1
Luzhkov, V.B.2
Brandsdal, B.O.3
-
33
-
-
59649116877
-
-
Gil-Redondo, R.; Estrada, J.; Morreale, A.; Herranz, F.; Sancho, J.; Ortiz, á. R. J. Comput.-Aided. Mol. Des. 2008, 23, 171-184
-
(2008)
J. Comput.-Aided. Mol. Des.
, vol.23
, pp. 171-184
-
-
Gil-Redondo, R.1
Estrada, J.2
Morreale, A.3
Herranz, F.4
Sancho, J.5
Ortiz Á., R.6
-
34
-
-
80054908338
-
-
Cabrera, á. C.; Gil-Redondo, R.; Perona, A.; Gago, F.; Morreale, A. J. Comput.-Aided. Mol. Des. 2011, 25, 813-824
-
(2011)
J. Comput.-Aided. Mol. Des.
, vol.25
, pp. 813-824
-
-
Cabrera Á., C.1
Gil-Redondo, R.2
Perona, A.3
Gago, F.4
Morreale, A.5
-
36
-
-
84855389777
-
-
Sun, Y. X.; Huang, Y. X.; Li, F. L.; Wang, H. Y.; Fan, C.; Bao, Y. L.; Sun, L. G.; Ma, Z. Q.; Kong, J.; Li, Y. X. Chem. Cent. J. 2012, 6, 2
-
(2012)
Chem. Cent. J.
, vol.6
, pp. 2
-
-
Sun, Y.X.1
Huang, Y.X.2
Li, F.L.3
Wang, H.Y.4
Fan, C.5
Bao, Y.L.6
Sun, L.G.7
Ma, Z.Q.8
Kong, J.9
Li, Y.X.10
-
37
-
-
84893384506
-
-
ChemAxon. JChem Base. (accessed December 11).
-
ChemAxon. JChem Base. http://www.chemaxon.com (accessed December 11, 2013).
-
(2013)
-
-
-
38
-
-
84893343847
-
-
Tripos International. Tripos Unity.
-
Tripos International. Tripos Unity. http://www.tripos.com/.
-
-
-
-
39
-
-
77952780755
-
-
Sastry, M.; Lowrie, J. F.; Dixon, S. L.; Sherman, W. J. Chem. Inf. Model. 2010, 50, 771-784
-
(2010)
J. Chem. Inf. Model.
, vol.50
, pp. 771-784
-
-
Sastry, M.1
Lowrie, J.F.2
Dixon, S.L.3
Sherman, W.4
-
40
-
-
77956276766
-
-
Duan, J.; Dixon, S. L.; Lowrie, J. F.; Sherman, W. J. Mol. Graph. Model. 2010, 29, 157-170
-
(2010)
J. Mol. Graph. Model.
, vol.29
, pp. 157-170
-
-
Duan, J.1
Dixon, S.L.2
Lowrie, J.F.3
Sherman, W.4
-
41
-
-
80053512597
-
-
O'Boyle, N. M.; Banck, M.; James, C. A.; Morley, C.; Vandermeersch, T.; Hutchison, G. R. J. Cheminform. 2011, 3, 33
-
(2011)
J. Cheminform.
, vol.3
, pp. 33
-
-
O'Boyle, N.M.1
Banck, M.2
James, C.A.3
Morley, C.4
Vandermeersch, T.5
Hutchison, G.R.6
-
42
-
-
4444221565
-
-
Pettersen, E. F.; Goddard, T. D.; Huang, C. C.; Couch, G. S.; Greenblatt, D. M.; Meng, E. C.; Ferrin, T. E. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1605-1612
-
(2004)
J. Comput. Chem.
, vol.25
, pp. 1605-1612
-
-
Pettersen, E.F.1
Goddard, T.D.2
Huang, C.C.3
Couch, G.S.4
Greenblatt, D.M.5
Meng, E.C.6
Ferrin, T.E.7
-
45
-
-
0042041206
-
-
Rappe, A. K.; Casewit, C. J.; Colwell, K. S.; Goddard, W. A.; Skiff, W. M. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10024-10035
-
(1992)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.114
, pp. 10024-10035
-
-
Rappe, A.K.1
Casewit, C.J.2
Colwell, K.S.3
Goddard, W.A.4
Skiff, W.M.5
-
46
-
-
2942532422
-
-
Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157-1174
-
(2004)
J. Comput. Chem.
, vol.25
, pp. 1157-1174
-
-
Wang, J.1
Wolf, R.M.2
Caldwell, J.W.3
Kollman, P.A.4
Case, D.A.5
-
47
-
-
0346962971
-
-
Deng, Z.; Chuaqui, C.; Singh, J. J. Med. Chem. 2004, 47, 337-344
-
(2004)
J. Med. Chem.
, vol.47
, pp. 337-344
-
-
Deng, Z.1
Chuaqui, C.2
Singh, J.3
-
48
-
-
84876696702
-
-
Chambers, J.; Davies, M.; Gaulton, A.; Hersey, A.; Velankar, S.; Petryszak, R.; Hastings, J.; Bellis, L.; McGlinchey, S.; Overington, J. P. J. Cheminform. 2013, 5, 3
-
(2013)
J. Cheminform.
, vol.5
, pp. 3
-
-
Chambers, J.1
Davies, M.2
Gaulton, A.3
Hersey, A.4
Velankar, S.5
Petryszak, R.6
Hastings, J.7
Bellis, L.8
McGlinchey, S.9
Overington, J.P.10
-
49
-
-
84893374342
-
-
JSmol.
-
JSmol. http://jsmol.sourceforge.net/.
-
-
-
|