Isomerization kinetics of at hook decapeptide solution structures

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 2, 2014, Pages 1210-1214

  Schenk, Emily R ^a   Ridgeway, Mark E ^b   Park, Melvin A ^b   Leng, Fenfei ^a   Fernandez Lima, Francisco ^a  

^a FLORIDA INTERNATIONAL UNIVERSITY   (United States)

^b BRUKER DALTONIK GMBH   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFORMATIONAL DYNAMICS; CONFORMATIONAL INTERCONVERSION; CONFORMATIONAL ISOMERS; HIGH MOBILITY GROUP PROTEINS; ISOMERIZATION KINETICS; PHYSIOLOGICAL FUNCTIONS; RELATIVE STABILITIES; SIDE-CHAIN ORIENTATION;

ISOMERS; MAMMALS; MASS SPECTROMETRY; SOLVENTS; STEM CELLS;

HOOKS;

DNA; HIGH MOBILITY GROUP A2 PROTEIN; OLIGOPEPTIDE; PROLINE; PROTON;

ARTICLE; AT HOOK MOTIF; CHEMISTRY; ELECTROSPRAY MASS SPECTROMETRY; HUMAN; ISOMERISM; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN CONFORMATION; SOLUTION AND SOLUBILITY; STATIC ELECTRICITY;

AT-HOOK MOTIFS; DNA; HMGA2 PROTEIN; HUMANS; ISOMERISM; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; OLIGOPEPTIDES; PROLINE; PROTEIN CONFORMATION; PROTONS; SOLUTIONS; SPECTROMETRY, MASS, ELECTROSPRAY IONIZATION; STATIC ELECTRICITY;

EID: 84892760219     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac403386q     Document Type: Article

References (32)

1. Young, A. R.; Narita, M. Genes Dev. 2007, 21, 1005-1009
2. Morishita, A.; Zaidi, M. R.; Mitoro, A.; Sankarasharma, D.; Szabolcs, M.; Okada, Y.; D'Armiento, J.; Chada, K. Cancer Res. 2013, 73, 4289-4299
3. Zhou, X.; Benson, K. F.; Ashar, H. R.; Chada, K. Nature 1995, 376, 771-774
4. Anand, A.; Chada, K. Nat. Genet. 2000, 24, 377-380
5. Weedon, M. N.; Lettre, G.; Freathy, R. M.; Lindgren, C. M.; Voight, B. F.; Perry, J. R.; Elliott, K. S.; Hackett, R.; Guiducci, C.; Shields, B.; Zeggini, E.; Lango, H.; Lyssenko, V.; Timpson, N. J.; Burtt, N. P.; Rayner, N. W.; Saxena, R.; Ardlie, K.; Tobias, J. H.; Ness, A. R.; Ring, S. M.; Palmer, C. N.; Morris, A. D.; Peltonen, L.; Salomaa, V.; Davey Smith, G.; Groop, L. C.; Hattersley, A. T.; McCarthy, M. I.; Hirschhorn, J. N.; Frayling, T. M. Nat. Genet. 2007, 39, 1245-1250
6. Horikoshi, M.; Yaghootkar, H.; Mook-Kanamori, D. O.; Sovio, U.; Taal, H. R.; Hennig, B. J.; Bradfield, J. P.; St. Pourcain, B.; Evans, D. M.; Charoen, P.; Kaakinen, M.; Cousminer, D. L.; Lehtimaki, T.; Kreiner-Moller, E.; Warrington, N. M.; Bustamante, M.; Feenstra, B.; Berry, D. J.; Thiering, E.; Pfab, T.; Barton, S. J.; Shields, B. M.; Kerkhof, M.; van Leeuwen, E. M.; Fulford, A. J.; Kutalik, Z.; Zhao, J. H.; den Hoed, M.; Mahajan, A.; Lindi, V.; Goh, L. K.; Hottenga, J. J.; Wu, Y.; Raitakari, O. T.; Harder, M. N.; Meirhaeghe, A.; Ntalla, I.; Salem, R. M.; Jameson, K. A.; Zhou, K.; Monies, D. M.; Lagou, V.; Kirin, M.; Heikkinen, J.; Adair, L. S.; Alkuraya, F. S.; Al-Odaib, A.; Amouyel, P.; Andersson, E. A.; Bennett, A. J.; Blakemore, A. I.; Buxton, J. L.; Dallongeville, J.; Das, S.; de Geus, E. J.; Estivill, X.; Flexeder, C.; Froguel, P.; Geller, F.; Godfrey, K. M.; Gottrand, F.; Groves, C. J.; Hansen, T.; Hirschhorn, J. N.; Hofman, A.; Hollegaard, M. V.; Hougaard, D. M.; Hypponen, E.; Inskip, H. M.; Isaacs, A.; Jorgensen, T.; Kanaka-Gantenbein, C.; Kemp, J. P.; Kiess, W.; Kilpelainen, T. O.; Klopp, N.; Knight, B. A.; Kuzawa, C. W.; McMahon, G.; Newnham, J. P.; Niinikoski, H.; Oostra, B. A.; Pedersen, L.; Postma, D. S.; Ring, S. M.; Rivadeneira, F.; Robertson, N. R.; Sebert, S.; Simell, O.; Slowinski, T.; Tiesler, C. M.; Tonjes, A.; Vaag, A.; Viikari, J. S.; Vink, J. M.; Vissing, N. H.; Wareham, N. J.; Willemsen, G.; Witte, D. R.; Zhang, H.; Zhao, J.; Wilson, J. F.; Stumvoll, M.; Prentice, A. M.; Meyer, B. F.; Pearson, E. R.; Boreham, C. A.; Cooper, C.; Gillman, M. W.; Dedoussis, G. V.; Moreno, L. A.; Pedersen, O.; Saarinen, M.; Mohlke, K. L.; Boomsma, D. I.; Saw, S. M.; Lakka, T. A.; Korner, A.; Loos, R. J.; Ong, K. K.; Vollenweider, P.; van Duijn, C. M.; Koppelman, G. H.; Hattersley, A. T.; Holloway, J. W.; Hocher, B.; Heinrich, J.; Power, C.; Melbye, M.; Guxens, M.; Pennell, C. E.; Bonnelykke, K.; Bisgaard, H.; Eriksson, J. G.; Widen, E.; Hakonarson, H.; Uitterlinden, A. G.; Pouta, A.; Lawlor, D. A.; Smith, G. D.; Frayling, T. M.; McCarthy, M. I.; Grant, S. F.; Jaddoe, V. W.; Jarvelin, M. R.; Timpson, N. J.; Prokopenko, I.; Freathy, R. M. Nat. Genet. 2013, 45, 76-82
7. Copley, M. R.; Babovic, S.; Benz, C.; Knapp, D. J.; Beer, P. A.; Kent, D. G.; Wohrer, S.; Treloar, D. Q.; Day, C.; Rowe, K.; Mader, H.; Kuchenbauer, F.; Humphries, R. K.; Eaves, C. J. Nat. Cell Biol. 2013, 15, 916-25
8. Stein, J. L.; Medland, S. E.; Vasquez, A. A.; Hibar, D. P.; Senstad, R. E.; Winkler, A. M.; Toro, R.; Appel, K.; Bartecek, R.; Bergmann, O.; Bernard, M.; Brown, A. A.; Cannon, D. M.; Chakravarty, M. M.; Christoforou, A.; Domin, M.; Grimm, O.; Hollinshead, M.; Holmes, A. J.; Homuth, G.; Hottenga, J. J.; Langan, C.; Lopez, L. M.; Hansell, N. K.; Hwang, K. S.; Kim, S.; Laje, G.; Lee, P. H.; Liu, X.; Loth, E.; Lourdusamy, A.; Mattingsdal, M.; Mohnke, S.; Maniega, S. M.; Nho, K.; Nugent, A. C.; O'Brien, C.; Papmeyer, M.; Putz, B.; Ramasamy, A.; Rasmussen, J.; Rijpkema, M.; Risacher, S. L.; Roddey, J. C.; Rose, E. J.; Ryten, M.; Shen, L.; Sprooten, E.; Strengman, E.; Teumer, A.; Trabzuni, D.; Turner, J.; van Eijk, K.; van Erp, T. G.; van Tol, M. J.; Wittfeld, K.; Wolf, C.; Woudstra, S.; Aleman, A.; Alhusaini, S.; Almasy, L.; Binder, E. B.; Brohawn, D. G.; Cantor, R. M.; Carless, M. A.; Corvin, A.; Czisch, M.; Curran, J. E.; Davies, G.; de Almeida, M. A.; Delanty, N.; Depondt, C.; Duggirala, R.; Dyer, T. D.; Erk, S.; Fagerness, J.; Fox, P. T.; Freimer, N. B.; Gill, M.; Goring, H. H.; Hagler, D. J.; Hoehn, D.; Holsboer, F.; Hoogman, M.; Hosten, N.; Jahanshad, N.; Johnson, M. P.; Kasperaviciute, D.; Kent, J. W., Jr.; Kochunov, P.; Lancaster, J. L.; Lawrie, S. M.; Liewald, D. C.; Mandl, R.; Matarin, M.; Mattheisen, M.; Meisenzahl, E.; Melle, I.; Moses, E. K.; Muhleisen, T. W.; Nauck, M.; Nothen, M. M.; Olvera, R. L.; Pandolfo, M.; Pike, G. B.; Puls, R.; Reinvang, I.; Renteria, M. E.; Rietschel, M.; Roffman, J. L.; Royle, N. A.; Rujescu, D.; Savitz, J.; Schnack, H. G.; Schnell, K.; Seiferth, N.; Smith, C.; Steen, V. M.; Valdes Hernandez, M. C.; Van den Heuvel, M.; van der Wee, N. J.; Van Haren, N. E.; Veltman, J. A.; Volzke, H.; Walker, R.; Westlye, L. T.; Whelan, C. D.; Agartz, I.; Boomsma, D. I.; Cavalleri, G. L.; Dale, A. M.; Djurovic, S.; Drevets, W. C.; Hagoort, P.; Hall, J.; Heinz, A.; Jack, C. R., Jr.; Foroud, T. M.; Le Hellard, S.; Macciardi, F.; Montgomery, G. W.; Poline, J. B.; Porteous, D. J.; Sisodiya, S. M.; Starr, J. M.; Sussmann, J.; Toga, A. W.; Veltman, D. J.; Walter, H.; Weiner, M. W.; Bis, J. C.; Ikram, M. A.; Smith, A. V.; Gudnason, V.; Tzourio, C.; Vernooij, M. W.; Launer, L. J.; DeCarli, C.; Seshadri, S.; Andreassen, O. A.; Apostolova, L. G.; Bastin, M. E.; Blangero, J.; Brunner, H. G.; Buckner, R. L.; Cichon, S.; Coppola, G.; de Zubicaray, G. I.; Deary, I. J.; Donohoe, G.; de Geus, E. J.; Espeseth, T.; Fernandez, G.; Glahn, D. C.; Grabe, H. J.; Hardy, J.; Hulshoff Pol, H. E.; Jenkinson, M.; Kahn, R. S.; McDonald, C.; McIntosh, A. M.; McMahon, F. J.; McMahon, K. L.; Meyer-Lindenberg, A.; Morris, D. W.; Muller-Myhsok, B.; Nichols, T. E.; Ophoff, R. A.; Paus, T.; Pausova, Z.; Penninx, B. W.; Potkin, S. G.; Samann, P. G.; Saykin, A. J.; Schumann, G.; Smoller, J. W.; Wardlaw, J. M.; Weale, M. E.; Martin, N. G.; Franke, B.; Wright, M. J.; Thompson, P. M. Nat. Genet. 2012, 44, 552-61
9. Cui, T.; Leng, F. Biochemistry 2007, 46, 13059-13066
10. Lehn, D. A.; Elton, T. S.; Johnson, K. R.; Reeves, R. Biochem. Int. 1988, 16, 963-971
11. Huth, J. R.; Bewley, C. A.; Nissen, M. S.; Evans, J. N.; Reeves, R.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 657-65
12. Reeves, R. Biochem. Cell Biol. 2003, 81, 185-195
13. Reeves, R. Gene 2001, 277, 63-81
14. Fenn, J.; Mann, M.; Meng, C.; Wong, S.; Whitehouse, C. Science 1989, 246, 64-71
15. Kanu, A. B.; Dwivedi, P.; Tam, M.; Matz, L.; Hill, H. H. J. Mass Spectrom. 2008, 43, 1-22
16. Tao, L.; McLean, J. R.; McLean, J. A.; Russell, D. H. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 1232-1238
17. Valentine, S. J.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1999, 10, 1188-1211
18. Ruotolo, B. T.; Benesch, J. L. P.; Sandercock, A. M.; Hyung, S.-J.; Robinson, C. V. Nat. Protoc. 2008, 3, 1139-1152
19. Fernandez-Lima, F. A.; Blase, R. C.; Russell, D. H. Int. J. Mass Spectrom. 2010, 298, 111-118
20. Beveridge, R.; Chappuis, Q.; Macphee, C.; Barran, P. Analyst 2013, 138, 32-42
21. Wyttenbach, T.; von Helden, G.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8355-8364
22. Fernandez-Lima, F. A.; Wei, H.; Gao, Y. Q.; Russell, D. H. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 8221-8234
23. Pierson, N. A.; Chen, L.; Valentine, S. J.; Russell, D. H.; Clemmer, D. E. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 13810-13813
24. Fernandez-Lima, F. A.; Kaplan, D. A.; Suetering, J.; Park, M. A. Int. J. Ion Mobil. Spectrom. 2011, 14, 93-98
25. Fernandez-Lima, F. A.; Kaplan, D. A.; Park, M. A. Rev. Sci. Instrum. 2011, 82, 126106
26. United States, 1999.
27. Pierson, N. A.; Valentine, S. J.; Clemmer, D. E. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 7777-7783
28. Pierson, N. A.; Chen, L.; Russell, D. H.; Clemmer, D. E. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 3186-3192
29. Wysocki, V. H.; Kenttämaa, H. I.; Cooks, R. G. Int. J Mass Spectrom. Ion Processes 1987, 75, 181-208
30. Donald, W. A.; Khairallah, G. N.; O'Hair, R. A. J Am. Soc. Mass Spectrom. 2013, 24, 811-815
31. Robinson, E. W.; Shvartsburg, A. A.; Tang, K.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2008, 80, 7508-7515
32. Geierstanger, B. H.; Volkman, B. F.; Kremer, W.; Wemmer, D. E. Biochemistry 1994, 33, 5347-5355