Ab initio path integral molecular dynamics study of the nuclear quantum effect on out-of-plane ring deformation of hydrogen maleate anion

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 10, Issue 1, 2014, Pages 153-163

  Kawashima, Yukio ^a,b   Tachikawa, Masanori ^a  

^a YOKOHAMA CITY UNIVERSITY   (Japan)

^b RIKEN   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84892594799     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct4007986     Document Type: Article

References (62)

1. Peterson, S. W.; Levy, H. A. J. Chem. Phys. 1958, 29, 948-949
2. S. Darlow, S.; Cochran, W. Acta Crystallogr. 1961, 14, 1250-1257
3. Cardwell, H. M. E.; Dunitz, J. D.; Orgel, L. E. J. Chem. Soc. 1953, 3740-3742
4. Nakamoto, K.; Sarma, Y. A.; Behnke, G. T. J. Chem. Phys. 1965, 42, 1662-1667
5. Zelsmann, H. R.; Mielke, Z.; Ilczyszyn, M. M. Spectrochim. Acta 1988, 44A, 705-708
6. Ilczynszyn, M. M.; Baran, J.; Ratajczak, H.; Barnes, A. J. J. Mol. Struct. 1992, 270, 499-515
7. Tomkinson, J.; Braid, I. J.; Howard, J.; Waddington, T. C. Chem. Phys. 1982, 64, 151-157
8. Howard, J.; Tomkinson, J.; Eckert, J.; Goldstone, J. A.; Taylor, A. D. J. Chem. Phys. 1983, 78, 3150-3155
9. Fillaux, F.; Leygue, N.; Tomkinson, J.; Cousson, A.; Paulus, W. Chem. Phys. 1999, 120, 387-403
10. Forsen, S. J. Chem. Phys. 1959, 31, 852-853
11. Wong, A.; Pike, K. J.; Jenkins, R.; Clarkson, G. J.; Anupõld, T.; Howes, A. P.; Crout, D. H. G.; Samoson, A.; Dupree, R.; Smith, M. E. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 1824-1835
12. Fukai, M.; Matsuo, T.; Suga, H. J. Chem. Thermodyn. 1988, 20, 1337-1347
13. Olovsson, G.; Olovsson, I.; Lehmann, M. S. Acta Crystallogr. 1984, C40, 1521-1526
14. Perrin, C. L. Pure Appl. Chem. 2009, 81, 571-583
15. Perrin, C. L. Science 1994, 266, 1665-1668
16. Hall, G. E. J. Am. Chem. Soc. 1978, 100, 8264-8266
17. Schah-Mohammedi, P.; Shenderovich, I. G.; Deterring, C.; Limbach, H.-H.; Tolstoy, P. M.; Smirnov, S. N.; Denisov, G. S.; Golubev, N. S. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 12878-12879
18. Latajka, Z.; Ratajczak, H. Chem. Phys. Lett. 1977, 49, 407-419
19. George, P.; Bock, C. W.; Trachtman, M. J. Phys. Chem. 1983, 87, 1839
20. Hodoscek, M.; Hadzi, D. J. Mol. Struct. (Theochem) 1990, 209, 411
21. Rios, M. A.; Rodriguez, J. Can. J. Chem. 1993, 71, 303-306
22. Garcia-Viloca, M.; Gonzalez-Lafont, A.; Lluch, J. M. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 1081-1086
23. Garcia-Viloca, M.; Gonzalez-Lafont, A.; Lluch, J. M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 9198-9207
24. Bach, R. D.; Dmitrenko, O.; Glukhovtsev, M. N. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 7134-7145
25. Woo, H.-K.; Wang, X.-B.; Wang, L.-S.; Lau, K.-C. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 10633-10637
26. Tian, S. X.; Li, H.-B. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 4404-4410
27. Avbelj, F.; Hodoscek, M.; Hadzi, D. Spectrochim. Acta 1985, 41A, 89-97
28. Ratajczak, H.; Barnes, A.; Baran, J.; Yaremko, A.; Latajka, Z.; Dopieralski, P. J. Mol. Struct. (Theochem) 2008, 887, 9-19
29. Vener, M. V.; Manaev, A. V.; Tsirelson, V. G. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 13628-13632
30. Wilson, C. C.; Thomas, L. H.; Morrison, C. A. Chem. Phys. Lett. 2003, 381, 102-108
31. Wilson, C. C.; Thomas, L. H.; Morrison, C. A. Chem. Phys. Lett. 2004, 399, 292-293
32. Dopieralski, P.; Perrin, C. L.; Latajka, Z. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 3505-3513
33. Kawashima, Y.; Tachikawa, M. Chem. Phys. Lett. 2013, 571, 23-27
34. Gerlt, J. A.; Gassman, P. G. Biochemistry 1993, 32, 11943-11952
35. Cleland, W. W.; Kreevoy, M. M. Science 1994, 264, 1887-1890
36. Frey, P. A.; Whitt, S. A.; Tobin, J. B. Science 1994, 264, 1927-1930
37. Shan, S. O.; Loh, S.; Herschlag, D. Science 1996, 272, 97-101
38. Yamaguchi, S.; Kamikubo, H.; Kurihara, K.; Kuroki, R.; Niimura, N.; Yamazaki, Y.; Kataoka, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 106, 440-444
39. Scheiner, S.; Kar, T. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 6970-6975
40. Marx, D.; Parrinello, M. Z. Phys. B: Condens. Matter 1994, 95, 143-144
41. Marx, D.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 1996, 104, 4077-4082
42. Shiga, M.; Tachikawa, M.; Miura, S. Chem. Phys. Lett. 2000, 332, 396-402
43. Shiga, M.; Tachikawa, M.; Miura, S. J. Chem. Phys. 2001, 115, 9149-9159
44. Tachikawa, M.; Shiga, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 11908-11909
45. Suzuki, K.; Shiga, M.; Tachikawa, M. J. Chem. Phys. 2008, 129, 144310
46. Møller, K. B.; Rey, R.; Hynes, J. T. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 1275-1289
47. Rey, R.; Møller, K. B.; Hynes, J. T. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 11993-11996
48. Kamerlin, S. C. L.; Mavri, J.; Warshel, A. FEBS Lett. 2010, 584, 2759-2766
49. Chai, J.-D.; Head-Gordon, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 6615-6620
50. Martyna, G. J.; Klein, M. L.; Tuckerman, M. E. J. Chem. Phys. 1992, 97, 2635-2643
51. Tuckerman, M. E.; Marx, D.; Klein, M. L.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 1996, 104, 5579-5588
52. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J. A., Jr.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, J. M.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas,.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cioslowski, J.; Fox, D. J. Gaussian 09, Revision B.02.; Gaussian Inc.: Wallingford, CT, 2009.
53. Kitao, A.; Hirata, F.; Go, N. Chem. Phys. 1991, 158, 447-472
54. Garcia, A. E. Phys. Rev. Lett. 1992, 68, 2696-2699
55. Amadei, A.; Linssen, A. B. M.; Berendensen, H. J. C. Proteins 1993, 17, 412-425
56. Kitao, A.; Go, N. Curr. Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 164-169
57. Flyvbjerg, H.; Petersen, H. G. J. Chem. Phys. 1989, 91, 461-466
58. Tuckerman, M. E.; Marx, D. Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 4946-4949
59. Pirc, G.; Stare, J.; Mavri, J. J. Chem. Phys. 2010, 132, 224506
60. Pirc, G.; Mavri, J.; Novič, M.; Stare, J. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 7221-7231
61. Craig, I. R.; Manolopoulos, D. E. J. Chem. Phys. 2004, 121, 3368
62. Shiga, M.; Nakayama, A. Chem. Phys. Lett. 2008, 451, 175-181