Conformational entropies and order parameters: Convergence, reproducibility, and transferability

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 10, Issue 1, 2014, Pages 432-438

  Genheden, Samuel ^a   Akke, Mikael ^b   Ryde, Ulf ^a  

^a LUND UNIVERSITY   (Sweden)

^b LUND UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84892565996     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct400747s     Document Type: Article

References (21)

1. Frederick, K. K.; Marlow, M. S.; Valentine, K. G.; Wand, A. J. Nature 2007, 448, 325-330
2. Diehl, C.; Engström, O.; Delaine, T.; HaÌŠkansson, M.; Genheden, S.; Modig, K.; Leffler, H.; Ryde, U.; Nilsson, U.; Akke, M. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 14577-14589
3. Diehl, C.; Genheden, S.; Modig, K.; Ryde, U.; Akke, M. J. Biomol. NMR 2009, 45, 157-169
4. Tzeng, S-R; Kalodimos, C. G. Nature 2012, 488, 236-240
5. Akke, M.; Brüschweiler, R.; Palmer, A. G. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9832-9833
6. Yang, D.; Kay, L. E. J. Mol. Biol. 1996, 263, 369-382
7. Li, D. W.; Brüschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 7226-7227
8. Li, Z.; Raychaudhuri, S.; Wand, A. J. Protein Sci. 1996, 5, 2647-2650
9. Dhulesia, A.; Bodenhausen, G.; Abergel, D. J. Chem. Phys. 2008, 129, 095107
10. Genheden, S.; Ryde, U. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 8662-8677
11. Maragakis, P.; Lindorff-Larsen, K.; Eastwood, M. P.; Dror, R. O.; Kepeis, J. L.; Arkin, I. T.; Jensen, M. O.; Xu, H.; Trbovic, N.; Friesner, R. A.; Palmer, A. G., III; Shaw, D. E. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6155-6158
12. Shaw, D. E.; Maragakis, P.; Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Dror, R. O.; Eastwood, M. P.; Bank, J. A.; Jumper, J. M.; Salmon, J. K.; Shan, Y.; Wriggers, W. Science 2010, 330, 341-346
13. Lindorff-Larsen, K.; Maragakis, P.; Plana, S.; Eastwood, M. P.; Dror, R. O.; Shaw., D. E. PLoS One 2012, 7, e32131
14. Onufriev, A.; Bashford, D.; Case, D. A. Proteins 2004, 55, 383
15. Prompers, J..J.; Brüschweiler, R. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11416-11424
16. Li, D.-A.; Brüschweiler, R. Phys. Rev. Lett. 2009, 102, 118108
17. Carlsson, J.; Åqvist, J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 5385-5395
18. Zhou, H.-X.; Gilson, M. K. Chem. Rev. 2009, 109, 4092-4107
19. Wereszczynski, J.; McCammon, J. A. Q. Rev. Biophys. 2012, 45, 1-25
20. Zeiske, T.; Stafford, K. A.; Friesner, R. A.; Palmer, A. G. Proteins 2012, 81, 499-509
21. Genheden, S.; Diehl, C.; Akke, M.; Ryde, U. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2176-2190