Self-assembling peptides form nanodiscs that stabilize membrane proteins

Soft Matter

Volumn 10, Issue 5, 2014, Pages 738-752

  Midtgaard, Søren Roi ^a,b   Pedersen, Martin Cramer ^b   Kirkensgaard, Jacob Judas Kain ^b   Sørensen, Kasper Kildegaard ^a   Mortensen, Kell ^b   Jensen, Knud J ^a   Arleth, Lise ^b  

^a UNIVERSITY OF COPENHAGEN   (Denmark)

^b UNIVERSITY OF COPENHAGEN   (Denmark)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COARSE-GRAINED MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; G-PROTEIN COUPLED RECEPTORS; LIPOPROTEIN PARTICLES; MEMBRANE-BOUND PROTEINS; SELF-ASSEMBLING PEPTIDES; SMALL ANGLE X-RAY SCATTERING; SMALL-ANGLE NEUTRON SCATTERING; SOLUTION STRUCTURES;

BIOMIMETICS; MOLECULAR DYNAMICS; NEUTRON SCATTERING; PEPTIDES; PHOSPHOLIPIDS;

BIOLOGICAL MEMBRANES;

APOLIPOPROTEIN A1; MEMBRANE PROTEIN; PEPTIDE; PEPTIDE NANOTUBE; PHOSPHOLIPID;

AMINO ACID SEQUENCE; CHEMISTRY; MOLECULAR GENETICS; PROTEIN STABILITY;

AMINO ACID SEQUENCE; APOLIPOPROTEIN A-I; MEMBRANE PROTEINS; MOLECULAR SEQUENCE DATA; NANOTUBES, PEPTIDE; PEPTIDES; PHOSPHOLIPIDS; PROTEIN STABILITY;

EID: 84891715038     PISSN: 1744683X     EISSN: 17446848     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3sm51727f     Document Type: Article

References (67)

1. L. Fagerberg K. Jonasson G. von Heijne M. Uhlén L. Berglund Proteomics 2010 10 1141 1149
2. M. A. Yildirim K.-I. Goh M. E. Cusick A.-L. Barabási M. Vidal Nat. Biotechnol. 2007 25 1119 1126
3. S. R. G. F. Rasmussen B. T. DeVree Y. Zou A. C. Kruse K. Y. Chung T. S. Kobilka F. S. Thian P. S. Chae E. Pardon D. Calinski J. M. Mathiesen S. T. a. Shah J. a. Lyons M. Caffrey S. H. Gellman J. Steyaert G. Skiniotis W. I. Weis R. K. Sunahara B. K. Kobilka Nature 2011 477 549 555
4. A. Buffet A. Rothkirch R. Döhrmann V. Körstgens M. M. Abul Kashem J. Perlich G. Herzog M. Schwartzkopf R. Gehrke P. Müller-Buschbaum S. V. Roth J. Synchrotron Radiat. 2012 19 647 653
5. S. Cusack H. Belrhali a. Bram M. Burghammer a. Perrakis C. Riekel Nat. Struct. Biol. 1998 5 634 637
6. R. F. Fischetti S. Xu D. W. Yoder M. Becker V. Nagarajan R. Sanishvili M. C. Hilgart S. Stepanov O. Makarov J. L. Smith J. Synchrotron Radiat. 2009 16 217 225
7. st edn, 2009, vol. 464, ch. 11, pp. 211-231
8. P. Linsel-Nitschke A. R. Tall Nat. Rev. Drug Discovery 2005 4 193 205
9. J.-C. Tardif J. Grégoire P. L. L'Allier R. Ibrahim J. Lespérance T. M. Heinonen S. Kouz C. Berry R. Basser M.-A. Lavoie M.-C. Guertin J. Rodés-Cabau JAMA, J. Am. Med. Assoc. 2007 297 1675 1682
10. G. M. Anantharamaiah J. L. Jones C. G. Brouillette C. F. Schmidt B. H. Chung T. A. Hughes A. S. Bhown J. P. Segrest J. Biol. Chem. 1985 260 10248 10255
11. C. Beaufils C. Alexopoulos M. P. Petraki A. D. Tselepis N. Coudevylle M. Sakarellos-daitsiotis C. Sakarellos M. T. Cung N. Cedex Biopolymers 2006 88 362 372
12. M. Nikanjam E. a. Blakely K. a. Bjornstad X. Shu T. F. Budinger T. M. Forte Int. J. Pharm. 2007 328 86 94
13. M. Tanaka T. Tanaka S. Ohta T. Kawakami H. Konno K. Akaji S. Aimoto H. Saito J. Pep. Sci. 2009 15 36 42
14. G. D. Wool C. a. Reardon G. S. Getz J. Lipid Res. 2008 49 1268 1283
15. M. Navab Circulation 2002 105 290 292
16. L. T. Bloedon R. Dunbar D. Duffy P. Pinell-Salles R. Norris B. J. DeGroot R. Movva M. Navab A. M. Fogelman D. J. Rader J. Lipid Res. 2008 49 1344 1352
17. C. G. Brouillette J. L. Jones T. C. Ng H. Kercret B. H. Chung J. P. Segrest Biochemistry 1984 23 359 367
18. B. H. Chung G. M. Anatharamaiah C. G. Brouillette T. Nishida J. P. Segrest J. Biol. Chem. 1985 260 10256 10262
19. V. K. Mishra G. M. Anantharamaiah J. P. Segrest M. N. Palgunachari M. Chaddha S. W. S. Sham N. R. Krishna J. Biol. Chem. 2006 281 6511 6519
20. V. K. Mishra M. N. Palgunachari R. Krishna J. Glushka J. P. Segrest G. M. Anantharamaiah J. Biol. Chem. 2008 283 34393 34402
21. J. P. Segrest H. De Loof J. G. Dohlman C. G. Brouillette G. M. Anantharamaiah Proteins 1990 8 103 117
22. D. Bashtovyy M. K. Jones G. M. Anantharamaiah J. P. Segrest J. Lipid Res. 2011 52 435 450
23. K. Müller Biochemistry 1981 20 404 414
24. S. Faham J. U. Bowie J. Mol. Biol. 2002 316 1 6
25. S. R. G. F. Rasmussen H.-J. Choi D. M. Rosenbaum T. S. Kobilka F. S. Thian P. C. Edwards M. Burghammer V. R. P. Ratnala R. Sanishvili R. F. Fischetti G. F. X. Schertler W. I. Weis B. K. Kobilka Nature 2007 450 383 387
26. T. H. Bayburt Y. V. Grinkova S. G. Sligar Nano Lett. 2002 2 853 856
27. T. H. Bayburt S. G. Sligar FEBS Lett. 2010 584 1721 1727
28. rd edn, 2011
29. N. R. Civjan T. H. Bayburt M. a. Schuler S. G. Sligar BioTechniques 2003 35 556 560
30. C. E. Schafmeister L. J. Miercke R. M. Stroud Science 1993 262 734 738
31. X. Zhao Y. Nagai P. J. Reeves P. Kiley H. G. Khorana S. Zhang Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 17707 17712
32. X. Wang K. Corin P. Baaske C. J. Wienken M. Jerabek-Willemsen S. Duhr D. Braun S. Zhang Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 9049 9054
33. P. Kiley X. Zhao M. Vaughn M. a. Baldo B. D. Bruce S. Zhang PLoS Biol. 2005 3 e230
34. K. Corin P. Baaske D. B. Ravel J. Song E. Brown X. Wang C. J. Wienken M. Jerabek-Willemsen S. Duhr Y. Luo D. Braun S. Zhang PLoS One 2011 6 e25067
35. J. I. Yeh S. Du A. Tortajada J. Paulo S. Zhang Biochemistry 2005 44 16912 16919
36. K. Matsumoto M. Vaughn B. D. Bruce S. Koutsopoulos S. Zhang J. Phys. Chem. B 2009 113 75 83
37. J.-L. Popot T. Althoff D. Bagnard J.-L. Banères P. Bazzacco E. Billon-Denis L. J. Catoire P. Champeil D. Charvolin M. J. Cocco G. Crémel T. Dahmane L. M. de la Maza C. Ebel F. Gabel F. Giusti Y. Gohon E. Goormaghtigh E. Guittet J. H. Kleinschmidt W. Kühlbrandt C. Le Bon K. L. Martinez M. Picard B. Pucci J. N. Sachs C. Tribet C. van Heijenoort F. Wien F. Zito M. Zoonens Annu. Rev. Biophys. 2011 40 379 408
38. C. Tribet R. Audebert J.-L. Popot Langmuir 1997 13 5570 5576
39. Y. V. Venkatachalapathi M. C. Phillips R. M. Epand R. F. Epand E. M. Tytler J. P. Segrest G. M. Anantharamaiah Proteins 1993 15 349 359
40. G. Datta M. Chaddha S. Hama M. Navab a. M. Fogelman D. W. Garber V. K. Mishra R. M. Epand R. F. Epand S. Lund-Katz M. C. Phillips J. P. Segrest G. M. Anantharamaiah J. Lipid Res. 2001 42 1096 1104
41. D. Oesterhelt W. Stoeckenius Methods Enzymol. 1974 31 667 678
42. N. Dencher Methods Enzymol. 1982 88 5 10
43. V. A. Bloomfield Biopolymers 2000 54 168 172
44. S. Acton a. Rigotti K. T. Landschulz S. Xu H. H. Hobbs M. Krieger Science 1996 271 518 520
45. N. Skar-Gislinge J. B. Simonsen K. Mortensen R. Feidenhans'l S. G. Sligar B. Lindberg Møller T. Bjø rnholm L. Arleth J. Am. Chem. Soc. 2010 132 13713 13722
46. N. Skar-Gislinge L. Arleth Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 3161 3170
47. J. S. Pedersen Adv. Colloid Interface Sci. 1997 70 171 210
48. D. Marquardt J. Soc. Ind. Appl. Math. 1963 11 431 441
49. W. S. J. Nocedal, Numerical Optimization, Springer, 1999
50. C. G. Broyden IMA J. Appl. Math. 1970 6 76 90
51. R. Fletcher Comput. J. 1970 13 317 322
52. D. Goldfarb Math. Comp. 1970 24 23
53. D. F. Shanno Math. Comp. 1970 24 647
54. E. Ziegel, W. Press, B. Flannery, S. Teukolsky and W. Vetterling, Numerical Recipes, The Art of Scientific Computing, 1987, vol. 29, p. 501
55. P. Mittelbach G. Porod Acta Phys. Austriaca 1961 14 405 439
56. I. R. Cooke M. Deserno J. Chem. Phys. 2005 123 1 13
57. I. Cooke K. Kremer M. Deserno Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2005 72 2 5
58. B. J. Reynwar G. Illya V. A. Harmandaris M. M. Müller K. Kremer M. Deserno Nature 2007 447 461 464
59. G. Illya M. Deserno Biophys. J. 2008 95 4163 4173
60. H. J. Limbach A. Arnold B. A. Mann C. Holm Comput. Phys. Commun. 2006 174 704 727
61. W. Humphrey A. Dalke K. Schulten J. Mol. Graphics 1996 14 33
62. O. Glatter J. Appl. Crystallogr. 1977 10 415 421
63. J. S. Pedersen S. Hansen R. Bauer Eur. Biophys. J 1994 22 379 389
64. S. Hansen J. Appl. Crystallogr. 2012 45 566 567
65. J. Pan F. a. Heberle S. Tristram-Nagle M. Szymanski M. Koepfinger J. Katsaras N. Kučerka Biochim. Biophys. Acta 2012 1818 2135 2148
66. S. Tristram-Nagle Y. Liu J. Legleiter J. F. Nagle Biophys. J. 2002 83 3324 3335
67. N. Kučerka M.-P. Nieh J. Katsaras Biochim. Biophys. Acta 2011 1808 2761 2771