Exploring transition state structures for intramolecular pathways by the artificial force induced reaction method

Journal of Computational Chemistry

Volumn 35, Issue 2, 2014, Pages 166-173

  Maeda, Satoshi ^a   Taketsugu, Tetsuya ^a   Morokuma, Keiji ^b  

^a HOKKAIDO UNIVERSITY   (Japan)

^b KYOTO UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

artificial force induced reaction; potential energy surface; reaction path; transition state

Indexed keywords

ARTIFICIAL FORCES; CLAISEN REARRANGEMENT; COMPLEX REACTION MECHANISM; INTERMOLECULAR REACTIONS; INTRAMOLECULAR REACTIONS; REACTION PATHS; TRANSITION STATE; TRANSITION STATE STRUCTURE;

POTENTIAL ENERGY SURFACES; QUANTUM CHEMISTRY;

AUTOMATION;

EID: 84890114906     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.23481     Document Type: Article

References (70)

1. H. B. Schlegel, J. Comput. Chem. 2003, 24, 1514.
2. F. Jensen, In Introduction to Computational Chemistry, Chap. 12, 2nd ed.; Wiley: Chichester, UK, 2007; pp. 380-420.
3. H. B. Schlegel, WIREs Comput. Mol. Sci. 2011, 1, 790.
4. H. B. Schlegel, J. Comput. Chem. 1982, 3, 214.
5. Ö. Farkas, H. B. Schlegel, J. Chem. Phys. 1999, 111, 10806.
6. C. J. Cerjan, W. H. Miller, J. Chem. Phys. 1981, 75, 2800.
7. A. Banerjee, N. Adams, J. Simons, R. Shepard, J. Phys. Chem. 1985, 89, 52.
8. J. T. Golab, D. L. Yeager, P. Jørgensen, Chem. Phys. 1983, 78, 175.
9. T. Helgaker, Chem. Phys. Lett. 1991, 182, 503.
10. P. Culot, G. Dive, V. H. Nguyen, J. M. Ghuysen, Theor. Chim. Acta 1992, 82, 189.
11. T. A. Halgren, W. N. Lipscomb, Chem. Phys. Lett. 1977, 49, 225.
12. M. J. S. Dewar, E. F. Healy, J. J. P. Stewart, J. Chem. Soc. Faraday Trans. 2 1984, 80, 227.
13. R. Elber, M. Karplus, Chem. Phys. Lett. 1987, 139, 375.
14. C. Choi, R. Elber, J. Chem. Phys. 1991, 94, 751.
15. I. V. Ionova, E. A. Carter, J. Chem. Phys. 1993, 98, 6377.
16. G. Henkelman, B. P. Uberuaga, H. Jõnsson, J. Chem. Phys. 2000, 113, 9901.
17. W. E. W. Ren, E. Vanden-Eijnden, Phys. Rev. B 2002, 66, 052301.
18. P. T. Olsen, F. Jensen, J. Chem. Phys. 2003, 118, 3523.
19. B. Peters, A. Heyden, A. T. Bell, A. Chakraborty, J. Chem. Phys. 2004, 120, 7877.
20. D. M. Hayes, K. Morokuma, Chem. Phys. Lett. 1972, 12, 539.
21. R. L. Jaffe, D. M. Hayes, K. Morokuma, J. Chem. Phys. 1974, 60, 5108.
22. S. K. Burger, P. W. Ayers, J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1490.
23. N. Koga, K. Morokuma, Chem. Rev. 1991, 91, 823.
24. S. Niu, M. B. Hall, Chem. Rev. 2000, 100, 353.
25. P. E. M. Siegbahn, M. R. A. Blomberg, Chem. Rev. 2000, 100, 421.
26. M. Torrent, M. Solà, G. Frenking, Chem. Rev. 2000, 100, 439.
27. T. Ziegler, J. Autschbach, Chem. Rev. 2005, 105, 2695.
28. K. N. Houk, P. H. -Y. Cheong, Nature 2008, 455, 309.
29. H. L. Davis, D. J. Wales, R. S. Berry, J. Chem. Phys. 1990, 92, 4308.
30. C. J. Tsai, K. D. Jordan, J. Phys. Chem. 1993, 97, 11227.
31. J. P. K. Doye, D. J. Wales, Z. Phys. D 1997, 40, 194.
32. D. J. Wales, J. P. K. Doye, M. A. Miller, P. N. Mortenson, T. R. Walsh, Adv. Chem. Phys. 2000, 115, 1.
33. D. J. Wales, Int. Rev. Phys. Chem. 2006, 25, 237.
34. P. M. Zimmerman, J. Comput. Chem. 2013, 34, 1385.
35. M. Černohorský, S. Kettou, J. Koča, J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1999, 39, 705.
36. J. -Q. Sun, K. Ruedenberg, J. Chem. Phys. 1993, 98, 9707.
37. K. Bondensgård, F. Jensen, J. Chem. Phys. 1996, 104, 8025.
38. W. Quapp, M. Hirsch, O. Imig, D. Heidrich, J. Comput. Chem. 1998, 19, 1087.
39. M. Dallos, H. Lischka, E. V. D. Monte, M. Hirsch, W. Quapp, J. Comput. Chem. 2002, 23, 576.
40. K. M. Westerberg, C. A. Floudas, J. Chem. Phys. 1999, 110, 9259.
41. Y. Abashkin, N. Russo, J. Chem. Phys. 1994, 100, 4477.
42. K. K. Irikura, R. D. Johnson, III, J. Phys. Chem. A 2000, 104, 2191.
43. E. M. Müller, A. de Meijere, H. Grubmüller, J. Chem. Phys. 2002, 116, 897.
44. K. Ohno, S. Maeda, Chem. Phys. Lett. 2004, 384, 277.
45. S. Maeda, K. Ohno, J. Phys. Chem. A 2005, 109, 5742.
46. K. Ohno, S. Maeda, J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8933.
47. S. Maeda, K. Ohno, K. Morokuma, Adv. Phys. Chem. 2012, 2012, 268124.
48. S. Maeda, K. Ohno, K. Morokuma, Phys. Chem. Chem. Phys. 2013, 15, 3683.
49. S. Maeda, K. Morokuma, J. Chem. Phys. 2010, 132, 241102.
50. S. Maeda, K. Morokuma, J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2335.
51. S. Maeda, S. Komagawa, M. Uchiyama, K. Morokuma, Angew. Chem. Int. Ed. 2011, 50, 644.
52. R. Uematsu, S. Maeda, T. Taketsugu, Chem. Asian J. DOI: 10.1002/asia.201301065.
53. S. Maeda, K. Morokuma, J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 380.
54. M. Hatanaka, S. Maeda, K. Morokuma, J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 2882.
55. M. Hatanaka, K. Morokuma, J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 13972, DOI: 10.1021/ja407357c.
56. S. Maeda, E. Abe, M. Hatanaka, T. Taketsugu, K. Morokuma, J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 5058.
57. S. Maeda, T. Taketsugu, K. Morokuma, Z. Phys. Chem. 2013, doi: 10.1524/zpch.2013.0401.
58. K. Fukui, J. Phys. Chem. 1970, 74, 4161.
59. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian, A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr., J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels, Ö. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski, D. J. Fox, Gaussian 09, Revision B.01; Gaussian, Inc.: Wallingford CT, 2009.
60. S. Maeda, Y. Osada, Y. Harabuchi, T. Taketsugu, K. Morokuma, K. Ohno, GRRM, A Developmental Version at Hokkaido University.
61. M. Page, J. W. McIver, Jr., J. Chem. Phys. 1988, 88, 922.
62. J. M. Bofill, J. Comput. Chem. 1994, 15, 1.
63. A. M. Martín Castro, Chem. Rev. 2004, 104, 2939.
64. R. L. Vance, N. G. Rondan, K. N. Houk, F. Jensen, W. T. Borden, A. Komornicki, E. Wimmer, J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 2314.
65. F. Hebrard, P. Kalck, Chem. Rev. 2009, 109, 4272.
66. R. F. Heck, D. S. Breslow, J. Am. Chem. Soc. 1961, 83, 4023.
67. L. Versluis, T. Ziegler, E. J. Baerends, W. Ravenek, J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 2018.
68. L. Versluis, T. Ziegler, L. Fan, Inorg. Chem. 1990, 29, 4530.
69. C. -F. Huo, Y. -W. Li, M. Beller, H. Jiao, Organometallics 2003, 22, 4665.
70. C. -F. Huo, Y. -W. Li, M. Beller, H. Jiao, Organometallics 2005, 24, 3634.