Design space for complex dna structures

Journal of the American Chemical Society

Volumn 135, Issue 48, 2013, Pages 18080-18088

  Wei, Bryan ^a   Dai, Mingjie ^a,b   Myhrvold, Cameron ^a   Ke, Yonggang ^a,c   Jungmann, Ralf ^a   Yin, Peng ^a  

^a HARVARD MEDICAL SCHOOL   (United States)

^b HARVARD UNIVERSITY   (United States)

^c DANA FARBER CANCER INSTITUTE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA NANOSTRUCTURES; EFFECTIVE MATERIALS; EXTENDED STRUCTURES; GEOMETRIC PROPERTIES; NANOSCALE STRUCTURE; STRUCTURAL MOTIFS; SYSTEMATIC STUDY; WEAVING PATTERNS;

STRUCTURAL DESIGN;

DNA;

DNA; NANOMATERIAL; SINGLE STRANDED DNA;

ARTICLE; COMPLEX FORMATION; CONTROLLED STUDY; CRYSTAL STRUCTURE; DNA SEQUENCE; DNA STRUCTURE; GEOMETRY; PROTEIN ASSEMBLY; PROTEIN MOTIF; THERMODYNAMICS;

DNA; DNA, SINGLE-STRANDED; NANOSTRUCTURES; NUCLEIC ACID CONFORMATION;

EID: 84889848610     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja4062294     Document Type: Article

References (51)

1. Seeman, N. C. J. Theor. Biol. 1982, 99, 237-247
2. Chen, J.; Seeman, N. C. Nature 1991, 350, 631-633
3. Fu, T. J.; Seeman, N. C. Biochemistry 1993, 32, 3211-3220
4. Winfree, E.; Liu, F.; Wenzler, L. A.; Seeman, N. C. Nature 1998, 394, 539-544
5. Chworos, A.; Severcan, I.; Koyfman, A. Y.; Weinkam, P.; Oroudjev, E.; Hansma, H. G.; Jaeger, L. Science 2004, 306, 2068-2072
6. Rothemund, P. W. K.; Papadakis, N.; Winfree, E. PLoS Biol. 2004, 2, 2041-2053
7. Shih, W. M.; Quispe, J. D.; Joyce, G. F. Nature 2004, 427, 618-621
8. Goodman, R. P.; Schaap, I. A. T.; Tardin, C. F.; Erben, C. M.; Berry, R. M.; Schmidt, C. F.; Turberfield, A. J. Science 2005, 310, 1661-1665
9. Park, S. H.; Pistol, C.; Ahn, S. J.; Reif, J. H.; Lebeck, A. R.; Dwyer, C.; Labean, T. H. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 735-739
10. Rothemund, P. W. K. Nature 2006, 440, 297-302
11. He, Y.; Ye, T.; Su, M.; Zhang, C.; Ribbe, A. E.; Jiang, W.; Mao, C. Nature 2008, 452, 198-201
12. Yin, P.; Hariadi, R.; Sahu, S.; Choi, H. M. T.; Park, S. H.; LaBean, T. H.; Reif, J. H. Science 2008, 321, 824-826
13. Zheng, J. P.; Birktoft, J.; Chen, Y.; Wang, T.; Sha, R. J.; Constantinou, P.; Ginell, S.; Mao, C.; Seeman, N. C. Nature 2009, 461, 74-77
14. Ke, Y.; Sharma, J.; Liu, M.; Jahn, K.; Liu, Y.; Yan, H. Nano Lett. 2009, 9, 2445-2447
15. Andersen, E. S.; Dong, M.; Nielsen, M. M.; Jahn, K.; Subramani, R.; Mamdouh, W.; Golas, M. M.; Sander, B.; Stark, H.; Oliveira, C. L. P.; Pedersen, J. S.; Birkedal, V.; Besenbacher, F.; Gothelf, K. V.; Kjems, J. Nature 2009, 459, 73-76
16. Douglas, S. M.; Dietz, H.; Liedl, T.; Ḧogberg, B.; Graf, F.; Shih, W. M. Nature 2009, 459, 414-418
17. Dietz, H.; Douglas, S. M.; Shih, W. M. Science 2009, 325, 725-730
18. Han, D.; Pal, S.; Nangreave, J.; Deng, Z.; Liu, Y.; Yan, H. Science 2011, 332, 342-346
19. Delebecque, C. J.; Lindner, A. B.; Silver, P. A.; Aldaye, F. A. Science 2011, 333, 470-474
20. Wei, B.; Dai, M.; Yin, P. Nature 2012, 485, 623-626
21. Ke, Y.; Ong, L. L.; Shih, W. M.; Yin, P. Science 2012, 338, 1177-1183
22. Han, D.; Pal, S.; Yang, Y.; Jiang, S.; Nangreave, J.; Liu, Y.; Yan, H. Science 2013, 339, 1412-1415
23. Yurke, B.; Turberfield, A. J.; Mills, A. P.; Simmel, F. C.; Neumann, J. L. Nature 2000, 406, 605-608
24. Sherman, W. B.; Seeman, N. C. Nano Lett. 2004, 4, 1203-1207
25. Yin, P.; Choi, H. M. T.; Calvert, C. R.; Pierce, N. A. Nature 2008, 451, 318-322
26. Omabegho, T.; Sha, R.; Seeman, N. C. Science 2009, 324, 67-71
27. Seelig, G.; Soloveichik, D.; Zhang, D. Y.; Winfree, E. Science 2006, 314, 1585-1588
28. Qian, L.; Winfree, E. Science 2011, 332, 1196-1201
29. Yan, H.; Park, S. H.; Finkelstein, G.; Reif, J. H.; LaBean, T. H. Science 2003, 301, 1882-1884
30. Kuzyk, A.; Schreiber, R.; Fan, Z.; Pardatscher, G.; Roller, E.; Ḧogele, A.; Simmel, F. C.; Govorov, A. O.; Liedl, T. Nature 2012, 483, 311-314
31. Choi, H. M. T.; Chang, J. Y.; Trinh, L. A.; Padilla, J. E.; Fraser, S. E.; Pierce, N. A. Nat. Biotechnol. 2010, 28, 1208-1212
32. Lin, C.; Jungmann, R.; Leifer, A. M.; Li, C.; Levner, D.; Church, G. M.; Shih, W. M.; Yin, P. Nat. Chem. 2012, 4, 832-839
33. Jin, Z.; Sun, W.; Ke, Y.; Shih, C.; Paulus, G. L. C.; Wang, Q. H.; Mu, B.; Yin, P.; Strano, M. S. Nat. Commun. 2013, 4, 1663
34. Berardi, M. J.; Shih, W. M.; Harrison, S. C.; Chou, J. J. Nature 2011, 476, 109-113
35. Derr, N. D.; Goodman, B. S.; Jungmann, R.; Leschziner, A. E.; Shih, W. M.; Reck-Peterson, S. L. Science 2012, 338, 662-665
36. Douglas, S. M.; Bachelet, I.; Church, G. M. Science 2012, 335, 831-834
37. Zhang, X.; Yan, H.; Shen, Z.; Seeman, N. C. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12940-12941
38. Zhang, C.; Su, M.; He, Y.; Zhao, X.; Fang, P. A.; Ribbe, A.; Jiang, W.; Mao, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 10665-10669
39. Mao, C.; Sun, W.; Seeman, N. C. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 5437-5443
40. Malo, J.; Mitchell, J. C.; Venien-Bryan, C.; Harris, J. R.; Wille, H.; Sherratt, D. J.; Turberfield, A. J. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 3057-3061
41. Wilner, O. I.; Orbach, R.; Henning, A.; Teller, C.; Yehezkeli, O.; Mertig, M.; Harries, D.; Willner, I. Nat. Commun. 2011, 2, 540
42. Yang, H.; Sleiman, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 2443-2446
43. Ke, Y.; Douglas, S. M.; Liu, M.; Sharma, J.; Cheng, A.; Leung, A.; Liu, Y.; Shih, W. M.; Yan, H. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 15903-15908
44. Jungmann, R.; Scheible, M.; Kuzyk, A.; Pardatscher, G.; Castro, C. E.; Simmel, F. C. Nanotechnology 2011, 22, 275301
45. Kim, D.; Kilchherr, F.; Dietz, H.; Bathe, M. Nucleic Acids Res. 2011, 40, 2862-2868
46. Liu, H.; Chen, Y.; He, Y.; Ribbe, A.; Mao, C. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 1942-1945
47. Rothemund, P. W. K.; Ekani-Nkodo, A.; Papadakis, N.; Kumar, A.; Fygenson, D. K.; Winfree, E. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 16344-16353
48. Jungmann, R.; Steinhauer, C.; Scheible, M.; Kuzyk, A.; Tinnefeld, P.; Simmel, F. C. Nano Lett. 2010, 10, 4756-4761
49. Myhrvold, C.; Dai, M.; Silver, P.; Yin, P. Nano Lett. 2013, 13, 4242-4248
50. Wei, B.; Wang, Z.; Mi, Y. J. Comput. Theor. Nanosci. 2007, 4, 133-141
51. Hansma, H. G.; Laney, D. E. Biophys. J. 1996, 70, 1933-1939