Identification and comparative analysis of hepatitis C virus-host cell protein interactions

Molecular BioSystems

Volumn 9, Issue 12, 2013, Pages 3199-3209

  Dolan, Patrick T ^a   Zhang, Chaoying ^a   Khadka, Sudip ^a   Arumugaswami, Vaithilingaraja ^b,e   Vangeloff, Abbey D ^a   Heaton, Nicholas S ^c,f   Sahasrabudhe, Sudhir ^d   Randall, Glenn ^c   Sun, Ren ^b   Lacount, Douglas J ^a  

^a PURDUE UNIVERSITY   (United States)

^b UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^c UNIVERSITY OF CHICAGO   (United States)

^d Prolexys Pharmaceuticals   (United States)

^e CEDARS SINAI MEDICAL CENTER   (United States)

^f MOUNT SINAI SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHOLESTEROL; PROTEIN BINDING; SMALL INTERFERING RNA; VIRAL PROTEIN;

COMPARATIVE STUDY; DENGUE VIRUS; GENETICS; HEPACIVIRUS; HEPATITIS C; HOST PATHOGEN INTERACTION; HUMAN; LIPID METABOLISM; LIVER; METABOLISM; PATHOLOGY; PHYSIOLOGY; TWO HYBRID SYSTEM; VIROLOGY; VIRUS REPLICATION;

CHOLESTEROL; DENGUE VIRUS; HEPACIVIRUS; HEPATITIS C; HOST-PATHOGEN INTERACTIONS; HUMANS; LIPID METABOLISM; LIVER; PROTEIN BINDING; RNA, SMALL INTERFERING; TWO-HYBRID SYSTEM TECHNIQUES; VIRAL PROTEINS; VIRUS REPLICATION;

EID: 84887072818     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3mb70343f     Document Type: Article

References (68)

1. M. Le Breton L. Meyniel-Schicklin A. Deloire B. Coutard B. Canard X. de Lamballerie P. Andre C. Rabourdin-Combe V. Lotteau N. Davoust BMC Microbiol. 2011 11 234
2. E. A. White M. E. Sowa M. J. A. Tan S. Jeudy S. D. Hayes S. Santha K. Münger J. W. Harper P. M. Howley Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 E260 E267
3. G. Neveu P. Cassonnet P. O. Vidalain C. Rolloy J. Mendoza L. Jones F. Tangy M. Muller C. Demeret L. Tafforeau V. Lotteau C. Rabourdin-Combe G. Trave A. Dricot D. E. Hill M. Vidal M. Favre Y. Jacob Methods 2012 58 349 359
4. M. Muller Y. Jacob L. Jones A. Weiss L. Brino T. Chantier V. Lotteau M. Favre C. Demeret PLoS Pathog. 2012 8 e1002761
5. O. Rozenblatt-Rosen R. C. Deo M. Padi G. Adelmant M. A. Calderwood T. Rolland M. Grace A. Dricot M. Askenazi M. Tavares S. J. Pevzner F. Abderazzaq D. Byrdsong A.-R. Carvunis A. A. Chen J. Cheng M. Correll M. Duarte C. Fan M. C. Feltkamp S. B. Ficarro R. Franchi B. K. Garg N. Gulbahce T. Hao A. M. Holthaus R. James A. Korkhin L. Litovchick J. C. Mar T. R. Pak S. Rabello R. Rubio Y. Shen S. Singh J. M. Spangle M. Tasan S. Wanamaker J. T. Webber J. Roecklein-Canfield E. Johannsen A.-L. Barabasi R. Beroukhim E. Kieff M. E. Cusick D. E. Hill K. Munger J. A. Marto J. Quackenbush F. P. Roth J. A. DeCaprio M. Vidal Nature 2012 487 491 495
6. P. Uetz Y.-A. Dong C. Zeretzke C. Atzler A. Baiker B. Berger S. V. Rajagopala M. Roupelieva D. Rose E. Fossum J. Haas Science 2006 311 239 242
7. E. Fossum C. C. Friedel S. V. Rajagopala B. Titz A. Baiker T. Schmidt T. Kraus T. Stellberger C. Rutenberg S. Suthram S. Bandyopadhyay D. Rose A. von Brunn M. Uhlmann C. Zeretzke Y.-A. Dong H. Boulet M. Koegl S. M. Bailer U. Koszinowski T. Ideker P. Uetz R. Zimmer J. Haas PLoS Pathog. 2009 5 e1000570
8. D. Lavanchy Liver Int. 2009 29 Supp 1 74 81
9. P. Simmonds J. Gen. Virol. 2004 85 3173 3188
10. D. Moradpour F. Penin C. M. Rice Nat. Rev. Microbiol. 2007 5 453 463
11. M. J. Donlin N. A. Cannon R. Aurora J. Li A. S. Wahed A. M. Di Bisceglie J. E. Tavis Virahep-C Study Group PLoS One 2010 5 e9032
12. P. Marcellin T. Asselah N. Boyer Hepatology 2002 36 S47 S56
13. B. de Chassey V. Navratil L. Tafforeau M. S. Hiet A. Aublin-Gex S. Agaugué G. Meiffren F. Pradezynski B. F. Faria T. Chantier M. Le Breton J. Pellet N. Davoust P. E. Mangeot A. Chaboud F. Penin Y. Jacob P. O. Vidalain M. Vidal P. André C. Rabourdin-Combe V. Lotteau Mol. Syst. Biol. 2008 4 230 10.1038/msb.2008.66
14. L. P. Tripathi C. Kataoka S. Taguwa K. Moriishi Y. Mori Y. Matsuura K. Mizuguchi Mol. BioSyst. 2010 6 2539 2553
15. S. K. Kwofie U. Schaefer V. S. Sundararajan V. B. Bajic A. Christoffels Infect., Genet. Evol. 2011 11 1971 1977
16. L. M. Ling A. Wilder-Smith Y. S. Leo J. Clin. Virol. 2007 38 265 268
17. S. Khadka A. D. Vangeloff C. Zhang P. Siddavatam N. S. Heaton L. Wang R. Sengupta S. Sahasrabudhe G. Randall M. Gribskov R. J. Kuhn R. Perera D. J. LaCount Mol. Cell. Proteomics 2011 10 012187
18. B. D. Lindenbach M. J. Evans A. J. Syder B. Wolk T. L. Tellinghuisen C. C. Liu T. Maruyama R. O. Hynes D. R. Burton J. A. McKeating C. M. Rice Science 2005 309 623 626
19. T. Wakita T. Pietschmann T. Kato T. Date M. Miyamoto Z. Zhao K. Murthy A. Habermann H. G. Krausslich M. Mizokami R. Bartenschlager T. J. Liang Nat. Med. 2005 11 791 796
20. J. Zhong P. Gastaminza G. Cheng S. Kapadia T. Kato D. R. Burton S. F. Wieland S. L. Uprichard T. Wakita F. V. Chisari Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 9294 9299
21. F. Pilot-Storck E. Chopin J. F. Rual A. Baudot P. Dobrokhotov M. Robinson-Rechavi C. Brun M. E. Cusick D. E. Hill L. Schaeffer M. Vidal E. Goillot Mol. Cell. Proteomics 2010 9 1578 1593
22. P. Braun M. Tasan M. Dreze M. Barrios-Rodiles I. Lemmens H. Yu J. M. Sahalie R. R. Murray L. Roncari A. S. de Smet K. Venkatesan J. F. Rual J. Vandenhaute M. E. Cusick T. Pawson D. E. Hill J. Tavernier J. L. Wrana F. P. Roth M. Vidal Nat. Methods 2009 6 91 97
23. M. Boxem Z. Maliga N. Klitgord N. Li I. Lemmens M. Mana L. de Lichtervelde J. D. Mul D. van de Peut M. Devos N. Simonis M. A. Yildirim M. Cokol H. L. Kao A. S. de Smet H. Wang A. L. Schlaitz T. Hao S. Milstein C. Fan M. Tipsword K. Drew M. Galli K. Rhrissorrakrai D. Drechsel D. Koller F. P. Roth L. M. Iakoucheva A. K. Dunker R. Bonneau K. C. Gunsalus D. E. Hill F. Piano J. Tavernier S. van den Heuvel A. A. Hyman M. Vidal Cell 2008 134 534 545
24. S. Blackham A. Baillie F. Al-Hababi K. Remlinger S. You R. Hamatake M. J. McGarvey J. Virol. 2010 84 5404 5414
25. S. D. Woodhouse R. Narayan S. Latham S. Lee R. Antrobus B. Gangadharan S. Luo G. P. Schroth P. Klenerman N. Zitzmann Hepatology 2010 52 443 453
26. K. A. Walters A. J. Syder S. L. Lederer D. L. Diamond B. Paeper C. M. Rice M. G. Katze PLoS Pathog. 2009 5 e1000269
27. D. L. Diamond A. J. Syder J. M. Jacobs C. M. Sorensen K.-A. Walters S. C. Proll J. E. McDermott M. A. Gritsenko Q. Zhang R. Zhao T. O. Metz D. G. Camp II K. M. Waters R. D. Smith C. M. Rice M. G. Katze PLoS Pathog. 2010 6 e1000719
28. Q. Li A. L. Brass A. Ng Z. Hu R. J. Xavier T. J. Liang S. J. Elledge Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 16410 16415
29. T. I. Ng H. Mo T. Pilot-Matias Y. He G. Koev P. Krishnan R. Mondal R. Pithawalla W. He T. Dekhtyar J. Packer M. Schurdak A. Molla Hepatology 2007 45 1413 1421
30. G. Randall C. M. Rice Virus Res. 2004 102 19 25
31. A. W. Tai Y. Benita L. F. Peng S.-S. Kim N. Sakamoto R. J. Xavier R. T. Chung Cell Host Microbe 2009 5 298 307
32. W. Huang da B. T. Sherman R. A. Lempicki Nucleic Acids Res. 2009 37 1 13
33. A. Subramanian P. Tamayo V. K. Mootha S. Mukherjee B. L. Ebert M. A. Gillette A. Paulovich S. L. Pomeroy T. R. Golub E. S. Lander J. P. Mesirov Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 15545 15550
34. Y. Benjamini Y. Hochberg J. R. Stat. Soc. Ser. B (Methodological) 1995 289 300
35. A. Villanueva D. Y. Chiang P. Newell J. Peix S. Thung C. Alsinet V. Tovar S. Roayaie B. Minguez M. Sole C. Battiston S. van Laarhoven M. I. Fiel A. Di Feo Y. Hoshida S. Yea S. Toffanin A. Ramos J. A. Martignetti V. Mazzaferro J. Bruix S. Waxman M. Schwartz M. Meyerson S. L. Friedman J. M. Llovet Gastroenterology 2008 135 1972 1983
36. M. L. Chang C. T. Yeh D. Y. Lin Y. P. Ho C. M. Hsu D. M. Bissell BMC Med. Genomics 2009 2 51
37. E. Herker M. Ott Trends Endocrinol. Metab. 2011 22 241 248
38. J. Pellet L. Tafforeau M. Lucas-Hourani V. Navratil L. Meyniel G. Achaz A. Guironnet-Paquet A. Aublin-Gex G. Caignard P. Cassonnet A. Chaboud T. Chantier A. Deloire C. Demeret M. Le Breton G. Neveu L. Jacotot P. Vaglio S. Delmotte C. Gautier C. Combet G. Deleage M. Favre F. Tangy Y. Jacob P. Andre V. Lotteau C. Rabourdin-Combe P. O. Vidalain Nucleic Acids Res. 2010 38 D371 D378
39. V. Navratil B. de Chassey C. R. Combe V. Lotteau BMC Syst. Biol. 2011 5 13
40. S. D. Shapira I. Gat-Viks B. O. V. Shum A. Dricot M. M. de Grace L. Wu P. B. Gupta T. Hao S. J. Silver D. E. Root D. E. Hill A. Regev N. Hacohen Cell 2009 139 1255 1267
41. B. B. Folly A. M. Weffort-Santos C. G. Fathman L. R. Soares BMC Infect. Dis. 2011 11 34
42. J. M. Doolittle S. M. Gomez PLoS Neglected Trop. Dis. 2011 5 e954
43. D. Mairiang H. Zhang A. Sodja T. Murali P. Suriyaphol P. Malasit T. Limjindaporn R. L. Finley Jr. PLoS One 2013 8 e53535
44. J. Blaising E.-I. Pecheur Biochimie 2013 95 96 102
45. A. W. Tai S. Salloum PLoS One 2011 6 e26300
46. K. L. Berger J. D. Cooper N. S. Heaton R. Yoon T. E. Oakland T. X. Jordan G. Mateu A. Grakoui G. Randall Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 7577 7582
47. R. Bartenschlager F. Penin V. Lohmann P. André Trends Microbiol. 2011 19 95 103
48. N. S. Heaton R. Perera K. L. Berger S. Khadka D. J. Lacount R. J. Kuhn G. Randall Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 17345 17350
49. U. F. Greber M. Way Cell 2006 124 741 754
50. N. Nozawa Y. Yamauchi K. Ohtsuka Y. Kawaguchi Y. Nishiyama Exp. Cell Res. 2004 299 486 497
51. C. J. Bailey R. G. Crystal P. L. Leopold J. Virol. 2003 77 13275 13287
52. L. C. Anton U. Schubert I. Bacik M. F. Princiotta P. A. Wearsch J. Gibbs P. M. Day C. Realini M. C. Rechsteiner J. R. Bennink J. W. Yewdell J. Cell Biol. 1999 146 113 124
53. S. L. Liu Z. L. Zhang Z. Q. Tian H. S. Zhao H. Liu E. Z. Sun G. F. Xiao W. Zhang H. Z. Wang D. W. Pang ACS Nano 2012 6 141 150
54. J. L. Hyde L. K. Gillespie J. M. Mackenzie J. Virol. 2012 86 4110 4122
55. M. Lehmann M. P. Milev L. Abrahamyan X. J. Yao N. Pante A. J. Mouland J. Biol. Chem. 2009 284 14572 14585
56. S. Boulant M. W. Douglas L. Moody A. Budkowska P. Targett-Adams J. McLauchlan Traffic 2008 9 1268 1282
57. C. K. Lai K. S. Jeng K. Machida M. M. Lai J. Virol. 2008 82 8838 8848
58. A. Dammermann A. Merdes J. Cell Biol. 2002 159 255 266
59. G. Randall M. Panis J. D. Cooper T. L. Tellinghuisen K. E. Sukhodolets S. Pfeffer M. Landthaler P. Landgraf S. Kan B. D. Lindenbach M. Chien D. B. Weir J. J. Russo J. Ju M. J. Brownstein R. Sheridan C. Sander M. Zavolan T. Tuschl C. M. Rice Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 12884 12889
60. S. Reiss I. Rebhan P. Backes I. Romero-Brey H. Erfle P. Matula L. Kaderali M. Poenisch H. Blankenburg M. S. Hiet T. Longerich S. Diehl F. Ramirez T. Balla K. Rohr A. Kaul S. Buhler R. Pepperkok T. Lengauer M. Albrecht R. Eils P. Schirmacher V. Lohmann R. Bartenschlager Cell Host Microbe 2011 9 32 45
61. D. Nguyen M. Nickel C. Mizuguchi H. Saito S. Lund-Katz M. C. Phillips Biochemistry 2013 52 1963 1972
62. S. T. Shi S. J. Polyak H. Tu D. R. Taylor D. R. Gretch M. M. Lai Virology 2002 292 198 210
63. Y. B. Deng G. Nagae Y. Midorikawa K. Yagi S. Tsutsumi S. Yamamoto K. Hasegawa N. Kokudo H. Aburatani A. Kaneda Cancer Sci. 2010 101 1501 1510
64. M. Kanuru R. Raman G. K. Aradhyam J. Biol. Chem. 2013 288 1762 1773
65. Y. Tsukumo A. Tomida O. Kitahara Y. Nakamura S. Asada K. Mori T. Tsuruo J. Biol. Chem. 2007 282 29264 29272
66. S. Kerrien B. Aranda L. Breuza A. Bridge F. Broackes-Carter C. Chen M. Duesbury M. Dumousseau M. Feuermann U. Hinz C. Jandrasits R. C. Jimenez J. Khadake U. Mahadevan P. Masson I. Pedruzzi E. Pfeiffenberger P. Porras A. Raghunath B. Roechert S. Orchard H. Hermjakob Nucleic Acids Res. 2012 40 D841 D846
67. P. Shannon A. Markiel O. Ozier N. S. Baliga J. T. Wang D. Ramage N. Amin B. Schwikowski T. Ideker Genome Res. 2003 13 2498 2504
68. H. F. Brown L. Wang S. Khadka S. Fields D. J. Lacount Mol. Biochem. Parasitol. 2011 178 56 59