LIBEFP: A new parallel implementation of the effective fragment potential method as a portable software library

Journal of Computational Chemistry

Volumn 34, Issue 26, 2013, Pages 2284-2292

  Kaliman, Ilya A ^a   Slipchenko, Lyudmila V ^a  

^a PURDUE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

EFP; library; modular software; parallel

Indexed keywords

EFFECTIVE FRAGMENT POTENTIAL METHODS; EFP; GEOMETRY OPTIMIZATION; MODULAR SOFTWARES; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; PARALLEL; PARALLEL IMPLEMENTATIONS; REFERENCE IMPLEMENTATION;

LIBRARIES; QUANTUM CHEMISTRY;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 84883744296     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.23375     Document Type: Article

References (42)

1. P. N. Day, J. H. Jensen, M. S. Gordon, S. P. Webb, W. J. Stevens, M. Krauss, D. Garmer, H. Basch, D. Cohen, J. Chem. Phys. 1996, 105, 1968.
2. M. S. Gordon, M. A. Freitag, P. Bandyopadhyay, J. H. Jensen, V. Kairys, W. J. Stevens, J. Phys. Chem. A 2001, 105, 293.
3. M. S. Gordon, D. G. Fedorov, S. R. Pruitt, L. V. Slipchenko, Chem. Rev. 2012, 112, 632.
4. A. V. Nemukhin, B. L. Grigorenko, A. V. Bochenkova, I. A. Topol, S. K. Burt, J. Mol. Struct. 2002, 581, 167.
5. H. Li, A. W. Hains, J. E. Everts, A. D. Robertson, J. H. Jensen, J. Phys. Chem. B 2002, 106, 3486.
6. I. Adamovic, M. A. Freitag, M. S. Gordon, J. Chem. Phys. 2003, 118, 6725.
7. D. Ghosh, D. Kosenkov, V. Vanovschi, J. Flick, I. Kaliman, Y. Shao, A. T. B. Gilbert, A. I. Krylov, L. V. Slipchenko, J. Comput. Chem. 2013, 34, 1060.
8. M. S. Gordon, L. V. Slipchenko, H. Li, J. H. Jensen, Ann. Rep. Comp. Chem. 2007, 3, 177.
9. D. Ghosh, D. Kosenkov, V. Vanovschi, C. F. Williams, J. M. Herbert, M. S. Gordon, M. W. Schmidt, L. V. Slipchenko, A. I. Krylov, J. Phys. Chem. A 2010, 114, 12739.
10. A. Warshel, M. Levitt, J. Mol. Biol. 1976, 103, 227.
11. S. Yoo, F. Zahariev, S. Sok, M. S. Gordon, J. Chem. Phys. 2008, 129, 144112.
12. P. Arora, L. V. Slipchenko, S. P. Webb, A. Defusco, M. S. Gordon, J. Phys. Chem. A 2010, 114, 6742.
13. D. Kosenkov, L. V. Slipchenko, J. Phys. Chem. A 2010, 115, 392.
14. L. V. Slipchenko, J. Phys. Chem. A 2010, 114, 8824.
15. D. Ghosh, O. Isayev, L. V. Slipchenko, A. I. Krylov, J. Phys. Chem. A 2011, 115, 6028.
16. Gzip library; Available at: http://www.gnu.org/software/gzip/. Last Accessed on April 1, 2013.
17. OpenSSL library; Available at: http://www.openssl.org/. Last Accessed on April 1, 2013.
18. H. Li, M. S. Gordon, J. H. Jensen, J. Chem. Phys. 2006, 124, 214108.
19. L. V. Slipchenko, M. S. Gordon, Mol. Phys. 2009, 107, 999.
20. A. J. Stone, Chem. Phys. Lett. 1981, 83, 233.
21. A. J. Stone, M. Alderton,. Mol. Phys. 1985, 56, 1047.
22. A. J. Stone, J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 1128.
23. J. R. Rabinowitz, K. Namboodiri, H. Weinstein, Int. J. Quantum Chem. 1986, 29, 1697.
24. L. V. Slipchenko, M. S. Gordon, J. Comput. Chem. 2006, 28, 276.
25. H. Li, H. M. Netzloff, M. S. Gordon, J. Chem. Phys. 2006, 125, 194103.
26. A. J. Stone, The Theory of Intermolecular Forces; Oxford University Press, USA, 1997.
27. I. Adamovic, M. S. Gordon, Mol. Phys. 2005, 103, 379.
28. K. T. Tang, J. P. Toennies, J. Chem. Phys. 1984, 80, 3726.
29. J. H. Jensen, M. S. Gordon, Mol. Phys. 1996, 89, 1313.
30. J. H. Jensen, M. S. Gordon, J. Chem. Phys. 1998, 108, 4772.
31. H. Lin, D. G. Truhlar, Theor. Chem. Acc. 2007, 117, 185.
32. Q. A. Smith, K. Ruedenberg, M. S. Gordon, L. V. Slipchenko, J. Chem. Phys. 2012, 136, 244107.
33. D. D. Kemp, J. Rintelman, M. S. Gordon, J. H. Jensen, Theor. Chem. Acc. 2010, 125, 481.
34. M. S. Gordon, Q. A. Smith,;, P. Xu,;, L. V. Slipchenko, Annu. Rev. Phys. Chem. 2013, 64, 553.
35. OpenMP consortium; Available at: http://www.openmp.org/. Last Accessed on: April 1, 2013.
36. M. W. Schmidt, K. K. Baldridge, J. A. Boatz, S. T. Elbert, M. S. Gordon, J. H. Jensen, S. Koseki, N. Matsunaga, K. A. Nguyen, S. J. Su, T. L. Windus, M. Dupuis, J. A. Montgomery, J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347.
37. Y. Shao, L. F. Molnar, Y. Jung, J. Kussmann, C. Ochsenfeld, S. T. Brown, A. T. B. Gilbert, L. V. Slipchenko, S. V. Levchenko, D. P. O'Neill, R. A. DiStasio, R. C. Lochan, T. Wang, G. J. O. Beran, N. A. Besley, J. M. Herbert, C. Y. Lin, T. Van Voorhis, S. H. Chien, A. Sodt, R. P. Steele, V. A. Rassolov, P. E. Maslen, P. P. Korambath, R. D. Adamson, B. Austin, J. Baker, E. F. C. Byrd, H. Dachsel, R. J. Doerksen, A. Dreuw, B. D. Dunietz, A. D. Dutoi, T. R. Furlani, S. R. Gwaltney, A. Heyden, S. Hirata, C. P. Hsu, G. Kedziora, R. Z. Khalliulin, P. Klunzinger, A. M. Lee, M. S. Lee, W. Liang, I. Lotan, N. Nair, B. Peters, E. I. Proynov, P. A. Pieniazek, Y. M. Rhee, J. Ritchie, E. Rosta, C. D. Sherrill, A. C. Simmonett, J. E. Subotnik, H. L. Woodcock, W. Zhang, A. T. Bell, A. K. Chakraborty, D. M. Chipman, F. J. Keil, A. Warshel, W. J. Hehre, H. F. Schaefer, J. Kong, A. I. Krylov, P. M. W. Gill, M. Head-Gordon, Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 3172.
38. J. M. Turney, A. C. Simmonett, R. M. Parrish, E. G. Hohenstein, F. A. Evangelista, J. T. Fermann, B. J. Mintz, L. A. Burns, J. J. Wilke, M. L. Abrams, N. J. Russ, M. L. Leininger, C. L. Janssen, E. T. Seidl, W. D. Allen, H. F. Schaefer, R. A. King, E. F. Valeev, C. D. Sherrill, T. D. Crawford, Wiley Interdiscip. Rev. Comput. Mol. Sci. 2012, 2, 556.
39. M. Valiev, E. J. Bylaska, N. Govind, K. Kowalski, T. P. Straatsma, H. J. J. van Dam, D. Wang, J. Nieplocha, E. Apra, T. L. Windus, W. A. de Jong, Comput. Phys. Commun. 2010, 181, 1477.
40. B. Hess, C. Kutzner, D. van der Spoel, E. Lindahl, J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435.
41. S. Melchionna, G. Ciccotti, B. L. Holian, Mol. Phys. 1993, 78, 533.
42. A. Dullweber, B. Leimkuhler, R. McLachlan, J. Chem. Phys. 1997, 107, 5840