Selective labeling of mature RISC using a siRNA carrying fluorophore–quencher pair

Chemical Science

Volumn 4, Issue 10, 2013, Pages 4016-4021

  Kamiya, Yukiko ^a   Ito, Anna ^a   Ito, Hiroshi ^a   Urushihara, Masaaki ^a   Takai, Junya ^a   Fujii, Taiga ^a   Liang, Xingguo ^a,b   Kashida, Hiromu ^a   Asanuma, Hiroyuki ^a  

^a NAGOYA UNIVERSITY   (Japan)

^b OCEAN UNIVERSITY OF CHINA   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DOUBLE-STRANDED RNA; ENDOGENOUS GENES; FLUOROPHORE-QUENCHER PAIRS; IMAGING ANALYSIS; RNA INTERFERENCE; RNA-INDUCED SILENCING COMPLEXES; SELECTIVE LABELING; SMALL INTERFERING RNA;

FLUORESCENCE MICROSCOPY; FLUOROPHORES; GENE EXPRESSION; MACHINERY;

RNA;

EID: 84883276563     PISSN: 20416520     EISSN: 20416539     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3sc51197a     Document Type: Article

References (30)

1. A. Fire, S. Xu, M. K. Montgomery, S. A. Kostas, S. E. Driver, C. C. Mello, Nature, 1998, 391, 806
2. S. M. Elbashir, J. Harborth, W. Lendeckel, A. Yalcin, K. Weber, T. Tuschl, Nature, 2001, 411, 494
3. G. Hutvagner, M. J. Simard, Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 2008, 9, 22
4. H. Siomi, M. C. Siomi, Nature, 2009, 457, 396
5. T. Kawamata, Y. Tomari, Trends Biochem. Sci., 2010, 35, 368
6. G. F. Deleavey, M. J. Damha, Chem. Biol., 2012, 19, 937
7. E. Elkayam, C. D. Kuhn, A. Tocilj, A. D. Haase, E. M. Greene, G. J. Hannon, L. Joshua-Tor, Cell, 2012, 150, 100
8. N. T. Schirle, I. J. MacRae, Science, 2012, 336, 1037
9. J. Liu, F. V. Rivas, J. Wohlschlegel, J. R. Yates, 3rd, R. Parker, G. J. Hannon, Nat. Cell Biol., 2005, 7, 1261
10. H. W. Wang, C. Noland, B. Siridechadilok, D. W. Taylor, E. Ma, K. Felderer, J. A. Doudna, E. Nogales, Nat. Struct. Mol. Biol., 2009, 16, 1148
11. D. Gibbings, O. Voinnet, Trends Cell Biol., 2010, 20, 491
12. A. Grünweller, C. Gillen, V. A. Erdmann, J. Kurreck, Oligonucleotides, 2003, 13, 345
13. Y. L. Chiu, A. Ali, C. Y. Chu, H. Cao, T. M. Rana, Chem. Biol., 2004, 11, 1165
14. S. Y. Berezhna, L. Supekova, F. Supek, P. G. Schultz, A. A. Deniz, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2006, 103, 7682
15. A. Järve, J. Müller, I. H. Kim, K. Rohr, C. MacLean, G. Fricker, U. Massing, F. Eberle, A. Dalpke, R. Fischer, M. F. Trendelenburg, M. Helm, Nucleic Acids Res., 2007, 35, e124
16. A. Jagannath, M. J. Wood, Mol. Biol. Cell, 2009, 20, 521
17. A. S. Wahba, F. Azizi, G. F. Deleavey, C. Brown, F. Robert, M. Carrier, A. Kalota, A. M. Gewirtz, J. Pelletier, R. H. Hudson, M. J. Damha, ACS Chem. Biol., 2011, 6, 912
18. C. Holzhauser, R. Liebl, A. Goepferich, H. A. Wagenknecht, M. Breunig, ACS Chem. Biol., 2013, 8, 890
19. H. Asanuma, X. Liang, H. Nishioka, D. Matsunaga, M. Liu, M. Komiyama, Nat. Protoc., 2007, 2, 203
20. H. Kashida, X. G. Liang, H. Asanuma, Curr. Org. Chem., 2009, 13, 1065
21. Y. Hara, T. Fujii, H. Kashida, K. Sekiguchi, X. Liang, K. Niwa, T. Takase, Y. Yoshida, H. Asanuma, Angew. Chem., Int. Ed., 2010, 49, 5502
22. T. Fujii, M. Urushihara, H. Kashida, H. Ito, X. Liang, M. Yagi-Utsumi, K. Kato, H. Asanuma, Chem.–Eur. J., 2012, 18, 13304
23. J. Nygren, N. Svanvik, M. Kubista, Biopolymers, 1998, 46, 39
24. N. Svanvik, G. Westman, D. Wang, M. Kubista, Anal. Biochem., 2000, 281, 26
25. S. Kummer, A. Knoll, E. Socher, L. Bethge, A. Herrmann, O. Seitz, Bioconjugate Chem., 2012, 23, 2051
26. H. Ito, M. Urushihara, X. Liang, H. Asanuma, ChemBioChem, 2012, 13, 311
27. J. B. Ma, K. Ye, D. J. Patel, Nature, 2004, 429, 318
28. S. Lian, M. J. Fritzler, J. Katz, T. Hamazaki, N. Terada, M. Satoh, E. K. Chan, Mol. Biol. Cell, 2007, 18, 3375
29. K. Raemdonck, K. Remaut, B. Lucas, N. N. Sanders, J. Demeester, S. C. De Smedt, Biochemistry, 2006, 45, 10614
30. T. Ohrt, D. Merkle, K. Birkenfeld, C. J. Echeverri, P. Schwille, Nucleic Acids Res., 2006, 34, 1369