Supercolor coding methods for large-scale multiplexing of biochemical assays

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 16, 2013, Pages 7629-7636

  Rajagopal, Aditya ^a   Scherer, Axel ^a   Homyk, Andrew ^a   Kartalov, Emil ^a,b  

^a California Institute of Technology   (United States)

^b UNIVERSITY OF SOUTHERN CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOCHEMICAL ASSAY; BIOMEDICAL SCIENCE; CLINICAL DIAGNOSTICS; ENCODING AND DECODING; INFECTIOUS DISEASE; MATHEMATICAL THEORY; PROOF OF PRINCIPLES; TECHNOLOGICAL BREAKTHROUGHS;

POLYMERASE CHAIN REACTION;

MULTIPLEXING;

EID: 84882678427     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac401304t     Document Type: Review

References (41)

1. Liew, M.; Groll, M. C.; Thompson, J. E.; Call, S. L.; Moser, J. E.; Hoopes, J. D.; Voelkerding, K. BioTechniques 2007, 42 (3) 327-333
2. Wiese, R.; Belosludtsev, Y.; Powdrill, T.; Thompson, P.; Hogan, M. Clin. Chem. 2001, 47 (8) 1451-1457
3. Sanger, F.; Nicklen, S.; Coulson, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1977, 74 (12) 5463-5467
4. Tyagi, S.; Marras, S.; Kramer, F. R. Nat. Biotechnol. 2000, 18 (11) 1191-1196
5. Lee, L. G.; Livak, K. J.; Mullah, B.; Graham, R. J.; Vinayak, R. S.; Woudenberg, T. M. BioTechniques 1999, 27 (2) 342-349
6. Vet, J. A. M.; Majithia, A. R.; Marras, S. A. E.; Tyagi, S.; Dube, S.; Poiesz, B. J.; Kramer, F. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96 (May) 6394-6399
7. Fodor, S. P. A.; Rava, R. P.; Huang, X. C.; Pease, A. C.; Holmes, C. P.; Adams, C. L. Nature 1993, 364, 555-556
8. Speicher, M. R.; Ballard, S. G.; Ward, D. C. Nat. Genet. 1996, 12, 368-376
9. Huang, Q.; Hu, Q.; Li, Q. Clin. Chem. 2007, 53 (10) 1741-1748
10. Huang, Q.; Zheng, L.; Zhu, Y.; Zhang, J.; Wen, H.; Huang, J.; Niu, J. PloS One 2011, 6 (1 e16033
11. Henegariu, O.; Heerema, N. A.; Dlouhy, S. R.; Vance, G. H.; Vogt, P. H. BioTechniques 1997, 511 (September) 504-511
12. Chamberlain, J. S.; Gibbs, R. A.; Ranierl, J. E.; Nguyen, P. N.; Thomas, C. Nucleic Acids Res. 1988, 16 (23) 11141-11156
13. Waters, L. C.; Jacobson, S. C.; Kroutchinina, N.; Khandurina, J.; Foote, R. S.; Ramsey, J. M. Anal. Chem. 1998, 70 (1) 158-162
14. Oliveira, D. C.; Lencastre, H. D. Antimicrob. Agents Chemother. 2002, 46 (7) 2155-2161
15. Lao, K.; Xu, N. L.; Yeung, V.; Chen, C.; Livak, K. J.; Straus, N. A. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2006, 343 (1) 85-89
16. Zhang, K.; McClure, J.-A.; Elsayed, S.; Conly, J. M.; Louie, T. J. Clin. Microbiol. 2005, 43 (10) 5026-5033
17. El-hajj, H. H.; Marras, S. A. E.; Tyagi, S.; Kramer, R.; Alland, D. J. Clin. Microbiol. 2001, 39 (11) 4131-4137
18. Chong, S. S.; Boehm, C. D.; Higgs, D. R.; Cutting, G. R. Blood 2000, 95 (1) 360-362
19. Paton, A. W.; Paton, J. C. J. Clin. Microbiol. 1998, 36 (2) 598-602
20. Urdea, M.; Penny, L. A.; Olmsted, S. S.; Giovanni, M. Y.; Kaspar, P.; Shepherd, A.; Wilson, P. Nature 2006, 73-79
21. Livak, K. J.; Flood, S. J. A.; Marmaro, J.; Giusti, W.; Deetz, K. Genome Res. 1995, 4, 357-362
22. Hartman, L. J.; Coyne, S. R.; Norwood, D. A. Mol. Cell. Probes 2005, 19 (1) 51-59
23. Jothikumar, P.; Hill, V.; Narayanan, J. BioTechniques 2009, 46 (7) 519-524
24. Chun, J.-Y.; Kim, K.-J.; Hwang, I.-T.; Kim, Y.-J.; Lee, D.-H.; Lee, I.-K.; Kim, J.-K. Nucleic Acids Res. 2007, 35 (6 e40
25. Lee, H. R.; Kim, S. Y.; Chang, H. E.; Song, S. H.; Lee, H. S.; Park, K. U.; Song, J. J. Clin. Microbiol. 2010, 48 (12) 4612-4614
26. Patterson, B. K.; Till, M.; Otto, P.; Furtado, M. R.; McBride, L. J.; Wolinsky, S. M. Science 1993, 260 (5110) 976-979
27. Roth, W. K.; Weber, M.; Seifried, E. Lancet 1999, 353 (9150) 359-363
28. Ptak, R. G.; Gallay, P. A.; Jochmans, D.; Halestrap, A. P.; Ruegg, U. T.; Pallansch, L. A.; Bobardt, M. D. Antimicrob. Agents Chemother. 2008, 52 (4) 1302-1317
29. Ou, C.-Y.; Kwok, S.; Mitchell, S. W.; Mack, D. H.; Sninsky, J. J.; Krebs, J. W.; Feorino, P. Science 1988, 239 (4837) 295-229
30. http://www.hiv.lanl.gov/content/index. Accessed 02/24/2012.
31. Heidari, M.; Assmar, M.; Daloii, M. R. N. J. Sci., Islamic Repub. Iran 2005, 16 (1) 21-24
32. Tirasophon, W.; Ponglikitmongkol, M.; Wilairat, P.; Boonsaeng, V.; Panyim, S. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1991, 175 (1) 179-184
33. http://microbes.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway?hgsid=612764&clade= eukaryota-protista&org=0&db=0. Accessed 04/02/2012.
34. Weidmann, M.; Meyer-König, U.; Hufert, F. T. J. Clin. Microbiol. 2003, 41 (4) 1565-1568
35. http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/emblfetch?db=embl&id= AJ303204&format=default&style=default&Retrieve=Retrieve. Accessed 04/02/2012.
36. Noordhoek, G. T.; Kolk, A. H. J.; Bjune, G.; Catiy, D.; Dale, J. W.; Fine, P. E. M.; Godfrey-Faussett, P. J. Clin. Microbiol. 1994, 32 (2) 277-284
37. Rosenstraus, M.; Wang, Z.; Chang, S.-Y.; DeBonville, D.; Spadoro, J. P. J. Clin. Microbiol. 1998, 36 (1) 191-197
38. Beige, J.; Lokies, J.; Schaberg, T.; Finckh, U.; Fischer, M.; Mauch, H.; Lode, H. J. Clin. Microbiol. 1995, 33 (1) 90-95
39. http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/emblfetch?db=embl&id= GQ395623&format=default&style=default&Retrieve=Retrieve. Accessed 04/02/2012.
40. dos Santos, H. W. G.; Poloni, T. R. R. S.; Souza, K. P.; Muller, V. D. M.; Tremeschin, F.; Nali, L. C.; Fantinatti, L. R. J. Med. Virol. 2008, 80, 1426-1433
41. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/M93130. Accessed 04/02/2012.