GlycoPep detector: A tool for assigning mass spectrometry data of N-linked glycopeptides on the basis of their electron transfer dissociation spectra

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 10, 2013, Pages 5023-5032

  Zhu, Zhikai ^a   Hua, David ^a   Clark, Daniel F ^a   Go, Eden P ^a   Desaire, Heather ^a  

^a UNIVERSITY OF KANSAS   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COLLISION-INDUCED DISSOCIATION; ELECTRON-TRANSFER DISSOCIATION; ENVELOPE GLYCOPROTEINS; HIGH-THROUGHPUT; MASS SPECTROMETRY DATA; MASS-SPECTRAL ANALYSIS; PEPTIDE BACKBONES; WEB-BASED TOOLS;

AMINO ACIDS; C (PROGRAMMING LANGUAGE); DISSOCIATION; ELECTRON TRANSITIONS; GLYCOPROTEINS; IONS; MASS SPECTROMETRY; SPECTRUM ANALYSIS;

PEPTIDES;

GLYCOPEPTIDE; GLYCOPROTEIN; GLYCOPROTEIN GP 140; NITROGEN; PEPTIDE FRAGMENT;

AMINO ACID SEQUENCE; CHEMISTRY; COMPUTER PROGRAM; ELECTRON TRANSPORT; INTERNET; LABORATORY DIAGNOSIS; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR GENETICS; PROCEDURES; REPRODUCIBILITY; STATISTICS;

AMINO ACID SEQUENCE; ELECTRON TRANSPORT; FALSE POSITIVE REACTIONS; GLYCOPEPTIDES; GLYCOPROTEINS; INTERNET; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; NITROGEN; PEPTIDE FRAGMENTS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; SOFTWARE; STATISTICS AS TOPIC;

EID: 84878297205     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac400287n     Document Type: Article

References (42)

1. Dwek, R. A. Science 1995, 269, 1234-1235
2. Kajihara, Y.; Tanabe, Y.; Sasaoka, S.; Okamoto, R. Chem.-Eur. J. 2012, 18, 5944-5953
3. Crouch, E.; Nikolaidis, N.; McCormack, F. X.; McDonald, B.; Allen, K.; Rynkiewicz, M. J.; Cafarella, T. M.; White, M.; Lewnard, K.; Leymarie, N.; Zaia, J.; Seaton, B. A.; Hartshorn, K. L. J. Biol. Chem. 2011, 286, 40681-40692
4. Doores, K. J.; Bonomelli, C.; Harvey, D. J.; Vasiljevic, S.; Dwek, R. A.; Burton, D. R.; Crispin, M.; Scanlan, C. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 13800-13805
5. Furukawa, K.; Ohkawa, Y.; Yamauchi, Y.; Hamamura, K.; Ohmi, Y. J. Biochem. 2012, 151, 573-578
6. Barrabes, S.; Pages-Pons, L.; Radcliffe, C. M.; Tabares, G.; Fort, E.; Royle, L.; Harvey, D. J.; Moenner, M.; Dwek, R. A.; Rudd, P. M.; De Llorens, R.; Peracaula, R. Glycobiology 2007, 17, 388-400
7. Alley, W. R.; Madera, M.; Mechref, Y.; Novotny, M. V. Anal. Chem. 2010, 82, 5095-5106
8. Hua, S.; An, H. J.; Ozcan, S.; Ro, G. S.; Soares, S.; DeVere-White, R.; Lebrilla, C. B. Analyst 2011, 136, 3663-3671
9. Leymarie, N.; Zaia, J. Anal. Chem. 2012, 84, 3040-3048
10. Wuhrer, M.; Catalina, M. I.; Deelder, A. M.; Hokke, C. H. J. Chromatogr. B. 2007, 849, 115-128
11. Pan, S.; Chen, R.; Aebersold, R.; Brentnall, T. A. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, 1-14
12. Huddleston, M. J.; Bean, M. F.; Carr, S. A. Anal. Chem. 1993, 65, 877-884
13. Hakansson, K.; Cooper, H. J.; Emmett, M. R.; Costello, C. E.; Marshall, A. G.; Nilsson, C. L. Anal. Chem. 2001, 73, 4530-4536
14. Seipert, R. R.; Dodds, E. D.; Clowers, B. H.; Beecroft, S. M.; German, J. B.; Lebrilla, C. B. Anal. Chem. 2008, 80, 3684-3692
15. Goldberg, D.; Bern, M.; Parry, S.; Sutton-Smith, M.; Panico, M.; Morris, H. R.; Dell, A. J. Proteome Res. 2007, 6, 3995-4005
16. Ren, J. M.; Rejtar, T.; Li, L. Y.; Karger, B. L. J. Proteome Res. 2007, 6, 3162-3173
17. Joenvaara, S.; Ritamo, I.; Peltoniemi, H.; Renkonen, R. Glycobiology 2008, 18, 339-349
18. Ozohanics, O.; Krenyacz, J.; Ludanyi, K.; Pollreisz, F.; Vekey, K.; Drahos, L. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2008, 22, 3245-3254
19. Peltoniemi, H.; Joenvaara, S.; Renkonen, R. Glycobiology 2009, 19, 707-714
20. Pompach, P.; Chandler, K. B.; Lan, R.; Edwards, N.; Goldman, R. J. Proteome Res. 2012, 11, 1728-1740
21. Woodin, C. L.; Hua, D.; Maxon, M.; Rebecchi, K. R.; Go, E. P.; Desaire, H. Anal. Chem. 2012, 84, 4821-4829
22. Ceroni, A.; Maass, K.; Geyer, H.; Geyer, R.; Dell, A.; Haslam, S. M. J. Proteome Res. 2008, 7, 1650-1659
23. Maass, K.; Ranzingei, R.; Geyer, H.; von der Lieth, C. W.; Geyer, R. Proteomics 2007, 7, 4435-4444
24. Go, E. P.; Hewawasam, G.; Liao, H. X.; Chen, H. Y.; Ping, L. H.; Anderson, J. A.; Hua, D. C.; Haynes, B. F.; Desaire, H. J. Virol. 2011, 85, 8270-8284
25. Hogan, J. M.; Pitteri, S. J.; Chrisman, P. A.; McLuckey, S. A. J. Proteome Res. 2005, 4, 628-632
26. Catalina, M. I.; Koeleman, C. A. M.; Deelder, A. M.; Wuhrer, M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2007, 21, 1053-1061
27. Alley, W. R.; Mechref, Y.; Novotny, M. V. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2009, 23, 161-170
28. Good, D. M.; Wenger, C. D.; McAlister, G. C.; Bai, D. L.; Hunt, D. F.; Coon, J. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 1435-1440
29. Renard, B. Y.; Kirchner, M.; Monigatti, F.; Ivanov, A. R.; Rappsilber, J.; Winter, D.; Steen, J. A. J.; Hamprecht, F. A.; Steen, H. Proteomics 2009, 9, 4978-4984
30. Wada, Y.; Tajiri, M.; Yoshida, S. Anal. Chem. 2004, 76, 6560-6565
31. Rebecchi, K. R.; Wenke, J. L.; Go, E. P.; Desaire, H. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 1048-1059
32. Swaney, D. L.; McAlister, G. C.; Wirtala, M.; Schwartz, J. C.; Syka, J. E. P.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2007, 79, 477-485
33. Zhang, Y.; Go, E. P.; Desaire, H. Anal. Chem. 2008, 80, 3144-3158
34. Liu, X.; McNally, D. J.; Nothaft, H.; Szymanski, C. M.; Brisson, J. R.; Li, J. J. Anal. Chem. 2006, 78, 6081-6087
35. Wada, Y.; Azadi, P.; Costello, C. E.; Dell, A.; Dwek, R. A.; Geyer, H.; Geyer, R.; Kakehi, K.; Karlsson, N. G.; Kato, K.; Kawasaki, N.; Khoo, K. H.; Kim, S.; Kondo, A.; Lattova, E.; Mechref, Y.; Miyoshi, E.; Nakamura, K.; Narimatsu, H.; Novotny, M. V.; Packer, N. H.; Perreault, H.; Peter-Katalinic, J.; Pohlentz, G.; Reinhold, V. N.; Rudd, P. M.; Suzuki, A.; Taniguchi, N. Glycobiology 2007, 17, 411-422
36. Go, E. P.; Chang, Q.; Liao, H. X.; Sutherland, L. L.; Alam, S. M.; Haynes, B. F.; Desaire, H. J. Proteome Res. 2009, 8, 4231-4242
37. Cooper, C. A.; Gasteiger, E.; Packer, N. H. Proteomics 2001, 1, 340-349
38. Go, E. P.; Rebecchi, K. R.; Dalpathado, D. S.; Bandu, M. L.; Zhang, Y.; Desaire, H. Anal. Chem. 2007, 79, 1708-1713
39. Desaire, H.; Hua, D. Int. J. Mass Spectrom. 2009, 287, 21-26
40. Good, D. M.; Wirtala, M.; McAlister, G. C.; Coon, J. J. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1942-1951
41. Chalkley, R. J.; Medzihradszky, K. F.; Lynn, A. J.; Baker, P. R.; Burlingame, A. L. Anal. Chem. 2010, 82, 579-584
42. Sun, R. X.; Dong, M. Q.; Song, C. Q.; Chi, H.; Yang, B.; Xiu, L. Y.; Tao, L.; Jing, Z. Y.; Liu, C.; Wang, L. H.; Fu, Y.; He, S. M. J. Proteome Res. 2010, 9, 6354-6367